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Évaluation de l’état de conservation des bas-marais calcaires d’intérêt communautaire. Cahiers d’évaluation à l’échelle des sites Natura 2000 - Version 3

Authors:
Hugo Clément at French National Institute for Agriculture, Food, and Environment (INRAE)
Hugo Clément
Mathilde Reich
Mathilde Reich
François Botcazou
François Botcazou
Baptiste Crouzeix
Baptiste Crouzeix
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Abstract and Figures

Publication - ÉVALUATION DE L’ÉTAT DE CONSERVATION DES BAS-MARAIS CALCAIRES – VERSION FINALE. Les grilles d’évaluation proposées pour évaluer l’état de conservation des bas-marais calcaires d’intérêt communautaire présents sur le territoire métropolitain ont été finalisées. http://www.patrinat.fr/fr/actualites/evaluation-de-letat-de-conservation-des-bas-marais-calcaires-version-finale-6974
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Hugo Clément, Mathilde Reich, François
Botcazou, Baptiste Crouzeix, Margaux
Mistarz et Julie Garcin
Janvier 2022
Évaluation de l’état de
conservation des bas-marais
calcaires d’intérêt communautaire
Cahiers d’évaluation à l’échelle des sites Natura
2000
Version 3
Méthode
d'évaluation
État de
conservation
2
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PATRIMOINE NATUREL
3
L’UMS Patrimoine naturel - PatriNat
Centre d’expertise et de données sur la nature
Depuis janvier 2017, l'Unité Mixte de Service Patrimoine naturel assure des missions d’expertise et de gestion des
connaissances pour ses trois tutelles, que sont le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), l’Office français pour
la biodiversité (OFB) et le Centre national de la recherche scientifique (CNRS).
Son objectif est de fournir une expertise fondée sur la collecte et l’analyse de données de la biodiversité et de la
géodiversité présentes sur le territoire français, et sur la maitrise et l’apport de nouvelles connaissances en écologie,
sciences de l'évolution et anthropologie. Cette expertise, établie sur une approche scientifique, doit contribuer à faire
émerger les questions et à proposer les réponses permettant d’améliorer les politiques publiques portant sur la
biodiversité, la géodiversité et leurs relations avec les sociétés et les humains.
En savoir plus : patrinat.fr
Co-directeurs :
Laurent PONCET, directeur en charge du centre de données
Julien TOUROULT, directeur en charge des rapportages et de la valorisation
Inventaire National du Patrimoine Naturel
Porté par l’UMS PatriNat, cet inventaire est l'aboutissement d'une démarche qui associe scientifiques, collectivités
territoriales, naturalistes et associations de protection de la nature, en vue d'établir une synthèse sur le patrimoine
naturel en France. Les données fournies par les partenaires sont organisées, gérées, validées et diffusées par le MNHN.
Ce système est un dispositif clé du Système d'Information sur la Biodiversité (SIB), dans lequel s’inscrivent notamment
le Système d’information sur la Nature et les Paysages (SINP) et l'Observatoire National de la Biodiversité (ONB).
Afin de gérer cette importante source d'informations, le Muséum a construit une base de données permettant
d'unifier les données à l’aide de référentiels taxonomiques, géographiques et administratifs. Il est ainsi possible
d'accéder à des listes d'espèces par commune, par espace protégé ou par maille de 10x10 km. Grâce à ces systèmes
de référence, il est possible de produire des synthèses, quelle que soit la source d'information.
Ce système d'information permet de consolider des informations qui étaient jusqu'à présent dispersées. Il concerne
la métropole et l'outre-mer, aussi bien sur la partie terrestre que marine. C’est une contribution majeure pour la
connaissance naturaliste, l'expertise, la recherche en macroécologie et l'élaboration de stratégies de conservation
efficaces du patrimoine naturel.
En savoir plus : inpn.mnhn.fr
4
Remerciements
Un grand merci à tous les experts et gestionnaires qui ont suivi l’étude depuis 2017 : Sylvain Abdulhak (CBNA),
Jérémie Van Es (CBNA), David Paulin (CBNA), Noémie Fort (CBNA), Véronique Bonnet (CBNA), Lucile Vahé (CBNA),
Thomas Legland (CBNA), Luc Garraud (CBNA), Florent Arthaud (USMB), Guillaume Choisnet (CBNMC), Pauline D’Adamo
(PNRPC), Jean-Christophe Hauguel (CBNBl), Raphaël Coulombel (CBNBl), Emmanuel Cléré (CBNBl), Jean-Michel Lecron
(CBNBl), Jérémy Lebrun (CEN Picardie), Nicolas Caron (CEN Picardie), Thomas Cheyrezy (CEN Picardie), Christophe
Galet (SMOA), Rémi Collaud (CBNFC-ORI), Gilles Bailly (CBNFC-ORI), Leslie Ferreira (CBNBP), Sébastien Filoche (CBNBP),
Guillaume Billod (CBNBP), Frédéric Hendoux (CBNBP), Emilie Weber (CBNBP), Pascal Amblard (CBNBP), Olivier Bardet
(CBNBP), Marie Leblanc (CBNBP), Florient Desmoulin (CBNBP), David Bécu (CEN CA), Michel Billod (CEN CA), Guillaume
Geneste (CEN CA), Romaric Leconte (CEN CA), Dominique Lopez-Pinot (ASTERS), Olivier Billant (ASTERS), Anthony
Garcia (CEN RA), Marie-José Trivaudey-Vergon (DREAL Bourgogne-Franche-Comté), Pierre Durlet (PNR Haut-Jura),
Vincent Gaudillat (UMS Patrinat), Rémy Poncet (UMS Patrinat), Jean-Christophe De Massary (UMS Patrinat), Pascal
Dupont (UMS Patrinat), Jean-Jacques Boutteaux (ONF), Matthieu Perrez (ONF), Frédéric Brendel (ONF), Fabrice Darinot
(Marais de Lavours), Charlotte Horon (SIGEA), Charlotte Dubreuil (SIAEBVELG), Vincent Labourel (CEN Aquitaine),
Anthony Le Fouler (CBNSA), Pierre Lafon (CBNSA), Marie Caillaud (CBNSA), Sébastien Lecuyer (La Roselière), François
Sargos (SEPANSO), Valentine Dupont (GEREPI), Arnaud Duranel (University College London), Pierre Goubet (Cabinet
Pierre Goubet), Ludovic Olicard (CBNPMP), Catherine Brau-Nogué (CBNPMP), François Prud’homme (CBNPMP), Marta
Infante Sanchez (CBNPMP), Antonin Videau (CBNPMP), Guillaume Doucet (CEN B), Renaud Jaunatre (INRAE), Nadège
Popoff (INRAE), Virginie Bourgoin (CEN Savoie), Manuel Bouron (CEN Savoie), Philippe Freydier (CEN Savoie), Jérôme
Porteret (CEN Savoie), Camille Gaudin (PNR Vexin Français), Laura Granato (CEN PACA), Lydie Labrosse (SM3A), Adrien
Messean (CEN Hauts-de-France), Florence Niel (PNR Vercors), Olivier Argagnon (CBNméd), Henri Michaud (CBNméd),
Benoît Offerhaus (CBNméd), Nolwenn Quilliec (RNN Coteaux de la Seine), Adèle Rauzier (PN Mercantour), Séverine
Guyot (SMIXDD), Julie Lambrey (PNFCB), Coraline Fillet (CATZH), Jean-Michel Parde (AREMIP) et Jéremy Thevin
(CATZH).
Merci à Isabelle Witté (UMS Patrinat) et Valentina Cima (UMS Patrinat) pour leur accompagnement sur les aspects
statistiques.
Merci à Farid Bensettiti (UMS Patrinat) et Stanislas Wroza (UMS Patrinat) pour leur relecture, Jérôme Millet (OFB)
pour les conventions, Mélanie Hubert (UMS Patrinat), Sylvie Chevallier (UMS Patrinat) et Fabienne Rue (UMS Patrinat)
pour les aspects administratifs.
Merci à Pierre Boudier, Stéphane Leclerc (Société québécoise de bryologie), Alain Couté (UMR 7245 CNRS-MNHN),
Catherine Perrette (UMR 7245 CNRS-MNHN) et Pierre Noël (UMS Patrinat) pour leur contribution aux illustrations.
Merci aux différents tuteurs universitaires d’avoir accompagné les étudiants sur la thématique depuis 2017 : Marc
Philippe (CNRS), Magalie Gérino (EcoLab), Roger Marciau (GENTIANA), Sébastien Gallet (UBO) et Sandrine Chauchard
(UMR SILVA).
Enfin, merci à tous nos collègues de Brunoy et à tous les stagiaires et vacataires qui s’y sont succédés depuis 2017.
5
Sommaire
Préambule ........................................................................................................................................................................ 7
1 Évaluer l’état de conservation, une obligation dans les droits européen et français ................................................ 9
1.1 Au niveau européen ............................................................................................................................................... 9
1.2 Au niveau national ............................................................................................................................................... 10
2 Définition des habitats et états de référence ............................................................................................................. 12
2.1 Typologie et réflexions sur la notion d’habitat…………………………………………………………………………………………………12
2.2 Choisir les états de conservation favorables d’un habitat à l’échelle de son site Natura 2000 .......................... 14
2.3 …et les états de référence ................................................................................................................................... 15
3 Principe méthodologique de l’évaluation à l’échelle des sites Natura 2000 ............................................................ 16
3.1 D’une évaluation à l’échelle du polygone ............................................................................................................ 16
3.2 …à une évaluation à l’échelle du site Natura 2000 .............................................................................................. 20
3.2.1 Proportions des placettes en différents états de conservation .................................................................... 21
3.2.2 Moyenne des notes de l’ensemble des placettes .......................................................................................... 22
3.2.3 Distribution des placettes sur le gradient d’état de conservation ................................................................ 23
3.2.4 Diagramme en étoile...................................................................................................................................... 23
3.2.5 Répartition des placettes par indicateur ....................................................................................................... 24
3.2.6 Cartographie des placettes ............................................................................................................................ 24
3.3 Trouver le bon compromis entre coûts et efficacité .......................................................................................... 25
4 Les bas-marais calcaires, habitats d’intérêt communautaire .................................................................................... 26
4.1 Définitions ............................................................................................................................................................ 26
4.2 L’étude des tourbières, une approche pluridisciplinaire ..................................................................................... 29
4.3 Services écosystémiques fournis par les tourbières ............................................................................................ 29
4.4 Des milieux façonnés par les activités humaines ................................................................................................ 31
4.5 Les bas-marais calcaires d’intérêt communautaire ............................................................................................. 31
5 Processus d’élaboration des grilles d’évaluation, concept et application aux bas-marais calcaires ....................... 32
5.1 Phase préparatoire .............................................................................................................................................. 33
5.1.1 Choix des critères et indicateurs .................................................................................................................... 33
5.1.2 Choix des sites tests ....................................................................................................................................... 36
5.2 Phase de test des indicateurs sur le terrain ......................................................................................................... 37
5.2.1 Objectifs ......................................................................................................................................................... 37
5.2.2 Le relevé phytosociologique, un outil efficace car synthétique .................................................................... 38
5.2.3 Sondages pédologiques ................................................................................................................................. 40
5.2.4 Biais observateur ........................................................................................................................................... 41
5.3 Analyses des données et validation ..................................................................................................................... 42
5.3.1 Conversion des données brutes ..................................................................................................................... 42
6
5.3.2 Analyses statistiques ...................................................................................................................................... 42
6 Discussion générale ..................................................................................................................................................... 46
6.1 Des méthodes simples pour une réalité complexe.............................................................................................. 46
6.2 Des méthodes évolutives et adaptables .............................................................................................................. 47
6.3 Le choix des états de référence aux échelles nationale et de l’habitat générique ............................................. 47
6.4 La stratégie de l’Union européenne en faveur de la biodiversité à l’horizon 2030……………………………………………48
7 Conclusion.................................................................................................................................................................... 49
Bibliographie .................................................................................................................................................................. 50
État de conservation des « Marais calcaires à Cladium mariscus et espèces du Caricion davallianae » (UE 7210*) ……
Guide d’évaluation à l’échelle des sites Natura 2000………………………………………………………………………………………………….61
État de conservation des « Sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) » (UE 7220*). Guide
d’évaluation à l’échelle des sites Natura 2000 ............................................................................................................... 86
État de conservation des « Tourbières basses alcalines » (UE 7230). Guide d’évaluation à l’échelle des sites Natura
2000………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..124
État de conservation des « Formations pionnières alpines du Caricion bicoloris-atrofuscae » (UE 7240*). Guide
d’évaluation à l’échelle des sites Natura 2000………………………………………………………………………………………………………...158
7
Préambule
La dégradation des habitats naturels est un problème majeur à l’échelle mondiale. Les écosystèmes continuent
d’être dégradés, malgré leur importance reconnue pour la biodiversité (IUCN, 2016). Les principales menaces
identifiées sont le changement d’utilisation des terres, l’exploitation directe des êtres vivants, le changement
climatique, les pollutions et les espèces exotiques envahissantes (EEE) (IPBES, 2019).
Depuis 1900, plus de deux tiers des zones humides ont disparu (IUCN, 2015). Les pertes plus récentes sont encore
plus rapides : 0,8 % de la surface perdue par an entre 1970 et 2008 (IPBES, 2019). Du fait de leur importance écologique
et de cette régression rapide, la convention de Ramsar de 1971 engage les États membres à l’utilisation rationnelle
des zones humides, à la bonne gestion des zones humides d’importance internationale, et à la coopération
internationale pour la protection des zones humides transfrontières (Ramsar Convention Secretariat, 2016). Plusieurs
accords ont ensuite été conclus au niveau international afin de préserver les écosystèmes naturels, dont le Programme
des Nations unies pour l’environnement (PNUE) de 1972, qui vise le développement économique des pays tout en
prenant en compte l’environnement (PNUE, 1972). Le PNUE amène pour la première fois les problèmes écologiques à
l’échelle internationale. En 1992, c’est la Convention sur la diversité biologique qui est adoptée lors du sommet de la
Terre à Rio de Janeiro afin de fixer un cadre international de conservation de la biodiversité, d’utilisation durable des
éléments naturels, ainsi que de partage juste et équitable des avantages découlant de l’utilisation des ressources
génétiques (Nations Unies, 1992). Malgré tout, il ressort que les zones humides sont particulièrement impactées à
l’échelle mondiale. Seulement 13 % de leur surface présente en 1700 perdurait en 2000 (IPBES, 2019).
À l’échelle européenne, la directive « Habitats-Faune-Flore » (DHFF) a été adoptée le 21 mai 1992 (Conseil de la
CEE, 1992). Elle vise la préservation des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvages. Un outil européen de
conservation des habitats, de la faune et de la flore a été créé suite à cette démarche, le réseau Natura 2000. Au sein
du réseau, l’évaluation de l’état de conservation des espèces et des habitats est une obligation communautaire à
l’échelle du territoire métropolitain (article R.414-11 du Code de l’environnement) (Anonyme, 2008), suite à la
transposition de la DHFF dans le Droit français. Le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) a ainsi été sollicité
par le Ministère en charge de l’Écologie pour la mise en place de méthodologies d’évaluation de l’état de conservation
des habitats d’intérêt communautaire (HIC) présents dans les sites Natura 2000.
Les résultats des diagnostics locaux de l’état de conservation des habitats et espèces de chaque site Natura 2000
sont inclus dans le Document d’objectifs (DOCOB), qui permet de fixer les objectifs de conservation de la biodiversité
et de gestion de chaque site. L’UMS Patrinat (OFB/CNRS/MNHN) a engagé depuis 2008 des réflexions autour des
méthodologies d’évaluation de l’état de conservation des HIC. Plusieurs méthodologies ont été initiées ou mises en
place, sur les habitats forestiers (Carnino, 2009 ; Maciejewski, 2016), les dunes (Goffé, 2011), les habitats marins
(Lepareur, 2011 ; Le Floc’h, 2015), les lagunes côtières (Lepareur et al., 2013 ; Lepareur et al., 2018), les habitats
agropastoraux (Maciejewski, 2012 ; Maciejewski et al., 2013 ; Maciejewski et al., 2015), les habitats des eaux courantes
(Viry, 2013), les eaux dormantes (Charles et Viry, 2015 ; Mistarz, 2016 ; Latour, 2018 ; Mistarz et Latour, 2019), les
habitats tourbeux (Epicoco et Viry, 2015 ; Clément, 2017 ; Garcin, 2018 ; Reich, 2019 ; Clément et al., 2020 ; Botcazou,
2020 ; Clément et al., 2021 ; Crouzeix, 2021) et les landes humides (Grivel, 2019 ; Mistarz et Grivel, 2020).
8
Au niveau national, les milieux humides tels que les landes, les marais, les forêts humides et les tourbières
représentaient 3 % du territoire en 2015 (Eaufrance, 2015). L’urbanisation, le drainage, l’agriculture intensive, les
prélèvements de ressources et la pollution sont les principales causes de régression des milieux humides, dont les
tourbières font partie (Manneville et al., 2006 ; Ten Brink et al., 2013). En France, environ la moitié des tourbières a
disparu depuis 1945 (Bensettiti et al., 2002 ; Manneville et al., 2006). Aujourd’hui, leur surface est actuellement
estimée entre 60 000 ha et 100 000 ha sur l’ensemble du territoire métropolitain (Pôle Relais Tourbières, 2020). Elles
fournissent pourtant des services écosystémiques essentiels tels que le stockage du carbone, l’épuration des eaux, etc.
(De Groot et al., 2007 ; Barbier, 2011 ; UICN, 2012). Leur conservation et/ou restauration est nécessaire à l’atteinte
des objectifs de développement durable (UICN, 2017).
Plusieurs études se sont intéressées à la proposition d’indicateurs permettant d’évaluer l’état de conservation des
habitats tourbeux aux échelles nationale et locale (Epicoco et Viry, 2015 ; Lesniak, 2016 ; Doucet, 2019 ; Clément et
al., 2020 ; Botcazou, 2020 ; Clément et al., 2021 ; Crouzeix, 2021 ; etc.). L’outil d’évaluation est une aide aux
gestionnaires afin de définir les priorités d’intervention et les paramètres sur lesquels agir, de s’assurer de l’efficacité
des mesures de gestion mises en œuvre et de définir le « bon état » de conservation. Ces travaux résultent de
recherches bibliographiques et de tests sur le terrain visant à produire un cadre méthodologique pour l’évaluation de
l’état de conservation des habitats tourbeux d’intérêt communautaire suivants :
- Les tourbières acides à sphaignes
o Tourbières hautes actives (UE 7110*) ;
o Tourbières hautes dégradées encore susceptibles de régénération naturelle (UE 7120) ;
o Tourbières de couverture (UE 7130) ;
o Tourbières de transition et tremblantes (UE 7140) ;
o Dépressions sur substrats tourbeux du Rhynchosporion (UE 7150).
- Les bas-marais calcaires
o Marais calcaires à Cladium mariscus et espèces du Caricion davallianae (UE 7210*) ;
o Sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) (UE 7220*) ;
o Tourbières basses alcalines (UE 7230) ;
o Formations pionnières alpines du Caricion bicoloris-atrofuscae (UE 7240*).
Ce document fait suite à la seconde version des Cahiers d’évaluation des bas-marais calcaires (Clément et al., 2021).
Il vise à exposer les concepts et définitions propres à l’évaluation de l’état de conservation des bas-marais calcaires
d’intérêt communautaire à l’échelle des sites Natura 2000. Cette première partie a également pour but de mettre en
exergue les perspectives et orientations à donner aux travaux futurs. Dans une seconde partie, sont proposés des
guides pratiques d’application de la méthodologie d’évaluation de l’état de conservation pour chaque habitat de bas-
marais calcaires d’intérêt communautaire précédemment cité (Figure 1). Ce rapport final s’adresse aux gestionnaires
de site Natura 2000 et à toute personne désireuse de mener une réflexion sur cette thématique.
9
1 Évaluer l’état de conservation, une obligation dans les droits
européen et français
1.1 Au niveau européen
À l’échelle européenne, la convention de Berne de 1979 fixe les bases de la conservation de la vie sauvage et des
milieux naturels (Conseil de l’Europe, 1979). Suite à cette première convention, la DHFF a été adoptée le 21 mai 1992
(Conseil de la CEE, 1992). Elle vise à préserver les habitats naturels, la faune et la flore sauvages. Elle vient ainsi s’ajouter
à la Directive « Oiseaux » (DO) de 1979 (Conseil de la CEE, 1979), dont l’objectif est la conservation des oiseaux
sauvages. Un outil européen de conservation des habitats, de la faune et de la flore a été créé suite à cette démarche,
le réseau Natura 2000. Celui-ci vise à empêcher la perte de biodiversité, tout en considérant l’homme à part entière
dans l’écosystème. Le réseau Natura 2000 est composé de Zones de Protection spéciale (ZPS) au titre de la DO et de
Zones spéciales de conservation (ZSC) au titre de la DHFF. En 2017, le réseau couvrait 18,15 % de la surface du territoire
de l’Union européenne (UE) et 6 % de la surface marine associée (Peters et von Unger, 2017). Les ZSC, désignées de
façon réglementaire, administrative et/ou contractuelle à partir de sites d’importance communautaire (SIC), sont des
zones sur lesquelles s’appliquent des mesures de gestion conservatoires en vue du maintien ou de la restauration dans
un état de conservation favorable des habitats et des populations d’espèces (art. 1, DHFF) listés en Annexes I et II de
la DHFF (soit 230 habitats, ainsi que 1 200 espèces végétales et animales). En effet, la protection des aires est une
politique de conservation classique s’appuyant sur le postulat qu’une aire protégée permet de conserver les habitats
et les espèces menacés qui lui sont associés (Bartula et al., 2011). La DHFF s’inscrit dans une démarche de
développement durable en protégeant l’environnement tout en prenant en compte les aspects socio-économiques
propres à chaque région (art. 2).
L’article 1 de la DHFF définit la notion d’ « habitats naturels » comme étant « des zones terrestres ou aquatiques se
distinguant par leurs caractéristiques géographiques, abiotiques et biotiques, qu'elles soient entièrement naturelles ou
INFORMATIONS APPORTEES ÉCHELLE
Assèchement, eutrophisation, dynamique et structure de
l'habitat
Placette
Assèchement, eutrophisation, dynamique et structure de
l'habitat
Placette
Eutrophisation Placette
Qualité de l'eau, fonctionnalité biologique, connectivité
des milieux
Placette
Site
Placette
Activité turfigène, pérennité de l'habitat, hauteur de
nappe
Zone tourbeuse
Assèchement, drainage, dynamique et pérennité de
l'habitat
Dynamique et pérennité de l'habitat, fonctionnement
hydrologique, acidification
Trophie du système, minéralisation de la tourbe
Placette
Placette
CRITERE
INDICATEURS
Surface couverte
Évolution de la surface couverte
Fonctionnement général, perspectives, pérennité de
l'habitat et des espèces, dynamique de l'habitat
Altérations
Atteintes
"diffuses"
Sondage pédologique (% de fibres)
Indice F moyen d'Ellenberg
Recouvrement des espèces eutrophiles (%)
Recouvrement des espèces d'hélophytes à
caractère envahissant (%)
Atteintes lourdes
Recouvrement des atteintes dont l'impact peut
être quantifié en surface
Nombre d'espèces eutrophiles
Composition
faunistique
Recouvrement des Sphaignes (%)
Site
Fonctionnement général, capacité de résilience,
pérennité de l'habitat
Présence d'invertébrés (bonus)
Recouvrement des espèces ligneuses (%)
Atteintes dont l'impact est difficilement
quantifiable en surface
Présence d'amphibiens (bonus)
Qualité de l'eau, fonctionnement général
Placette
Polygone/Tronçon
Fonctionnement général, connectivité, capacité de
résilience
Placette
Recouvrement des EEE (%)
Placette
Capacité de résilience, qualité et fonctionnement de
l'habitat
Hauteur de la nappe (cm)
Informe sur l'évolution de la hauteur d'eau,
l'hydroperiode
Zone tourbeuse
Placette
Placette
Eutrophisation
Assèchement, eutrophisation, dynamique et structure de
l'habitat
Placette
Dynamiques de comblement, fermeture du milieu,
pérennité de l'habitat, eutrophisation ?
Recouvrement des espèces en touradons (%)
Assèchement, eutrophisation, battement de nappe
Fonctionnement
hydrologique
Caractéristiques
du sol
Composition
floristique
Temperature de l'eau (°C)
Recouvrement des ligneux hauts (> 30 cm) (%)
Recouvrement des ligneux bas (< 30 cm) (%)
Surface
Structure et
fonctions
PARAMETRE
1. Description de
l’habitat
3. Grille d’indicateurs pour
l’évaluation
4. Description des
indicateurs, méthodes et
protocoles
2. Limites et états
de référence
Figure 1. Architecture des guides d’application de la méthode d’évaluation des bas-marais calcaires.
10
semi-naturelles » (Conseil de la CEE, 1992). L’état de conservation des habitats naturels y est également défini comme
« l'effet de l'ensemble des influences agissant sur un habitat naturel ainsi que sur les espèces typiques qu'il abrite, qui
peuvent affecter à long terme sa répartition naturelle, sa structure et ses fonctions ainsi que la survie à long terme de
ses espèces typiques (…) ».
Au titre de la DHFF, les habitats naturels sont considérés « d’intérêt communautaire », lorsqu’ils :
- « sont en danger de disparition dans leur aire de répartition naturelle ;
- ont une aire de répartition naturelle réduite par suite de leur régression ou en raison de leur aire intrinsèquement
restreinte » ;
- (…) constituent des exemples remarquables de caractéristiques propres à l'une ou à plusieurs des neuf régions
biogéographiques » (art. 1). Une région biogéographique est une zone géographique climatiquement et
écologiquement homogène du point de vue de l'occurrence des espèces, des écosystèmes, de l'environnement et de
la biodiversité (Udvardy, 1975).
Parmi ces HIC, se distinguent des HIC dits prioritaires (dont l’intitulé et le code sont marqués d’un astérisque à
l’Annexe I de la DHFF), particulièrement en danger de disparition. Les États membres concernés par ces HIC prioritaires
portent une responsabilité forte en raison de l’importance de leur aire de répartition sur leur territoire (art. 1).
L’article 17 de la DHFF, quant à lui, stipule que l’évaluation de l’état de conservation des HIC listés en Annexe I et
celle de l’ensemble des taxons des Annexes II, IV et V doit être effectuée tous les six ans au niveau biogéographique.
Cette évaluation est rendue à la Commission européenne (CE) sous forme d’un rapport (rapportage). Aujourd’hui,
seuls 14 % des HIC sont dans un état de conservation favorable (sur les 800 évaluations réalisées aux échelles
biogéographiques et par État membre) (EEA, 2020). Les États membres doivent également assurer la surveillance des
HIC présents sur leur territoire (art. 11) (Conseil de la CEE, 1992).
1.2 Au niveau national
La France métropolitaine possède quatre domaines biogéographiques terrestres (alpin, atlantique, continental et
méditerranéen) et deux régions biogéographiques marines (atlantique et méditerranéenne). Elle recense 131 habitats
listés en Annexe I de la DHFF (soit 57 % des HIC), et 159 espèces d’intérêt communautaire (EIC) listées en Annexe II
(soit 17 % des EIC) (MNHN, 2003-2020). En 2017, le réseau Natura 2000 couvrait 12,9 % du territoire métropolitain
terrestre et un tiers de la surface marine, soit 1 776 sites (ZPS et ZSC) (Figure 2) (Peters et von Unger, 2017). La France
est l’un des pays les plus riches d’Europe au niveau de la diversité biologique. En 2019, seuls un HIC sur cinq et une EIC
sur quatre était en état de conservation favorable au niveau biogéographique (Bensettiti et Gazay, 2019).
C’est dans ces contextes écologique, réglementaire et historique, qu’en 2005, les premiers livres du Code de
l’environnement français sont publiés. L’article R414-11 (Anonyme, 2008) notifie l’évaluation de l’état de conservation
des HIC et EIC pour chaque site Natura 2000. Il constitue une transposition de la DHFF dans le Droit français (Figure 3).
Les résultats de l’évaluation doivent notamment être retranscrits dans le DOCOB. En 2017, 97 % des sites étaient dotés
d’un DOCOB et 83 % étaient dotés d’un animateur en charge de la coordination des actions de préservation, de gestion
11
et de valorisation au quotidien (Peters et von Unger, 2017). Chaque site Natura 2000 désigné devrait normalement
être doté de ce document, qui constitue le plan de gestion du site. Toutes les décisions politiques (attributions des
aides agricoles et forestières, urbanisme, aménagement du territoire, etc.) s’appliquant sur un site Natura 2000
peuvent s’appuyer sur le DOCOB, qui doit présenter, notamment :
- l’état de conservation et les exigences écologiques des habitats et des espèces ayant justifié la désignation du site ;
- les objectifs de développement durable permettant d’assurer la conservation des habitats et des espèces et, si besoin,
leur restauration ;
- les modalités de suivi des mesures projetées, ainsi que les méthodes de surveillance des habitats et des espèces en
vue de l'évaluation de leur état de conservation ;
- des propositions de mesures permettant d'atteindre ces objectifs (Anonyme, 2008).
Afin de répondre aux objectifs réglementaires, le MNHN s’est vu confier par le ministère en charge de l’Écologie la
mise en place de méthodes standardisées pour évaluer l’état de conservation des HIC à l’échelle des sites Natura 2000,
sur l’ensemble du territoire métropolitain. Les données recueillies à l’échelle des sites peuvent également participer à
l’évaluation à l’échelle biogéographique. À l’heure actuelle, 98 % des HIC humides recensés sur le territoire
métropolitain sont couverts par une méthode d’évaluation ou ont fait l’objet d’une première approche
méthodologique. Le but recherché est la mise en place de méthodes pragmatiques, reproductibles et accessibles à
tous les opérateurs. Elles doivent fournir des éléments écologiques pertinents afin d’alimenter les débats concernant
la gestion des sites (Maciejewski et al., 2016). Le fait que l’évaluation de l’état de conservation des habitats soit
effectuée par différents experts implique la production d’une méthode standardisée si l’on veut diminuer le risque
d’interpréter la notion d’état de conservation de différentes manières (Bottin et al., 2005).
Figure 2. SIC proposés et ZPS désignées par la France au 30 juin 2020.
12
2 Définition des habitats et états de référence
2.1 Typologie et réflexions sur la notion d’habitat
L’habitat se compose essentiellement d’un compartiment stationnel (climat, physico-chimie, géologie, etc.), non-
dissociable d’une communauté d’organismes (faune, flore, fonge, etc.). Le travail de réflexion sur la méthodologie
d’évaluation de l’état de conservation des bas-marais calcaires d’intérêt communautaire requiert une définition
précise des objets évalués. À des fins conservatoires, il est nécessaire de positionner ces habitats au sein d’une
typologie, accompagnée d’une diagnose permettant de les identifier précisément sur le terrain. Utiliser/créer une
typologie permet de fixer les limites des habitats étudiés, objets d’étude sur lesquels vont s’appliquer les politiques de
conservation. Cette simplification nécessite de faire des choix qui ont des conséquences pour l’utilisateur.
Les objets évalués sont des habitats listés en Annexe I de la DHFF (Conseil de la CEE, 1992) et décrits dans
l’ « Interpretation manual of European habitats » (CE, 2013). Ils sont qualifiés d’habitats génériques. En France, ces
habitats génériques ont été déclinés en habitats élémentaires dans les Cahiers d’habitats humides (Bensettiti et al.,
2002). Ces habitats élémentaires traduisent la diversité écologique de l’habitat générique et les modes de gestion qui
s’y appliquent. Cette démarche vise à préciser la classification liée aux variations des habitats à l’échelle du territoire
métropolitain et permet ainsi une adaptation des modes de gestion conservatoire.
Rameau et al. (2000) font le lien entre « végétation » et « habitat » en précisant que « la végétation par son
caractère intégrateur permet de déterminer l’habitat, en lien avec les unités de végétation du système
phytosociologique ». Ainsi, la végétation permet de définir un habitat puisque dépendante des conditions
stationnelles. Cette définition permet également de reconnaître le rôle de la phytosociologie dans la caractérisation
Figure 3. Démarche globale d’évaluation de l’état de conservation des HIC, aux échelles biogéographique et des
sites Natura 2000.
13
des habitats terrestres (Maciejewski et al., 2016 ; Maciejewski et al., 2020). La phytosociologie est la science des
groupements végétaux, c’est-à-dire des syntaxons (Meddour, 2011). Ces syntaxons sont des unités de classification
hiérarchiques emboîtées où l’association végétale est la plus petite unité élémentaire (Figure 4). Le postulat de base
de la phytosociologie repose sur le fait que l’espèce végétale, voire mieux, l’association, est considérée comme le
meilleur intégrateur de toutes les composantes écologiques (climat, pédologie, activités humaines, etc.). Les habitats
de la DHFF correspondent à des unités syntaxonomiques. Ils sont identifiés et délimités spatialement par les
communautés végétales, souvent décrites au rang de l’alliance (Angiolini et al., 2016).
Il est reconnu que les communautés basales peuvent être rattachées à des HIC si elles y sont
phytosociologiquement rattachées. Selon Beslin et al. (2012), une communauté basale est « (…) une végétation dont
la composition ne permet pas son rattachement à un syntaxon élémentaire (association ou sous-association) car elle
n’en possède pas la combinaison caractéristique. Elle est alors rattachée à une unité supérieure du synsystème qui sera,
selon la spécificité du cortège floristique au niveau de l’alliance, l’ordre voire la classe ». Ces communautés peuvent
alors être considérées comme très jeunes, ou comme de mauvais états de conservation de l’habitat car très perturbées
(Choisnet et al., 2017). Si les informations phytosociologiques sont insuffisantes, ces communautés ne peuvent être
rattachées à un HIC.
Bien que définie dans la DHFF, la notion d’habitat reste difficile à appréhender sur le terrain de par sa dynamique
à la fois spatiale et temporelle. La définition peut aussi parfois conduire à certaines imprécisions au niveau local du fait
d’une vision à la fois nord-européenne et centrale-européenne de la DHFF (Angiolini et al., 2016). Aussi, depuis la
publication des Cahiers d’habitats humides (Bensettiti et al., 2002), des problèmes d’interprétation et de définition
des habitats sur le terrain ont été soulevés aux échelles locales (exceptions, habitats possédant les caractéristiques de
Figure 4. Hiérarchisation simplifiée des unités syntaxonomiques, de la classe à l’association, illustrée par une
association de tourbière basse alcaline.
14
plusieurs habitats génériques, erreurs d’interprétation, etc.). Pourtant, une identification précise des habitats sur le
terrain est un prérequis indispensable à l’application d’une méthodologie d’évaluation de l’état de conservation
adaptée. Une réactualisation de l’interprétation des HIC est en cours (Gaudillat et al., 2018) afin de pallier aux
difficultés d’identification. Par ailleurs, plusieurs outils sont disponibles aux échelles régionales tels que les catalogues
de végétations (Catteau et al., 2009 ; Fernez et al., 2015 ; etc.). Ces derniers ont pour but d’aider à l’identification des
habitats et à leur rattachement à un code dans la typologie EUR28 (EC, 2013).
2.2 Choisir les états de conservation favorables d’un habitat à l’échelle de
son site Natura 2000…
L’évaluation de l’état de conservation d’un habitat nécessite l’évaluation de ses composantes, mais aussi des
interactions entre ses composantes et l’environnement (Maciejewski et al., 2016). Au titre de la DHFF, l’état de
conservation d’un habitat naturel est favorable lorsque son aire de répartition et la surface couverte par l’habitat au
sein de cette aire sont stables ou en extension, lorsque les structures et fonctions nécessaires à son existence sont
susceptibles de se maintenir dans le temps, et lorsque ses espèces typiques sont en bon état (Conseil de la CEE, 1992).
Cette définition reste vague et générale, tout comme celle de l’état de conservation (cf. 1.1). Si elle ne paraît pas
directement applicable à l’échelle du site, elle est pourtant valable à l’échelle biogéographique.
On considèrera que l’état de conservation peut se situer le long d’un gradient allant des états défavorables aux
états favorables (Figure 5). En effet, différents états de conservation défavorables peuvent être envisagés s’ils sont
issus de pressions différentes par exemple. Plusieurs expressions de l’état de conservation favorable peuvent
également être considérées, notamment du point de vue de la composition spécifique, variable à l’échelle de l’habitat
générique. Il s’agit alors de définir une valeur seuil à partir de laquelle l’habitat est considéré comme étant en état
favorable. Cette valeur seuil correspond aux états favorables choisis, c’est-à-dire à une des cibles opérationnelles pour
le gestionnaire. Ce seuil est un objectif à atteindre à court terme avec les moyens dont il dispose à l’échelle locale. Il
semble opportun de préciser qu’état de conservation favorable ne signifie pas systématiquement richesse spécifique
élevée. C’est particulièrement le cas pour les habitats paucispécifiques (sources pétrifiantes, landes humides, eaux
dormantes, etc.), où une augmentation de la richesse spécifique est souvent liée à l’apparition d’une perturbation,
comme une eutrophisation du milieu favorisant l’apparition d’espèces moins exigeantes et plus compétitives, un
assèchement provoquant l’apparition d’espèces prairiales capables de croître sur des sols moins engorgés, ou encore
l’apparition d’EEE.
La méthode consiste à comparer l’habitat, soit l’entité observée, à un état optimal souhaité pour ce type d’habitat.
À l’instar des états favorables, il peut exister plusieurs états optimaux pour un habitat donné, en fonction des
différentes configurations de l’habitat rencontrées sur l’ensemble du territoire métropolitain (domaines
biogéographiques, types biologiques différents selon les cortèges floristiques, altitude, etc.). Ce sont des états où
l’habitat est non perturbé. Ils correspondent aux objectifs à atteindre sur le long terme par le gestionnaire.
15
2.3 … et les états de référence
L’atteinte de l’état de conservation favorable implique de mettre en place des valeurs seuils basées sur des faits
scientifiques (notamment écologiques) (Louette et al., 2015). Des données historiques, la littérature scientifique, la
modélisation et l’expérience de terrain peuvent aider à choisir les états favorables et/ou à statuer sur les différents
états, que l’on appellera « états de référence », pour chaque habitat. Par exemple, Lumbreras et al. (2016) proposent
différents descripteurs afin de qualifier l’état de conservation des mares temporaires méditerranéennes (UE 3170*)
du sud du Portugal (trois états de référence sont décrits, « bon », « altéré » ou « mauvais »). Par manque de données,
une part importante de la définition des différents états est principalement due aux avis d’expert et à l’expérience de
terrain, qui permettent de construire des états de référence sur la base de la connaissance d’un large panel d’habitats
rencontrés, en états de conservation jugés « bon-optimal », « bon-correct », « altéré » ou « dégradé ». C’est la
démarche utilisée ici afin d’établir des listes de descripteurs visant à aider les gestionnaires à construire les différents
états de référence des habitats à l’échelle de leur site Natura 2000 (Tableau 1).
La notion « bon-optimal » définit les habitats qui maintiennent leurs fonctionnalités et leur équilibre dans le temps
(habitats généralement stables). La notion « bon-correct » correspond aux habitats qui fonctionnent et se
maintiennent dans le temps malgré une légère altération, c’est-à-dire une altération dont l’intensité est jugée
suffisamment faible pour ne pas avoir à intervenir dans l’immédiat. Un état « altéré » est associé aux milieux qui
subissent une détérioration ayant de lourdes répercussions sur leurs fonctionnalités, mais qui, par des mesures de
gestion adaptées, peuvent être restaurés à un état « bon-correct ». Enfin, l’état « dégradé » est attribué aux habitats
profondément détériorés qui, même par des mesures de gestion, ne pourraient pas se rétablir à l’un des niveaux
supérieurs, ou bien, si les mesures de restauration/gestion envisageables ne semblent pas réalistes à mettre en œuvre
pour atteindre ces niveaux (coûts trop élevés). Il est important de noter que les états de référence sont à fixer par
l’opérateur à l’échelle de son site Natura 2000.
Figure 5. Gradient d’état de conservation (Maciejewski et al., 2016).
0
État(s) favorable(s)
choisi(s)
État(s) optimal(aux)
souhaité(s)
États favorables
États défavorables
16
Tableau 1. Descripteurs possibles pour la définition des états de référence correspondant aux cladiaies (UE 7210*).
Autres habitats
Dégradé
Altéré
États favorables
choisis
États optimaux
souhaités
Les formations littorales à
Cladium mariscus sont à
rattacher aux Roselières et
cariçaies dunaires (2190-5)
Si C. mariscus est moins
recouvrant qu’une ou plusieurs
espèces caractéristiques des
tourbières basses alcalines
(Juncus subnodulosus, Carex
davalliana, Schoenus nigricans,
etc.), l’habitat est à rattacher aux
tourbières basses alcalines
(faciès à C. mariscus) (UE 7230)
Végétations des Franguletea
dodonei (le recouvrement de C.
mariscus, si présent, est inférieur
à 1 %) : fourrés mésotrophiles à
oligotrophiles se développant sur
substrats humides ou secs
Végétations des Alnetea
glutinosae (le recouvrement de
C. mariscus, si présent, est
inférieur à 1 %) : forêts d’aulnes,
de bouleaux ou de saules des
dépressions marécageuses sur
sol engorgé une grande partie de
l’année
Le recouvrement de C.
mariscus peut être très
variable (entre 1 % et 90 %)
La présence de ligneux en
strate arbustive est
systématique
(recouvrement entre 5 % et
90 %)
Les atteintes de type
perturbation mécanique
sont possibles
La prédominance de taxons
exogènes (Solidago spp.
notamment) ou de
Phragmites australis (hormis
lorsqu’il est associé à
d’autres espèces de
Tourbières basses alcalines)
par rapport à C. mariscus est
possible
La présence d’espèces
eutrophiles est possible
(forts recouvrements
possibles)
La présence de ligneux en
strate arborée est possible
(forts recouvrements
possibles)
Le recouvrement de
C. mariscus est
supérieur ou égale à
33 %, soit 1/3
La présence de
ligneux en strate
arbustive est
systématique
(recouvrement entre
1 % et 60 %)
La présence d’espèces
eutrophiles est
possible
(recouvrement
inférieur à 10 %)
La prédominance de P.
australis (hormis
lorsqu’il est associé à
d’autres espèces de
tourbières basses
alcalines) est possible
La présence de ligneux
en strate arborée est
possible
(recouvrement
inférieur à 33 %, soit
1/3)
Le cortège
floristique est
dominé par C.
mariscus
(recouvrement
supérieur à 33 %,
soit 1/3)
Aucune espèce de
ligneux n’est
présente en strate
arborée
Aucune atteinte
n’est observable
La présence de
ligneux en strate
arbustive est
possible
(recouvrement
inférieur à 20 %)
La présence
d’espèces
eutrophiles est
possible
(recouvrement
inférieur à 5 %,
maximum trois
espèces)
L’habitat est stable,
généralement dû à
un bon niveau d’eau
Le cortège
floristique est
dominé par C.
mariscus
(recouvrement
supérieur à 33 %,
soit 1/3)
Aucune espèce de
ligneux n’est
présente en strate
arborée
Aucune atteinte
n’est observable
La présence de
ligneux en strate
arbustive est
possible
(recouvrement
inférieur à 20 %)
La présence
d’espèces
eutrophiles est
possible
(recouvrement
inférieur à 5 %,
maximum deux
espèces)
3 Principe méthodologique de l’évaluation à l’échelle des sites Natura
2000
3.1 D’une évaluation à l’échelle du polygone…
Il existe un lien entre l’évaluation de l’état de conservation à l’échelle biogéographique et son évaluation à l’échelle
du site. En effet, les méthodes nationales peuvent apporter des éléments de réflexion dans les projets de mise en
relation des programmes de surveillance (art. 11) et des évaluations à plus large échelle en lien avec le rapportage (art.
17) (Conseil de la CEE, 1992). C’est pourquoi les grandes lignes de la démarche européenne pour l’évaluation de l’état
de conservation imposée par l’article 17 de la DHFF sont ici conservées. Dans le cadre du rapportage, la méthode
communautaire prend en compte quatre paramètres pour l’évaluation de l’état de conservation des habitats à
l’échelle biogéographique. Ces paramètres sont l’aire de répartition naturelle de l’habitat, la surface couverte, la
structure et les fonctions, ainsi que les perspectives futures (Evans et Arvela, 2011 ; EC, 2017). L’évaluation à l’échelle
17
du site impose de manière intrinsèque une adaptation des
paramètres précédents, tout en répondant en partie au cadre de
la démarche européenne. Ainsi, sont proposés trois paramètres
pour l’évaluation de l’état de conservation à l’échelle du site que
sont la surface, les structures et fonctions, et les altérations (Figure
6). Ces paramètres sont repris dans l’ensemble des méthodes
précédemment mises en place par le MNHN. Un paramètre est
défini comme un ensemble de critères permettant d’évaluer une
même composante de l’état de conservation. Ces critères
constituent l’ensemble des processus et éléments clés qui vont
influencer l’état de conservation d’un habitat (composition
floristique, dynamique hydromorphologique, atteintes lourdes,
etc.). Parmi les paramètres évalués à l’échelle du site, la surface est
une composante spatiale, en deux dimensions. Les structures et
fonctions correspondent aux structure et composition traduisant
l’ensemble des processus intrinsèques nécessaires au maintien de
l’habitat. Les altérations traduisent l’impact des facteurs externes.
Dans un souci de cohérence et d’harmonisation des
méthodologies, il est envisagé de conserver l’approche de notation
graduelle et dégressive appliquée à l’évaluation de l’état de conservation des habitats forestiers (Carnino, 2009). Celle-
ci permet de mettre en avant les critères jugés bons ou mauvais, et de les hiérarchiser. Les critères sont évalués grâce
à des indicateurs. Un indicateur peut être considéré comme un élément observable prenant soit une valeur qualitative,
soit une valeur quantitative (par exemple, la présence ou le recouvrement de ligneux). Les indicateurs pris en compte
dans l’évaluation de l’état de conservation d’un habitat seront jugés « favorables » ou « défavorables », et hiérarchisés
en fonction de l’importance de leur rôle dans la modification de l’état de conservation de l’habitat (Maciejewski et al.,
2016). L’ensemble des indicateurs permet ainsi d’indiquer le « bon » ou le « mauvais » état de conservation de l’habitat
en question. Cette évaluation permet aux gestionnaires de prioriser les actions de restauration et/ou gestion grâce à
l’identification d’indicateurs importants pour la bonne caractérisation du fonctionnement de l’habitat. Les relevés
d’indicateurs peuvent être effectués à plusieurs échelles (écocomplexe, polygone, placette, tronçon, site, etc.) (Figure
7).
On entend par écocomplexe, un ensemble d’écosystèmes interdépendants (Blandin et Lamotte, 1985). Cette notion
constitue parfois l’échelle d’évaluation préférentielle de certains indicateurs, notamment celle de certains indicateurs
de composition faunistique basés sur les espèces mobiles, traduisant ainsi les interactions de l’habitat avec son
environnement. Le polygone d’habitat, quant à lui, est une entité relativement homogène sur le plan floristique,
rattachée à l’habitat. Il est délimité par un changement dans la topographie, ou bien par l’existence de communautés
végétales adjacentes, différentes de l’habitat, situées sur le même niveau topographique. L’ensemble du polygone est
Figure 6. Schéma des trois paramètres
pris en compte dans l’évaluation de l’état
de conservation de l’habitat à l’échelle
des sites Natura 2000.
18
soumis à une même gestion (ou à l’absence de gestion). Le polygone
cartographique peut être considéré comme un polygone sur lequel
s’appliquera l’évaluation. La placette, enfin, est une entité
représentative du polygone d’habitat. Elle est représentative
lorsqu’elle regroupe l’ensemble des caractéristiques majeures,
observables à l’échelle du polygone (espèces floristiques, conditions
stationnelles, etc.). La notion de tronçon étant encore mal définie, elle
devra faire l’objet de réflexions en 2021.
Les valeurs des indicateurs obtenues lors de la phase de terrain
sont comparées aux valeurs seuils définies suite aux recherches
bibliographiques, aux dires d’experts ou aux phases de test des
indicateurs sur le terrain (Figure 8). Chaque indicateur obtient une
note, nulle ou négative. La somme des notes attribuées est
additionnée à la note de 100. Ainsi, moins l’habitat est dégradé, plus
la note sera élevée. La note finale du polygone est alors placée le long
du gradient d’état de conservation.
Des notes positives peuvent être attribuées à certains indicateurs sous forme de bonus. On considère alors que
l’indicateur, lorsqu’il est favorable, augmente la note de l’état de conservation de l’habitat. En revanche, l’indicateur,
s’il est défavorable, n’est pas pénalisant pour l’état de conservation de l’habitat (aucun point n’est retiré). Cela peut,
par exemple, correspondre à des indicateurs liés à la présence d’espèces faunistiques. L’idée est de considérer que
l’absence des espèces faunistiques ciblées par la méthode n’indique pas systématiquement un mauvais état de
conservation de l’habitat. Puisque ce sont des espèces mobiles, elles peuvent être présentes sans être observées, à
l’inverse des espèces floristiques. En revanche, la présence d’espèces faunistiques inféodées à l’habitat indique que
l’habitat assure ses fonctions de support pour la faune (reproduction, alimentation, etc.). Des notes négatives peuvent
également être attribuées sous forme de malus. Les malus peuvent correspondre à des processus n’étant pas
strictement liés à l’état de conservation des habitats comme, par exemple, l’apparition d’algues filamenteuses qui peut
être liée soit à une pollution, soit à de fortes chaleurs.
À noter que le seuil de 70 (passage des états altérés aux états favorables choisis) est un seuil ici fictif. Ce dernier
doit être recontextualisé par l’opérateur à l’échelle de son site Natura 2000. Outre la définition des états de référence
à partir des descripteurs proposés (cf. 2.3), l’opérateur peut choisir arbitrairement de conserver les seuils de 70/100
pour les états favorables et 25/100 pour les états altérés. Une autre solution consiste à fixer ces seuils à partir de
l’analyse de l’ensemble des notes obtenues à l’échelle du site Natura 2000, sur la base de la détermination des
quartiles. Un exemple est proposé ci-dessous.
Supposons qu’un opérateur de site ait appliqué la grille d’évaluation sur 10 placettes. Il obtient ainsi 10 notes : 45,
55, 70, 90, 80, 30, 20, 40, 80 et 90. La première étape consiste à trier les notes obtenues par ordre croissant. On obtient
ainsi la série de notes : 20, 30, 40, 45, 55, 70, 80, 80, 90, 90.
Figure 7. Différentes échelles de relevé des
indicateurs.
19
En statistique, un quartile est une valeur du jeu de données correspondant à un quart du nombre de données
récoltées, soit ici le nombre total de relevés (10). Le premier quartile correspond à la valeur du jeu de données qui
contient au moins 25 % des notes les plus basses, soit les trois premiers relevés ici. Il correspond donc à la note du
troisième relevé, c’est-à-dire 40. Ce seuil de 40 peut représenter le seuil du passage des états dégradés aux états
altérés. Le second quartile, appelé médiane, correspond à la valeur du jeu de données qui contient au moins 50 % des
notes les plus basses, soit les cinq premiers relevés. La médiane correspond donc ici à 55, qui peut représenter le seuil
Figure 8. Évaluation de l’état de conservation à l’échelle du polygone d’habitat (d’après Latour, 2018).
20
du passage des états altérés aux états favorables choisis. Enfin, le troisième quartile correspond à la valeur du jeu de
données qui contient au moins 75 % des notes les plus basses, soit les huit premiers relevés. Il correspond donc ici à
80, qui peut représenter le seuil du passage des états favorables choisis aux états optimaux souhaités (Tableau 2).
Cette méthode n’est bien entendu valable que si les notes sont plus ou moins équitablement réparties le long du
gradient d’état de conservation et si le nombre de polygones d’habitat à l’échelle du site est suffisant, l’idée étant de
fixer des seuils relativement peu éloignés des seuils fictifs proposés.
Notes obtenues par placette
20
30
40
45
55
70
80
80
90
90
Quartiles (Q)
Q1
Médiane (Q2)
Q3
État de conservation
Dégradé
Altéré
Favorable
Optimal
3.2 … à une évaluation à l’échelle du site Natura 2000
Une fois les polygones d’habitat évalués, on dispose d’un certain nombre d’évaluations stationnelles sur l’ensemble
du site Natura 2000 (réalisées à l’échelle du polygone et/ou de la placette représentative du polygone). En ajoutant
les indicateurs à évaluer à l’échelle du site aux « n » évaluations effectuées au niveau des polygones, on obtient une
évaluation globale à l’échelle du site (Figure 9).
Il existe plusieurs méthodes pour passer de « n » évaluations stationnelles à une évaluation à l’échelle du site. Six
d’entre elles sont présentées ci-dessous. Chacune possède des avantages et inconvénients. Le choix de la méthode
d’évaluation est laissé au gestionnaire selon ses préférences et ses besoins. L’utilisation d’une même méthode à
chaque évaluation permet, cependant, d’effectuer une comparaison de l’état de conservation de l’habitat à l’échelle
du site Natura 2000.
Évaluation
stationnelle
Évaluation
stationnelle
Évaluation
stationnelle
Évaluation
stationnelle
Évaluation à
l’échelle du site
Indicateurs à l’échelle du site
Figure 9. Les évaluations stationnelles (placette ou polygone) et les indicateurs relevés à l’échelle du site
permettent l’évaluation de l’état de conservation à l’échelle du site.
Tableau 2. Attribution statistique des états de conservation du gradient aux notes relevées sur le terrain à partir d’un
jeu de données de 10 placettes fictives.
21
3.2.1 Proportions des placettes en différents états de conservation
Cette méthode, proposée par Lepareur et al. (2013), vise à calculer la proportion de placettes dont l’état de
conservation est favorable ou défavorable. Chaque placette ou polygone obtient une note d’état de conservation,
basée sur l’ensemble des notes des indicateurs, obtenues à l’échelle de la placette ou du polygone. Ces notes sont
réparties sur le gradient d’état de conservation (Figure 10).
Afin de transposer ces données à l’échelle du site, il suffit d’additionner la note obtenue en fonction de l’état
général des placettes (pourcentage de placettes en état favorable/défavorable) aux notes des indicateurs relevés à
l’échelle du site (surface couverte et atteintes diffuses). Cette somme est ajoutée à la note de 100. La note obtenue
correspond alors à l’état de conservation de l’habitat évalué à l’échelle du site Natura 2000 (Figure 11).
Figure 10. Les notes sont réparties le long du gradient d’état de conservation.
22
3.2.2 Moyenne des notes de l’ensemble des placettes
Cette méthode consiste à calculer la moyenne arithmétique de l’ensemble des notes obtenues sur chaque placette
échantillonnée,
∑𝑛𝑜𝑡𝑒𝑠 𝑝𝑎𝑟 𝑝𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑡𝑒𝑠
𝑛= 𝑚𝑜𝑦𝑒𝑛𝑛𝑒 𝑑𝑒𝑠 𝑛𝑜𝑡𝑒𝑠 𝑠𝑢𝑟 𝑙𝑒𝑠 𝑛 𝑝𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑡𝑒𝑠
puis, d’y ajouter les notes relatives aux indicateurs relevés à l’échelle du site. La note globale est alors positionnée le
long du gradient d’état de conservation. Cette méthode permet d’observer l’évolution dans le temps de l’état de
conservation à l’échelle du site (Maciejewski et al., 2015). En revanche, elle ne permet pas de mettre en évidence les
disparités au sein du site.
Si les deux méthodes présentées ci-dessus permettent d’obtenir une évaluation de l’état de conservation global à
l’échelle du site Natura 2000, d’autres types de rendus peuvent être envisagés.
Modalités
Note
Plus de 70 % des placettes sont en état favorable
0
Entre 50 % et 70 % des placettes sont en état favorable
-15
50 % des placettes sont en état favorable et 50 % des placettes sont en état défavorable
-30
Entre 50 % et 70 % des placettes sont en état défavorable
-45
Plus de 70 % des placettes sont en état défavorable
-60
Figure 11. Les notes des indicateurs relevés à l’échelle du site sont ajoutées à la note correspondant à l’état général
des placettes pour la note globale à l’échelle du site (d’après Mistarz et Latour, 2019).
23
3.2.3 Distribution des placettes sur le gradient d’état de conservation
Cette méthode vise à répartir les placettes sur le gradient d’état de conservation (Figure 12). Elle permet de
visualiser l’hétérogénéité de l’état de conservation à l’échelle du site, mais ne permet pas de comparaisons
interannuelles fines (Maciejewski et al., 2015).
3.2.4 Diagramme en étoile
Cette méthode consiste à créer un diagramme en étoile (aussi appelé radar), via un logiciel tableur, pour chaque
polygone d’habitat échantillonné. Cette représentation graphique permet de visualiser l’état des différents indicateurs
à l’échelle de la placette (1, « favorable » ; 2, « altéré » ; 3, « dégradé ») et ainsi de dégager le ou les points sur lesquels
agir par polygone (Figure 13). L’inconvénient de ce type de rendu est qu’il ne prend pas en compte le poids des
indicateurs les uns par rapport aux autres.
0
40
Favorable
Dégradé
70
100
Altéré
1
2
3
4
5
6
Nombre de placettes
Figure 12. Répartition des placettes le long du gradient d’état de conservation.
Figure 13. Exemple de diagramme en étoile.
24
3.2.5 Répartition des placettes par indicateur
Il s’agit de visualiser le nombre de placettes par résultat attendu de chaque indicateur (Figure 14). L’avantage de
la méthode est de pouvoir cibler les indicateurs les plus alarmants à l’échelle du site. L’inconvénient est que l’on ne
peut pas distinguer chaque placette.
3.2.6 Cartographie des placettes
Cette dernière méthode consiste à attribuer un code couleur à chaque polygone cartographique selon son état de
conservation « dégradé », « altéré » ou « favorable » (Figure 15). Elle permet de localiser précisément les polygones
sur lesquels une action est requise, mais ne permet pas de définir le type d’intervention nécessaire.
Figure 14. Nombre de placettes échantillonnées au sein d’un site Natura 2000 selon les résultats de l’indicateur
« Recouvrement des espèces déstructurantes ».
0
1
2
3
4
5
6
Nombre de placettes
Pourcentage de recouvrement des espèces déstructurantes
< 1% 1 –10 % > 10 %
Figure 15. Exemple de cartographie des états de conservation des placettes de tourbières basses alcalines sur un
secteur du site « Vallée des Beunes » (FR7200666) (source : Microsoft Corporation).
25
3.3 Trouver le bon compromis entre coûts et efficacité
L’état de conservation est la
résultante de la gestion, mais aussi de
l’historique et de la dynamique de
l’habitat à l’échelle du site, des impacts
à plus large échelle, etc. Évaluer l’état de
conservation d’un habitat est la
première étape à réaliser en vue
d’actions de gestion ou de restauration
visant au maintien ou au rétablissement
de l’habitat dans un état de
conservation favorable (Figure 16).
De manière générale, l’évaluation
vise à améliorer les plans de gestion des
aires protégées (Bartula et al., 2011).
Elle permet d’adapter les efforts à
fournir. Les discussions entre gestionnaires, opérateurs, experts et chercheurs doivent contribuer à la mise en place
de méthodes répondant aux attentes des opérateurs de site, comme, par exemple, des méthodes peu coûteuses en
temps et compétences. Puisque le contrôle de toutes les variables écologiques pouvant influencer l’état de
conservation de l’habitat dans toutes ses configurations est impossible pour des raisons financières, des choix doivent
être faits (Louette et al., 2015). Au lieu d’effectuer des analyses coûteuses des caractéristiques environnementales,
des alternatives telles que l’évaluation d’espèces indicatrices et des proxy biologiques peuvent apporter des
informations similaires. L’évaluation de l’état de conservation de l’habitat, telle que présentée ici, est une évaluation
à un instant t. Les méthodes proposées se veulent à l’interface entre avis d’expert et suivi, entre évaluation qualitative
et quantitative.
Préalablement à l’évaluation de l’état de conservation, il est nécessaire de se poser plusieurs questions qui
permettront d’adapter l’échantillonnage en fonctions des moyens alloués :
- Existe-t-il une cartographie des habitats sur le site Natura 2000 ? Si oui, est-elle ancienne ou récente ? Quelle
typologie est utilisée ? L’idéal étant ici de disposer d’une cartographie relativement récente des HIC à l’échelle du site
Natura 2000 en typologie EUR28 (EC, 2013) ;
- Existe-t-il des données fiables, disponibles et valorisables ? Ces dernières pourront intégrer l’évaluation. Par exemple,
des relevés phytosociologiques effectués dans le cadre d’une cartographie des habitats récente pourront permettre
de calculer un certain nombre d’indicateurs ;
- De quels moyens dispose-t-on pour effectuer l’évaluation (matériel, temps, compétences) ?
À partir de ces questionnements, on pourra réfléchir à la stratégie d’échantillonnage à adopter à l’échelle du site
Natura 2000. Selon les habitats, leur configuration à l’échelle des sites et les coûts alloués à l’évaluation, différentes
Figure 16. Processus cyclique mettant en avant la démarche
scientifique (en noir) et les ambitions opérationnelles (en blanc) dans la
mise en œuvre de la DHFF.
26
stratégies d’échantillonnage peuvent être réalisées (Figure 17). De manière générale, la mise en place d’une stratégie
pertinente implique d’effectuer un compromis entre qualité de l’évaluation et ressources disponibles. Cela suppose
que l’évaluation de l’état de conservation des polygones échantillonnés témoigne de la situation globale à l’échelle du
site. Les indicateurs qui en découlent sont par conséquent des miroirs de la situation et des variations de l’habitat.
L’échantillonnage ne peut pas toujours être réalisé sur l’ensemble de la surface couverte par l’habitat. Il s’agit donc de
trouver le bon compromis entre les coûts alloués à l’évaluation de l’état de conservation (humain et matériel) et la
précision de l’évaluation.
Lorsque le nombre de polygones d’habitat est restreint, il est possible d’appliquer la méthode sur chacun d’eux en
sélectionnant une placette par polygone (échantillonnage en plein). Les relevés fragmentés sont également possibles
(équivalents à une placette) si l’on estime que deux patchs d’habitat peuvent être rattachés au même polygone (même
physionomie, même composition floristique, même gestion). Lorsque le nombre de polygone d’habitats est important,
il est possible de sélectionner aléatoirement les polygones à échantillonner. Il sera néanmoins demandé de veiller à la
représentativité de l’échantillon à l’échelle du site. De manière générale, plus il y aura de placettes échantillonnées,
plus l’échantillonnage sera représentatif de l’état de conservation de l’habitat sur le site Natura 2000 et meilleure sera
la qualité de la représentation de l’état de conservation global de l’habitat.
4 Les bas-marais calcaires, habitats d’intérêt communautaire
4.1 Définitions
Une tourbière est un milieu humide particulier (Photo 1) qui peut se développer à condition d’avoir un bilan
hydrique positif (les entrées d’eau doivent être supérieures aux pertes par évapotranspiration) (Bensettiti et al., 2002).
Elle se caractérise par un engorgement permanent, c’est-à-dire un sol saturé en eau. L’eau y est peu mobile, ce qui
Polygone d’habitat
Site Natura 2000
Placette d’évaluation
Cas 2 : Sélection de polygones
(échantillonnage aléatoire simple)
Cas 1 : Échantillonnage en plein
Figure 17. Stratégies d’échantillonnage possibles pour évaluer l’état de conservation des bas-marais calcaires à
l’échelle du site Natura 2000.
27
crée un milieu anoxique, c’est-à-dire sans oxygène.
L’absence d’oxygène entraîne une accumulation de
matière organique issue des végétaux, car celle-ci ne peut
être dégradée (minéralisée) par les micro-organismes du
sol (Manneville et al., 2006). La matière organique
accumulée est appelée tourbe et les végétaux contribuant
à son élaboration sont qualifiés de turfigènes.
La tourbe est un matériau sédentaire (les composants
de la tourbe ont été produits sur place et ne sont pas
transportés) (Epicoco et Viry, 2015), contenant 20 % à 30
% de carbone. Un milieu possédant au moins 30 cm de tourbe peut être considéré comme une tourbière. On parle
alors d’histosol. Lorsqu’il y a moins de 30 cm de tourbe, on parle plutôt de milieu paratourbeux. Lorsque les processus
d’élaboration de la tourbe ont toujours lieu au sein de la tourbière, on parle de tourbière active. Il existe différents
types de tourbe en fonction du pourcentage de fibres, plus ou moins dégradées, des végétaux qui la composent, des
parties qui se décomposent et des substances produites (Epicoco et Viry, 2015) (tourbe blonde essentiellement
composée de sphaignes, tourbe brune essentiellement composée d’hélophytes, etc.). Lorsque la tourbe contient plus
de 40 % de fibres, on parle de tourbe fibrique (cas des tourbes blondes). Une tourbe comprenant entre 10 % et 40 %
de fibres sera considérée comme mésique. Enfin, si la tourbe contient moins de 10 % de fibres, elle sera considérée
comme saprique (cas des tourbes brunes) (Figure 18).
Il existe différentes classifications des tourbières. L’une d’entre elles se base sur leurs conditions de formation et
l’alimentation en eau originelle (Figure 19). On distinguera ainsi les tourbières soligènes, topogènes, limnogènes,
fluviogènes ou encore ombrogènes. Une tourbière soligène s’est formée grâce aux eaux de sources ou de suintements
de pente. Lorsque l’eau provient du ruissellement ou d’une nappe, et s’accumule dans une dépression, on parle de
tourbière topogène. Une tourbière limnogène s’est formée à partir d’une surface d’eau libre (par exemple, un lac)
colonisée progressivement par des végétaux, ce qui conduit à un atterrissement. Lorsque l’eau provient des
débordements d’une rivière ou d’un fleuve, on parlera de tourbière fluviogène. Enfin, une tourbière ombrogène, naît
lorsque les précipitations constituent le seul apport en eau.
©M. Mistarz
Photo 1. La tourbière de Machais (Vosges).
Figure 18. Les différents types de tourbe (Chambaud et al., 2012).
28
L’alimentation hydrique actuelle va également aider à définir le type de tourbière. Ainsi, on distingue deux types
de tourbières. Si l’alimentation en eau actuelle provient des eaux météoriques (pluie, brouillard, neige), on parle de
tourbière ombrotrophe (Figure 20). Ces eaux étant naturellement acides, le pH de la tourbière sera faible, compris
entre 3 et 6. Ces tourbières sont appelées tourbières hautes, hauts-marais ou tourbières bombées car elles ne sont
pas alimentées par la nappe, donc moins proches de celle-ci. Elles sont oligotrophes et acides.
Si l’alimentation en eau provient également du ruissellement et/ou de la nappe, on parle de tourbière
minérotrophe (Figure 21). L’eau, en contact avec le substrat, a pu se charger en éléments minéraux. Ces tourbières
sont donc naturellement plus riches en nutriments que les hauts-marais. Situées au sein de dépressions ou de pentes
à écoulement lent, on parle de bas-marais, de tourbières basses ou de tourbières plates. Elles sont généralement
oligotrophes à mésotrophes (parfois eutrophes), acides à alcalines. Les bas-marais calcaires ont un pH généralement
Figure 19. Typologie des tourbières (Manneville et al., 2006).
Figure 20. Caractéristiques des hauts-marais (Epicoco et Viry, 2015).
29
supérieur à 7. Il existe également des tourbières mixtes correspondant à des complexes tourbeux avec des parties
ombrotrophes et des parties minérotrophes. Ce sont des tourbières de transition (Bensettiti et al., 2002).
L’ombrotrophisation est un processus naturel d’évolution dynamique des tourbières minérotrophes, qui, de par
l’accumulation progressive de tourbe, se déconnectent progressivement de la nappe et des écoulements latéraux.
Elles ne deviennent alors alimentées que par les eaux météoriques.
Les classifications d’après les conditions de formation et l’alimentation en eau actuelle sont bien distinctes. Par
exemple, il existe des tourbières ombrotrophes limnogènes.
4.2 L’étude des tourbières, une approche pluridisciplinaire
Pour comprendre le fonctionnement d’une tourbière, il est nécessaire de faire appel à différents champs de
compétences. L’hydrologie permet de comprendre l’origine de l’eau et ses flux. Comme il est précisé ci-dessus, l’eau
joue un rôle essentiel dans le fonctionnement de ces milieux (genèse, alimentation, turfigénèse, etc.). Des suivis
piézométriques peuvent s’avérer pertinents pour suivre les niveaux de nappe au sein du complexe tourbeux. La
pédologie (étude du sol), permet de comprendre l’histoire d’une tourbière, de sa genèse à sa dynamique actuelle. La
réalisation de sondages pédologiques et l’étude des macrorestes peut renseigner sur les cortèges floristiques anciens,
les activités anthropiques, la dynamique d’évolution, les épisodes de pollution, d’assèchement, etc. Cela permet de
mieux définir les états « initiaux » de la tourbière afin de pouvoir adapter et proposer une gestion efficace. Rappelons
que l’état de conservation est la résultante de la gestion, mais aussi de l’historique et de la dynamique de l’habitat. Ce
point est particulièrement vrai dans le cas des habitats tourbeux, car chaque tourbière a un fonctionnement propre
(histoire, hydrologie, impact des activités anthropiques, etc.). Enfin, la végétation, notamment, reflète les conditions
écologiques actuelles du milieu (pH, trophie, quantité d’eau, etc.).
4.3 Services écosystémiques fournis par les tourbières
Les services écosystémiques sont définis comme des bénéfices fournis par les écosystèmes dont profite l’homme.
Les tourbières sont des milieux qui fournissent de nombreux services écosystémiques (Figure 22) (De Groot et al., 2007
; Barbier, 2011 ; UICN, 2012).
Figure 21. Caractéristiques des bas-marais (modifié d’après Epicoco et Viry, 2015).
30
Grâce à l’eau qu’elles accumulent, les tourbières sont capables de recharger les nappes en période d’étiage. Au
contraire, en période de crues ou de fortes précipitations, elles vont retenir l’eau, permettant ainsi d’éviter
d’éventuelles inondations. L’eau qui séjourne dans une tourbière peut également être filtrée par les plantes (épuration
des métaux, dénitrification). Un autre service écosystémique prépondérant fourni par les tourbières est le stockage
de carbone. Les tourbières se développent sur des sols gorgés d’eau, ce qui ralentit la décomposition des plantes.
Ainsi, la litière formée par les plantes s’accumule pendant des années dans le sol sous forme de tourbe. La matière
organique accumulée retient le carbone sous forme organique (carbone organique CO). Aujourd’hui, on estime que
les tourbières renferment environ un cinquième du carbone mondial présent dans le sol. En Europe, elles
accumuleraient cinq fois plus de dioxyde de carbone (CO2) que les forêts (Chaudhary et al., 2020). Si le fonctionnement
hydrologique d’une tourbière est dégradé (drainage, destruction, etc.), la matière organique ne s’accumule plus et va
être minéralisée par l’activité des micro-organismes du sol. Il n’y a donc plus stockage, mais relargage de CO2. Par
conséquent, les tourbières en bon état de conservation aident à la régulation du climat (Bernard, 2016).
Les tourbières, comme tous les milieux humides, sont situées à l’interface entre les écosystèmes terrestres et les
écosystèmes aquatiques. Elles abritent donc une biodiversité importante et spécialisée. On y retrouve de nombreuses
espèces patrimoniales, tant d’un point de vue floristique que faunistique. Les espèces doivent être adaptées pour
survivre dans un milieu gorgé d’eau, mais elles doivent également survivre à des conditions plus sèches (durant la
période estivale notamment). Au niveau faunistique, les tourbières abritent de nombreux papillons, odonates et
invertébrés en général. Souvent oubliés, les champignons y sont également bien représentés (Cholet et Magnon,
2010 ; Bernard, 2016).
D’un point de vue paléologique, les tourbières sont des milieux de recherche de premier choix. La tourbe, qui s’est
accumulée au fil des siècles, renseigne sur les évolutions et les changements de végétations qui ont eu lieu (quand la
Régulation des
flux d’eaux
Paléologie
Stockage de
carbone
Biodiversité
Épuration des
eaux
Services écosystémiques fournis par les
tourbières
Figure 22. Services écosystémiques fournis par les tourbières.
31
tourbière n’a pas été dégradée). Cela peut s’étudier notamment grâce aux pollens et autres débris végétaux (Bernard,
2016).
4.4 Des milieux façonnés par les activités humaines
Les tourbières sont des milieux qui ont souvent été considérés comme inexploitables, du fait de l’impraticabilité du
terrain pour l’agriculture, pour la construction, etc. Néanmoins, elles ont été fortement exploitées pour la tourbe. Ce
matériau faisait (et fait toujours, dans certains pays) office de combustible pour chauffer les maisons, surtout dans les
régions où l’exploitation sylvicole était difficile (par exemple en montagne). L’extraction de la tourbe a façonné de
nombreuses tourbières sur lesquelles le front de taille est encore visible aujourd’hui. Les tourbières pouvaient aussi
être utilisées pour le pâturage, à l’époque majoritairement extensif, comme dans des exploitations familiales. Cela a
permis de conserver ces milieux ouverts. En revanche, certaines tourbières ont été drainées afin d’être exploitées pour
l’agriculture (par exemple, pour la maïsiculture) ou pour la plantation de peupliers. Les drainages ont donc conduit à
la minéralisation de la tourbe, et à la dégradation des tourbières (Photo 2). Ces dernières font aujourd’hui partie des
milieux dont l’état de conservation tend à se dégrader (EEA, 2020).
4.5 Les bas-marais calcaires d’intérêt communautaire
Parmi les bas-marais calcaires, quatre HIC se distinguent sur le territoire métropolitain (Figure 23) :
- les « Marais calcaires à Cladium mariscus et espèces du Caricion davallianae » (UE 7210*) ;
- les « Sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) » (UE 7220*) ;
- les « Tourbières basses alcalines » (UE 7230) ;
- les « Formations pionnières alpines du Caricion bicoloris-atrofuscae » (UE 7240*).
Photo 2. Sur le site Tourbière et marais de l’Avre (FR2200359), un ancien réseau de fossés est encore bien
visible en surface (parties basses plus sombres).
©H. Clément
32
Chaque habitat fait l’objet d’un guide d’évaluation spécifique.
5 Processus d’élaboration des grilles d’évaluation, concept et
application aux bas-marais calcaires
La méthode est standardisée au niveau de l’habitat générique basé sur le manuel d’interprétation EUR28 (EC,
2013) sur tout le territoire métropolitain. Elle doit s’appuyer sur un certain nombre d’indicateurs qualitatifs et
quantitatifs. Un indicateur doit être simple à mesurer et relié au maintien des processus essentiels de l’habitat
(Woodley et Kay, 1993). Dans le contexte de l’étude, il doit répondre rapidement à un facteur de dégradation. La
récolte des données doit être peu coûteuse en temps et demander peu de compétences. Tous ces facteurs sont
primordiaux si l’on veut mettre en place une méthode applicable sur le terrain et facilement reproductible. Les étapes
d’élaboration d’une grille d’indicateurs pour évaluer l’état de conservation des habitats sont résumées ci-dessous
(Figure 24).
Figure 23. Représentation schématique de la position des quatre habitats de bas-marais calcaires d’intérêt
communautaire présents sur le territoire métropolitain.
33
5.1 Phase préparatoire
5.1.1 Choix des critères et indicateurs
Dans un premier temps, une recherche bibliographique approfondie a permis de sélectionner une large liste
d’indicateurs potentiels pour évaluer l’état de conservation des bas-marais calcaires. Les objectifs étaient, d’une part,
d’établir une première liste non exhaustive d’indicateurs susceptibles d’évaluer les paramètres « Surface »,
« Structures et fonctions » et « Altérations ». D’autre part, elle devait permettre de préétablir des seuils pour chaque
indicateur présélectionné, c’est-à-dire les valeurs à partir desquelles l’indicateur passe de « favorable » à « non
favorable ». Différents travaux, des littératures française et européenne, ont pu être analysés afin d’obtenir des pistes
de réflexion sur l’état de conservation des habitats tourbeux en France et en Europe (Kôhler, 2006 ; Kooijman et
Paulissen, 2006 ; Manneville et al., 2006 ; Klesczewski, 2007 ; Šefferová Stanová et al., 2008 ; Catteau et al., 2009 ;
García-Rodeja et al., 2009 ; Cholet et Magnon, 2010 ; Prunier et al., 2010 ; Abdulhak et Sanz, 2012 ; Mróz, 2013 ; Cross,
2014 ; van Diggelen et al., 2015 ; Megre et al., 2017 ; Billod, 2018 ; Jaunatre et al., 2018 ; etc.) (Tableau 3).
Les pré-grilles d’indicateurs issues des recherches bibliographiques pour chaque habitat ont été présentées à des
experts et gestionnaires lors d’un premier comité de pilotage (COPIL). Les COPIL permettent d’échanger sur la
pertinence et l’utilisation de certains indicateurs dans le cadre de l’évaluation de l’état de conservation des habitats,
leurs modalités d’application sur le terrain et les seuils potentiels. Ces échanges ont abouti à des modifications des
grilles proposées initialement avec l’ajout, la suppression et/ou le remaniement d’indicateurs. Les nouvelles grilles
proposées ont servi de base à la mise en place des méthodologies. Elles ont ensuite été testées lors d’une phase de
terrain.
Recherche
bibliographique
Proposition
d’indicateurs
COPIL
Liste d’indicateurs
potentiels
Test des indicateurs sur
le terrain
Modification de la
grille en fonction des
retours d’expérience
Validation de la grille
lors du 2nd COPIL
Analyses statistiques
Figure 24. Étapes du processus d’élaboration des grilles d’indicateurs (d’après Mistarz et Grivel, 2020).
34
L’intégration d’indicateurs floristiques et faunistiques dans les méthodes d’évaluation de l’état de conservation des
milieux ouverts est un véritable enjeu (Carboni et al., 2015). Bien souvent, les indicateurs biologiques (faune, flore)
sont privilégiés dans les méthodes élaborées par l’UMS Patrinat. Ces derniers présentent de nombreux avantages par
rapport aux indicateurs conventionnels de mesure de la qualité de l’eau (Menetrey et al., 2005). Ils intègrent les effets
des variations des teneurs en nutriments sur de longues périodes, sont économiques et demandent un moindre effort
de prospection que la mesure des paramètres physico-chimiques, qui ne fournit qu’une vision de la qualité chimique
Tableau 3. Pré-grille d’indicateurs issus des recherches bibliographiques sur l’évaluation de l’état de conservation
des cladiaies (année 1).
35
de l’eau à un instant t. Ce choix implique toutefois que l’utilisateur ait un minimum de connaissances naturalistes
(Tableau 4).
Tableau 4. Grilles d’indicateurs sélectionnés en COPIL, à tester sur le terrain sur les tourbières basses alcalines
(UE 7230, année 2) et les cladiaies (UE 7210, année 1).
36
5.1.2 Choix des sites tests
Afin de tester les indicateurs retenus lors du premier COPIL, des sites d’expérimentation ont été choisis en amont
de chaque phase de terrain. L’objectif du choix de sites était de pouvoir tester la méthode et les indicateurs sur
l’ensemble de l’aire de répartition des habitats ciblés (Figure 25). L’intérêt est de pouvoir évaluer l’état de conservation
des habitats dans différents contextes (géographique, écologique, de gestion, etc.), et d’avoir suffisamment de recul
pour proposer des méthodes avec les indicateurs les plus pertinents aux échelles nationale et de l’habitat générique.
Les sites choisis pour tester la méthode sont des sites Natura 2000 (certains tests ont pu être effectués hors site Natura
2000), disposant d’informations suffisantes sur les habitats d’intérêt, généralement présentes dans le DOCOB. Étant
donné leur connaissance du terrain, les partenaires (Conservatoires botaniques nationaux, chercheurs, Conservatoires
d’espaces naturels et autres structures gestionnaires) ont été missionnés afin d’identifier les sites les plus adaptés.
Idéalement, un site test devait présenter :
- un ou plusieurs DOCOB (données surfaciques, cartographies, activités et leurs impacts sur l’ensemble du site, etc.) ;
- des polygones d’habitat en différents états de conservation afin de calibrer la méthode sur l’ensemble des états
rencontrés ;
- des associations végétales différentes pour un même habitat afin de pouvoir produire une méthode applicable à
l’échelle de l’habitat générique ;
- des polygones d’habitat relativement accessibles afin de maximiser le temps imparti à l’étude.
Figure 25. Localisation des campagnes de relevés effectuées entre 2017 et 2019 sur les cladiaies.
37
5.2 Phase de test des indicateurs sur le terrain
5.2.1 Objectifs
Les objectifs des différentes phases de terrain étaient de :
- tester les indicateurs retenus lors du COPIL en les confrontant aux dires d’experts sur l’état de conservation des bas-
marais calcaires échantillonnés. Il s’agissait ensuite de ne sélectionner que les indicateurs les mieux corrélés à l’avis
d’expert ;
- relever les atteintes et les données nécessaires à la mise en évidence des informations apportées par les indicateurs ;
- mettre en évidence les corrélations et les redondances entre indicateurs.
Les Conservatoires botaniques nationaux (CBN), les Conservatoires d’espaces naturels (CEN), les parcs naturels
régionaux (PNR), etc. ont été sollicités afin d’apporter leurs connaissances et aide sur le terrain. Ils ont permis
d’identifier les placettes représentatives de différents états de conservation des bas-marais calcaires à échantillonner
à l’échelle du site Natura 2000 sur leur territoire d’agrément. La présence d’experts sur les sites prospectés a permis
de confirmer la présence des habitats et de fournir un maximum d’informations sur leurs états de conservation, les
atteintes et leur dynamique.
Si les valeurs seuils des indicateurs ont pu être prédéfinies grâce aux résultats des recherches bibliographiques ou
à dire d’expert, les phases de terrain ont permis de les ajuster. Elles ont donc contribué à calibrer les méthodes en
attribuant les valeurs seuils et notes associées aux indicateurs retenus pour intégrer les méthodologies. Pour atteindre
ces objectifs, ont été réalisés sur les sites prospectés (Tableau 5) :
- une délimitation précise de l’habitat, ainsi qu’une géolocalisation des points de relevés ;
- des photographies ;
- des relevés phytosociologiques ;
- des sondages pédologiques ;
- des relevés d’indicateurs autres que ceux relatifs à la composition floristique ;
- l’évaluation de l’état de conservation de l’habitat à dire d’expert ;
- un relevé des atteintes, le cas échéant.
Les experts ont renseigné l’état de conservation de chaque polygone d’habitat comme étant « bon-optimal »,
« bon-correct », « altéré » ou « dégradé ». Tous les commentaires et descripteurs de l’état de conservation ont été
notés. Ces derniers ont permis d’affiner l’état de conservation de chaque polygone prospecté sous la forme « bon-
correct + », « bon-correct » ou « bon-correct - », afin d’avoir un large panel d’états de conservation (Figure 26). Ainsi,
la mise en évidence des relations entre indicateurs et avis d’expert n’en a été que plus précise. L’avis d’expert a
également permis de fournir un ensemble de descripteurs permettant de définir les états de référence de l’habitat à
l’échelle d’un site (états optimaux souhaités, favorables choisis, altérés et dégradés).
38
5.2.2 Le relevé phytosociologique, un outil efficace car synthétique
La phytosociologie permet une classification des groupements végétaux, mais aussi une mise en évidence de leur
dynamique et de la relation des espèces avec leur environnement. En d’autres termes, cette science correspond à
l’explication de l’évolution et de la genèse des associations végétales (Meddour, 2011). Selon Lahondère (1997), ces
dernières résultent des conditions du milieu en un point donné, des facteurs climatiques et édaphiques qui leur sont
associés.
Marais de Sacy
Steppique durancien et queyrassin
Bassin du Drugeon
Haut Guil-Mont Viso-Val Preveyre
Vallée des Beunes
Vallons obscurs
Tableau 5. Exemples de sites où ont été effectués les tests sur les bas-marais calcaires (©M. Mistarz).
39
Les relevés phytosociologiques correspondent à des relevés « d’informations variées permettant de décrire la
communauté végétale en place et son contexte », c’est-à-dire des « informations sur la composition floristique, sur la
structure de la végétation, sur l’abondance des différents taxons au sein de la végétation étudiée, sur la physionomie
et le périmètre du relevé, etc. » (Delassus, 2015). Ils permettent d’obtenir un grand nombre d’informations dans un
temps limité au sein d’une station homogène, dans une aire donnée. Cette surface donnée doit correspondre à l’aire
minimale, autrement dit à la surface à partir de laquelle le nombre d’espèces n’augmente plus pour un effort de
prospection constant. Cette aire est fonction de l’espace vital occupé par les espèces au sein de la communauté
végétale étudiée, mais aussi du recouvrement total de la végétation et de l’abondance-dominance de l’espèce
dominante. Les espèces volumineuses, le faible recouvrement total de la végétation et la domination d’une espèce au
sein du relevé sont autant de facteurs qui contribueront à augmenter l’aire minimale (Catteau, 2019).
De par le choix des indicateurs à tester sur le terrain, les relevés phytosociologiques se sont avérés idéaux en terme
informatif. En effet, ils permettent d’obtenir les informations nécessaires à l’analyse de l’ensemble des indicateurs liés
à la composition floristique (Meddour, 2011 ; Delassus, 2015). Les relevés sont généralement effectués au sein de
placettes de forme variable (circulaire, carrée, linéaire, etc.) ou le long de transects, de manière à être représentatifs
de la végétation de l’habitat. La forme du relevé est toujours adaptée à la forme du polygone d’habitat dont on veut
rendre compte de la composition floristique. La taille du relevé et leur nombre par polygone d’habitat ont été adaptés
en fonction de la physionomie des sites prospectés et du temps disponible sur le terrain (Figure 26).
Figure 26. Exemple de placettes inventoriées. À gauche, une butte à sphaignes en tourbière haute active (UE 7110*) ;
à droite, une tourbière basse alcaline (UE 7230).
De manière générale, le choix de l’emplacement du relevé phytosociologique est une étape importante si l’on veut
rendre compte fidèlement de la composition floristique en un point donné. L’homogénéité floristique de la station est
obtenue lorsque la répétition de combinaison d’espèces végétales est observée. L’homogénéité écologique nécessite
l’homogénéité structurale et physionomique de la station. La placette doit également être homogène du point de vue
des conditions du milieu telles que l’exposition, la pente, la microtopographie, etc.
50 cm
©C. Epicoco
5 m
5 m
5 m
5 m
©H. Clément
40
Sur chaque placette, le recouvrement de l’ensemble des espèces végétales a été estimé visuellement. Diverses
méthodes d’estimation des recouvrements peuvent être utilisées. Ici, un coefficient d’abondance-dominance de
Braun-Blanquet (1964) a pu être appliqué à chaque espèce relevée (Tableau 6). Les espèces végétales ont toutes été
identifiées sur le terrain ou ultérieurement (photographies et/ou prélèvements d’individus lorsque cela était possible).
Chaque espèce considérée de manière isolée apporte de nombreuses informations (Meddour, 2011). Les espèces
herbacées possèdent un haut pouvoir de résolution vis-à-vis des conditions écologiques du milieu. De manière
générale, les relevés phytosociologiques peuvent également permettre de tester l’échantillonnage en répondant à
différentes questions. Par exemple, est-ce que l’altitude est corrélée à l’état de conservation émis par avis d’expert ?
Est-ce que le type de substrat est lié au nombre d’espèces eutrophiles relevées sur cet habitat ? Les relevés peuvent
aussi permettre de mettre en évidence des processus écologiques. Par exemple, si l’indice d’humidité édaphique F
(Ellenberg, 1988) est corrélé négativement au recouvrement des espèces eutrophiles, ceci peut s’expliquer par le fait
qu’un assèchement peut favoriser la minéralisation du substrat.
En conclusion, l’avantage du relevé phytosciologique est d’être moins coûteux en temps qu’un relevé floristique
exhaustif du polygone d’habitat. Il apporte également plus d’informations. Les difficultés principales résident dans le
choix de l’emplacement du relevé représentatif du polygone d’habitat et dans l’estimation des recouvrements.
5.2.3 Sondages pédologiques
Sur certains habitats, des sondages pédologiques ont été effectués aux emplacements offrant la meilleure
représentativité du type de sol, l’objectif étant d’avoir un aperçu de l’historique du site et de la dynamique, actuelle
ou ancienne (Figure 27). Un sondage pédologique correspond au prélèvement d’une carotte du sol à une ou plusieurs
profondeurs afin d’en caractériser la structure et la texture. Le sondage permet de noter la présence d’eau temporaire
ou permanente par l’observation d’indices d’hydromorphie, c’est-à-dire des indices de présence d’eau correspondant
à des taches de rouille et des taches bleutées dans le sol, traces d’oxydo-réduction, ainsi que l’accumulation de matière
organique par l’observation d’horizons foncés (histiques) (Chambaud et al., 2012). Ces horizons histiques peuvent
également être décrits via l’analyse de la matière non décomposée. Quand les experts en avaient la connaissance, les
horizons du sol ont été décrits simplement (horizon argileux, horizon tourbeux fibrique, etc.). Sinon, le sol a été
identifié ultérieurement après la phase de terrain. Les horizons des habitats ont été identifiés comme étant sapriques
Coefficients
Recouvrement des individus dans le relevé
Médiane pour analyse
5
Abondance quelconque. Recouvrement > 75 %
87,5 %
4
Abondance quelconque. Recouvrement entre 50 et 75 %
62,5 %
3
Abondance quelconque. Recouvrement entre 25 et 50 %
37,5 %
2
Individus abondants voire très abondants. Recouvrement entre 5 et 25 %
15 %
1
Individus moyennement abondants. Recouvrement entre 1 et 5 %
2,5 %
+
Individus peu abondants. Recouvrement < 1 %
0,5 %
r
Individus très rares
0,1 %
Tableau 6. Coefficients d’abondance-dominance de Braun-Blanquet (1964), classes de recouvrement et médianes
associées.
41
(< 10 % de fibres), mésiques (10 à 40 % de fibres) ou fibriques (> 40 % de fibres) selon la quantité de fibres observée
(Gobat et al., 1991 ; Chambaud et al., 2012). Les sondages pédologiques ont été réalisés à l’aide d’une tarière
pédologique type Edelman, ou bien d’une petite pelle par commodité (communautés alticoles notamment).
5.2.4 Biais observateur
La validation des indicateurs passe par l’analyse de leur applicabilité sur le terrain, leur champ d’application et le
degré de corrélation avec le type d’informations qu’ils sont supposés apporter (Paillet et al., 2015). Pour ce faire,
l’évaluation du biais observateur est une étape essentielle de ce processus, surtout si les relevés de terrain sont
effectués par des non spécialistes. Un indicateur peut être jugé pertinent lorsque le biais observateur est minimal,
autrement dit s’il est facilement reproductible et que l’estimation de sa valeur est certaine. Les phases de test des
indicateurs sur le terrain ont également permis de mettre en exergue les difficultés relatives à l’application de certains
indicateurs et les biais relatifs à l’approche méthodologique utilisée. Entre autres :
- l’estimation visuelle des recouvrements varie d’une personne à une autre, parfois significativement. Cela crée un
biais observateur, non négligeable ;
- le fait que les avis d’expert ne viennent pas du même expert en fonction de la région crée un biais de différence de
notation.
90
10
20
3
0
40
50
60
70
80
Alluvions
Sol
Mélange argilo-
tourbeux
Argile
Tourbe mésique
Profondeur (cm)
Figure 27. Exemple de sondage pédologique au sein d’une tourbière basse alcaline et analyse de la carotte prélevée.
©H. Clément
42
5.3 Analyses des données et validation
5.3.1 Conversion des données brutes
Une fois les phases de terrain achevées,
pour permettre l’exploitation des relevés
phytosociologiques, les recouvrements des
espèces sous forme de coefficients de
Braun-Blanquet (1964) ont été transformés
en pourcentages de recouvrement (Tableau
6). L’avis d’expert a été transposé en
variable qualitative ordinale (Tableau 7),
c’est-à-dire une variable qualifiant un état
mais qui contient un ordre, ici lié à l’état de
conservation de l’habitat (bon-optimal,
bon-correct, altéré, dégradé). Les stations
échantillonnées ont été ainsi finement hiérarchisées.
5.3.2 Analyses statistiques
Les analyses statistiques ont été effectuées grâce au logiciel R (The R Fondation, 2020), avec un intervalle de
confiance à 95 %.
Dans un premier temps, des analyses statistiques exploratoires ont été réalisées afin de rendre compte de la
variabilité et de l’amplitude écologique des habitats, ainsi que de faire un bilan de l’échantillonnage (Figure 28).
Des Analyses en Composantes Principales (ACP) (Figures 29 et 30), des Analyses des Correspondances Multiples
(ACM) (Figure 30), des tests de corrélation et des tests du Khi2 ont permis de mettre en évidence les informations
apportées par les indicateurs testés sur le terrain. Des tests de corrélations de Spearman ont été effectués entre l’avis
d’expert sur l’état de conservation de l’habitat et chaque indicateur de type quantitatif (dont la valeur est numérique),
Avis d’expert récolté sur le terrain
Note attribuée à l’avis d’expert
Bon optimal plus
12
Bon optimal moyen
11
Bon optimal moins
10
Bon correct plus
9
Bon correct moyen
8
Bon correct moins
7
Altéré plus
6
Altéré moyen
5
Altéré moins
4
Dégradé plus
3
Dégradé moyen
2
Dégradé moins
1
Tableau 7. Correspondance entre l’avis d’expert émis sur le terrain
et la note servant aux analyses.
Figure 28. Nombre de relevés effectués en 2018, puis en 2019, sur les cladiaies.
43
ainsi qu’entre chaque indicateur de type quantitatif. L’hypothèse H0 suppose qu’il n’y a pas de corrélation des rangs
et l’hypothèse H1, qu’il existe une corrélation « monotone ». Lors de la réalisation des tests, si la p-value est inférieure
à 0,05, cela suggère qu’il y a moins de 5 % de chance de rejeter l’hypothèse H1, donc qu’il y a moins de 5 % de chance
que la probabilité de corrélation soit nulle. On considère alors que la corrélation est significative. De plus, le coefficient
de corrélation permet de juger de l’intensité de la relation entre deux variables. Il permet de savoir si une variable
explique significativement la note d’avis d’expert, ou encore si les variables sont corrélées et apportent la même
information. Pour les indicateurs de type qualitatif (présence/absence, type de tourbe, etc.), ce sont des tests du Khi2
qui ont été réalisés.
Il a également été possible de tester la corrélation entre l’avis d’expert et différentes combinaisons d’indicateurs
via des modèles linéaires, l’objectif final étant de déterminer quelle combinaison d’indicateurs était la mieux corrélée
à l’avis d’expert. Ces analyses ont aussi permis de mettre en évidence des valeurs seuils pour les indicateurs qui n’en
possédaient pas suite aux recherches bibliographiques et aux phases de terrain. Les résultats obtenus via analyses des
données ont fait l’objet d’une validation lors d’un second COPIL. Une fois les indicateurs et les valeurs seuils
sélectionnés pour intégrer la grille finale, une note a été obtenue par placette grâce à un calcul automatique. Cette
note a été confrontée à la note de l’avis d’expert par régression linéaire (Figure 30). Une boucle a permis d’attribuer
des notes associées aux différentes valeurs seuils pour chaque indicateur. Les notes qui correspondaient au meilleur
coefficient de détermination (R²), c’est-à-dire à la meilleure prédiction entre la note calculée par placette et la note de
l’avis d’expert, ont été retenues.
1. Il existe une corrélation entre
les notes d’avis d’expert 3 et
4 et la variable
environnementale 1
2. Les variables
environnementales 1 et 2
sont inversement corrélées
Figure 29. Exemple théorique d’une Analyse en Composantes Principales (variables quantitatives) et son
interprétation (d’après Mistarz et Grivel, 2020).
44
Les étapes des analyses statistiques sont résumées ci-dessous (Figure 31).
a
b
c
d
Figure 30. Différentes analyses statistiques. a : ACP sur les indicateurs quantitatifs en cladiaies ; b : ACM sur les
indicateurs qualitatifs en cladiaies ; c : Corrélation négative entre le nombre d’espèces liées au pâturage et l’avis
d’expert sur les tourbières basses alcalines (ρ = - 0,22, p-value = 0,0350) ; d : Régression entre la note modélisée et la
note de l’avis d’expert sur les tourbières basses alcalines.
45
Figure 31. Étapes des analyses statistiques pour obtenir une grille d’indicateurs.
46
6 Discussion générale
6.1 Des méthodes simples pour une réalité complexe
La création de grilles d’indicateurs permettant l’évaluation standardisée des habitats tourbeux sur l’ensemble du
territoire métropolitain est essentielle afin de rendre compte de l’évolution de ces milieux. Ces grilles permettent de
cibler les paramètres sur lesquels agir pour maintenir ou restaurer dans un état de conservation favorable les HIC
évalués. Elles s’adressent à des opérateurs de site Natura 2000 disposant de moyens réalistes. En effet, l’application
de ces méthodes doit minimiser les moyens nécessaires aux relevés et aux analyses. Il s’agit également de minimiser
les compétences requises en proposant des alternatives entre des indicateurs très simples et des indicateurs
demandant des connaissances expertes. Les listes d’espèces à prendre en compte dans l’évaluation se veulent
également limitées. Ces méthodes constituent donc un compromis entre coûts (temps et compétences) et efficacité.
En revanche, l’évaluation des habitats à l’échelle des sites reste un exercice difficile et réducteur de la complexité des
interactions entre les habitats et les composantes physiques du milieu dans lesquels ils se trouvent, ainsi qu’entre les
habitats eux-mêmes (Hardegen, 2015). Ceci est particulièrement vrai dans le cas des habitats en mosaïque ou
dynamiques comme peuvent l’être les habitats de bas-marais calcaires. Par ailleurs, les mosaïques et superpositions
d’habitats peuvent poser des problèmes d’identification et de délimitation de l’habitat sur le terrain. Il n’est pas non
plus aisé d’allier les faibles compétences naturalistes souhaitées par les opérateurs à la précision scientifique requise
pour évaluer l’état de conservation des habitats au titre de la DHFF. Le budget et le temps souvent limités des
opérateurs participant à cette évaluation éliminent d’office certains indicateurs pourtant jugés pertinents, mais
nécessitant du matériel coûteux pour leur mesure et beaucoup de temps pour leur détermination, leur analyse, etc.
Par exemple, peu d’indicateurs faunistiques intègrent encore ces méthodes d’évaluation, la définition des habitats au
titre de la DHFF étant basée sur la phytosociologie. Les groupes faunistiques liés à l’état de conservation de certains
habitats peuvent être difficiles à appréhender sur le terrain. Ainsi, en tourbières basses alcalines, si les araignées
semblent être de bons indicateurs de l’état de conservation, elles nécessitent un effort de prospection et de
détermination chronophage. Ce point semble contraire à la philosophie des méthodes proposées qui se veulent
simples à mettre en œuvre et accessibles à l’ensemble des opérateurs. Pourtant, les indicateurs faunistiques
apparaissent essentiels pour traduire les interactions des habitats avec leur environnement, mais aussi pour qualifier
l’état des processus intrinsèques aux habitats (rappelons que la notion d’habitat se rapporte à un biotope et une
biocénose, laquelle est composée d’espèces végétales, mais aussi animales). Les travaux sur le lien espèces-habitats
pourraient, à l’avenir, permettre de cibler des groupes faunistiques simples à prospecter et à déterminer, dans le cadre
de l’évaluation de l’état de conservation des habitats. De même, aussi bien pour les tourbières alcalines que pour les
tourbières acides, la prise en compte des bryophytes semble très informative pour qualifier l’état de conservation des
habitats tourbeux. Leur forte sensibilité en fait des indicateurs précis des variations hydrologiques, chimiques et des
modifications physiques du milieu. Leur détermination reste toutefois très technique et chronophage, ce qui en fait
des indicateurs peu adaptés à ces méthodes.
47
Bien que certains opérateurs estiment que ces méthodes soient complexes à mettre en œuvre (Galli, 2015), les
guides d’évaluations ci-après essaient, dans la mesure du possible, de mettre en avant des indicateurs répondant aux
critères de temps, coût et compétences réduits, tout étant à l’interface entre l’avis d’expert et le suivi.
6.2 Des méthodes évolutives et adaptables
Ces méthodes sont standardisées et applicables sur l’ensemble du territoire métropolitain, à l’échelle de l’habitat
générique. Elles présentent les avantages d’être accessibles à toutes et tous, d’être reproductibles dans le temps et
dans l’espace, de fournir des éléments de comparaison entre sites et d’identifier les efforts de gestion à fournir. À
chaque nouveau jeu de données récoltées sur le terrain, les indicateurs, valeurs seuils et notes sont recalibrés. La
littérature récente permet aussi de faire évoluer les grilles d’indicateurs proposées. Ces dernières doivent cependant
être affinées par l’expérience de terrain et le retour des opérateurs. En effet, l’application de la méthode par les
gestionnaires doit permettre de répondre à plusieurs questions :
- La méthode est-elle simple à mettre en œuvre ? Est-elle adaptée à tous les contextes ?
- Les listes d’espèces proposées sont-elles réalistes ? En est-il de même pour les unités et les plans d’échantillonnage
?
- Est-ce que la méthode peut facilement être couplée à d’autres projets ? Avec les objectifs et le plan de gestion du
site ?
Ces grilles d’évaluation constituent une base de réflexion, que l’opérateur doit mener en amont de son application.
Il s’agit de recontextualiser les indicateurs proposés à l’échelle de chaque site Natura 2000. Il est parfois nécessaire
d’adapter les méthodes proposées à l’échelle locale. Cela peut passer, par exemple, par l’ajout d’espèces au sein des
listes prises en compte dans les différents indicateurs. En effet, une espèce considérée comme eutrophile à l’échelle
locale peut ne pas être prise en compte dans un indicateur à l’échelle nationale. Par ailleurs, d’autres méthodes
existent pour évaluer l’état de conservation des habitats en France (Klesczewski, 2007 ; Caillaud, 2018 ; Doucet, 2019 ;
etc.). Ces dernières sont, notamment, adaptées aux échelles locales. Clarifier les objectifs et les moyens permet de
choisir l’outil adéquat. En revanche, l’opérateur devrait prendre des précautions, si désireux soit-il d’élaborer une
nouvelle grille d’évaluation à partir de méthodes existantes, en se posant quelques questions préalables :
- Ai-je un réel besoin d’élaborer une nouvelle méthode ?
- Si oui, est-ce que mes nouveaux indicateurs sont toujours complémentaires ?
- À recréer une nouvelle méthode au bureau, aurais-je toujours autant de temps à allouer à l’évaluation sur le terrain ?
6.3 Le choix des états de référence aux échelles nationale et de l’habitat
générique
La démarche globale de l’évaluation d’état de conservation des habitats repose sur la comparaison de l’habitat
étudié à une entité dont l’état est jugé optimal par l’opérateur pour ce type d’habitat. Il s’agit donc de choisir les états
de référence, à partir desquels on considère que l’habitat est en état de conservation favorable, altéré ou dégradé. Si
48
la littérature scientifique peut aider à construire ces différents états en se basant sur un certain nombre de critères et
indicateurs, le nombre de travaux et publications sur le sujet n’en reste pas moins limité. Les phases de test des
indicateurs sur le terrain peuvent alors aider à construire ces différents états. Ceci implique de visiter une grande
diversité de sites où les habitats génériques sont bien identifiés, afin d’avoir un jeu de données représentatif de leur
variabilité géographique, et des communautés qui les composent au sein du territoire. Cependant, certains habitats
génériques présentent de très fortes variabilités entre les habitats élémentaires. C’est le cas des habitats de bas-marais
calcaires, qui peuvent présenter de fortes variations au niveau des structures de végétation (roselières à hélophytes,
végétation sur tourbe dénudée, cladiaies hautes, cladiaies basses, etc.), de la nature du sol (tourbeux, alluvionnaire,
sableux) ou encore du type de communauté végétale dominante (bryophytes ou phanérogames). Toutes ces variations
posent des difficultés quant à la mise en place d’une grille par habitat générique comprenant des indicateurs et seuils
applicables à l’ensemble des végétations rattachées à celui-ci, sur l’ensemble du territoire métropolitain. Des
exceptions (ou configurations rares des habitats uniquement présentes sur un territoire localisé) peuvent exister et
ainsi complexifier l’élaboration des grilles d’évaluation, voire ne pas être prises en compte dans les méthodes
proposées. C’est pourquoi plusieurs descripteurs sont proposés pour décrire les états de référence de chaque habitat.
Il s’agit de garder à l’esprit que les états de référence doivent être établis par l’opérateur à l’échelle de son site Natura
2000. À partir de l’établissement de ces états de référence à l’échelle du site, le seuil à partir duquel l’habitat passe
d’un état altéré à favorable pourra être fixé. Au sein d’un même site, plusieurs états favorables pourront être envisagés
pour un seul habitat générique. Cela peut notamment être le cas pour les tourbières basses alcalines, si l’habitat est à
la fois représenté par des végétations des Magnocaricetea elatae (communautés eutrophiles de grandes hélophytes)
et du Caricion davallianae (communautés oligotrophiles à mésotrophiles basses) à l’échelle du site Natura 2000. C’est
notamment le cas sur certains sites en Champagne-Ardenne.
6.4 La stratégie de l’Union européenne en faveur de la biodiversité à
l’horizon 2030
En France, le réseau Natura 2000 ne constitue pas à un réseau de sites de protection stricte. Aujourd’hui, on estime
que seulement 3 % des terres de l’UE sont strictement protégés (CE, 2020). D’ici 2030, la CE propose qu’un tiers des
zones protégées le deviennent strictement, soit 10 % des terres de l’UE. Dans le contexte de cette protection stricte,
une attention devra être particulièrement accordée aux écosystèmes riches en carbone, dont les tourbières font
partie. Il est en effet envisagé de restaurer des superficies importantes de ces écosystèmes dégradés. Par ailleurs, la
CE compte demander aux États membres de veiller à la non-détérioration de l’état de conservation de tous les habitats
protégés, dont les HIC font partie. Au moins 30 % des habitats actuellement en état défavorable devront l’être ou
présenter une tendance nettement positive. Pour rappel, les HIC tourbeux font aujourd’hui partie des habitats dont la
tendance est à la dégradation.
Concernant le réseau Natura 2000, les objectifs sont son achèvement et la mise en place d’une gestion efficace sur
chacun des sites, notamment des dispositions relatives aux habitats dont la tendance est au déclin. Les travaux sur les
49
bas-marais calcaires à l’échelle des sites Natura 2000 pourront participer à l’atteinte des objectifs précédemment cités
à l’horizon 2030.
7 Conclusion
Les travaux d’Epicoco et Viry (2015), Lesniak (2016), etc. sur les tourbières acides à sphaignes, ainsi que le travail
mené depuis 2017 sur les bas-marais calcaires (Clément, 2017 ; Garcin, 2018 ; Reich, 2019 ; Doucet, 2019 ; Clément et
al., 2020 ; Botcazou, 2020 ; Clément et al., 2021 ; Crouzeix, 2021 ; etc.) constituent les approches de mise en place et
d’application de méthodes standardisées d’évaluation de l’état de conservation des habitats tourbeux d’intérêt
communautaire à l’échelle du territoire métropolitain. En ce qui concerne les bas-marais calcaires, l’analyse de la
littérature, les COPIL, ainsi que les phases de terrain successives ont permis de mettre en avant des indicateurs
potentiellement pertinents dans une démarche d’évaluation nationale.
Les versions des grilles proposées aujourd’hui sont jugées tout à fait valides et pertinentes par les différentes parties
prenantes ayant participé à leur réalisation. Néanmoins, ces méthodes d’évaluation se veulent évolutives et les grilles
proposées ci-après seront remaniées après chaque retour d’expérience des utilisateurs, si jugé pertinent. Un équilibre
entre précision scientifique et faisabilité est primordial pour que ces méthodes soient à la fois valides et applicables
par les opérateurs Natura 2000. Ce travail n’en reste pas moins essentiel si l’on souhaite rendre compte de l’évolution
des habitats français au sein du réseau européen et atteindre les objectifs fixés par la CE à l’horizon 2030.
50
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... Depuis 2017, une réflexion a été engagée sur l'évaluation de l'EDC des bas-marais calcaires (Clément, 2017 (Bensettiti et al., 2002 ;Clément et al., 2020). ...
... -« son aire de répartition naturelle ainsi que les superficies qu'il couvre au sein de cette aire sont stables ou en extension ; (Clément et al., 2020) Grivel, 2020). Les états « altérés » correspondent aux états ou l'habitat subit une détérioration ayant d'importantes répercussions sur ses fonctionnalités, mais pour lesquelles des mesures de restauration ou de gestion peuvent être envisagées. ...
... Les états « altérés » correspondent aux états ou l'habitat subit une détérioration ayant d'importantes répercussions sur ses fonctionnalités, mais pour lesquelles des mesures de restauration ou de gestion peuvent être envisagées. Enfin, l'état « dégradé » est attribué aux habitats profondément détériorés qui ne pourraient pas se rétablir par des mesures de gestion ou de restauration (Clément et al., 2020). somme des notes de chaque indicateur est ajoutée à la note de 100 (figure 5). ...
Méthode d’évaluation de l'état de conservation des bas-marais calcaires d'intérêt communautaire à l’échelle des sites Natura 2000 : les sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) (UE 7220*).
Technical Report
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  • Sep 2020
L’évaluation de l’état de conservation dans les sites Natura 2000 est une obligation dans le Droit français. Pour faciliter le travail des opérateurs·rices et permettre une future comparaison et mutualisation des données entre les sites, le MNHN a été chargé par le ministère en charge de l’écologie, de mettre en place des méthodes standardisées au niveau de la France métropolitaine pour évaluer l’état de conservation de tous les habitats d’intérêt communautaire présents sur le territoire. De nombreux partenaires techniques et scientifiques (CBN, CEN, DREAL, MNHN, opérateurs·rices Natura 2000, etc.) apportent leur expertise et expérience à ce projet. Ce travail constitue une première approche de l’évaluation de l’état de conservation de l’habitat d’intérêt communautaire « Sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) » (UE 7220*) à l’échelle du territoire métropolitain. Il fait suite à la publication de la première version des cahiers d’évaluation de l’état de conservation des bas-marais calcaires d’intérêt communautaire en mars 2020 (Clément et al., 2020), en vue de la publication d’une seconde version. Une première étape de bibliographie a permis de sélectionner et de proposer des indicateurs, discutés puis validés en comité de pilotage. Des relevés de terrain ont été réalisés afin de confronter les indicateurs sélectionnés au dire d’expert sur l’état de conservation des habitats. Des analyses statistiques ont été réalisées. Les résultats obtenus permettront d’élaborer une première version de la grille d’indicateurs pour les sources pétrifiantes.
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... Afin de répondre aux objectifs de la DHFF, PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD) met en place des méthodes d'évaluation de l'EC de tous les habitats d'intérêt communautaire (HIC) présents sur le territoire à l'échelle des sites Natura 2000. Depuis 2008, plusieurs méthodologies ont été proposées pour évaluer les habitats forestiers (Carnino 2009 ;Maciejewski 2016a ;Maciejewski 2016b), les dunes non boisées (Goffé 2011), les habitats marins (Lepareur 2011), les habitats agropastoraux (Maciejewski 2012 ;Maciejewski et al. 2013 ;Maciejewski et al. 2015), les lagunes côtières (Richeux 2012 ;Lepareur et al. 2013 ;Lepareur et al. 2018), les habitats des eaux courantes (Viry 2013a ;Viry 2013b), les habitats tourbeux et de sources pétrifiantes (Epicoco 2014 ;Epicoco et Viry 2015 ;Clément 2017 ;Garcin 2018 ;Reich 2019 ;Clément et al. 2020 ;Botcazou 2020 ;Clément et al. 2021 ;Crouzeix 2021 ;Clément et al. 2022), les estuaires (Le Floc'h 2015), les habitats des eaux dormantes (Charles 2013 ;Mistarz 2016 ;Miedziejewski 2017 ;Latour 2018 ;Mistarz et Latour 2019), les landes humides (Grivel 2019 ;Mistarz et Grivel 2020) et les falaises littorales méditerranéennes (Bicchierai 2022 ;Bicchierai et Mistarz 2023). L'outil d'évaluation est une aide aux opérateurs afin de définir les priorités d'intervention et les paramètres sur lesquels agir, de s'assurer de l'efficacité des mesures de gestion mises en oeuvre et de définir le bon EC. ...
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... Afin de répondre aux objectifs de la DHFF, PatriNat met en place des méthodes d'évaluation de l'EC de tous les habitats d'intérêt communautaire (HIC) présents sur le territoire à l'échelle des sites Natura 2000. Depuis 2008, plusieurs méthodologies ont été proposées pour évaluer les habitats forestiers (Carnino 2009 ;Maciejewski 2016a ; Maciejewski 2016b), les dunes non boisées (Goffé 2011), les habitats marins (Lepareur 2011), les habitats agropastoraux (Maciejewski 2012 ;Maciejewski et al. 2013 ;Maciejewski et al. 2015), les lagunes côtières (Richeux 2012 ;Lepareur et al. 2013 ;Lepareur et al. 2018), les habitats des eaux courantes (Viry 2013a ;Viry 2013b), les habitats tourbeux et de sources pétrifiantes (Epicoco 2014 ;Epicoco et Viry 2015 ;Clément 2017 ;Garcin 2018 ; Reich 2019 ; Clément et al. 2020 ;Botcazou 2020 ;Clément et al. 2021 ;Crouzeix 2021 ;, les estuaires (Le Floc'h 2015), les habitats des eaux dormantes (Charles 2013 ;Charles et Viry 2015 ;Mistarz 2016 ;3 Miedziejewski 2017 ;Latour 2018 ;Mistarz et Latour 2019) et les landes humides (Grivel 2019 ;Mistarz et Grivel 2020). L'outil d'évaluation est une aide aux opérateurs afin de définir les priorités d'intervention et les paramètres sur lesquels agir, de s'assurer de l'efficacité des mesures de gestion mises en oeuvre et de définir le bon EC. ...
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... En effet, PatriNat a été chargée par le Ministère en charge de l'écologie de produire des méthodes pour évaluer les HIC dans les sites Natura 2000, en lien avec la transposition de la DHFF dans le Code de l'environnement. Plusieurs méthodes ont déjà été élaborées, pour l'évaluation des habitats forestiers (Carnino, 2009 ;Maciejewski, 2016), des habitats agropastoraux (Maciejewski et al., 2015), des habitats humides et aquatiques (Viry, 2013 ;Charles & Viry, 2015 ;Epicoco & Viry, 2015 ;Mistarz & Latour, 2019 ;Clément et al., 2021 ;Mistarz & Grivel, 2020), des habitats dunaires (Goffé, 2011), des lagunes atlantiques et méditerranéennes (Lepareur et al., 2013 ;2018) et des habitats marins avec la première version de ce guide sortie en 2011 (Lepareur, 2011). ...
Evaluation de l’état de conservation des habitats naturels marins à l’échelle d’un site Natura 2000. Guide méthodologique
Technical Report
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  • Apr 2023
Ce guide pour structurer l’évaluation de l’état de conservation des habitats marins à l’échelle des sites Natura 2000 est une mise à jour du guide de Lepareur (2011). Son objectif est de fournir un cadre méthodologique commun pour tous les Habitats d’Intérêt Communautaire à évaluer dans les sites Natura 2000. Les principales recommandations sont d’utiliser les typologies nationales des habitats marins benthiques pour définir les unités à évaluer et de rechercher une cohérence avec les outils de suivi et d’évaluation développés pour les différentes directives de préservation du milieu marin (DCE et DCSMM principalement). Il est recommandé que l’évaluation de l’état de conservation d’un habitat sur un site repose sur trois paramètres à évaluer en cohérence avec l’évaluation biogéographique : 1. les évolutions de surface d’habitat au sein du site étudié ; 2. la structure et les fonctions de l’habitat ; 3. les altérations qu’il subit. L’évaluation peut conduire à une note d’état de conservation. Le calcul de celle-ci peut être faite de différentes façons. Ici, est rappelé le cadre des méthodes « PatriNat ». Le document propose également certaines clés pour l’élaboration de méthode d’évaluation d’une unité d’habitat à l’échelle du site. En conclusion, l’approche évaluative développée à l’échelle du site doit être complémentaire et compatible avec les approches utilisées pour les évaluations à l’échelle biogéographique sans forcément être identique.
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... Influencées par la méthode de Carnino, plusieurs autres méthodes ont ensuite vu le jour et ont permis d'étendre l'évaluation de l'état de conservation au-delà des habitats forestiers (Carasco, 2013). En effet, le Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN) a publié, à la suite de ce document, un ensemble de méthodes couvrant chacune une grande catégorie de biotopes : les habitats agropastoraux (Maciejewski et al., 2015), les habitats des dunes non boisées du littoral atlantique (Goffé, 2011), les habitats humides et aquatiques (Viry, 2013), les habitats tourbeux (Epicoco et Viry, 2015), les mares temporaires méditerranéennes (Charles et al., 2015), les habitats des eaux dormantes (Mistraz et al., 2019), les landes humides (Mistraz et al., 2020), les bas-marais calcaires (Clément et al., 2021), les habitats littoraux (Lepareur et al., 2018) et les habitats marins (Lepareur, 2011). A cela s'ajoute la mise en place de démarches définissant l'état de conservation des habitats à d'autres échelles : les habitats eux-mêmes ou l'unité de gestion (CEN L-R, 2011). ...
Nassonia : Quelles mesures de gestion adopter pour les habitats d’intérêt communautaire prioritaires (forêts de pentes, éboulis ou ravins (9180*) et forêts alluviales (91E0*)) afin d’assurer leur maintien, leur réhabilitation et leur développement sur le long terme ?
Research
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  • Aug 2021
Les écosystèmes forestiers accomplissent de nombreux services mais sont aujourd’hui fragilisés en raison de l’uniformité de leur structure et de leur composition et des bouleversements dus au changement climatique. En conséquence, Nassonia, projet de co-gestion de la forêt domaniale de Saint-Michel Freyr par la Wallonie et la Fondation Pairi Daiza, vise à augmenter la résilience forestière en proposant une gestion innovante et participative des espèces et habitats naturels présents dans la forêt de 1645 hectares. Ce travail s’inscrit dans le projet et a pour objectif de proposer des pistes de gestion propres aux forêts de pentes, éboulis ou ravins (9180*) et aux forêts alluviales (91E0*) dans le but d’assurer leur maintien, leur réhabilitation et leur développement sur le long terme. Pour ce faire, l’état de conservation de ces deux habitats prioritaires a été évalué au temps 0 du projet et les zones potentielles d’habitat ont été identifiées. L’état de conservation s’est avéré être « altéré » pour les deux milieux et la détermination de zones d’habitats potentiels permet d’envisager une augmentation de leur surface de 23,5 hectares pour les forêts de pentes et de 5,8 hectares pour les forêts alluviales, contribuant ainsi à leur préservation. À partir de ces résultats, plusieurs propositions de gestion ont pu être formulées en fonction des types de forêts (mise en réserve, clôtures de régénération, plantations-test sous clôtures, etc.).
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... Elle peut être rapidement mise en oeuvre et présente l'avantage de s'appliquer à l'échelle de la parcelle. Seul l'habitat d'intérêt communautaire 7220* « Sources pétrifiantes avec formations de travertins (Cratoneurion) » a été évalué avec une méthode différente : celle développée par l'UMS Patrinat (Clément et al. 2021) spécifiquement pour cet habitat. Tous les paramètres proposés ont été évalués, hormis le nombre d'espèces indicatrices du bon état puisqu'aucune liste d'espèces de référence n'était disponible. ...
État de conservation des habitats d’intérêt communautaire & caractérisation des ripisylves sur le site Natura 2000 « Vallon de l’Urugne »
Technical Report
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  • Sep 2021
Le site Natura 2000 "Vallon de l'Urugne" est situé en Lozère, en contrebas du Causse de Sauveterre. Seize ans après la première évaluation, l'état de conservation des habitats d'intérêt communautaire a été mis à jour. En parallèle, les boisements bordant les deux cours d'eau qui traversent le site ont été prospectés et ont été rattachés à la phytosociologie. Ils relèvent des Buxo sempervirentis-Fraxinion angustifoliae Choisnet, Gauberville & Renaux 2019 et ne sont donc pas d'intérêt communautaire. Au cours de ces prospections, une forêt de ravin relevant des Melico nutantis-Tilion platyphylli H. Passarge & Ger. Hofm. 1968 a été découverte sur le site, ce qui confirme pour la première fois la présence de l'habitat d'intérêt communautaire 9180* « Forêts de pente, éboulis, ravins du Tilio-Acerion* » au sein de l'ex-région Languedoc-Roussillon.
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Les végétations bryophytiques des formations tufeuses de Nouvelle-Aquitaine
Technical Report
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  • Dec 2021
Cette étude, basée sur plus de 200 relevés phytosociologiques, a pour objectif de dresser une première synthèse sur la composition floristique, la répartition, la définition et l'état de conservation de l'habitat d'intérêt communautaire UE 7220* pour la partie planitiaire de Nouvelle-Aquitaine. Ainsi, 8 associations et groupements ont été identifiés ainsi que 10 alliances (aucune association n'a pu être identifiée pour une partie d'entre elles). Quatre associations et groupements, tous éligibles à l'HIC UE 7220*, ont notamment été identifiés pour les alliances des tufs du Riccardio pinguis-Eucladion verticillati et du Pellion endiviifoliae. Cette étude a ainsi mise en évidence la relative fréquence de ces végétations et de cet habitat d'intérêt communautaire dans la région, contrairement à ce que laissaient penser les connaissances précédentes. Mais cela reste à relativiser du fait de la probable régression et surtout de la forte dégradation de ces milieux par l'eutrophisation ou la destruction volontaire.
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CAMPanule : partager les protocoles, méthodes et techniques de collecte de données naturalistes - Rapport d'accompagnement de la version 1
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  • Sep 2022
Ce rapport présente l’avancement du projet CAMPanule (CAtalogue de Méthodes et Protocoles), qui a pour objectif de faciliter le partage des informations concernant les modalités de collecte, de façon harmonisée, lors de l’échange des données naturalistes. La première partie précise les concepts utilisés, les périmètres et l’état d’avancement du catalogue. Pour rappel, le catalogue fera l’objet d’une amélioration continue et sera diffusé sous forme de versions successives. Il est possible à chacun de contribuer au développement de ce projet, en participant aux groupes de travail ou en proposant des ajouts au référentiel. Plus d’informations sur le site du projet : https://campanule.mnhn.fr/ La seconde partie présente une démarche de réflexion et des cas d’utilisation concrets de la base de données pour choisir un protocole pertinent vis-à-vis de ses objectifs scientifiques. Elle propose également des principes pour renseigner les informations concernant la technique, la méthode ou le protocole utilisé lors du partage de ses données et métadonnées dans le cadre du SINP.
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Éléments de réflexion pour l'évaluation et le suivi des formations à Typha minima Funck, 1794
Technical Report
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  • Mar 2022
Les végétations à Petite massette (Typha minima Funck, 1794) sont des formations herbacées basses colonisant les bords de cours d’eau plus ou moins froids des régions alpine et méditerranéenne, des étages collinéen au montagnard inférieur. Elles se développent préférentiellement sur des bancs d’alluvions sablo-limoneux régulièrement rajeunis par les crues. Actuellement rattachées à l’habitat d’intérêt communautaire des formations pionnières de bas-marais arctico-alpins (UE 7240*), des discussions ont amené à revoir cette position et à potentiellement rattacher ces formations aux rivières alpines des étages montagnards (UE 3220) et aux roselières des étages inférieurs, non communautaires. Il n’en reste pas moins que T. minima bénéficie d’un statut de protection nationale, du fait de sa vulnérabilité aux aménagements des cours d’eau, aux pollutions, etc. PatriNat mène depuis 2019 une réflexion sur la mise en place d’indicateurs pour évaluer et suivre l’état de conservation de cet habitat patrimonial, en partenariat avec diverses structures. Après trois campagnes de terrain, ce rapport présente l’état d’avancement des réflexions, tests et analyses effectués sur ces formations, c’est-à-dire les premiers indicateurs pour évaluer et suivre l’état de conservation des formations à Petite massette et leurs modalités d’application. Ces travaux seront poursuivis et enrichis par les partenaires de l’étude, notamment via le programme Flore sentinelle, piloté par le Conservatoire botanique national alpin, et les réflexions menées par l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement sur la thématique (Popoff et al., 2021). En régions Auvergne-Rhône-Alpes et Provence-Alpes-Côte d’Azur, ces travaux s’inscrivent également dans le cadre du Plan régional d’action en faveur de la Petite massette en fournissant des éléments pour répondre aux axes 1 et 2, respectivement “Bilan des connaissances actuelles et perspectives d’acquisition des données de Petite massette” et “Conservation et restauration de la fonctionnalité des habitats favorables à la Petite massette” (CBNA, 2019).
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Observatoire du patrimoine naturel du Marais poitevin : bilan et préconisations
Technical Report
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  • Jun 2021
Cette étude vise à établir un bilan des suivis de biodiversité réalisés dans le cadre de l’Observatoire du patrimoine naturel du Marais poitevin (OPN) après 15 ans de fonctionnement et à émettre des propositions sur ces suivis et sur le fonctionnement de l’OPN. Ce rapport est produit dans la cadre de la convention entre l’UMS PatriNat et le Parc naturel régional du Marais poitevin, financée par la DREAL Nouvelle-Aquitaine.
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Méthode d’évaluation de l'état de conservation des bas-marais calcaires d'intérêt communautaire à l’échelle des sites Natura 2000 : les sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) (UE 7220*).
Technical Report
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  • Sep 2020
L’évaluation de l’état de conservation dans les sites Natura 2000 est une obligation dans le Droit français. Pour faciliter le travail des opérateurs·rices et permettre une future comparaison et mutualisation des données entre les sites, le MNHN a été chargé par le ministère en charge de l’écologie, de mettre en place des méthodes standardisées au niveau de la France métropolitaine pour évaluer l’état de conservation de tous les habitats d’intérêt communautaire présents sur le territoire. De nombreux partenaires techniques et scientifiques (CBN, CEN, DREAL, MNHN, opérateurs·rices Natura 2000, etc.) apportent leur expertise et expérience à ce projet. Ce travail constitue une première approche de l’évaluation de l’état de conservation de l’habitat d’intérêt communautaire « Sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion) » (UE 7220*) à l’échelle du territoire métropolitain. Il fait suite à la publication de la première version des cahiers d’évaluation de l’état de conservation des bas-marais calcaires d’intérêt communautaire en mars 2020 (Clément et al., 2020), en vue de la publication d’une seconde version. Une première étape de bibliographie a permis de sélectionner et de proposer des indicateurs, discutés puis validés en comité de pilotage. Des relevés de terrain ont été réalisés afin de confronter les indicateurs sélectionnés au dire d’expert sur l’état de conservation des habitats. Des analyses statistiques ont été réalisées. Les résultats obtenus permettront d’élaborer une première version de la grille d’indicateurs pour les sources pétrifiantes.
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Cartographie de la végétation à l'échelle des unités paysagères Volume 2 -Démarche et levé de l'information cartographique.
Method
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  • Dec 2017
Si les grands principes de cartographie ont vocation à rester valides dans le temps, les méthodes de production des outils ont vocation à évoluer compte tenu des avancées rapides dans les domaines de la télédétection et de la modélisation. Des actions de recherche et développement se poursuivent et permettront de les faire évoluer à moyenne échéance. Ce guide est destiné aux services de l’État, aux collectivités, à leurs groupements et aux gestionnaires d’espaces afin de viser la cartographie de la végétation selon une démarche harmonisée au niveau national. Les données collectées ont vocation à servir la gestion des espaces et à appuyer la mise en oeuvre des politiques publiques et sectorielles. Ces données doivent alimenter un système d’information géographique, sur les habitats et les végétations, qui s’inscrit dans le cadre du système d’information sur la nature et les paysages (SINP) et plus largement du système d’information sur la biodiversité (SIB).
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Modelling past and future peatland carbon dynamics across the pan‐Arctic
Article
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The majority of northern peatlands were initiated during the Holocene. Owing to their mass imbalance, they have sequestered huge amounts of carbon in terrestrial ecosystems. Although recent syntheses have filled some knowledge gaps, the extent and remoteness of many peatlands pose challenges to developing reliable regional carbon accumulation estimates from observations. In this work, we employed an individual‐ and patch‐based dynamic global vegetation model (LPJ‐GUESS) with peatland and permafrost functionality to quantify long‐term carbon accumulation rates in northern peatlands and to assess the effects of historical and projected future climate change on peatland carbon balance. We combined published datasets of peat basal age to form an up‐to‐date peat inception surface for the pan‐Arctic region which we then used to constrain the model. We divided our analysis into two parts, with a focus both on the carbon accumulation changes detected within the observed peatland boundary and at pan‐Arctic scale under two contrasting warming scenarios (representative concentration pathway—RCP8.5 and RCP2.6). We found that peatlands continue to act as carbon sinks under both warming scenarios, but their sink capacity will be substantially reduced under the high‐warming (RCP8.5) scenario after 2050. Areas where peat production was initially hampered by permafrost and low productivity were found to accumulate more carbon because of the initial warming and moisture‐rich environment due to permafrost thaw, higher precipitation and elevated CO2 levels. On the other hand, we project that areas which will experience reduced precipitation rates and those without permafrost will lose more carbon in the near future, particularly peatlands located in the European region and between 45 and 55°N latitude. Overall, we found that rapid global warming could reduce the carbon sink capacity of the northern peatlands in the coming decades.
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ÉTAT DE CONSERVATION DES « LAGUNES CÔTIÈRES » D’INTÉRÊT COMMUNAUTAIRE (UE 1150*) Méthode d'évaluation à l'échelle du site Natura 2000 - Guide d'application (Version 2)
Technical Report
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  • Aug 2018
Le réseau Natura 2000 est un ensemble de sites naturels et semi-naturels, continentaux et marins, identifiés pour la fragilité et la rareté des habitats et espèces listés dans les annexes de la Directive Habitats-Faune-Flore (DHFF). L’objectif du réseau Natura 2000 est de maintenir ou de restaurer dans un bon état de conservation les habitats et les espèces d’intérêt communautaire. L’objectif est l’élaboration d’une méthode facile à mettre en œuvre, pragmatique, reproductible et accessible à tous les opérateurs. L’étude porte sur l’habitat UE 1150* « Lagunes côtières » qui est décliné pour les deux façades métropolitaines, atlantique et méditerranéenne. Ce guide d’application est l’évolution et l’amélioration de la version 1 publiée en 2013 (Lepareur et al., 2013), qui a été testé par les gestionnaires des deux façades métropolitaines. Cette version est construite selon la même philosophie que la première et apporte quelques modifications qui ont été évoquées et validées à la suite de ces différents retours d’expérience. Les utilisateurs pourront retrouver les divers indicateurs retenus dans ce guide d’application avec pour chacun une explication synthétique et les données à relever sur le terrain. Des recommandations sont également proposées quant au plan d’échantillonnage et à la représentation des résultats.
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Elaboration de critères d'évaluation de l'état de conservation des habitats naturels du Parc National des Cévennes
Technical Report
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  • Oct 2007
Dans le cadre d’un programme Leader+ de coopération transnationale, le Parc national des Cévennes (PnC) et la chambre d’agriculture de Lozère ont souhaité élaborer un outil d’expertise de la qualité environnementale des exploitations agricoles sur le territoire du Parc. Pour ceci, une approche moderne, basée sur l’évaluation de l’état de conservation de la végétation des milieux naturels (« habitats ») paraissait la plus appropriée. Le PnC a donc lancé ce travail de définition d’indicateurs simples et accessibles, élaborés pour les habitats d’intérêt patrimonial fort connus sur son territoire et sur la base d‘observations de terrain récentes. Ce travail a été confié au Conservatoire des Espaces Naturels du Languedoc-Roussillon (CEN L-R), qui a fait appel à son antenne départementale en Lozère (Conservatoire des Sites Lozériens, CDSL). Ces deux structures sont riches en expériences d’inventaires, d’évaluation et de gestion des habitats naturels (voir p. ex. COLLECTIF 2007). Un groupe de travail rassemblant des chargés de mission du PnC et des enseignants-chercheurs de SupAgro Florac a supervisé et accompagné l’étude.
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Les populations iséroises de petite massette (Typha minima Hoppe) : suivis et perspectives de restauration
Article
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  • Jan 2018
Pour se protéger des crues en montagne, les hommes ont transformé et artificialisé les cours d'eau, avec comme conséquence une perte en surface d'habitats pour la biodiversité. Ainsi, les populations de petite massette (Typha minima Hoppe), plante des berges des cours d'eau, ont régressé de 85 % en un siècle dans les Alpes ! Aujourd'hui, la législation est plus attentive à la préservation de la biodiversité dans le cadre de projets d'aménagement et elle rend obligatoire un certain nombre de mesures permettant de compenser les impacts sur les écosystèmes. Pour les aménageurs du territoire, la restauration de populations de T. minima pose cependant des questions auxquelles cet article apporte des éléments de réponses.
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Effect of environmental factors on growth and physiological status of generative shoots of Cladium mariscus in a protected calcareous fen habitat
Article
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  • Jul 2017
Effective conservation of priority habitat 7210* Calcareous fens with Cladium mariscus and species of the Caricion davallianae depends on complete knowledge of the biology of Cladium mariscus. This study was aimed to determine effect of temperature and habitat water level on growth, development and physiological status of generative shoots of C. mariscus. Maximum quantum yield of photosystem II photochemistry dynamics during both seasons was similar; but in summer 2016 the values were significantly higher than in 2015. Difference in height of generative shoots was not found between years. Average number of generative shoots indicated a significant difference between years. Immediate effect of temperature or habitat water level changes on generative shoot growth were not observed. However, two-season measurements of maximum quantum yield of photosystem II photochemistry showed that C. mariscus is well-adapted to high habitat water level and might be sensitive to habitat water level fluctuations, when the water level falls below 5 cm. On the northeastern limit of the distribution range the number of generative shoots of C. mariscus in the next growing season is affected by previous autumn drought and temperature below 0 °C as well.
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Vegetation unit assignments: phytosociology experts and classification programs show similar performance but low convergence
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  • Jul 2020
Aims Assigning vegetation plots to vegetation units is a key step in biodiversity management projects. Nevertheless, the process of plot assignment to types is usually non‐standardized, and assignment consistency remains poorly explored. To date, the efficiency of automatic classification programs has been assessed by comparing them with a unique expert judgment. Therefore, we investigated the consistency of five phytosociology expert judgments, and the consistency of these judgements with those of automatic classification programs. Location mainland France. Methods We used 273 vegetation plots distributed across France and covering the diversity of the temperate and mountainous forest ecosystems of Western Europe. We asked a representative panel of five French organizations with recognized expertise in phytosociology to assign each plot to vegetation units. We provided a phytosociological classification including 228 associations, 43 alliances and eight classes. The assignments were compared among experts using an agreement ratio. We then compared the assignments suggested by three automatic classification programs with the expert judgments. Results We observed small differences among the agreement ratios of the expert organizations; a given expert organization agreed with another one on association assignment one time in four on average, and one time in two on alliance assignment. The agreement ratios of the automatic classification programs were globally lower, but close to expert judgments. Conclusions The results support the current trend toward unifying the existing classifications and specifying the assignment rules by creating guiding tools, which will decrease inter‐observer variation. As compared to a pool of phytosociology experts, programs perform similarly to individual experts in vegetation unit assignment, especially at the alliance level. Although programs still need to be improved, these results pave the way for the creation of habitat time series crucial for the monitoring and conservation of biodiversity.
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