ArticlePDF Available

Abstract

531 genetic clusters (BINs) of gall midges were retrieved in a single Malaise trap that was set up in 2017 within the inner-city premises of the Bavarian State Collection of Zoology in Munich, Germany. Although the sample obtained from this trap is very limited in time and space, the number of detected BINs correspond to 63.5 % of the number of Cecidomyiidae species known in Germany up to date. Based on data collected from our utterly limited sample, and taking the variety of yet unexplored habitats into account, we conclude that Germany's fauna of gall midges must comprise considerably more species than previously expected.
NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021 101
Gallmücken in Bayern: DNA Barcoding vermittelt neue Einblicke in die
Mega-Vielfalt bislang (zu oft) ignorierter Mikrodipteren
(Diptera, Cecidomyiidae)
Caroline CHIMENO, Dieter DOCZKAL, Gerhard HASZPRUNAR, Axel HAUSMANN,
Mathias JASCHHOF, Marion KOTRBA, Kate PEREZ, Michael RAUPACH & Stefan SCHMIDT
Abstract
531 genetic clusters (BINs) of gall midges were retrieved in a single Malaise trap that was set up in
2017 within the inner-city premises of the Bavarian State Collection of Zoology in Munich, Germany.
Although the sample obtained from this trap is very limited in time and space, the number of detected
BINs correspond to 63,5% of the number of Cecidomyiidae species known in Germany up to date.
Based on data collected from our utterly limited sample, and taking the variety of yet unexplored
habitats into account, we conclude that Germany’s fauna of gall midges must comprise considerably
more species than previously expected.
Einleitung
„Wie viele Tierarten gibt es?“ ist eine Frage, die Biologen schon immer beschäftigt hat und gleichzeitig
eine, die stets nur mit mehr oder weniger vagen Schätzungen beantwortet wurde. Obwohl es immer
wieder neue Abschätzungen gab und gibt, haben diese bislang wenig Gewissheiten gebracht. Das liegt
unter anderem daran, dass vor allem taxonomisch gut bearbeitete Gruppen untersucht wurden, während
weniger bekannte, oftmals kryptisch-vielfältige Gruppen unberücksichtigt blieben (z. B. ÖDEGAARD
2000, MORA et al. 2011, CICCONARDI et al. 2013, CALEY et al. 2014, WUEHRL et al., 2021). Aktuellere
Studien, welche die Artenzahl anhand von Sequenzvariationen in der COI-DNA Barcode Region des
mitochondrialen Genoms erfassen, sind vom taxonomischen Bearbeitungsstand weitgehend unabhängig.
Dabei fasst ein Algorithmus ähnliche Sequenzen zu sogenannten „molecular Operational Taxonomic
Units“ (mOTUs) zusammen. Diesen werden im internationalen Barcode of Life Data System (BOLD)
sogenannte „Barcode Index Numbers“ (BINs) zugeordnet, welche biologische Arten verhältnismäßig
gut abbilden können (RATNASINGHAM & HEBERT, 2013, SCHMIDT et al. 2015, HAUSMANN et al. 2013).
Eine entsprechende Studie von HEBERT et al. (2016) kommt für die Insektenfauna zu dem Schluss, dass
es global weit über 10 Millionen Insektenarten geben könnte. Diese Zahl überschreitet die kurz zuvor
veröffentlichte, auf einer Extrapolation aus Käfer-Pflanzen-Interaktionen beruhenden Schätzung von 5,5
Millionen Arten bei weitem (STORK et al. 2015). Frühere Schätzungen lagen bei 5–10 Millionen (MORA
et al. 2011) bis hin zu 30 Millionen Arten (ERWIN 1982).
Innerhalb der Insekten gehören die Zweiflügler (Diptera; Fliegen und Mücken) und Hautflügler
(Hymenoptera; Ameisen, Bienen und Wespen) zu den vier artenreichsten Ordnungen, zusammen mit
den Coleoptera und Lepidoptera. Beide Ordnungen enthalten Familien, die trotz eines vermuteten ex-
trem hohen Artenreichtums in der taxonomischen Forschungslandschaft bislang nicht gebührend
berücksichtigt wurden. Es ist heute offenkundig, dass die weltweiten Schätzungen von Artenzahlen vor
allem deshalb so ungenau und widersprüchlich ausfallen, weil man über das unüberschaubare Heer
kleiner Fliegen und Wespen bislang nur sehr vage Vorstellungen hat. Einige der in diesem Sinne ver-
nachlässigten Familien auch bekannt als „Dark Taxa“ stehen jetzt im Mittelpunkt des neuen
Großprojekts “German Barcode of Life III: Dark Taxa” (GBOL III), das im Juli 2020 begann. Ziel
dieses Projekts ist es, das taxonomische und molekulare Wissen für diese Gruppen mittels eines integra-
tiv-taxonomischen Ansatzes erheblich zu erweitern, um die erfassten Arten weiterführender Forschung
(z.B. Nutzpflanzenschutz) zugänglich zu machen. Eine der Zielgruppen von GBOL III sind die
Gallmücken (Cecidomyiidae), nach Meinung vieler Dipterologen das „dunkle Taxon“ schlechthin. Die
Vertreter dieser Familie gehören mit einer Körperlänge von etwa 1,5‒2,5 mm zu den kleinsten Dipteren
(„Mikrodipteren“). Die Imagines vieler Arten sind sogar kleiner als 1 mm. HEBERT et al. (2016) kamen
102 NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021
zu dem Schluss, dass allein in Kanada von etwa 16.000 Gallmücken-Arten auszugehen ist, was eine
Verzehnfachung bisheriger Erwartungen bedeutet und nahelegt, dass es weltweit 1,8 Millionen Gall-
mücken-Spezies geben könnte. Somit wäre diese Gruppe die mit Abstand artenreichste Familie im
Tierreich (HEBERT et al. 2016). Für Deutschland wurden bisher ca. 840 Arten der Familie Cecidomyi-
idae identifiziert (MEYER & JASCHHOF 1999). Eine von MORINIÈRE et al. (2019) publizierte DNA
Barcode Sammlung ‒ ein Ergebnis von GBOL I und II ‒ umfasst 927 BINs, von denen nur 44 ein Art-
name zugeordnet werden konnte.
Als Teil von GBOL III hat die Zoologische Staatssammlung München (SNSB-ZSM) den Projekt-
teil „Gallmücken“ übernommen. Schon im Vorfeld der Studie war im Rahmen des internationalen
„Global Malaise Trap Program“ ein Jahr lang (2017) eine Malaisefalle auf dem Gelände des Instituts im
Münchener Stadtgebiet betrieben worden.
Materialien und Methoden
Die Feldarbeit
Im Jahr 2017 wurde eine Malaisefalle auf dem Gelände der Zoologischen Staatssammlung aufgestellt
(48.165° N, 11.485° O; 519 m ü.N.N.). Der im Münchener Stadtgebiet gelegene Fallenstandort liegt in
einem Wohnviertel mit kleinräumigen Gartenanlagen, während das Gelände der ZSM auf ca. 25.000 qm
Fläche von Wiesen und einigen Gehölzen bedeckt ist. Auf dem Gelände wurden vom Bund Naturschutz
in Bayern e.V. seit mehreren Jahren Pflegemaßnahmen zur Erhöhung der Biodiversität durchgeführt.
Die Malaisefalle wurde von April bis Dezember betrieben und die Fangflasche zweiwöchentlich ausge-
wechselt.
Jede zweite Sammelprobe wurde zur nachfolgenden Bearbeitung ausgewählt, mit den folgenden
Leerungsterminen: 10. April, 08. Mai, 05. Juni, 03. Juli, 31. Juli, 28. August, 25. September, 23. Okto-
ber, 20. November und 29. Dezember 2017.
Probenbearbeitung
Alle Proben wurden zur Bearbeitung an das Centre for Biodiversity Genomics (CBG) in Guelph,
Kanada, geschickt. Dort wurden nach morphologischen Kriterien insgesamt 32.592 Arthropoden einzeln
aus den Sammelproben selektiert. Da die Arthropoden im Ganzen für die Sequenzierung verwendet
wurden, wurden nicht-invasive Voucher-Recovery-Protokolle für die DNA-Extraktion verwendet, d.h.
die äußere Insektenhülle blieb intakt für morphologische Untersuchungen. Die Belegexemplare wurden
im Nachhinein zur anschließenden Dokumentation und Archivierung an die ZSM zurückgeschickt. Das
CBG verarbeitete die Proben unter Verwendung standardisierter Protokolle zur DNA-Extraktion, PCR-
Amplifikation und Sanger-Sequenzierung (http://ccdb.ca/resources/). Alle Sequenzdaten und Trace-
Dateien (Sequenz-Chromatogramme) sind in der Barcode of Life Database (BOLD; http://www.boldsys
tems.org) im Container-Projekt GMTBZ in den Einzel-Projekten GMGMO bis GMGMX hinterlegt. Die
in dieser Arbeit analysierten Daten der Familie Cecidomyiidae sind im Datensatz DS-CECIDZSM (doi:
dx.doi.org/10.5883/DS-CECIDZSM) öffentlich zugänglich. Zurückgesendete Proben wurden für neue
BINs z. T. fotografiert und dokumentiert.
Datenanalyse
Zur Analyse der Daten wurden die in BOLD verfügbaren Analyse-Tools verwendet. Die mittlere und
maximale intraspezifische Variation und die minimale genetische Distanz zur nächsten Art wurden
unter Verwendung des Kimura-2-Parameter-Modells berechnet (KIMURA 1980, PUILLANDRE et al. 2012).
Anhand der Distanzen wurden für die Sequenzen mittels RESL-Algorithmus mOTUs ermittelt und
BINs zugewiesen (RATNASINGHAM & HEBERT 2013).
NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021 103
Resultate
Von 32.593 Sequenzen wurden 26.534 (81,4%) der Sequenzen BINs zugeteilt, die insgesamt 3.870
BIN-Clustern zuzuordnen sind. Voraussetzung für die Zuordnung einer Sequenz zu einer bereits
existierenden BIN ist eine Mindestlänge von 300 bp. Für die Generierung einer neuen BIN ist eine
Sequenzlänge von mindestens 500 bp erforderlich. Die 26.534 Sequenzen erstrecken sich über drei
Arthropoden-Klassen und decken 21 Ordnungen ab, von denen Diptera (14.850 Exemplare) und Hyme-
noptera (7.859 Exemplare) bei weitem den Großteil ausmachen. Von den insgesamt 2.643 Sequenzen
von Vertretern der Familie Cecidomyiidae konnten 325 Sequenzen (12,3%) insgesamt 30 bekannten
Arten zugeordnet werden, da diese in BOLD bereits erfasst waren. Die restlichen 2.318 Sequenzen
konnten bisher keiner bekannten Art zugeordnet werden (Tab. 1). Dabei ließen sich 2.157 Sequenzen
nur bis zur Familie, und 161 nur bis zur Gattung bestimmen. Den 2.643 Cecidomyiidae-Sequenzen
wurden insgesamt 531 BINs zugewiesen. In vier Fällen ist eine bislang vermeintlich gute „Art“ jeweils
durch zwei BINs repräsentiert: Dasineura spadicea RÜBSAAMEN, 1917; Campylomyza flavipes MEIGEN,
1818; Lestodiplosis juniperina FELT, 1907; Peromyia caricis KIEFFER 1901. 175 der insgesamt 531
BINs (33%) haben durch dieses Projekt erstmalig Eingang in BOLD gefunden; diesen neuen BINs
wurden insgesamt 453 Individuen zugeordnet.
Tabelle 1: Übersicht der 2.643 Sequenzen im Cecidomyiidae-Datensatz: Anzahl der Sequenzen für die entspre-
chende Gattung sowie Anzahl der Sequenzen mit Artname und prozentualem Anteil (in Klammer) und Auflistung
der beschriebenen Arten.
Gattung/Art Anzahlen:
Sequenzen
Sequenzen mit Artname (%)
BINs
Arten
Asphondylia
11
0 (0%)
1
0
Asteromyia
62
0 (0%)
2
0
Campylomyza
Campylomyza dilatata
(FELT, 1907)
Campylomyza flavipes
(MEIGEN, 1818)
220
220 (100%)
3
2
CecidIntGen*
24
0 (0%)
2
0
Clinodiplosis
Clinodiplosis cilicrus
(KIEFFER, 1889)
4
4 (100%)
1
1
Contarinia
Contarinia asclepiadis
(GIRAUD, 1863)
6
2 (33,3%)
3
1
Dasineura
Dasineura leguminicola
(LINTNER, 1879)
Dasineura spadicea
(RÜBSAAMEN, 1917)
15
11 (73.3%)
6
2
Feltiella
7
0 (0%)
2
0
Leptosyna
Leptosyna nervosa
(WINNERTZ, 1852)
2
2 (100%)
1
1
Lestodiplosis
Lestodiplosis juniperina
(FELT, 1907)
6
6 (100%)
2
1
Micromya
Micromya lucorum
(RONDANI, 1840)
2
1 (50%)
2
1
104 NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021
Gattung/Art Anzahlen:
Sequenzen
Sequenzen mit Artname (%)
BINs
Arten
Mikiola
3
0 (0%)
1
0
Monardia
Monardia toxicodendri
(FELT, 1907)
3
3 (100%)
1
1
Monobremia
Monobremia subterranea
(KIEFFER, 1898)
2
2 (100%)
1
1
Nikandria
Nikandria brevitarsis
(MAMAEV, 1964)
1
1 (100%)
1
1
Obolodiplosis
Obolodiplosis robiniae
(HALDEMAN, 1847)
1
1 (100%)
1
1
Ozirhincus
Ozirhincus millefolli
(WACHTL, 1884)
22
1 (4,5%)
3
1
Peromyia
Peromyia aeratipennis
(SKUSE, 1888)
Peromyia borealis
(HACKMAN, 1970)
Peromyia boreophila
(JASCHHOF, 2001)
Peromyia caricis
(KIEFFER, 1901)
Peromyia cornuta
(EDWARDS, 1938)
Peromyia fungicola
(KIEFFER, 1901)
Peromyia impexa
(SKUSE, 1888)
Peromyia monilis
(MAMAEV, 1965)
Peromyia ovalis
(EDWARDS, 1938)
Peromyia perpusilla
(WINNERTZ, 1870)
Peromyia ramose
(EDWARD, 1938)
Peromyia scutellata
(MAMAEV, 1990)
Peromyia upupoides
(JASCHHOF, 1997)
46
44 (95,7%)
16
13
Porricondyla
Porricondyla colpodioides
(MAMAEV, 1963)
25
25 (100%)
1
1
Resseliella
Resseliella theobaldi
(BARNES, 1927)
1
1 (100%)
1
1
Rhopalomyia
14
0 (0%)
5
0
NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021 105
Gattung/Art Anzahlen:
Sequenzen
Sequenzen mit Artname (%)
BINs
Arten
Scizomyia
6
0 (0%)
5
0
Sitodiplosis
2
0 (0%)
1
0
Winnertzia
Winnertzia tridens
(PANELIUS, 1965)
1
1 (100%)
1
1
nicht identifiziert
2.157
0 (0%)
472
0
Summe
2.643
325 (12,3%)
535**
30
* Temporär-Name
** Vier Sequenzen wurden zwar jeweils einer BIN zugeordnet, blieben jedoch unbestimmt. Diese BINs
erscheinen doppelt in der Tabelle: einmal unter der dazugehörige Art, und nochmal unter „nicht identifizierte
Sequenzen“. Aus diesem Grund sind in der Summe 535 BINs aufgelistet, obwohl es sich um 531 eindeutige
BINs handelt.
Die 531 BINs aus dieser Studie entsprechen 63,5% der Anzahl der aktuell für ganz Deutschland
bekannten Arten und 57,3% der von MORINIÈRE et al. (2019) gefundenen Anzahl von BINs, wobei nur
153 BINs dieser Studie auch von MORINIÈRE et al. (l.c.) nachgewiesen wurden. Abbildung 1 stellt die
Häufigkeitsverteilung der Sequenzzahlen pro BIN im Datensatz dar. Einige wenige BINs waren in sehr
großen Individuenzahlen vertreten, während einem Großteil der BINs sehr wenige Individuen zuzu-
ordnen waren. 251 BINs, fast die Hälfte aller BINs, wurden durch ein einziges Individuum repräsentiert
(Abb. 1).
Abb. 1: Anzahl der BINs pro Häufigkeitsklasse (abhängig von der Individuenzahl pro BIN). Fast zwei Drittel aller
BINs sind nur durch ein (251) oder zwei (93) Individuen vertreten.
Diskussion
Mit einer einzigen Falle im Stadtgebiet von München konnte auf dem Gelände der Zoologischen Staats-
sammlung München eine Diversität von 531 Gallmücken-BINs nachgewiesen werden. Auch wenn
BINS nicht Arten gleichzusetzen sind, so besteht doch eine hohe Übereinstimmung zwischen Anzahl
BINs und Anzahl Arten (HAUSMANN et al. 2013, PENTINSAARI et al. 2014, SCHMIDT et al. 2015,
RATNASINGHAM & HEBERT 2013), so dass mit einer Artenzahl von über 500 Arten von Gallmücken zu
rechnen ist. Diese hohe Artenvielfalt an Gallmücken ist auch deshalb bemerkenswert, weil mit hoher
106 NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021
Wahrscheinlichkeit bei weitem nicht alle am Standort vorkommenden Arten erfasst wurden. Zum einen
beschränkt sich die bisherige Auswertung auf lediglich 10 Wochen. Zum anderen ist die Erfassung des
Artenspektrums eines Standortes von zahlreichen Faktoren abhängig. Im bisher ausgewerteten Material
sind fast zwei Drittel aller BINs nur durch ein oder zwei Individuen vertreten, also als selten einzu-
stufen. Es ist davon auszugehen, dass es noch viel mehr seltene Arten im Untersuchungsgebiet gibt,
deren Erfassung noch aussteht. Hinzu kommt die Erfahrung, dass bei der Vorauswahl von Morpho-
spezies am Stereomikroskop für das nachfolgende Sequenzieren 20% oder sogar deutlich mehr der
Arten nicht erkannt werden. Die tatsächliche Diversität dürfte also deutlich höher liegen, so dass es
prinzipiell denkbar ist, dass allein an dem von uns untersuchten Standort mehr Arten vorkommen, als
bisher in ganz Deutschland nachgewiesen wurden. Die tatsächliche Diversität der Gallmücken in
Deutschland dürfte alle bisherigen Schätzungen weit übersteigen.
Von den bislang ermittelten 531 BINs konnten nur 30 (<6%) per Sequenzvergleich einer bereits
beschriebenen und in BOLD identifizierten Art zugeordnet werden. Die übrigen 501 BINs blieben un-
bestimmt. Zudem waren 175 Sequenzen neu für die internationale Barcode of Life-Datenbank (BOLD),
d.h. sie wurden bisher ausschließlich auf dem Gelände der ZSM nachgewiesen. Diese Befunde verdeut-
lichen zweierlei: in BOLD ist der Anteil bestimmter Arten bei taxonomisch vernachlässigten „Dark
Taxa“ nach wie vor sehr gering, und es ist mit der Entdeckung einer großen Anzahl neuer Arten zu
rechnen, und das selbst im Stadtgebiet von München.
Ausblick
Mit der Erforschung der Gallmücken im Rahmen des Projektes „GBOL III - Dark Taxa“ verfolgt die
Zoologische Staatssammlung München das Ziel, die Diversität der deutschen Gallmückenfauna mit
einem integrativ-taxonomischen Ansatz in einer Weise zu erfassen, dass (1) die Gesamtartenzahl realis-
tischer als bisher abgeschätzt werden kann, (2) das Verhältnis von beschriebenen zu unbeschriebenen
Arten deutlich wird und (3) für eine möglichst große Zahl von Arten ein deutscher Nachweis per DNA-
Barcode erbracht wird. Zudem erwarten wir, dass die Taxonomie der Gallmücken um eine Reihe von
Art-Neubeschreibungen aus Deutschland bereichert werden kann. Im Rahmen von „GBOL III: Dark
Taxa“ werden an der SNSB-ZSM in den Jahren 2020 bis 2023 weitere wenig bekannte Insektengruppen
bearbeitet: die Chironomidae (Diptera), Microgastrinae (Hymenoptera, Braconidae), Diapriidae (Hy-
menoptera) und einige weitere Gruppen. Die SNSB-ZSM reiht sich damit in das internationale Netz-
werk von Forschern ein, die in den Jahren 2019–2026 die ehrgeizigen Ziele des globalen BIOSCAN
Programms (https://ibol.org/programs/bioscan/) zu verwirklichen suchen.
Literatur
CALEY, J.M., FISHER, R. & K. MENGERSEN 2014: Global species richness estimates have not converged.
– Trends in Ecology and Evolution 29, 187–188.
CICCONARDI, F., FANCIULLI, P.P. & B. C. EMERSON 2013: Collembola, the biological species concept
and the underestimation of global species richness. – Molecular Ecology 22, 5382–5396.
ERWIN, T. L. 1982. Tropical forests: their richness in Coleoptera and other arthropod species. – The
Coleopterists Bulletin 6, 74–75.
GAGNÉ, R.J. & M. JASCHHOF 2017: A Catalog of the Cecidomyiidae (Diptera) of the World. Digital,
762. Verfügbar unter: http://www.ars.usda.gov/ARSUserFiles/80420580/Gagne_2017_World_Cat
_4th_ed.pdf.
HAUSMANN, A., GODFRAY, H. C. J., HUEMER, P., MUTANEN, M., ROUGERIE, R., VAN NIEUKERKEN, E. J.,
RATNASINGHAM, S. & P. D. HEBERT 2013: Genetic patterns in European geometrid moths
revealed by the Barcode Index Number (BIN) system. – PloS ONE 8 (12), e84518 (11 pp).
HEBERT, P. D. N., RATNASINGHAM, S., ZAKHAROV, E. V., TELFER, A. C., LEVESQUE-BEAUDIN, V.,
MILTON, M. A., PEDERSON, S., JANNETTA, P. & J. R. DEWAARD 2016: Counting animal species with
DNA barcodes: Canadian insects. – Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological
Sciences, 371 (1702), 20150333 (10 pp).
NachrBl. bayer. Ent. 70 (3/4), 2021 107
KIMURA, M. 1980: A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through
comparative studies of nucleotide sequences. – Journal of Molecular Evolution 16 (2), 111–120.
MEYER, H. & M. JASCHHOF 1999: Cecidomyiidae, 18-32. In: SCHUMANN, H., BÄHRMANN, R. & A. STARK
(eds): Entomofauna Germanica 2. Checkliste der Dipteren Deutschlands. Studia dipterologica,
Supplement 2, 1–354.
MORA, C., TITTENSOR, D.P., ADI, S., SIMPSON, A.G.B. & B. WORM 2011: How many species are there on
earth and in the ocean? – PLOS Biology 9, e1001127 (8 pp).
MORINIÈRE, J., BALKE, M., DOCZKAL, D., GEIGER, M. F., HARDULAK, L. A., HASZPRUNAR, G., HAUS-
MANN, A., HENDRICH, L., REGALADO, L., RULIK, B., SCHMIDT, S., WÄGELE, J. W. & P. D. N. HEBERT,
2019: A DNA barcode library for 5,200 German flies and midges (Insecta: Diptera) and its impli-
cations for metabarcoding-based biomonitoring. – Molecular Ecology Resources 19, 900–928.
ÖDEGAARD, F. 2000: How many species of arthropods? Erwin’s estimate revisited. – Biological Journal
of the Linnean Society 71, 583–597.
PENTINSAARI, M., HEBERT, P. D. N. & M. MUTANEN 2014: Barcoding beetles: a regional survey of 1872
species reveals high identification success and unusally deep interspecific divergences. – PLOS
ONE 9, e108651 (10 pp).
PUILLANDRE, N., LAMBERT, A., BROUILLET, S. & G. ACHAZ 2012: ABGD, Automatic Barcode Gap Dis-
covery for primary species delimitation. – Molecular Ecology 21 (8), 1864–1877.
RATNASINGHAM, S. & P.D.N. HEBERT 2013: A DNA-based registry for all animal species: the Barcode
Index Number (BIN) system. – PLOS ONE 8 (7), e66213 (16 pp).
SCHMIDT, S., SCHMID-EGGER, C., MORINIÈRE, J., HASZPRUNAR, G. & P. D. N. HEBERT 2015: DNA bar-
coding largely supports 250 years of classical taxonomy: identifications for Central European bees
(Hymenoptera, Apoidea partim). – Molecular Ecology Resources 15 (4), 985–1000.
STORK, N.E., MCBROOM, J., GELY, C. & HAMILTON, A.J. 2015: New approaches narrow global species
estimates for beetles, insects, and terrestrial arthropods. – PNAS June 16, 2015 112 (24) 7519–
7523; first published June 1, 2015; https://doi.org/10.1073/pnas.1502408112.
WUEHRL, L., PYLATIUK, C., GIERSCH, M., LAPP, F., VON RINTELEN, T., BALKE, M., SCHMIDT, S., CERRETTI,
P. & R. MEIER 2021: DiversityScanner: Robotic discovery of small invertebrates with machine
learning methods. bioRxiv, 2021.05.17.444523.
Anschriften der Verfasser:
M.Sc. Caroline CHIMENO Dieter DOCZKAL Prof. Dr. Gerhard HASZPRUNAR
Münchhausenstraße 21 Münchhausenstraße 2 Münchhausenstraße 21
81247 München, Deutschland 81247 München, Deutschland 81247 München, Deutschland
E-Mail: chimeno@snsb.de E-Mail: doczkal@snsb.de E-Mail: haszprunar@snsb.de
Dr. Axel HAUSMANN Dr. Mathias JASCHHOF Dr. Marion KOTRBA
Münchhausenstraße 21 Ölands Skogsby 161 Münchhausenstraße 21
81247 München, Deutschland 38693 Färjestaden, Schweden 81247 München, Deutschland
E-Mail: hausmann.a@snsb.de E-Mail: mjaschhof@yahoo.de E-Mail: kotrba@snsb.de
Kate PEREZ Dr. habil. Michael RAUPACH Dr. Stefan SCHMIDT
50 Stone Road East Münchhausenstraße 21 Münchhausenstraße 21
Guelph, Ontario, N1G2W1, 81247 München, Deutschland 81247 München, Deutschland
Kanada E-Mail: raupach@snsb.de E-Mail: schmidt.s@snsb.de
E-Mail: kperez@uoguelph.ca
ResearchGate has not been able to resolve any citations for this publication.
Article
Full-text available
This study summarizes results of a DNA barcoding campaign on German Diptera, involving analysis of 45,040 specimens. The resultant DNA barcode library includes records for 2,453 named species comprising a total of 5,200 BINs, including 2,700 CO1 haplotype clusters without species level assignment, so called “dark taxa”. Overall, 88 out of 117 families (75%) recorded from Germany were covered, more than 50% of the 9,544 known species of Diptera Germany. Until now, most of these families, especially the most diverse ones, have been taxonomically inaccessible because of the lack of specialists. By contrast, within a few years this study provided an intermediate taxonomic system for half of the German Dipteran fauna, which will provide a useful foundation for subsequent detailed, integrative taxonomic studies. Using DNA extracts derived from bulk collections made by Malaise traps, we further demonstrate that species delineation using BINs and OTUs constitutes an effective method for biodiversity studies using DNA metabarcoding. As the reference libraries will continue to grow, and gaps in the species catalogue will be filled, BIN lists assembled by metabarcoding will gain incremental taxonomic resolution. The present study has three main goals: (1) provide a DNA barcode library for 5,200 BINs of Diptera; (2) demonstrate by the example of bulk extractions from a Malaise Trap experiment, that DNA barcode clusters, labelled with globally unique identifiers (such as OTUs and/or BINs), provide a pragmatic, accurate solution to the ‘taxonomic impediment’; and (3) demonstrate that interim names based on BINs and OTUs obtained through metabarcoding is an effective method for studies on species‐rich groups that are usually neglected in biodiversity research projects because of their unresolved taxonomy. This article is protected by copyright. All rights reserved.
Article
Full-text available
Significance Many suggest we are approaching a sixth mass extinction event, and yet estimates of how many species exist, and thus how many might become extinct, vary by as much as an order of magnitude. There are few statistically robust methods to estimate global species richness, and here we introduce several new methods, including one that builds on the observation that larger species are often described before smaller species. We combine these, giving equal weight to each, to provide mean global species estimates for the most speciose order, class, and phylum on Earth, beetles, insects, and arthropods (terrestrial). We attempt to aid conservation planning by broadening the range of methods used and bringing greater stability to global estimates for these taxa.
Article
Full-text available
This study presents DNA barcode records for 4118 specimens representing 561 species of bees belonging to the six families of Apoidea (Andrenidae, Apidae, Colletidae, Halictidae, Megachilidae and Melittidae) found in Central Europe. These records provide fully compliant barcode sequences for 503 of the 571 bee species in the German fauna and partial sequences for 43 more. The barcode results are largely congruent with traditional taxonomy as only five closely allied pairs of species could not be discriminated by barcodes. As well, 90% of the species possessed sufficiently deep sequence divergence to be assigned to a different Barcode Index Number (BIN). In fact, 56 species (11%) were assigned to two or more BINs reflecting the high levels of intraspecific divergence among their component specimens. Fifty other species (9.7%) shared the same Barcode Index Number with one or more species, but most of these species belonged to a distinct barcode cluster within a particular BIN. The barcode data contributed to clarifying the status of nearly half the examined taxonomically problematic species of bees in the German fauna. Based on these results, the role of DNA barcoding as a tool for current and future taxonomic work is discussed. © 2015 The Authors. Molecular Ecology Resources Published by John Wiley Sons & Ltd.
Article
Full-text available
Because many animal species are undescribed, and because the identification of known species is often difficult, interim taxonomic nomenclature has often been used in biodiversity analysis. By assigning individuals to presumptive species, called operational taxonomic units (OTUs), these systems speed investigations into the patterning of biodiversity and enable studies that would otherwise be impossible. Although OTUs have conventionally been separated through their morphological divergence, DNA-based delineations are not only feasible, but have important advantages. OTU designation can be automated, data can be readily archived, and results can be easily compared among investigations. This study exploits these attributes to develop a persistent, species-level taxonomic registry for the animal kingdom based on the analysis of patterns of nucleotide variation in the barcode region of the cytochrome c oxidase I (COI) gene. It begins by examining the correspondence between groups of specimens identified to a species through prior taxonomic work and those inferred from the analysis of COI sequence variation using one new (RESL) and four established (ABGD, CROP, GMYC, jMOTU) algorithms. It subsequently describes the implementation, and structural attributes of the Barcode Index Number (BIN) system. Aside from a pragmatic role in biodiversity assessments, BINs will aid revisionary taxonomy by flagging possible cases of synonymy, and by collating geographical information, descriptive metadata, and images for specimens that are likely to belong to the same species, even if it is undescribed. More than 274,000 BIN web pages are now available, creating a biodiversity resource that is positioned for rapid growth.
Article
Full-text available
The diversity of life is one of the most striking aspects of our planet; hence knowing how many species inhabit Earth is among the most fundamental questions in science. Yet the answer to this question remains enigmatic, as efforts to sample the world's biodiversity to date have been limited and thus have precluded direct quantification of global species richness, and because indirect estimates rely on assumptions that have proven highly controversial. Here we show that the higher taxonomic classification of species (i.e., the assignment of species to phylum, class, order, family, and genus) follows a consistent and predictable pattern from which the total number of species in a taxonomic group can be estimated. This approach was validated against well-known taxa, and when applied to all domains of life, it predicts ~8.7 million (± 1.3 million SE) eukaryotic species globally, of which ~2.2 million (± 0.18 million SE) are marine. In spite of 250 years of taxonomic classification and over 1.2 million species already catalogued in a central database, our results suggest that some 86% of existing species on Earth and 91% of species in the ocean still await description. Renewed interest in further exploration and taxonomy is required if this significant gap in our knowledge of life on Earth is to be closed.
Article
Erwin's much debated estimate of 30 million species of arthropods is revised. The original estimate is based on the evaluation of host specificity of guilds in beetle samples, and subsequent hierarchical ratio extrapolations. The growing number of studies including mass sampling of arthropods have provided several data sets suitable for obtaining an empirical basis of this estimate. The structure in this modified version is somewhat changed compared to the original estimate in order to make each hierarchical step more easily testable. Plant species are separated into different growth forms, and host specificity measures are based only on phytophagous species. Effective specialization is applied as a measure of host specificity to correct for the fauna shared between plant species. A between community correction factor is applied to correct for differences in host specificity at different spatial scales. There are still great uncertainties attended with such estimates. The largest problems refer to the between community correction factor and the proportion of canopy species to total species. Further work on host specificity and the least known hyperdiverse groups are also needed. The revised version of the estimate does not support hyperestimates of 30 100 million species. Rather, it compares nicely with estimates derived from other estimation methods, indicating a global arthropod species richness of 5–10 million species.
Article
Some simple formulae were obtained which enable us to estimate evolutionary distances in terms of the number of nucleotide substitutions (and, also, the evolutionary rates when the divergence times are known). In comparing a pair of nucleotide sequences, we distinguish two types of differences; if homologous sites are occupied by different nucleotide bases but both are purines or both pyrimidines, the difference is called type I (or "transition" type), while, if one of the two is a purine and the other is a pyrimidine, the difference is called type II (or "transversion" type). Letting P and Q be respectively the fractions of nucleotide sites showing type I and type II differences between two sequences compared, then the evolutionary distance per site is K = -(1/2) ln [(1-2P-Q) square root of 1-2Q]. The evolutionary rate per year is then given by k = K/(2T), where T is the time since the divergence of the two sequences. If only the third codon positions are compared, the synonymous component of the evolutionary base substitutions per site is estimated by K'S = -(1/2) ln (1-2P-Q). Also, formulae for standard errors were obtained. Some examples were worked out using reported globin sequences to show that synonymous substitutions occur at much higher rates than amino acid-altering substitutions in evolution.
Deutschland 38693 Färjestaden
  • München
München, Deutschland 38693 Färjestaden, Schweden 81247 München, Deutschland E-Mail: hausmann.a@snsb.de E-Mail: mjaschhof@yahoo.de E-Mail: kotrba@snsb.de
Deutschland 81247 München
  • Guelph
  • Ontario
  • München
Guelph, Ontario, N1G2W1, 81247 München, Deutschland 81247 München, Deutschland Kanada E-Mail: raupach@snsb.de E-Mail: schmidt.s@snsb.de E-Mail: kperez@uoguelph.ca