Origen - Science topic

Hi guys,

I have 27 mer siRNA duplexes from Origene, and the company didn't provide the Mwt. I tried to search but no luck so far

How can I calulate it or find it?

We've been having problems expressing a GFP-tagged Polymerase Iota fusion protein in a pLenti CMV/TO Puro lentiviral vector. The same protein can be expressed from our original pEGFP.C3 vector (transfecting 300ng into U2OS cells), however, the fusion protein is expressed very little in the pLenti vector (both by transfection of the plasmid and lentiviral particle infection). I've checked the plasmid transfection by immunofluorescence and western blot. I've checked the sequence, it's in phase. I've tried cloning the 3'UTR (from Pol Iota) that was present in the original plasmid to the pLenti one, but that didn't fix the expression problem. I see lentiviral (ORF) plasmids for Pol Iota in the market (for instance on the Origene website). The vector seems very similar (strong CMV promoter, WPRE region that helps with mRNA processing), the only remarkable difference I can discern is that the tags (GFP, or Myc-DDK) are C-terminal to the protein instead of N-terminal. I don't have any direct proof that these plasmids work, but I see that lentiviral particles of them are sold, so I would expect they do. Does anyone have any suspicions as to what could be happening or has confronted similar issues and knows how to tackle them?

I am trying to determine the most appropriate way to define a beam source of a given intensity. Normally one define their beam intensity via an FM card scaling to power but I am planning to use my flux spectra (obtained by an E card) for depletion analysis in ORIGEN and I'm not sure the FM will affect the spectra results.

Voy a comenzar a hacer una serie de declaraciones controvertidas sobre el manejo forestal. Estas no son declaraciones que necesariamente puedo defender, pero les agradezco y me dan argumentos a favor o en contra y con citas de buena ciencia y buen juicio. La buena ciencia y experiencia pueden probar hipótesis. El respeto es apreciado y por favor, dejen de lado la bilis cuando respondan.

Sea tan profesionales como lo requiera el ejercicio. La primera afirnación es:

LA MAYORÍA DE LAS ESPECIES UTILIZADAS EN LA REFORESTACIÓN A GRAN ESCALA EN EL MUNDO SON MONOCULTURAS NATURALES EN SUS SITIOS DE ORIGEN

Por favor responde y comparte. Recopilaré las respuestas y luego las compartiré en un documento sobre el tema, reconociendo los aportes de todos los que hagan comentarios. Esperare un mes para ver sus reacciines antes de poner la siguiente afirmación.

Gracias oor anticipado

Dr. Ronnie de Camino Velozo

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I am going to start making a series of controversial statements about forest management. These are not statements that I can necessarily defend, but I thank you and give me arguments for or against and with quotes from good science and good judgment. Good science and experience can test hypotheses. Respect is appreciated and please set bilis aside when responding. The first statemet is:

MOST OF THE SPECIES USED IN BIG SCALE REFORESTATION IN THE WORLD ARE NATURAL MONOCULTURES IN THEIR SITES OF ORIGIN

Please respond and share. I will collect the responses and then share them in one document, recognizing the contributions of all the ones that make comments. I will wait one month for your reactions before putting the next statement.

Thank you very much in advance.

Dr. Ronnie de Camino Velozo

Hi All

I am recently doing WB fron transfected cells HEK293(using a plasmid tagged by Myc & DDK) For protein extraction i used RIP buffer and protease inhibitor.The Myc antibody i sued from Origene (CAT#: TA150014). After probing the blot with the tag i ended up with high background and multiple bands that exist even in the negative control . The protein concentration i started with was 15 mcg and the tag dilution was 1:1000 . I am kind of new to this area and i am reaching out for help.

Thank You

Good day! I am Zachary Origenes, a mechanical engineering student in the Philippines and I am currently doing my thesis which involves validating my simulation model of an in-pipe inspection robot made in MSC Adams with the physical model of a previous study.

I have searched on what range the error can be acceptable when validating simulation results with the physical results of multibody systems, but I've only found that it's 5-20% only when it comes to FEA (Finite Element Analysis).

Hi there

has anyone used Origene 3'utr vectors to monitor miRNA repression of a target? I previously used dual luciferase constructs where the data is normalized to firefly luciferase. But for the Origene vectors expression of RFP is used for normalization and the target is fused to firefly luciferase - funny thing is that their own protocol mentions nothing on how to perform these two measurements best. And seeing as RFP would be read in black plates on live cells and the luciferase in white plates on cell lysates I am a bit at a loss on how to create a protocol that makes sense. Does anyone have any good suggestions?

Cheers C

Las células de Schwann normalmente no están presentes en el parénquima cerebelar y es difícil explicar el origen intracraneal de schwannomas intracraneales. Muchas hipótesis han sido planteadas para explicar los shwannomas no relacionados con nervios craneales como el posible origen de células de Schwann en los plexos perivasculares: conversión de las células piales en células de Schwann, origen desde fibras nerviosas ectópicas, células de la cresta neural que han migrado erróneamente durante el desarrollo del sistema nervioso, u origen en células mesenquimales multipotenciales. Redekop y Elisevich propusieron la teoría de la embriogénesis distorsionada. [4]....

...Los shwannomas intraparenquimatosos no asociados a nervios craneales son neoplasias raras, la revisión de la literatura reporta hasta 1998 solo 35 casos descritos en los últimos 30 años [3] y 44 casos hasta el año 2004 localizados en los hemisferios cerebrales, [9] en la medula y 14 en el cerebelo. Todos excepto uno, fueron reportados como benignos, de mayor prevalencia en pacientes jóvenes y de localización vermiana.[2]....

...70 casos de schwannomas intracerebrales reportados hasta el 2011 fueron de localización supratentorial tanto en los hemisferios como en los ventrículos. De los 26 casos reportados en localización infratentorial, 11 estaban en hemisferios cerebelares, 6 vermianos y 9 medulares. Todos los casos fueron benignos excepto dos. [4]...

Hi all, I am looking for a vectors backbone containing an expression cassette for epitope tagging

my candidates are

-Puro/blast-T2A-3MYC (other tag will do )

-MYC-T2A-PURO/Blast (other tag will do)

such as pLenti-C-Myc-DDK-P2A-Puro from origen (if somebody want to share some, just for pcr amplification!)

Dominio de conocimiento e investigación donde se fundaron. Conceptos principales Temas y tendencias actuales Herramientas utilizadas para su aplicación. ¿Cómo los aplicaría en su institución o proyecto educativo? Aunque la vasta mayoría de la literatura sobre Analítica de Aprendizaje, en la actualidad, ha comenzado a adoptar definición. La definición y los objetivos de la Analítica de Aprendizaje continúan en debate. Una definición anterior discutida por la comunidad sugirió que la Analítica de Aprendizaje es el uso de datos inteligentes, datos producidos por el alumno y modelos de análisis para descubrir información y conexiones sociales para predecir y asesorar el aprendizaje de las personas. Una visión más holística propone un marco de trabajo genérico de diseño que puede actuar como una guía útil para desarrollar servicios analíticos para el apoyo de la práctica educativa y ayuda al estudiante, para el aseguramiento de la calidad, el desarrollo curricular y para mejorar la eficiencia y efectividad del desempeño docente. Otro enfoque sugerido es una visión general sistemática de la Analítica de Aprendizaje y de sus conceptos clave a través de un modelo de referencia basado en cuatro dimensiones: Datos, entornos, contexto (¿qué?), Partes interesadas (¿quién?), Objetivos (¿por qué?) y métodos (¿cómo?). Aparecen otras definiciones hasta llegar a esta formulada en 2016 que me parece mas completa: describe seis áreas de tecnología emergente que habrán tenido un impacto significativo en la educación superior y la expresión creativa para fines de 2020. Como resultado de esta investigación, se definió la Analítica de Aprendizaje como una aplicación educativa de la analítica web, dirigida a la elaboración de perfiles de alumnos, consistente en un proceso de recopilación y análisis de información detallada de las interacciones individuales de los estudiantes en actividades de aprendizaje en linea

I want to clone a target gene into a lentiviral vector to produce a mouse cell line that overexpresses the target gene.

I want to know the difference between inserting the full-length cDNA and ORF sequence of the target gene when producing these cell lines.

Also, if the restriction site contained in the cDNA sold by origene does not match the site of the expression vector, please let me know how it would be better to insert.

Thanks

Prof! Como esta? Que tipo de proteinas esta trabajando, es decir, de origen animal o vegetal?

I am trying to optimize my primers for qPCR using SYBR green chemistry. To do this, I pooled 10 of my mouse samples (control and experimental groups), and performed serial dilutions of 1:4 for a total of 7 Standards. I used these to create a standard curve and calculate primer efficiency. I obtained the sequences from Origene's website, so I know that the design of the primers is not the issue. GAPDH had an efficiency of 97 %, while IL6 had 134%, TNFa had 167%, and MCP1 had 126%. I know my dilutions aren't the issue either, because the GAPDH efficiency wouldn't be so good. I've tried diluting my cDNA at multiple conentrations (1:1, 1:4, 1:8 and 1:32), and 1:1 yielded the best results. I'm at a loss of how to make this work. Any help would be greatly appreciated!

Toda la información sobre el origen, evolución, cuales han sido los componentes de esa evolución y como se han vislumbrado en el cultivo

Cambios debidos a la domesticación en el cultivo

Como se clasifica la variabilidad en la especie de estudio

Sistema reproductivo de la especie

Consecuencias genéticas del sistema reproductivo en su especie

Prof! Como esta? Que tipo de proteinas esta trabajando, es decir, de origen animal o vegetal?

Saludos cordiales, mi nombre es Rafael Quintana y soy Licenciado en Biología Marina de la Universidad de Oriente Venezuela. Durante mi formación académica inicio mi pasión por la búsqueda de nuevos fármacos de origen marino. Es por ello que me enfoque a aprender todo lo relacionado a esta línea de investigación durante mi periodo universitario. Dedique muchas horas de estudio, obtuve certificación de buceo, trabaje en laboratorios de la Universidad de Oriente y realice diversas pasantías en el instituto científico más importante de mi país (Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas IVIC). Una vez que me sentí capacitado, desarrolle mi tesis de grado titulada: “Evaluación de la actividad citotóxica de la ascidia Polyclinum constellatum y su posible efecto sobre la línea celular de cáncer de mama 4T1”. En dicha investigación se encontraron resultados muy interesantes y prometedores que ameritan continuar con su desarrollo, no obstante la fuerte crisis en la que se encuentra mi país me imposibilita iniciar los estudios de postgrado, obligándome a buscar oportunidades en otras fronteras. Es por eso que le escribo a usted, he leído sobre el proyecto que iniciara y veo que tiene bastante similitud con la línea de investigación que tanto me apasiona. Por tal motivo quiero preguntarle ¿existe alguna posibilidad de poder realizar alguna maestría en la universidad, donde pueda trabajar con usted en su proyecto de investigación? Realmente me interesa su trabajo e independientemente de su respuesta seguiré al tanto de su proyecto. Espero que podamos estar en contacto, saludos.

Hi all, I want to do transient transfection (overexpressing my gene of interest) in cancer cell line so I purchased a plasmid from Origene which is ready to use but because it is very little in amount so i had to do transformation using DH-5alpha bacteria and then did maxiprep and sent the resulted DNA for sequencing. I got the result today and there was a single nucleotide changed from G to T and that changed the valine aminoacid to phenylalanine.

my question is why this mutation happened and is it frequent to get mutation after bacterial transformation.

many thanks

I recently bought Lenti-vpak packaging kit - packaging plasmids from Origene and need to use it for transfection of Lentiviral shRNA constructs into X293T cells. Could you suggest the recommended ratio of these packaging plasmids to the shRNA constructs to be used in the Lipofectamine 2000 protocol?  

Require urgently, will replace as soon as the one I've ordered comes. Thanks in advance.

I ordered siRNA duplexes from origene, and the sequence of all three recognize a region which is common between the two isoforms of my mRNA. In theory, this means it should knockdown BOTH isoforms as a result. Instead I see that siA only knocks out isoform B, while siB and siC knock out isoform A.

The two isoforms only differ in exon 3, and all three siRNA duplexes target regions in exons 6 and 8.

These experiments were performed in HeLa cells which express much higher levels of isoform B than A.

I was wondering if anyone knew what could account for these differences in isoform preference for knockdown, when the siRNA should target BOTH mRNA sequences.

Thank you,

Cynthia

I am going to do stable transfection of Prp4. For this  I need plasmid which encodes Prp4 gene and is antibiotic resistant. While searching my Lab, I found PRPF4B (NM_003913) Human cDNA Clone (Cat# SC107962 Company= origene). I tried to find its full detail online but i couldn't. I want to know that can it be used for transfecting the cells, as I am not sure that it has some antibiotic properties or not? The link for the product is:

We are planning a gene knockout experiment using origene gene specific crisper knockout. We were wondering of the best way to select for double knockout without doing southern blot? will FISH do it or do you have a better way?

Thanks

I am inserting the orf of EMSY gene into lentiviral transfer vector pLVX (the EMSY orf was purchased from origene. pLVX was used to generate several constructs sucessfully in our lab). I have tried several methods, but always failed to get a correct clone of EMSY. At last, I got only one PCR-positive colony (this colony can grow but not well in LB broth), unfortunately, the EMSY orf contains three site-mutations. I have tried twice to make site-mutation to get the correct plasmid,but failed (no colony on plate). Then, I tranformed the pLVX vector containing wrong EMSY into DH5a and found no colony grow. It seems EMSY inhibits the replication of the vector. 

I am using Origene lentiviral system. Tried spin infections, with little success.