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Covid-19 : Immunité naturelle versus immunité vaccinale

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Abstract

Il devrait être inutile d'écrire un article pour démontrer la supériorité de l'immunité naturelle sur la vaccinale, mais cela devient nécessaire devant les nombreuses attaques sournoises qui tendent à faire passer l'immunité artificielle comme plus performante. De plus il est officiellement recommandé de vacciner les personnes qui ont déjà été infectées par la Covid-19. Les survivants du SARS-CoV de 2003 possèdent une mémoire cellulaire immune plus de 17 ans après l'infection. De nombreuses études ont exploré l'immunité humorale (anticorps) et cellulaire vis à vis du SARS-CoV-2 après une infection Covid-19 : celle-ci persiste au moins un an (et même 14 mois) de manière robuste chez les convalescents et elle serait de meilleure qualité que l'immunité vaccinale : les anticorps naturels sont plus puissants, ont un spectre plus large et sont capables d'évoluer face aux variants de manière plus efficace que les anticorps vaccinaux. Ces études in vitro sont confirmées par la protection contre les réinfections conférée par une primo-infection, particulièrement dans des pays précocement et beaucoup vaccinés comme Israël et le Royaume Uni. La vaccination d'une personne primo-infectée pourrait aussi diminuer l'efficacité de son immunité naturelle contre de futures réinfections. Les anticorps neutralisants ne sont peut-être pas le bon corrélat de protection contre l'infection, en effet, d'une part on a trouvé de fort taux d'anticorps neutralisants chez des malades atteints de Covid sévères et d'autre part, les vaccinés, plus sensibles aux réinfections que les primo-infectés, présentent des taux d'anticorps équivalents à supérieurs aux taux observés chez les primo-infectés. On mesure in vitro la capacité neutralisante de ces anticorps dirigés contre la protéine spike membranaire. Cette capacité neutralisante peut être différente in vivo ; elle peut être amoindrie par la présence d'anticorps facilitant l'infection et enfin, des anticorps sont produits contre d'autres antigènes viraux lors d'une infection naturelle. L'immunité cellulaire pourrait être le bon corrélat de protection et ce type de réponse pourrait être de moins bonne qualité chez les vaccinés. De plus la vaccination de sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe plus d'effets indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la première dose de vaccin. La vaccination pourrait diminuer la capacité à réagir à de futurs variants. Elle pourrait aussi avoir un effet non spécifique de remodelage de la réponse immune innée en diminuant la réponse potentielle à d'autres virus ou aux cancers et en modifiant l'évolution des maladies inflammatoires et auto-immunes. Il faudrait donc explorer l'immunité naturelle d'une population avant de proposer une vaccination : jusqu'à 50% de la population pourrait avoir été infectée dans certains pays. Hélène Banoun, pharmacien biologiste, PhD, ancien chercheur INSERM. Helene.banoun@laposte.net
H Banoun Covid-19, immunité naturelle vs immunité artificielle 1
Covid-19 : Immunité naturelle versus immunité vaccinale
Résumé
Il devrait être inutile d'écrire un article pour démontrer la supériorité de l'immunité naturelle sur la vaccinale,
mais cela devient nécessaire devant les nombreuses attaques sournoises qui tendent à faire passer l'immunité
artificielle comme plus performante. De plus il est officiellement recommandé de vacciner les personnes qui ont
déjà été infectées par la Covid-19.
Les survivants du SARS-CoV de 2003 possèdent une mémoire cellulaire immune plus de 17 ans après
l'infection.
De nombreuses études ont exploré l'immunité humorale (anticorps) et cellulaire vis à vis du SARS-CoV-2 après
une infection Covid-19 : celle-ci persiste au moins un an (et même 14 mois) de manière robuste chez les
convalescents et elle serait de meilleure qualité que l'immunité vaccinale : les anticorps naturels sont plus
puissants, ont un spectre plus large et sont capables d'évoluer face aux variants de manière plus efficace que les
anticorps vaccinaux.
Ces études in vitro sont confirmées par la protection contre les réinfections conférée par une primo-infection,
particulièrement dans des pays précocement et beaucoup vaccinés comme Israël et le Royaume Uni.
La vaccination d'une personne primo-infectée pourrait aussi diminuer l'efficacité de son immunité naturelle
contre de futures réinfections.
Les anticorps neutralisants ne sont peut-être pas le bon corrélat de protection contre l'infection, en effet, d'une
part on a trouvé de fort taux d'anticorps neutralisants chez des malades atteints de Covid sévères et d'autre part,
les vaccinés, plus sensibles aux réinfections que les primo-infectés, présentent des taux d'anticorps équivalents à
supérieurs aux taux observés chez les primo-infectés.
On mesure in vitro la capacité neutralisante de ces anticorps dirigés contre la protéine spike membranaire. Cette
capacité neutralisante peut être différente in vivo ; elle peut être amoindrie par la présence d'anticorps facilitant
l'infection et enfin, des anticorps sont produits contre d'autres antigènes viraux lors d'une infection naturelle.
L'immunité cellulaire pourrait être le bon corrélat de protection et ce type de réponse pourrait être de moins
bonne qualité chez les vaccinés.
De plus la vaccination de sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe plus d'effets
indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la première dose de vaccin.
La vaccination pourrait diminuer la capacité à réagir à de futurs variants. Elle pourrait aussi avoir un effet non
spécifique de remodelage de la réponse immune innée en diminuant la réponse potentielle à d'autres virus ou aux
cancers et en modifiant l’évolution des maladies inflammatoires et auto-immunes.
Il faudrait donc explorer l'immunité naturelle d'une population avant de proposer une vaccination : jusqu'à 50%
de la population pourrait avoir été infectée dans certains pays.
Hélène Banoun, pharmacien biologiste, PhD, ancien chercheur INSERM.
Helene.banoun@laposte.net
Introduction
Il devrait être inutile d'écrire cet article pour démontrer que l'immunité naturelle est supérieure
à l'immunité vaccinale : en effet depuis l'apparition de la vie sur Terre, l'immunité naturelle
n'a cessé de se développer chez tous les êtres vivants en réponse aux prédateurs et tout ceci
sans vaccins! L'immunité innée a précédé l'immunité adaptative et a permis de reconnaître les
pathogènes étrangers, de les éliminer et de garder une mémoire immune1.
Jusqu'en juin 2020, l'immunité naturelle, liée au système immunitaire inné et adaptatif/acquis
de l'homme, était reconnue par l'OMS comme un élément clé de l'immunité collective contre
les nouveaux agents pathogènes.
Jusqu'en novembre 2020, l'OMS admettait que l'immunité peut être procurée par l'infection ou
par la vaccination, le 13 novembre 2020, l'OMS affirme que l'immunité collective d'une
population ne peut être atteinte que par la vaccination et non par l'infection naturelle ! Ceci est
réaffirmé le 31 décembre 2020 pour la Covid-19, tout en reconnaissant qu'on ne connaît pas le
seuil de couverture vaccinale à obtenir pour atteindre cette immunité collective ! (seule la
définition du 31 décembre 2020 est encore accessible, https://www.who.int/news-room/q-a-
detail/herd-immunity-lockdowns-and-covid-19, les précédentes sont visibles sur la capture
d'écran ci-dessous)
Dans une récente publication, l'institut John Hopkins n'évoque que l'immunité vaccinale dans
une discussion au sujet de l'hypothétique immunité de groupe à attendre contre la Covid2
L'immunité vis à vis des coronavirus
Les connaissances sur l'immunité acquise après une infection à coronavirus sont très
insuffisantes.
En 1990 a été publiée la seule expérience in vivo sur des humains sur l'immunité acquise
contre les coronavirus banals des rhumes3 : des volontaires ont été infectés par le coronavirus
229E, qui provoque les symptômes du rhume et sont revenus un an plus tard pour être à
nouveau exposés au virus. La plupart des personnes ont été infectées à nouveau, mais celles
qui avaient été malades l'année précédente n'ont pas développé de symptômes du rhume. Les
H Banoun Covid-19, immunité naturelle vs immunité artificielle 3
auteurs de l'étude ont également déclaré que la période d'excrétion du virus, lorsqu'une
personne est contagieuse, était plus courte chez ceux qui avaient été infectés l'année
précédente.
S'agissant du SARS-CoV-1 de 2003, il a été montré que l'immunité cellulaire persiste 11 ans
selon une étude publiée en 20164.
Et selon une étude de 2020, les patients ayant survécu au SARS de 2003 possèdent une
réactivité cellulaire mémoire 17 ans après l'épidémie5.
Le SARS-CoV-2 responsable de la Covid-19 étant un virus proche du SARS-CoV-1 de 2003
et présentant de nombreuses similarités du point de vue épidémiologique et de la
pathogénicité il est possible que l'immunité cellulaire contre le virus de la Covid-19 persiste
des années.
L'immunité mesurée in vitro après infection par le SARS-CoV-2
Les études comparant in vitro (dosage des anticorps, activité neutralisante, cellules B et T
mémoires) immunité naturelle et vaccinale semblent montrer la supériorité de l'immunité
naturelle. Il semblerait que la vaccination modifie la réponse immunitaire des convalescents et
pas forcément dans le bon sens : elle pourrait réduire la capacité ultérieure des convalescents
à réagir à de futurs variants.
Des publications (exemples ci-dessous) montrent que les anticorps neutralisants et les cellules
mémoires B (immunité humorale) et T (immunité cellulaire) persistent au moins un an chez
les convalescents. La protection contre l'infection par le SRAS-CoV-2 pourrait durer des
années6.
Immunité humorale (anticorps)
Il est normal d'observer un baisse du taux d'anticorps circulants après une infection, c'est ce
qui se passe avec toutes les infections, sinon le sang serait épaissi par tous les anticorps qui
s'accumuleraient au long de la vie. Parallèlement à cette baisse se construit et s'affine la
mémoire immunitaire.
« La légère baisse des anticorps observée chez les personnes convalescentes ne reflète pas un
réel déclin de l'immunité humorale, mais plutôt une contraction de la réponse immunitaire,
tandis que la maturation de l'affinité des anticorps se produit et que les cellules B mémoire
anti-Spike persistent ».7
Il semblerait même, selon plusieurs publications que la mémoire immune naturelle soit de
meilleure qualité que la mémoire vaccinale.
Selon Cho et al., les anticorps naturels sont plus puissants et de spectre plus étendu que les
anticorps vaccinaux. Comme nous le verrons plus bas, le pouvoir neutralisant du plasma
mesuré in vitro n'est sans doute pas une preuve de protection contre l'infection8.
Les anticorps dirigés contre le RBD (domaine de liaison au récepteur cellulaire) de la protéine
spike et contre la spike entière persistent au moins 1 an après guérison de la Covid, le taux des
Ac anti-RBD est corrélé au taux d'anticorps neutralisants9.
Chez les vaccinés les taux d'anticorps diminuent de 40% par mois et de moins de 5% par mois
chez les convalescents.10
Immunité cellulaire
Chez les patients rétablis de COVID-19, les réponses des cellules T CD8+ spécifiques du
SRAS-CoV-2 restaient largement intactes et pouvaient reconnaître pratiquement toutes les
mutations des variants étudiés.11
Chez les patients dialysés, une équipe allemande a trouvé une meilleure immunité humorale et
cellulaire chez les convalescents en comparaison des patients vaccinés : ceci concerne les taux
d'anticorps neutralisants et les réponses des cellules T dirigées contre la protéine spike.
Les taux de cellules T CD4+ S-réactives, de cellules T helper et effectrices mémoires sont
plus élevés chez les convalescents que chez les vaccinés12.
La plupart des patients COVID-19 induisent une défense immunitaire de grande envergure
contre l'infection par le SRAS-CoV-2, englobant des anticorps et des cellules B mémoire
reconnaissant à la fois le RBD et d'autres régions de la spike, des cellules T CD4+ largement
spécifiques et polyfonctionnelles, et des cellules T CD8+ polyfonctionnelles. La réponse
immunitaire à une infection naturelle est susceptible de fournir un certain degré d'immunité
protectrice, même contre les variants du SRAS-CoV-2, car les épitopes des cellules T CD4+
et CD8+ seront probablement conservés13.
Selon une méta-analyse de 18 études des épitopes (fractions d'antigènes) du SARS-CoV-2
reconnus par les cellules T des convalescents de la Covid-19 : La grande diversité des
épitopes qui ne se cantonne pas à la protéine S ne semble pas affectée par les variants VOC,
du moins avant l'arrivée du variant delta14.
Une récente publication israélienne du 21 septembre 2021, montre la persistance de
l'immunité humorale chez les convalescents pendant 14 mois, ce qui n'est pas le cas chez les
vaccinés. Le contournement de l'immunité innée par les vaccins ARNm pourrait affecter la
capacité du système immunitaire à maintenir des niveaux suffisants de plasmocytes à longue
durée de vie15.
Protection contre les réinfections par l'immunité naturelle
Ces observations in vitro des taux d'anticorps et de cellules mémoires sont bien confirmés par
la recherche des réinfections chez les convalescents : celles-ci sont très rares.
De nombreuses publications (voir pour la bibliographie le récent article du BMJ16) montrent
que le taux de réinfection est très faible (inférieur à 1%) suite à une première infection par la
SARS-CoV-2. La grande majorité de ces réinfections n'en est pas à proprement parler
puisqu'elles sont asymptomatiques : ce n'est qu'un portage nasal de virus sans infection
systémique. Ceci n'est pas étonnant pour un virus de rhume ; le nez étant un sanctuaire
immunitaire où ne circulent pas les anticorps sanguins.
Quelle est la proportion de personnes immunisées naturellement par
infection dans le monde ?
Il existe des informations parcellaires : au Kenya en novembre 2020, plus du 1/3 de la
population était séropositive17; en Inde en janvier 2021, 25% de la population était
séropositive18. En Chine, à Wuhan, épicentre de l'épidémie, un très faible taux de
séropositivité a été trouvé (moins de 4% en avril 202019). Les personnes infectées mais peu ou
pas symptomatiques ne développent pas ce types d'anticorps spécifiques du SARS-CoV-2,
elles auraient été protégées par leur immunité croisée envers les coronavirus des rhumes
banals.
En France, la HAS estime que 23% de la population a été infectée alors que 8% seulement ont
été dépistés par test PCR ou antigénique20.
On estime que presque la moitié des américains ont été infectés par le SARS-CoV-216
En août 2020 , 40% de la population malgache (estimation sur les donneurs de sang) aurait été
séropositive21.
Un des obstacles à ces études de séroprévalence est que les tests sérologiques manquent de
standardisation22.
H Banoun Covid-19, immunité naturelle vs immunité artificielle 5
Un autre problème est que l'on peut-on être immunisé et ne pas avoir d'anticorps (anticorps
anti S ou autres)?
D'après des publications de 2020, des personnes infectées mais n'ayant pas développé de
symptômes présentent une réaction cellulaire T mais pas d'anticorps23 (pour une revue) ; ceci
est confirmé en 2021 : Le Bert et al. 24recherchent les asymptomatiques séropositifs pour les
anticorps antiNP-IgG (anticorps dirigés contre la nucléocapside du virus) : tous les
séropositifs ont une réponse immunitaire cellulaire spécifique du virus hautement
fonctionnelle. De plus des individus séronégatifs pour les anti-NP IgG présentent aussi des
cellules T réagissant spécifiquement avec les antigènes du SARS-CoV-2
Qu'appelle-t-on réinfection ?
Le CDC définit une réinfection comme un test positif sans tenir compte des symptômes (de
plus les non vaccinés se font plus tester que les vaccinés, du fait des pass sanitaires)25. Les
seules études qui prétendent que l'infection ne protège pas de la réinfection ne définissent pas
clairement le terme de réinfection : une PCR positive avec un Ct à 35 (faible charge virale ou
faux positif) sans symptôme ne peut être définie comme une réinfection.
L'étude des réinfections montre que l'infection procure une protection contre l'infection au
moins aussi puissante et sans doute supérieure à la vaccination.
Déjà en avril 2021, F Krammer proposait que l'immunité naturelle était meilleure que la
vaccinale en se fondant sur une étude britannique comparant les personnels de santé primo-
infectés et les vaccinés26.
Depuis cette publication, la suite de cette étude SIREN a concerné les réinfections au variant
delta et elle montre la supériorité de l'immunité naturelle27. Sur les 9 831 personnels de santé
ayant été déjà infectés par la Covid avant le début de l'étude, 51 ont été réinfectés entre avril
et juillet 2021, période de circulation du variant delta. Parmi ces 51 personnes, 45 étaient
vaccinées depuis au moins 21 jours après la dose 1ou 14 jours après la dose 2, rien n'est
précisé sur les 6 personnes restantes : soient elles n'étaient pas vaccinées soit, elles ont été
infectées dans les quelques jours suivant la dose 1 ou 2 à cause de l'ADE (antibody dependent
enhancement = facilitation de l'infection par les anticorps vaccinaux) : pour quoi n’est-ce pas
précisé ? Au total l'infection protège donc de la réinfection ce qui n'est pas le cas de la
vaccination
Selon une étude française, la réduction relative de l'incidence de la réinfection par le SRAS-
CoV-2 est de 96,7 % chez les convalescents28 par rapport aux non-infectés.
Chez les jeunes recrues de l'armée, les réinfections (chez les séropositifs) sont 5 fois plus
rares que les infections chez les séronégatifs et les réinfectés sont le plus souvent
asymptomatiques29
Epidémie de Covid dans une mine d'or en Guyane Française au variant gamma, juin 202130
Voici les principales obseravtions : les rétablis de la Covid ne sont pas infectés (sauf s’ils ont
été vaccinés), 15 sur 25 vaccinés sont infectés (rétablis ou non), les non vaccinés sont infectés
les derniers, donc il se peut que les vaccinés aient infecté les non vaccinés. Les vaccinés ont
une charge virale légèrement supérieure à celle des non vaccinés. On n’observe pas de forme
grave malgré la forte présence de facteurs de risque chez les mineurs infectés.
Et enfin, il faut bien sûr citer les études réalisées en Israël, le pays vacciné le plus
précocement sur une large proportion de la population. Selon Gazit et al.(Israël) 31, les
personnes n'ayant jamais été infectées et vaccinées contre le SRAS-CoV-2 présentaient un
risque accru de 13,06 fois d'infection par le variant Delta (ou 5,96 fois selon le mode de
calcul) par rapport aux personnes déjà infectées. Le risque accru était également significatif
pour la maladie symptomatique. Par rapport aux primo-infectés, les vaccinés non infectés par
le SRAS-CoV-2 présentaient un risque accru de 27 fois d'infection symptomatique (ou 7 fois
selon le mode de calcul) de maladie symptomatique. Les vaccinés présentaient également un
risque plus élevé d'hospitalisations liées au COVID-19 (6,7 fois plus) que les précédemment
infectés.
Conclusions : Cette étude a démontré que l'immunité naturelle confère une protection plus
durable et plus forte contre l'infection, la maladie symptomatique et les hospitalisations
causées par le variant Delta du SARS-CoV-2, par rapport à l'immunité induite par le vaccin à
deux doses BNT162b2. Les personnes qui avaient déjà été infectées par le SRAS-CoV-2 et
qui avaient reçu une seule dose du vaccin ont obtenu une protection supplémentaire contre le
variant Delta.
Il faut ajouter bien sûr comme d'habitude que les Covid post vaccinales sont exclues puisque,
chez les infectés et vaccinés, on ne les comptabilise qu'à partir de 7 jours après l'injection.
On ne prend pas en compte l'ADE, donc les résultats sont peut-être en défaveur de la
vaccination chez les infectés, on ne peut pas savoir!
D'autre part il y a exclusion des personnes qui ont été infectées avant le 28 février 2021, donc
en gros les personnes âgées et fragiles (vaccinées en premier dès décembre 2020) : le résultat
serait donc encore plus en défaveur du vaccin si elles étaient incluses!
Cette étude a été reprise dans Science Mag et résumée ainsi : Les Israéliens qui ont eu une
infection étaient plus protégés contre le variant Delta du coronavirus que ceux qui avaient
reçu un vaccin COVID-1932
Méta-analyse des données concernant l'immunité naturelle (21 septembre 2021)33
L'immunité naturelle est équivalente ou supérieure à la vaccination pour protéger de la
Covid : aucune étude ne permet de conclure à la supériorité de la protection vaccinale sur
l'immunité naturelle avec une certitude statistique, mais des études d'observation ont confirmé
l'avantage de la protection par l'immunité naturelle.
L'avantage à vacciner des personnes ayant déjà contracté la Covid est nul ou très faible (3
études sur quatre ne trouvent aucun avantage à vacciner les convalescents et la protection
supplémentaire trouvée en poolant toutes les études est de 0,004%).
L'immunité vaccinale est associée classiquement au titre d'anticorps
neutralisants in vitro mais les anticorps neutralisants sont-ils le bon corrélat de
protection ?
On trouve des résultats discordants sur la persistance des anticorps neutralisants après
infection : dans certaines études ces anticorps persistent au moins un an, dans d'autres leur
taux diminue rapidement, c'est peut-être dû aux méthodes utilisées qui diffèrent selon les
études?
Celles-ci utilisent, pour mesurer le pouvoir neutralisant d'un sérum in vitro, soit des virus
vivants cultivés sur différents types cellulaires, soit des pseudovirus reconstitués portant à leur
surface des protéines spike mutées du SARS-CoV-2.
Selon une méta-analyse34, les taux d'anticorps neutralisants induits par les vaccins à ARNm
contre les variants du SRAS-CoV-2 étaient similaires, voire supérieurs, à ceux obtenus à
partir de personnes naturellement infectées. Ceci n'est pas cohérent avec le faible taux de
réinfection chez les primo-infectés par rapport aux vaccinés, comme vu plus haut au Royaume
H Banoun Covid-19, immunité naturelle vs immunité artificielle 7
Uni (27): les réinfections avec le variant delta chez les personnels de santé concernent
uniquement des vaccinés (complètement ou partiellement).
Selon de nombreuses études, le taux d'anticorps neutralisants et leur spectre vis à vis des
variants est considérablement augmenté après vaccination chez des individus préalablement
infectés35. Selon Stamatos36, la vaccination peut augmenter jusqu'à 1 000 fois le taux
d'anticorps neutralisants actifs contre des variants chez des primo-infectés. Selon Reynods et
al. 37, les vaccinés naïfs ont une réponse similaire en anticorps à celle des personnes
naturellement infectées mais les réponses cellulaires T sont plus limitées et parfois absentes.
Au contraire, selon Havervall et al., les taux d'anticorps neutralisants les souches sauvages et
mutantes 12 mois après une infection naturelle sont plus bas que chez les vaccinés38
Selon Planas et al., les sérums de convalescents perdent avec le temps leur capacité de
neutralisation in vitro du variant delta. Une seule dose de vaccin ne donne quasiment pas d'Ac
neutralisants envers le variant delta, quelque soit le vaccin.39
En résumé, la vaccination entraînerait des taux supérieurs d'anticorps neutralisants par rapport
à l'infection naturelle, ceci entre en contradiction avec les différents taux de réinfections
observés entre infectés et vaccinés : les anticorps neutralisants sont-ils le bon corrélat de
protection ?
Selon le Pr La Scola dans une vidéo, la présence de forts taux d'anticorps neutralisants chez
des vaccinés ne les empêche pas d'être infectés40. Il y a corrélation entre le taux d'anticorps
mesuré par Elisa et la séroneutralisation mais absence de corrélation entre les taux d'anticorps
neutralisants in vitro et la protection contre l'infection « Dans cette étude, 5% des vaccinés
font une infection, contre seulement 0,23% chez les personnes ayant fait la maladie Covid-19,
donc l'effet de l'immunité cellulaire n'est pas objectivé par la séroneutralisation ; en effet la
plupart des vaccinés ont un taux élevé d'Ac. »
Ceci est confirmé par d'autres publications (16).
Les Ac neutralisants acquis après infection varient beaucoup selon le variant qui a causé
l'infection ; les vaccins ARNm induisent des taux d'Ac neutralisants supérieurs à ceux de
l'infection41 et pourtant l'infection protège mieux que le vaccin et des malades graves de la
Covid peuvent présenter de forts taux d'anticorps neutralisants.
L'explication théorique de cette absence de corrélation entre Ac neutralisants in vitro et
protection pourrait se trouver ici : la neutralisation du virus est étudiée in vitro, dans des
conditions totalement différentes de ce qui se passe in vivo et pourrait ne pas refléter ce qui se
passe dans l'organisme42
La mémoire immune concerne d'autres épitopes que ceux de la spike
La quasi totalité des études concernent les anticorps anti-spike, cependant, « La majorité des
épitopes ciblés par les CD8+ se trouvent dans les protéines internes du virus ou dans les NSP
[protéines non structurales, dont ne fait pas partie la protéine spike] »43
La protection contre l'infection est sans doute due autant à la mémoire immune qu'à la
persistance de taux d'anticorps élevés44
Les anticorps neutralisants pourraient perdre leurs propriétés en présence d'anticorps
facilitants produits par la vaccination
Le présent article ne peut développer ce sujet qui est évoqué dans de récents publications45
Il faut évoquer aussi le rôle de l'immunité mucosale qui est stimulée par l'infection naturelle et
pas par la vaccination par voie IM : « Presque toutes les études de la réponse immunitaire
chez les COVID-19 se sont concentrées exclusivement sur les anticorps sériques et l'immunité
systémique à médiation cellulaire, y compris les réponses innées. L'immunité des muqueuses
et les anticorps IgA sécrétoires et circulants jouent un rôle important dans le COVID-19, il est
important de l'élucider afin de comprendre en particulier les états asymptomatiques et légers
de l'infection, qui semblent représenter la majorité des cas.»46
« La vaccination de personnes n'ayant jamais été infectées pourrait ne pas induire une forte
immunité humorale dans la muqueuse respiratoire, car les anticorps neutralisants contre le
SRAS-CoV-2 sont rarement détectés dans les écouvillons nasaux des personnes vaccinées.
S'il s'avère que les stratégies de vaccination actuelles ne permettent pas d'obtenir des réponses
immunitaires humorales et à médiation cellulaire robustes dans les voies respiratoires, il
faudrait alors envisager des stratégies permettant de mieux susciter des lymphocytes B et T
spécifiques du SRAS-CoV-2 dans les muqueuses chez les personnes n'ayant jamais été
infectés - par exemple en mettant en œuvre une immunisation par ARNm par voie intranasale
qui a plus de chances d’induire une immunité stérilisante.»47
La protection contre la Covid pourrait aussi être due à l'immunité croisée vis à vis des
coronavirus de rhume banal(23).
Une récente étude montre que les enfants ont des cellules réactives au SARS-CoV-2 dans les
amygdales, même s'ils n'ont pas été exposés au virus : une immunité croisée préexistante de
type cellulaire pourrait donc expliquer qu'ils soient résistants à la Covid.48
Est-il opportun de vacciner les convalescents de la Covid ?
Cas des Covids longs49
Deux théories expliquent les covid longs : soit le virus persiste et provoque une inflammation
chronique, soit c'est l'auto-immunité par fabrication d'auto-anticorps contre des protéines
virales possédant des similitudes avec des protéines humaines. La vaccination peut aggraver
ce phénomène mais aussi l'améliorer, on ne le sait pas à l'avance.
Les vaccins ARNm orientent de façon aberrante les réponses des cellules T chez les patients
souffrant de séquelles neurologiques de l'infection Covid (Covid long) : est-il opportun de les
vacciner?50
Effet nocif du vaccin sur la capacité à réagir à de nouveaux variants
La vaccination des sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe plus
d'effets indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la
première dose de vaccin51.
De plus, la vaccination n'améliore pas la capacité à répondre à de nouveaux variants et elle
pourrait même être nocive.
Une étude conclut à des résultats assez contradictoires : la vaccination augmente de 30 à 50
fois la réponse humorale et mémoire chez les convalescents. L'activité neutralisante chez les
convalescents non vaccinés est affaiblie contre les variants (le variant delta n'est pas testé)
mais augmentée après vaccin chez convalescents.
Le spectre de neutralisation des anticorps recueillis chez les convalescents s'élargit avec le
temps et au bout d'un an la puissance et le spectre de neutralisation sont augmentés envers les
variants
La vaccination n'élargit pas le spectre d'expansion clonale par rapport à celui des
convalescents non vaccinés au bout d'un an
H Banoun Covid-19, immunité naturelle vs immunité artificielle 9
L'affinité des anticorps se liant au RBD n'est pas augmentée par la vaccination au bout d'un
an, pas de différence dans l'effet neutralisant.52
La seconde dose de vaccin BNT162b2 entraîne une réduction de l'immunité cellulaire chez les
personnes ayant récupéré de la COVID-19, ce qui suggère qu'une seconde dose, selon le
schéma standard actuel de vaccination, pourrait ne pas être nécessaire chez les personnes
précédemment infectées par le SRAS-CoV-2 : la seconde dose de vaccin non seulement ne
renforce pas l'immunité humorale, elle mais détermine une contraction de la réponse cellulaire
T spécifique de la protéine spike53
L'immunité naturelle des infectés est bridée par une vaccination ultérieure anti-Covid
La vaccination des sujets convalescents réduit la capacité à produire des anticorps à large
spectre contre des variants futurs ; les convalescents non-vaccinés possèdent cette capacité.54
L'affinité des Ac naturels augmente plus avec le temps que celle des Ac vaccinaux
Après vaccination des primo-infectés, le taux d'anticorps neutralisants augmente mais pas la
puissance de ces Ac ni la capacité à évoluer vers un spectre large de protection par la suite.
Ceci est valable aussi pour le variant delta.
La différence entre les compartiments de cellules mémoires en réponse à l'infection ou à la
vaccination (ARNm) est cohérente avec le meilleur niveau de protection conféré par
l'infection naturelle par les variants.
Une réduction relative de la réactivité des sérums avec le variant B.1.1.7 par rapport au
variant Wuhan-1 est constatée après la deuxième immunisation de rappel. Ces données
permettent de comparer les différents vaccins en termes de production d'anticorps anti-S et
remettent en question l'intérêt d'une immunisation répétée avec la même séquence de protéine
S. Chez les convalescents, la vaccination a provoqué une perte relative de la capacité de
reconnaissance du variant B.1.1.7 commençant dès 15 jours après la première dose de Pfizer
et s'aggravant ensuite.55
La réponse CD4+ T cell est diminuée chez les convalescents après vaccination par rapport
aux individus naïfs : la vaccination endommagerait la réponse cellulaire T. Après vaccination,
l'ampleur de la réponse immune semble plus faible chez les convalescents que chez les
individus naïfs.56
Le vaccin Pfizer pourrait remodeler la réponse immunitaire innée à d'autres pathogènes. Il
induirait une tolérance immune qui pourrait soit être bénéfique dans la Covid-19 caractérisée
par une hyper-inflammation, soit être délétère en diminuant la réponse à d'autres infections
virales [et aux cancers]. Ce vaccin pourrait également interférer avec d'autres vaccinations
comme celle contre la grippe qui sera certainement administrée au même moment au début de
l'automne.57
Cette reprogrammation de l'immunité immune pourrait être de longue durée en raison de
phénomènes épigénétiques: « l' « entraînement » de la réponse immune innée joue un rôle
important à la fois dans les maladies où la défense de l'hôte est altérée, comme les cancers, et
dans les maladies auto-inflammatoires et auto-immunes, dans lesquelles un phénotype
d'immunité « entraînée » exacerbé pourrait contribuer à la pathogenèse de la maladie.
L'impact de l'entraînement immunitaire, et plus généralement du recâblage épigénétique dans
les divers processus d'amorçage, d'adaptation ou de tolérance au cours de la maladie, mérite
des études supplémentaires. »58
Conclusion
L'immunité naturelle vis à vis de la Covid -19 (c'est à dire obtenue après une infection
naturelle par le virus) est donc certainement solide et durable.
Les travaux sur l'immunité post-vaccinale concernent principalement les anticorps dits
« neutralisants » in vitro. Les taux de ces anticorps pourraient ne pas être un bon corrélat de
protection car des études retrouvent souvent des taux d'anticorps plus élevés après vaccination
qu'après infection. Pourtant les réinfections sont beaucoup plus fréquentes chez les vaccinés
que chez les convalescents.
La protection contre la Covid-19 pourrait plutôt dépendre de la mémoire immunitaire (due
aux cellules mémoires T et B qui persistent longtemps après infection) et semble de meilleure
qualité que celle conférée par les vaccins.
De plus la vaccination de sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe
plus d'effets indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la
première dose de vaccin.
La vaccination pourrait diminuer la capacité à réagir à de futurs variants. Elle pourrait aussi
avoir un effet non spécifique de remodelage de la réponse immune innée en diminuant la
réponse potentielle à d'autres virus ou aux cancers et en modifiant l’évolution des maladies
inflammatoires et auto-immunes.
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Preprint
Full-text available
The rapid development of vaccines to prevent infection by SARS-CoV-2 virus causing COVID-19 makes necessary to compare the capacity of the different vaccines in terms of development of a protective humoral response. Here, we have used a highly sensitive and reliable flow cytometry method to measure the titers of antibodies of the IgG1 isotype in blood of volunteers after receiving one or two doses of the vaccines being administered in Spain. We took advantage of the multiplexed capacity of the method to measure simultaneously the reactivity of antibodies with the S protein of the original strain Wuhan-1 and the variant B.1.1.7 (Alpha). We found significant differences in the titer of anti-S antibodies produced after a first dose of the vaccines ChAdOx1 nCov-19/AstraZeneca, mRNA-1273/Moderna, BNT162b2/Pfizer-BioNTech and Ad26.COV.S/Janssen. Most important, we found a relative reduction in the reactivity of the sera with the B.1.1.7 versus the Wuhan-1 variant after the second boosting immunization. These data allow to make a comparison of different vaccines in terms of anti-S antibody generation and cast doubts about the convenience of repeatedly immunizing with the same S protein sequence.
Article
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A boost from infection During clinical trials of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 vaccines, no one who had survived infection with the virus was tested. A year after the pandemic was declared, vaccination of previously infected persons is a reality. Reynolds et al. address the knowledge gap in a cohort of UK health care workers given the Pfizer/BioNTech vaccine in which half of the participants had experienced natural virus infections early in the pandemic (see the Perspective by Crotty). Genotyping indicated that a genetic component underlies heterogeneity in immune responses to vaccine and to natural infection. After vaccination, naïve individuals developed antibody responses similar to those seen in naturally infected persons, but T cell responses were more limited and sometimes absent. However, antibody and memory responses in individuals vaccinated after infection were substantially boosted to the extent that a single vaccine dose is likely to protect against the more aggressive B.1.1.7 variant. It is possible that the messenger RNA vaccine has an adjuvant effect, biasing responses toward antibody generation. Science , abh1282, this issue p. 1418 ; see also abj2258, p. 1392
Article
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Detection of asymptomatic or subclinical novel human coronavirus SARS-CoV-2 infection is critical for understanding the overall prevalence and infection potential of COVID-19. To estimate the cumulative prevalence of SARS-CoV-2 infection in China, we evaluated the host serologic response, measured by the levels of immunoglobulins M and G in 17,368 individuals, in the city of Wuhan, the epicenter of the COVID-19 pandemic in China, and geographic regions in the country, during the period from 9 March 2020 to 10 April 2020. In our cohorts, the seropositivity in Wuhan varied between 3.2% and 3.8% in different subcohorts. Seroposivity progressively decreased in other cities as the distance to the epicenter increased. Patients who visited a hospital for maintenance hemodialysis and healthcare workers also had a higher seroprevalence of 3.3% (51 of 1,542, 2.5–4.3%, 95% confidence interval (CI)) and 1.8% (81 of 4,384, 1.5–2.3%, 95% CI), respectively. More studies are needed to determine whether these results are generalizable to other populations and geographic locations, as well as to determine at what rate seroprevalence is increasing with the progress of the COVID-19 pandemic. Serologic surveillance has the potential to provide a more faithful cumulative viral attack rate for the first season of this novel SARS-CoV-2 infection.
Article
Full-text available
How innate immunity gave rise to adaptive immunity in vertebrates remains unknown. We propose an evolutionary scenario beginning with pathogen-associated molecular pattern(s) (PAMPs) being presented by molecule(s) on one cell to specific receptor(s) on other cells, much like MHC molecules and T cell receptors (TCRs). In this model, mutations in MHC-like molecule(s) that bound new PAMP(s) would not be recognized by original TCR-like molecule(s), and new MHC-like gene(s) would be lost by neutral drift. Integrating recombination activating gene (RAG) transposon(s) in a TCR-like gene would result in greater recognition diversity, with new MHC-like variants recognized and selected, along with a new RAG/TCR-like system. MHC genes would be selected to present many peptides, through multigene families, allelic polymorphism, and peptide-binding promiscuity.
Article
Antibody dependent enhancement (ADE) of infection is a safety concern for vaccine strategies. In a recent publication, Li et al. (Cell 184 :1-17, 2021) have reported that infection-enhancing antibodies directed against the N-terminal domain (NTD) of the SARS-CoV-2 spike protein facilitate virus infection in vitro, but not in vivo. However, this study was performed with the original Wuhan/D614G strain. Since the Covid-19 pandemic is now dominated with Delta variants, we analyzed the interaction of facilitating antibodies with the NTD of these variants. Using molecular modelling approaches, we show that enhancing antibodies have a higher affinity for Delta variants than for Wuhan/D614G NTDs. We show that enhancing antibodies reinforce the binding of the spike trimer to the host cell membrane by clamping the NTD to lipid raft microdomains. This stabilizing mechanism may facilitate the conformational change that induces the demasking of the receptor binding domain. As the NTD is also targeted by neutralizing antibodies, our data suggest that the balance between neutralizing and facilitating antibodies in vaccinated individuals is in favor of neutralization for the original Wuhan/D614G strain. However, in the case of the Delta variant, neutralizing antibodies have a decreased affinity for the spike protein, whereas facilitating antibodies display a strikingly increased affinity. Thus, ADE may be a concern for people receiving vaccines based on the original Wuhan strain spike sequence (either mRNA or viral vectors). Under these circumstances, second generation vaccines with spike protein formulations lacking structurally-conserved ADE-related epitopes should be considered.
Article
Severe acute respiratory syndrome (SARS) is a highly contagious infectious disease which first emerged in late 2002, caused by a then novel human coronavirus, SARS coronavirus (SARS-CoV). The virus is believed to have originated from bats and transmitted to human through intermediate animals such as civet cats. The re-emergence of SARS-CoV remains a valid concern due to the continual persistence of zoonotic SARS-CoVs and SARS-like CoVs (SL-CoVs) in bat reservoirs. In this study, the screening for the presence of SARS-specific T cells in a cohort of three SARS-recovered individuals at 9 and 11 years post-infection was carried out, and all memory T cell responses detected target the SARS-CoV structural proteins. Two CD8+ T cell responses targeting the SARS-CoV membrane (M) and nucleocapsid (N) proteins were characterized by determining their HLA restriction and minimal T cell epitope regions. Furthermore, these responses were found to persist up to 11 years post-infection. An absence of cross-reactivity of these CD8+ T cell responses against the newly-emerged Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) was also demonstrated. The knowledge of the persistence of SARS-specific celullar immunity targeting the viral structural proteins in SARS-recovered individuals is important in the design and development of SARS vaccines, which are currently unavailable.
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Equivalency of Protection from Natural Immunity in COVID-19 Recovered Versus Fully Vaccinated Persons: A Systematic Review and Pooled Analysis
Equivalency of Protection from Natural Immunity in COVID-19 Recovered Versus Fully Vaccinated Persons: A Systematic Review and Pooled Analysis, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.12.21263461v1
Neutralization of VOCs including Delta one year post COVID-19 or vaccine
Neutralization of VOCs including Delta one year post COVID-19 or vaccine, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.12.21261951v1
High individual heterogeneity of neutralizing activities against the original 4 strain and 9 different variants of SARS
« Séroneutralisation SARS-CoV-2 : effets sur les variants » https://youtu.be/nZnzNCgvNq8 41 (High individual heterogeneity of neutralizing activities against the original 4 strain and 9 different variants of SARS-CoV-2 https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-783298