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La dimensión geográfica de las invasiones biológicas en el Antropoceno: el caso de Xylella fastidiosa / The geographical dimension of biological invasions in the Anthropocene: the case of Xylella fastidiosa

Authors:

Abstract

Xylella fastidiosa is a potentially harmful organism for a large number of woody crops and tree species, being considered one of the most dangerous phytopathogenic bacteria worldwide. In this article, we used Ecological Niche Models (ENM) to predict the global potential distribution of X. fastidiosa, and at the regional level, Multi Criteria Evaluation (MCE) methods to predict the risk of exposure to this pathogen in the Iberian Peninsula and Balearic Islands. At the global level, our models predicted a wide potential distribution of X. fastidiosa with a wide potential radius of expansion temperate climates (Group C, Köppen climate classification). At regional level, our results revealed the Iberian Peninsula is very exposed to the entry and spread of this invasive organism, whose presence is already widespread in the Balearic Islands. In the Anthropocene epoch, Geography plays a crucial role in a management of biological risks because of a successful management depends heavily on our ability to predict potential geographical ranges of invasive organisms and to identify main factors that promote their spread.
Boletín de la Asociación de Geógrafos Españoles, 80
ISSN:
0212-9426
eISSN:
2605-3322
Cómo citar este trabajo:
Gutiérrez Hernández, O., & García, L. V. (2019). La dimensión geográfica de las
invasiones biológicas en el Antropoceno: el caso de Xylella fastidiosa. Boletín de la Asociación de
Geógrafos Españoles, 80, 2771, 1–32. http://dx.doi.org/10.21138/bage.2771
La dimensión geográfica de las invasiones
biológicas en el Antropoceno:
el caso de Xylella fastidiosa
The geographical dimension of biological invasions
in the Anthropocene: the case of Xylella fastidiosa
Oliver Gutiérrez Hernández
olivergh@uma.es
Departamento de Geografía
Universidad de Málaga (España)
Luis V. García
ventura@cica.es
Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España)
Resumen
Xylella fastidiosa es una bacteria potencialmente dañina para un gran número de cultivos leñosos y
especies arbóreas, y está considerada una de las bacterias fitopatógenas más peligrosas del
mundo. En este artículo, combinamos modelos de nicho ecológico para estimar la distribución
potencial global de X. fastidiosa y, complementariamente, técnicas de evaluación multicriterio para
estimar regionalmente la exposición de la península Ibérica e islas Baleares a la entrada y difusión
del patógeno. A nivel global, nuestros modelos estimaron una distribución potencial de X. fastidiosa
con un amplio radio potencial de expansión en climas templados (Grupo C, según la clasificación
climática de Köppen). A nivel regional, nuestros resultados revelaron que la península Ibérica se
halla muy expuesta a la entrada y propagación de este organismo invasor, cuya presencia es ya
Recepción: 30.03.2018 Aceptación: 17.01.2019 Publicación: 15.03.2019
Este trabajo se publica bajo una licencia de Creative Commons Reconocimiento-NoComercial 4.0 Internacional.
generalizada en las islas Baleares. En el Antropoceno, la Geografía desempeña un papel crucial en
el manejo de los riesgos biológicos. El éxito en la gestión de los mismos depende, en gran medida,
de nuestra capacidad para predecir los rangos geográficos potenciales de los organismos invasores
e identificar los factores que promueven su propagación.
Palabras clave: Biogeografía; riesgos biológicos; modelos de nicho ecológico; evaluación
multicriterio; Análisis Geográfico Regional.
Abstract
Xylella fastidiosa is a potentially harmful organism for a large number of woody crops and tree
species, being considered one of the most dangerous phytopathogenic bacteria worldwide. In this
article, we used Ecological Niche Models (ENM) to predict the global potential distribution of
X. fastidiosa, and at the regional level, Multi Criteria Evaluation (MCE) methods to predict the risk of
exposure to this pathogen in the Iberian Peninsula and Balearic Islands. At the global level, our
models predicted a wide potential distribution of X. fastidiosa with a wide potential radius of
expansion temperate climates (Group C, Köppen climate classification). At regional level, our results
revealed the Iberian Peninsula is very exposed to the entry and spread of this invasive organism,
whose presence is already widespread in the Balearic Islands. In the Anthropocene epoch,
Geography plays a crucial role in a management of biological risks because of a successful
management depends heavily on our ability to predict potential geographical ranges of invasive
organisms and to identify main factors that promote their spread.
Key words: Biogeography; biological risks; ecological niche models; multicriteria decision analysis;
Regional Geographic Analysis.
1 Introducción
1.1 Las invasiones biológicas y la emergencia de Xylella fastidiosa
El Antropoceno es considerado una época funcional y estratigráficamente diferente del Hocoleno
(Waters et al., 2016). En esta nueva naturaleza ligada a los efectos del ser humano, una de las
manifestaciones más orgánicas es la incesante recomposición del mapa biogeográfico de la Tierra,
como consecuencia de la dispersión de especies exóticas inducida por la actividad humana
(Capinha et al., 2015; Miraldo et al., 2016; Murray et al., 2015; Waters et al., 2016).
Entre las especies exóticas dispersadas por el hombre se cuentan numerosas especies invasoras
con un gran potencial patogénico (Colautti et al., 2014; Murray, Olivero et al., 2018). Hasta el
momento, los esfuerzos realizados para mitigar las invasiones biológicas no han sido del todo
efectivos y algunos autores sostienen que se trata de un problema de difícil solución (Seebens et
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al., 2017). Por ejemplo, se estima que en los Estados Unidos de América existen actualmente más
de 50 000 especies exóticas; dentro de las cuales, las especies invasoras provocan anualmente
pérdidas económicas millonarias (Pimentel et al., 2005).
Xylella fastidiosa es una de las bacterias fitopatógenas más peligrosas del mundo (Mansfield et al.,
2012; Rapicavoli, et al., 2018; Sicard et al., 2018; Wells et al., 1987). Se trata de una bacteria
confinada en el xilema de las plantas cuya patogenicidad la convierte en un organismo
potencialmente dañino para un gran número de cultivos leñosos (Figura 1). De acuerdo con los
últimos datos de la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (European Food Safety Authority,
EFSA) (actualizado a 13/01/2019), se ha encontrado X. fastidiosa en 563 especies hospedantes.
Entre ellos destacan el olivo, el almendro, la vid o los cítricos (Almeida & Purcell, 2003; Araújo et
al., 2002; Bucci, 2018; Hopkins, 1989; Janse & Obradovic, 2010; Loconsole et al., 2014). La
bacteria se transmite por numerosos insectos vectores (cicadélidos y cercópidos), hemípteros
chupadores que se alimentan a partir del xilema (Almeida, Coletta-Filho & Lopes, 2014; Morente et
al., 2018). Se multiplica en el interior del xilema llegando a obstruir el flujo de savia en la planta
(Almeida, Coletta-Filho & Lopes, 2014; Lima et al., 1998; Redak et al., 2004). Los síntomas varían
según la especie y el estadio de la infección: clorosis, marchitez, necrosis foliar, hojas y ramas
secas y decaimiento generalizado (Landa, et al., 2017). Por tanto, estamos ante un organismo que
vive entre dos mundos: el huésped y el vector (Chatterjee, et al., 2008).
Originaria del continente americano (Nunney et al., 2014), Xylella fastidiosa se ha detectado,
además, en Europa y Asia. El potencial de dispersión de X. fastidiosa no sólo radica en la
capacidad dispersiva de los insectos vectores, que realmente sólo son operan a corta distancia
(Banks et al., 2015), sino, sobre todo, en el comercio y transporte del material vegetal infectado
(Seebens et al., 2015; Tingley, et al., 2018). Hace 20 años su dispersión ya se consideraba una
amenaza global (Purcell, 1997); ahora la preocupación se ha trasladado continente europeo (Jeger
et al., 2018; Strona et al., 2017).
En 2013, se informó del primer registro de presencia de Xylella fastidiosa en condiciones de
campo abierto (olivar) en un país miembro de la Unión Europea, en concreto, en la región de
Apulia (Saponari et al., 2018). Desde entonces se han producido daños gravísimos en los olivares
de dicha región (Carlucci, et al., 2013; Mang, et al., 2016), lo cual ha llevado a las autoridades
regionales a declarar el estado de emergencia fitosanitaria (http://www.emergenzaxylella.it). En
noviembre 2016, se reporta el primer registro de presencia en las Islas Baleares (Gutiérrez et al.,
2018) y en 2017 se detectan los primeros brotes de X. fastidiosa en sureste de la península
Ibérica (Giampetruzzi et al., 2018). Ya en 2018, se detectó la presencia del patógeno en otros
enclaves puntuales del centro de la península Ibérica y en región italiana de la Toscana, al tiempo
que prosigue su avance en el sureste (Alicante). En España, la situación mantiene muy preocupado
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al sector agrícola y a las administraciones competentes. Los medios de comunicación se refieren
continuamente al problema y a los riesgos que comporta. El último informe de la Autoridad Europea
para la Seguridad de los Alimentos (EFSA, European Food Safety Authority) concluye que, aunque
las zonas donde actualmente se encuentra X. fastidiosa están claramente demarcadas, es más que
probable que asistamos a una propagación del organismo en el continente, pues no son pocas las
incertidumbres en torno a difusión del patógeno en nuevos ecosistemas, donde incluso puede
permanecer silente largos periodos de tiempo sin ser detectado (Jeger et al., 2018).
Figura 1. 1) Olivos afectados por
Xylella fastidiosa
; 2) Necrosis y marchitamiento en hojas de vid
por
el patógeno
; 3)
Philaenus spumarius
, uno de los vectores del patógeno; 4) La bacteria
X.
fastidiosa
a vista de microscopio, en una sección transversal del vaso del xilema
Fuente: fotos 1 y 2, Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO, 2018);
foto 3, Charles J. Sharp (2018); y foto 4 (Lima et al., 1998)
1.2 La Geografía ante las invasiones biológicas
El estudio de los riesgos naturales siempre ha constituido una de las ramas más activas, fecundas y
reconocidas de la Geografía aplicada (Ayala Carcedo & Olcina Cantos, 2002), especialmente en
el análisis de las inundaciones, los fenómenos geomorfológicos y los incendios forestales (Montz &
Tobin, 2011).
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Sin embargo, el estudio geográfico de los riesgos biológicos, y en concreto, las consecuencias de
las invasiones biológicas, todavía asoma en lontananza como unos de los campos menos
explorados por la comunidad de geógrafos.
Las evidencias ponen de manifiesto que las invasiones biológicas constituyen un conjunto de
fenómenos multifactoriales que trascienden las fronteras de la biología y la ecología y se imbrican
en el complejo panorama de la globalización, difuso ecotono global en el que la geografía se halla
en el meollo de la problemática (Packer et al., 2017). Algunos autores sostienen que la
Biogeografía debería adoptar un rol fundamental en el estudio de la distribución de los riesgos
biológicos y la incidencia de los patógenos en los sistemas socioecológicos, en un nuevo campo de
conocimiento que se ha denominado “Patogeografía” (Murray et al., 2015, 2018).
Este trabajo pretende reivindicar la relevancia de la geografía y el análisis de datos geoespaciales
en el marco del estudio de la dinámica de las especies exóticas invasoras que protagonizan los
principales riesgos biológicos del momento.
La perspectiva espacial de la Geografía (en mayúscula) no sólo permite incorporar una
aproximación vinculada con la ecología de los organismos biológicos para estimar la distribución
potencial de los mismos sino, que, además, implementa la propia geografía (en minúscula) de los
drivers (factores geográficos) o motores de la diáspora de los organismos invasores, como vectores
geográficos que pueden explicar la propagación de estos seres vivos por la influencia de las
actividades humanas (Rodríguez-Labajos, et al., 2009). Si la ecología de las especies informa hasta
donde puede llegar un organismo, es la geografía de las relaciones hombre-medio aquella que nos
indica por dónde sería más factible que los organismos invasores colonizaran nuevos espacios
siguiendo rutas y cruzando barreras biogeográficas (Essl et al., 2015).
Dado que la propagación de Xylella fastidiosa en la península Ibérica podría suponer auténtico un
desastre para los agrosistemas mediterráneos y la economía de los espacios rurales (Bucci, 2018),
se requiere una doble aproximación que estudie tanto el área de distribución potencial del
patógeno (Elith, 2017), como la influencia de los drivers que pudieran facilitar su llegada y
propagación (Rodríguez-Labajos et al., 2009). Este enfoque trasciende la aproximación basada en
la probabilidad de presencia, dado que es muy difícil estimar esta probabilidad cuando estamos
ante un organismo en proceso de expansión fuera de su rango nativo (Václavík & Meentemeyer,
2009), por lo que es también pertinente incorporar una aproximación complementaria basada en la
teoría de conjuntos borrosos (Eastman, 1999; Jiang & Eastman, 2000).
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1.3 Objetivos
El presente trabajo tiene dos objetivos fundamentales:
1. A escala mundial, estimar la distribución potencial global de Xyella fastidiosa a través de un
ensamblaje de modelos de nicho ecológico basado en datos bioclimáticos.
2. A escala regional, estimar la exposición de la península Ibérica e islas Baleares a la llegada y / o
propagación del Xyella fastidiosa, combinando los resultados del modelo de nicho ecológico
con un conjunto drivers que pueden facilitar la dispersión del patógeno, y empleando para ello
técnicas de evaluación multicriterio basadas en la teoría de conjuntos borrosos.
2 Material y métodos
2.1 Áreas de estudio
Globalmente (A1, Figura 2), para el estudio de la distribución potencial global de Xylella fastidiosa
basado en el ensamblaje de modelos de nicho ecológico, el área de estudio abar toda la
superficie de la Tierra: tierras emergidas. A nivel regional (A2, Figura 2), para la estimación del
riesgo de exposición al patógeno, consideramos la península Ibérica e Islas Baleares.
Figura 2. Área de estudio: A1) área de calibración global; A2) área de proyección regional
Fuente: elaboración propia a partir de los registros de presencia
de Xylella fastidiosa (EFSA, 2018)
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2.2 Procesado de variables bioclimáticas
En el marco global, analizamos la relación entre los registros de presencia de la bacteria y los
factores ambientales y desarrollamos modelos de distribución potencial de Xylella fastidiosa
(Guisan, et al., 2017; Gutiérrez Hernández, et al., 2018; Peterson et al., 2011). Para ello,
utilizamos diecinueve variables bioclimáticas procedentes del repositorio Worldclim 2 (Fick &
Hijmans, 2017) y empleamos la clasificación de Köppen para facilitar la lectura de los factores
bioclimáticos (Kottek et al., 2006). La resolución de los datos ambientales fue de 10 minutos (18,6
x 18,6 Km = 344 km2 en el ecuador) acorde con el sistema de coordenadas geográficas WGS84
(Tabla 1).
Tabla 1. Conjunto de variables bioclimáticas empleadas inicialmente
CÓDIGO
VARIABLE
Bio1 Temperatura media anual
Bio2 Amplitud media diurna
Bio3 Isotermicidad (bio2/bio7) (* 100)
Bio4 Temperatura estacional (desviación estándar * 100)
Bio5 Temperatura máxima del mes más cálido
Bio6 Temperatura mínima del mes más frío
Bio7 Amplitud térmica anual (bio5-bio6)
Bio8 Temperatura media del trimestre más húmedo
Bio9 Temperatura media del trimestre más seco
Bio10 Temperatura media del trimestre más cálido
Bio11 Temperatura media del trimestre más frío
Bio12 Precipitación anual
Bio13 Precipitación del mes más lluvioso
Bio14 Precipitación del mes más seco
Bio15 Precipitación estacional (coeficiente de variación)
Bio16 Precipitación del trimestre más húmedo
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Tabla 1. Continuación
CÓDIGO
VARIABLE
Bio17 Precipitación del trimestre más seco
Bio18 Precipitación del trimestre más cálido
Bio19 Precipitación del trimestre más frío
Fuente: elaboración propia a partir de Wordlclim 2 (Fick & Hijmans, 2017)
Como el uso de todas las variables bioclimáticas en los modelos estadísticos comportaría
problemas de multicolinealidad debido que buena parte de las variables derivadas de temperatura
y precipitación están correlacionadas entre sí, realizamos un Análisis de Componentes Principales
de las variables bioclimáticas proyectadas en cada localización de los registros de presencia de
Xylella fastidiosa (De Marco & Nóbrega, 2018; Dormann et al., 2013). Este análisis estadístico se
realizó en entorno de análisis de datos y producción de gráficos R (R Core Team, 2017).
El Análisis de Componentes Principales (ACP ó PCA, por sus siglas en lengua inglesa) se basa en
la transformación de un conjunto de variables originales, en este caso los datos bioclimáticos, en
otro conjunto de variables –o componentes Principalesobtenidos como combinación lineal de
aquellas (Eastman, 2015). Las nuevas variables conservan toda la información de las variables
primitivas, pero la mayoría de los componentes principales tienen una variabilidad tan pequeña que
pueden ser ignorados, de forma que unos pocos componentes son suficientes para representar y
explicar razonablemente el conjunto de objetos de la muestra sin pérdida importante de información
(Guisande González et al., 2013). Así, el primer componente principal es la combinación lineal de
las variables originales que tiene máxima varianza; el segundo componente es la combinación lineal
de las variables originales con máxima varianza con la condición añadida de que sea independiente
del primero (ortogonal), y así sucesivamente hasta obtener todos los componentes principales.
Cada componente principal explica la máxima variabilidad residual posible, es decir, la que no han
explicado los componentes anteriores. Por tanto, cada componente es independiente entre sí y
contiene información distinta.
Finalmente, la principal ventaja del Análisis de Componentes Principales es precisamente la
reducción de la complejidad de los datos, al pasar de muchas variables a unas pocas. Frente a esta
ventaja, el inconveniente de las nuevas variables está en una reducida pérdida de información y en
el hecho de que las variables originales tienen un significado real del que carecen en general los
componentes, que son mezcla o combinación de variables. En nuestro caso, dada la finalidad
predictiva del modelo de nicho ecológico, seleccionamos los primeras cinco componentes
principales de acuerdo con el criterio de la varianza explicada acumulada (Jackson, 1993).
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2.3 Definición de los drivers en el marco regional
En el marco regional, proyectamos la distribución potencial del patógeno calibrada a nivel mundial
sobre la península Ibérica e Islas Baleares, y establecimos una resolución de 30 segundos (0,93 x
0,93 km = 0,86 km2 en el ecuador), de acuerdo con el sistema de coordenadas WGC84, para
capturar una mayor variabilidad que en las predicciones realizadas con los modelos globales. En
este estadio definido por una mayor resolución espacial, superpusimos los drivers para,
combinados con el modelo de distribución potencial, estimar la exposición de la península Ibérica e
Islas Baleares a la llegada y / o propagación de Xylella fastidiosa.
Denominamos drivers a los factores geográficos que se considera que favorecen la entrada y / o
propagación de las invasiones biológicas. Para respaldar los criterios empleados, realizamos a una
revisión de la literatura científica al respecto (Anderson et al., 2015; Benedetti & Morelli, 2017;
Bertelsmeier et al., 2017; Grosholz, 2018; Meurisse et al., 2018). Entre los drivers consideramos
gradientes de proximidad con respecto a los principales nodos y redes de transporte, espacios
agrícolas donde se importa material biológico y zonas pobladas donde el flujo de personas es
máximo. Aplicamos distintas funciones de pertenencia borrosa según la naturaleza de cada driver
considerado. En conjunto, generamos siete drivers (Tabla 2).
Tabla 2. Conjunto de
drivers
empleados
CÓDIGO
VARIABLE
FUNCIÓN DE PERTINENCIA BORROSA
fuzzy_road Proximidad a carreteras Lineal
fuzzy_crop Proximidad a cultivos Lineal
fuzzy_pob Densidad de población Nut3 Gaussiana
fuzzy_airport Proximidad a aeropuertos Alta difusa
fuzzy_port Proximidad a puertos Alta difusa
fuzzy_urban Proximidad a zonas urbanas Alta difusa
fuzzy_ffcc Proximidad a ferrocarriles Lineal
Fuente: elaboración propia
Con la función lineal, la pertenencia aumenta linealmente con la proximidad. Esta función se aplicó
a las redes de transporte y espacios cultivados. Aplicamos la función gaussiana para penalizar áreas
hiperpobladas y zonas muy despobladas y sobrevalorar valores entorno al promedio, puesto que
consideramos que son los espacios periurbanos y rurales medianamente poblados donde se
introduce mayor material biológico, bien para explotaciones agrícolas o la jardinería urbana y
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residencial. Finalmente, con la función alta difusa, ponderamos positivamente una proximidad por
encima de un umbral establecido cerca de los principales nodos de transporte.
2.4 Diseño del muestreo
En nuestro esquema metodológico, los registros de presencia componen la variable dependiente (y)
que se relaciona con las variables independientes o predictoras (x). Esta relación de y=f(x) que
permite determinar correspondencias es factible mediante métodos estadísticos. En principio,
trabajamos con 1744 registros de presencia de Xylella fastidiosa distribuidos por todo el mundo
(Delbianco et al., 2019), pero diseñamos una estrategia de muestreo para garantizar una mayor
independencia estadística de los datos georreferenciados. En la Figura 3 (derecha), se aprecia el
diseño de muestreo aplicado a todos los registros de presencia del patógeno.
Figura 3. Detalle de la cuadrícula de muestreo (levante de la península Ibérica)
Fuente: elaboración propia a partir de los registros de presencia
de Xylella fastidiosa (EFSA, 2018)
Así, redujimos el tamaño de la muestra con una primera selección aleatoria para así disminuir el
efecto de la autocorrelación espacial de los registros de presencia. Debido a que, posteriormente,
fijaríamos la resolución de los predictores (mapas raster) en una malla de 10 minutos (WGS84),
establecimos un máximo de un punto (registro de presencia) dentro de cada píxel (o factor), para
evitar los efectos negativos que sobre los procedimientos estadísticos tiene la pseudorreplicación
entre variables independientes y variables dependientes (Guisan & Zimmermann, 2000).
En teoría, los registros de ausencia son las localizaciones donde consideramos que la especie no
está presente. Si un registro de presencia es un hecho basado en una o varias observaciones; un
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registro de ausencia tiene una naturaleza más compleja que puede expresar diferentes significados:
una ausencia podría estar causada por cuestiones biogeográficas y/o requisitos ambientales, pero
también por un deficiente esfuerzo de muestreo (Lobo et al., 2010). Dado el carácter invasor de
Xylella fastidiosa, que se encuentra en plena diáspora, descartamos por principio el uso de
registros de ausencia: no tenemos certeza sobre las ausencias (Václavík & Meentemeyer, 2009).
Pero en su lugar, empleamos datos de fondo (o background) para entrenar los modelos. El
background se define como una nube de puntos aleatorios que caracterizan los ambientes del área
de estudio. Bajo este paradigma, los modelos se calibran usando puntos aleatorios en toda el área
de estudio sin una relación de exclusión -las ausencias- predefinida, porque un dato de fondo
puede aparecer incluso sobre un registro de presencia. La clave está en que los métodos de
inteligencia artificial que describiremos a continuación, adecuadamente calibrados y replicados en
distintas iteraciones, tomarán como poco relevante esta excepcionalidad alejada del patrón general.
Por tanto, resulta crítica la selección y calibración de algoritmos procedentes del campo de la
minería de datos. Es el paso siguiente.
2.5 Modelos predictivos y evaluación multicriterio
Empleamos dos potentes algoritmos predictivos: Maxent (Máxima Entropía) y MARS (Multivariate
Adaptative Regression Splines). Maxent es un algoritmo que maximiza la entropía bajo las
restricciones de los factores en busca de la distribución más uniforme posible, y resulta
especialmente útil cuando se dispone de pocos registros de presencia (Phillips et al., 2016; Phillips
& Dudi, 2008). Por su parte, MARS es un algoritmo que permite modelar directamente respuestas
no lineales mediante un suavizado (smoothing) de las variables predictivas (Friedman, 1991). Es un
método de regresión no lineal y no paramétrico, porque trabaja con valores suavizados de cada
variable que en conjunto pueden adoptar una respuesta no lineal y es el propio modelo el que se
ajusta empíricamente generando múltiples curvas (splines).
Desarrollamos 25 réplicas por cada algoritmo, Maxent y MARS, seleccionando los registros de
presencia (y el background) aleatoriamente en cada iteración mediante el procedimiento de
muestreo de Bootstrapping (Efron, 1981). En total, generamos 50 modelos independientes
evaluados sistemáticamente. Por un lado, evaluamos el grado de ajuste de los modelos a partir de
la matriz de confusión representando los resultados en la Curva ROC (acrónimo de Receiver
Operating Characteristic) para obtener el Área Bajo la Curva o AUC (acrónimo de Area Under the
Curve) (Fielding & Bell, 1997). Por otro lado, dado que no empleamos registros de ausencia sensu
stricto en la matriz de confusión, con el AUC no estaríamos determinando realmente una verdadera
capacidad discriminante de los modelos (Lobo, et al., 2008). Complementariamente, estimamos
una medida de calibración que relaciona la probabilidad de ocurrencia estimada por los modelos y
la proporción ocurrencias observadas (Franklin, 2009). Tanto la calibración como la evaluación de
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modelos se realizó empleando la librería “sdm” (Naimi & Araújo, 2016), del entorno de
programación y análisis de datos R.
Evaluado el modelo, proyectamos las predicciones espaciales a partir del ensamblaje de modelos
de nicho ecológico (50 réplicas) y generamos un mapa de distribución potencial global de Xylella
fastidiosa a 10 minutos de resolución espacial.
Finalmente, proyectamos la distribución potencial del organismo patógeno sobre la península
Ibérica e Islas Baleares a mayor detalle (30 segundos de resolución espacial); y estimamos,
además, el grado de exposición de este contexto regional con respecto a la entrada y/o
propagación del patógeno, mediante una superposición difusa los drivers considerados. En el
marco de la superposición difusa (fuzzy overlay), empleamos la función suma difusa, combinación
lineal creciente que está basada en el número de criterios introducidos en el análisis, donde la
evidencia combinada es más importante que cualquier evidencia simple.
3 Resultados
3.1 Reducción de la dimensionalidad de los predictores
En la Figura 4, representamos dos gráficos del ACP. En primer lugar, empleamos el rculo de
correlación de las variables bioclimáticas con los dos primeros componentes principales, que,
conjuntamente, explican el 61,35 % de la varianza de la variación total: el primer componente
contribuye con el 39,45 % y el segundo con el 21,90 %. En general, la mayor parte de las
variables se relacionaron positivamente con el primer eje, excepto bio2, bio4, bio5 y bio7. Tal es la
intensidad de las correlaciones que encontramos posiciones casi idénticas en algunas variables:
bio13 y bio 16; bio 14 y bio17. Las variables más importantes para el segundo eje se relacionaron
con la precipitación con cargas positivas para la precipitación bio14 y bio17, y cargas negativas en
bio15. En el gráfico de sedimentación (Scree plot), se ilustra cómo las primeras cinco componentes
explican el 95 % de la varianza explicada, por lo que el resto de componentes son prescindibles.
Por tanto, seleccionamos las primeras cinco componentes para emplearlas como predictores de los
modelos de nicho ecológico.
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Figura 4. Análisis de componentes principales
Fuente: elaboración propia
3.2 Evaluación de los modelos de nicho ecológico
El conjunto de modelos replicados con distintos datos ofreció un excelente grado de ajuste
(considerado como AUC > 0,90), con valores de AUC por encima de 0,95. Si bien, hay que
aclarar que el AUC calculado con datos de presencia / background informa sobre la capacidad
del modelo para discernir entre un registro de presencia y un dato aleatorio, y no entre un registro
de presencia y otro de ausencia. Por tanto, en este caso, hablamos de grado de ajuste más que de
capacidad discriminante del modelo. Es importante valorar este punto porque nosotros no
empleamos las ausencias ni para calibrar ni para evaluar los modelos dada la problemática de
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difícil solución que representan los registros de ausencia en el caso de las especies invasoras. Por
tanto, la curva ROC y el AUC reportaron otra información muy útil: los modelos fueron ajustados,
estables y mostraron un comportamiento similar en cada réplica, como se aprecia en las réplicas de
cada curva (Figura 5), por lo que estamos en condiciones de ensamblar un conjunto de
predicciones relativamente homogéneas y coherentes en su ajuste.
Figura 5. Curva ROC y AUC
Fuente: elaboración propia
Figura 6. Gráfico de calibración
Fuente: elaboración propia
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Producido el ensamblaje de modelos, el modelo de consenso alcanzó un valor de calibración del
85 % (Figura 6). Como se aprecia, la nube de puntos se situó casi a partes iguales sobre y bajo la
línea que representa la calibración óptima. Esto significa que el modelo ensamblado o de consenso
apenas sobreestima e infraestima en sus predicciones con respecto a las observaciones.
3.3 Distribución potencial global de Xylella fastidiosa
En este punto, presentamos la cartografía de los resultados obtenidos (Figura 7). Nuestros modelos
estimaron un área de distribución potencial global para Xylella fastidiosa que abarca espacios
tropicales, subtropicales y templados situados en todos los continentes (con la excepción de la
Antártida), aunque con especial idoneidad en los espacios subtropicales húmedos y dominios de
clima templado (Grupo C, de acuerdo con la clasificación climática de Köppen), en los que las
temperaturas mínimas permiten la supervivencia del patógeno (Feil & Purcell, 2001).
Figura 7. Distribución potencial global de
Xylella fastidiosa
Fuente: elaboración propia
En el continente americano, origen de la diáspora de X. fastidiosa, es donde encontramos las áreas
más favorables para el patógeno. Destacan el sureste de los Estados Unidos (regiones del Atlántico
Sur, Centro Sureste, Centro Oeste y Pacífico), el sureste de Brasil (regiones Sur y Sudeste) y un
importante pasillo de favorabilidad que conecta los dos hemisferios del continente, en el
piedemonte de la gran cordillera. Por tanto, en este continente encontramos dos grandes factores
para su establecimiento y propagación: favorabilidad y conectividad.
De acuerdo con nuestros modelos, X. fastidiosa también encontraría grandes áreas favorables en el
sur y sudeste del continente africano, donde no se ha informado aún de la presencia del patógeno,
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lo cual no significa que la bacteria no haya llegado, dado que en muchos países africanos no
existen controles fitosanitarios. Australia es otra de las extensas áreas en las que X. fastidiosa no ha
sido detectada todavía. Sin embargo, este subcontinente presenta unas condiciones bioclimáticas
muy favorables para su establecimiento en el sector oriental, donde predomina un clima templado
lluvioso, similar a los climas donde la bacteria encuentra su máxima favorabilidad en América.
Precisamente, en las áreas subtropicales de clima lluvioso es donde nuestros modelos estimaron el
ambiente de máxima favorabilidad bioclimática para el establecimiento de X. fastidiosa, áreas como
el sudeste del continente asiático, donde predomina el denominado clima chino (Clima Cfa, de
acuerdo a Köppen) clima que parece el más favorable para el establecimiento de este patógeno.
En el continente euroasiático, se proyecta un importante corredor favorable que conecta la
península Ibérica y el extremo oriental del continente asiático y que transita por zonas
eminentemente subtropicales en ambas fachadas de la cuenca mediterránea y penetra por los valles
de Oriente Medio y el piedemonte meridional del Himalaya, hasta llegar al extremo oriental de Asia
donde encontramos el genuino clima chino. Xylella fastidiosa ha sido detectada en numerosos
puntos siguiendo este pasillo, lo que sugiere que la conectividad de las áreas favorables podría
explicar en parte su dispersión. En el contexto de este corredor, encontramos climas Csa y Csb
(Köppen), también con un componente subtropical pero donde la estación seca coincide con el
verano, a diferencia de los climas tropicales lluviosos.
Por último, apenas encontramos zonas mediadamente favorables para el establecimiento del
patógeno más allá de los 40–50º de latitud. Estas las hallamos mayoritariamente en el hemisferio
norte y, en especial, en las zonas occidentales del continente europeo, más templadas por la
acción de la Corriente del Atlántico Norte. Nótese que trabajamos con algunos registros de
presencia reportados en Canadá, aunque es probable que estos casos se hayan producido en
condiciones muy excepcionales en el espacio y en el tiempo, de ahí que nuestros modelos no
hayan proyectado favorabilidad en la vecindad de los registros de presencia reportados en estos
enclaves. Las temperaturas mínimas de los climas D (Köppen) limitan la dispersión.
3.4 Exposición de la península Ibérica e Islas Baleares a Xylella fastidiosa
En la Figura 8, se ilustra la proyección de la distribución potencial de Xylella fastidiosa en la
península Ibérica e Islas Baleares, como resultado del downscaling estadístico de los modelos
calibrados y ensamblados con los registros de presencia y variables bioclimáticas de todo el
mundo.
Lo primero que llama la atención es que el área de distribución potencial proyectada por los
modelos coincide, en sus valores de máxima favorabilidad, con los registros de presencia de
Xylella fastidiosa localizados en Islas Baleares, donde primero se ha reportado la presencia del
patógeno en España. Recordamos que los modelos de distribución potencial se han calibrado con
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datos de todo el mundo y en buena parte de las iteraciones las respectivas réplicas de los modelos
pueden no haber utilizado registros de presencia de esta zona.
Figura 8. Distribución potencial de
Xylella fastidiosa
proyectada
en la península Ibérica e islas Baleares
Fuente: elaboración propia
De acuerdo con nuestros modelos, la península Ibérica presenta dos grandes áreas favorables para
el establecimiento de Xylella fastidiosa. La primera de ellas es el cuadrante sudoccidental,
caracterizado por las temperaturas elevadas y unas precipitaciones relativamente abundantes en
invierno. Le sigue la fachada mediterránea, desde la costa de Alicante (donde el patógeno ya está
presente) hasta la costa de Gerona. Hacia el sudeste, nuestros modelos encuentran áreas
favorables, pero con valores más bajos de favorabilidad, debido a la mayor aridez que presenta
este dominio. Esto mismo ocurre en la submeseta sur, en la que la favorabilidad está constreñida
por otro factor limitante, la incidencia de las heladas, si bien este factor no llega a proyectar un área
totalmente desfavorable. Prueba de ello es el positivo detectado en un olivar de la Comunidad de
Madrid (Jeger et al., 2018). Todo lo contrario, sucede en la submeseta norte y, sobre todo, en las
zonas más elevadas de los principales sistemas montañosos de la península, donde encontramos
áreas desfavorables para el establecimiento de X. fastidiosa, especialmente por la incidencia de las
bajas temperaturas.
En la Figura 9, se representa una cartografía que integra por superposición difusa el conjunto de
drivers o factores geográficos que pueden facilitar la introducción y/o propagación de Xylella
fastidiosa. Esta cartografía es producto de funciones de pertenencia difusa (Fuzzy Membership)
aplicadas a cada uno de los factores o drivers y de la superposición difusa del conjunto.
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De acuerdo con los drivers, las áreas más expuestas a la entrada y dispersión del patógeno son,
fundamentalmente, los espacios interiores próximos a la costa en los que predominan las
actividades agrarias, soportan densidades de población intermedias y se hallan bien comunicados.
Por el contrario, los vacíos demográficos de las áreas del interior de la península constituyen los
espacios menos expuestos a la entrada y propagación de Xylella fastidiosa.
Figura 9. Integración
drivers
y favorabilidad para la dispersión de
Xylella fastidiosa
Fuente: elaboración propia
Figura 10. Modelo de exposición de la península Ibérica
e islas Baleares a
Xylella fastidiosa
Fuente: elaboración propia
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Por último, en la Figura 10 se ilustra la cartografía final que representa la exposición de la península
Ibérica e Islas Baleares a la entrada y / o propagación de Xyella fastidiosa. Esta cartografía es
producto de la superposición difusa de los resultados representados en las figuras 8 y 9.
Concluyendo, de acuerdo con nuestros modelos, las áreas más expuestas a la propagación de
Xylella fastidiosa son fundamentalmente las situadas en las zonas periféricas y más deprimidas del
conjunto del área de estudio, incluida la costa del norte de la península Ibérica. Si bien,
encontramos una máxima exposición en el suroeste de la península Ibérica, Levante e Islas Baleares.
4 Discusión
4.1 Posibilidades y limitaciones de los modelos
La inferencia estadística aporta una base matemática, fundamentada en la teoría de nichos
ecológicos, para generalizar y proyectar modelos más allá del área de calibración (Franklin, 1995;
Gallien et al., 2010; Guisan et al., 2017; Peterson et al., 2011).
Sin embargo, no son pocas las investigaciones que se realizan sólo con registros de presencia
localizados en el área donde ha comenzado a producirse la invasión, lo cual introduce un sesgo de
muestreo fundamental puesto que podríamos estar omitiendo rangos de tolerancia ambiental que
las especies invasoras pueden soportar en otros lugares donde ya está presente (Václavík &
Meentemeyer, 2012). En este sentido, la transferibilidad de modelos entre nichos de calibración
(área nativa) y proyección (área invadible) también resultan problemáticas (Zhu & Peterson, 2017).
Con respecto al primer caso, un grupo de investigadores italianos publicó un artículo sobre la
distribución potencial de Xylella fastidiosa en Italia (Bosso et al., 2016). En este trabajo, los autores
calibran un modelo de máxima entropía con registros de presencia localizados únicamente en la
región italiana de Apulia, donde el patógeno está presente desde el año 2013, y predicciones
proyectadas hacia el conjunto de Italia, y obtuvieron un AUC del 0,971. En otro trabajo, los mismos
autores hicieron lo propio proyectando las predicciones para el conjunto de la Cuenca
Mediterránea (Bosso et al., 2016). En ambos artículos, estos autores se refieren a una “excelente
capacidad predictiva de los modelos” y una “fuerte validación estadística de los modelos”. En un
trabajo posterior (Gutiérrez Hernández & García, 2018), en el que desarrollamos diferentes
modelos de distribución potencial de X. fastidiosa en la península Ibérica e islas Baleares, basado
en los registros de presencia del citado archipíelago, señalamos las limitaciones de tales
afirmaciones. Los modelos de nicho ecológico basados en datos bioclimáticos infraestiman las
distribuciones potenciales cuando interviene el ser humano como vector de las especies, pues
proyectan distribuciones demasiado ajustadas, especialmente cuando se emplean registros de
presencia localizados en una región muy característica (Ramírez-Albores et al., 2016).
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A menudo se emplea el término validación con un uso que no es el estrictamente correcto, porque
es imposible validar íntegramente el modelo numérico de un sistema natural (Oreskes et al., 1994).
Insistimos en que el AUC es una métrica que se emplea para medir la capacidad discriminante o el
grado de ajuste de los modelos. Cuando se evalúa la capacidad discriminante de un modelo, no se
trata de buscar el valor más elevado, porque es relativamente sencillo encontrarlo -basta con
ampliar el área de estudio-, sino de justificar cómo y por qué se ha diseñado el área de calibración
y cuál es el contenido y sentido con el que se utiliza el AUC.
Por otra parte, las métricas discriminantes quizás no sean las más adecuadas para trabajar con
registros incompletos de especies invasoras en el nuevo rango de invasión cuando estas se
encuentran en los estadios iniciales. Por eso, en el presente trabajo, además de emplear una
medida de ajuste como el AUC, implementamos también una medida de calibración.
Las especies invasoras no se encuentran en equilibrio con las condiciones del medio en los estadios
iniciales de las invasiones biológicas (Václavík & Meentemeyer, 2012). Conviene esclarecer los
conceptos y las limitaciones de unos modelos que a menudo distan mucho de ser infalibles
(Jiménez-Valverde et al., 2008). Por ejemplo, es necesario que el extent o área de calibración de
los modelos esté plenamente justificado (Barve et al., 2011). Algunos autores recomiendan trabajar
con el conjunto más amplio de datos disponible sobre la especie invasora, tanto en el rango nativo
de su distribución como en el área dónde aparece como organismo invasor (Jiménez-Valverde
et al., 2011). El problema está en que no siempre están disponibles esos datos y en muchos casos
las administraciones públicas no facilitan el acceso a los mismos, lo que dificulta el desarrollo de
trabajo cuando éste resulta más necesario, esto es, antes de que una potencial especie invasora
haya irrumpido y producido un daño irreparable.
Este fue el motivo principal por el que decidimos trabajar con los registros de presencia de Xylella
fastidiosa de todo el mundo, porque se trata de modelizar el más amplio rango de tolerancias
ambientales posible. Y aún en este supuesto, hay especies invasoras que pueden sobrevivir más
allá de su rango de tolerancias ambientales conocido (Parker et al., 2013). Desde el punto de vista
biogeográfico, los procesos de especiación han estado limitados por barreras biogeográficas
(Barve et al., 2011). Esto viene a significar que las especies tenderán a estar adaptadas a las
condiciones ambientales de su área de distribución, pero no invalida el supuesto de que una
especie dada pudiera soportar un rango de tolerancias ambientales más amplio cuando desaparece
el efecto de barrera biogeográfica, hecho que concurre cuando las actividades humanas movilizan
organismos de un lugar a otro del planeta. Complementariamente, los modelos de nicho serían más
eficaces desde el punto de vista de la predicción de las invasiones biológicas si contemplaran,
además, los nichos ecológicos y los patrones de dispersión de los organismos vectores que
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dispersan los patógenos (Cruaud et al., 2018), en tanto que estos pueden facilitar una rápida
propagación del patógeno en la península (Lopes et al., 2014; Morente et al., 2018).
4.2 Una aproximación multidisciplinar: aportaciones de la Geografía
Superadas -en la medida de las posibilidades- las limitaciones de los modelos de nicho ecológico,
estimamos la exposición de la península Ibérica con respecto a Xylella fastidiosa. Lo hicimos
integrando mediante operaciones de superposición difusa el conjunto de drivers o factores
geográficos que pueden favorecer la introducción de la especie invasora movilizada por las
actividades humanas.
Hay que tener presente que el modelo de nicho nos puede informar acerca de hasta dónde puede
llegar una especie en función de su rango de tolerancias ambientales. Esta información es
necesaria, en tanto que representa una causa necesaria, esto es, si el factor ecológico es
desfavorable para un organismo exótivo, la invasión no ocurrirá. Pero necesitamos conocer,
además, las condiciones o causas suficientes, que combinadas con las causas necesarias
desencadenan los factores de riesgo. En este sentido, la evidencia empírica manifiesta el poder
explicativo de los factores geográficos que hemos denominado drivers, en tanto que suelen ser los
gradientes de proximidad, de densidad de población o intensidad de los flujos los que suelen estar
más relacionados con movimientos más intensos de material biológico. Por un lado, respaldamos
esta información basándonos en investigaciones previas (Dalmazzone & Giaccaria, 2014; Packer et
al., 2017; Seebens et al., 2015). Por otro, hemos demostrado empíricamente cómo allí donde hay
registros de Xylellla fastidiosa (Islas Baleares, Alicante) se asocia una alta idoneidad ecológica con
una baja impedancia (resistencia) del medio geográfico.
No cabe duda de que las invasiones biológicas están revolucionando el concepto de Biogeografía,
y que, entendida esta disciplina como una ciencia geográfica, hemos de reconsiderar que la
distribución geográfica de las especies en el Antropoceno va mucho más allá de lo que expone el
clásico argumentario acerca de las tolerancias ambientales y los procesos de dispersión de los
organismos de la biosfera (Gallardo & Vila, 2019). A pesar de las críticas, los modelos de nicho
ecológico siguen demostrando su utilidad en la predicción de invasiones biológicas (Barbet-Massin
et al., 2018), aunque infraestiman la distribución potencial de los organismos exóticos,
especialmente en casos donde intervienen huespedes y vectores, cuyas tolerancias ambientales
amplían el espectro de la incertidumbre (Escobar & Craft, 2016). A los vectores naturales, como
geógrafos, debemos añadir el pricipal vector: el ser humano (Banks et al., 2015).
La estimación del riesgo de exposición a la llegada y propagación de especies invasoras supone un
auténtico desafío metodológico que necesariamente requiere una aproximación multidisciplinar
(Ricciardi et al., 2017). En el seno de las investigaciones geográficas urge también una
reconducción de alguno de sus campos de conocimiento más allá de la Biogeografía (Murray et
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al., 2018); es necesario, por citar uno de sus campos tradicionales, un replanteamiento de la
Geografía Agraria, sumida en una profundo declive por la obsolescencia de sus intereses,
enfoques y estrategias metodológicas, pero cuyo campo de estudio la sitúa ante un abanico de
posibilidades infinitas (Katinas & Crisci, 2018; Robinson, 2018). Otra geografía emergente, la
geografía de los espacios y destinos turísticos, tiene frente a sí un campo de estudio apenas
explorado, aquel que relaciona turismo y propagación de especies exóticas. La evidencia
demuestra, por ejemplo, que la abundancia y riqueza de especies exóticas es significativamente
mayor en los sitios en los que se realizan actividades turísticas (Anderson et al., 2015).
En conclusión, la nueva Biogeografía debe priorizar el estudio de los riesgos biológicos vinculados
con la globalización (Cope et al., 2017) y ocuparse también del estado de salud de la Tierra
(Murray et al., 2018), prestando especial atención a la incidencia del cambio climático en la
redistribución natural y antrópica de la biodiversidad (Wang et al., 2017), y priorizando la
planificación y la prevención, dado que los estadios iniciales de las invasiones biológicas son los
que concentran los mayores impactos en los ecosistemas y agrosistemas (Závorka et al., 2018). En
el marco global del Antropoceno, se requiere una acción colectiva y coordinada que minimice los
principales riesgos ambientales de nuestra época (Steffen et al., 2018).
5 Conclusiones
En este trabajo hemos desarrollado modelos de nicho ecológico para estimar la distribución
potencial global de Xylella fastidiosa. Ensamblamos dichas estimas a escala regional (península
Ibérica e Islas Baleares) con drivers que pueden favorecer los procesos de dispersión observados
en el patógeno.
A escala global, nuestros modelos han estimado una amplia distribución potencial de Xylella
fastidiosa en latitudes medias, con valores de favorabilidad máximos en áreas con predominio de
climas templados y húmedos. A nivel regional, estimamos que existe un gran potencial bioclimático
para el establecimiento de X. fastidiosa en las zonas periféricas de la península Ibérica y Baleares y,
especialmente, en el suroeste de la península y en la fachada mediterránea. En general, las áreas
más expuestas a la entrada y dispersión del patógeno se corresponden con los espacios interiores
próximos a la costa en los que predominan las actividades agrarias, soportan densidades de
población intermedias y se hallan bien comunicados.
Tanto los resultados obtenidos como la metodología aplicada representan una novedad. Por un
lado, se trata de la primera estima global de distribución potencial de Xylella fastiosa basada en un
ensamblaje de modelos. Por otro lado, es la primera vez que se integran la modelización de nichos
ecológicos y las técnicas de evaluación multicriterio, basadas en funciones de pertenencia y
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2771, 1–32 22
superposición borrosas, para representar un modelo de exposición regional a un organismo exótico
como X. fastidiosa.
Los resultados evidencian la enorme importancia y utilidad de la información espacial y sitúa a la
geografía (y a la Geografía, como disciplina) en el centro de la investigación de los procesos de
contagio espacial, en el contexto de la gestión de los riesgos biológicos. En este sentido, futuros
trabajos deberían avanzar en el terreno de la caracterización y discusión de la influencia de los
principales drivers involucrados en la propagación de las especies exóticas, más allá de la
estimación de las distribuciones potenciales basada en los modelos de nicho ecológico. En el
Antropoceno, la estimación fidedigna de los riesgos biológicos trasciende la teoría de la
probabilidad y se interna en complejo mundo de la teoría de los conjuntos borrosos.
Declaración responsable: Las/os autoras/es declaran que no existe ningún conflicto de interés
en relación con la publicación de este artículo. Las tareas se han distribuido de la siguiente manera:
Oliver Gutiérrez Hernández, diseño de la investigación, análisis de datos y redacción del
manuscrito original; Luis V. García: revisión crítica, correcciones y aportaciones sobre aspectos
relacionados con la biología, el análisis de datos y la redacción.
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Boletín de la Asociación de Geógrafos Españoles, 80,
2771, 1–32 32
... In European ENMs studies of Xf, presence records were obtained from online databases ( Table 2) and published data [98], sources of carefully verified information that is available thanks to collaborations between researchers and farmers. Environmental predictors were selected through statistical methods [13,14,86,219,220,240,243,256,257]. The most widely used predictors include elevation (WorldClim and European Environment Agency (EEA), Table 3), land cover/land use (Copernicus, ESA, Table 3) and climatic variables (WorldClim and Climatologies at High resolution for the Earth's Land Surface Areas (CHELSA), Table 3) used at an equatorial resolution of ca. 1 km [219,240,243,256,257], 4.5 km [14,86,220,258] or 10 km [13]. ...
... Environmental predictors were selected through statistical methods [13,14,86,219,220,240,243,256,257]. The most widely used predictors include elevation (WorldClim and European Environment Agency (EEA), Table 3), land cover/land use (Copernicus, ESA, Table 3) and climatic variables (WorldClim and Climatologies at High resolution for the Earth's Land Surface Areas (CHELSA), Table 3) used at an equatorial resolution of ca. 1 km [219,240,243,256,257], 4.5 km [14,86,220,258] or 10 km [13]. A high (ca. 1 km 2 ) or very high (<1 km 2 ) resolution should be preferred due to Xf 's small spatial range, particularly in the early stages of spread. ...
... ENMs are validated through statistical analysis and field survey. For Xf, the area under curve (AUC) and the true skill statistics (TSS) have been widely used but no ground validation studies have been performed in Europe thus far (Box 2 [13,14,219,220,240,243,256]). ...
Article
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Biological invasions represent some of the most severe threats to local communities and ecosystems. Among invasive species, the vector-borne pathogen Xylella fastidiosa is responsible for a wide variety of plant diseases and has profound environmental, social and economic impacts. Once restricted to the Americas, it has recently invaded Europe, where multiple dramatic outbreaks have highlighted critical challenges for its management. Here, we review the most recent advances on the identification, distribution and management of X. fastidiosa and its insect vectors in Europe through genetic and spatial ecology methodologies. We underline the most important theoretical and technological gaps that remain to be bridged. Challenges and future research directions are discussed in the light of improving our understanding of this invasive species, its vectors and host–pathogen interactions. We highlight the need of including different, complimentary outlooks in integrated frameworks to substantially improve our knowledge on invasive processes and optimize resources allocation. We provide an overview of genetic, spatial ecology and integrated approaches that will aid successful and sustainable management of one of the most dangerous threats to European agriculture and ecosystems.
... Keywords: ecological niche, dynamics, niche models; biological invasions INTRODUCCIÓN La expansión de algunas especies con alta capacidad colonizadora dan lugar a invasiones biológicas, lo que se considera uno de los fenómenos responsables de la pérdida de biodiversidad del planeta (Gutiérrez-Hernández & García, 2019). Aunque un gran número de especies pueden ser transportadas voluntaria o involuntariamente desde sus hábitats naturales a otros territorios (Seebens et al., 2017), la mayoría no sobreviven porque no se adaptan a las nuevas condiciones ecológicas. ...
Article
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La degradación ambiental global como consecuencia de las actividades antropogénicas hace necesario abrir nuevas líneas de investigación en las causas y efectos de las alteraciones en los ecosistemas. Un enfoque importante es ver cómo cambia la dinámica de nicho de las especies invasoras entre diferentes áreas geográficas. Analizamos el patrón de distribución de Cirsium vulgare (Savi) Ten., una planta de la familia Asteraceae originaria de la región euroasiática que actualmente invade amplias zonas del mundo. Se estimaron los desplazamientos de su nicho entre continentes mediante una combinación de análisis de componentes principales (ACP) y modelización de nichos ecológicos (ENM) en un amplio conjunto de datos del Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Para ello se seleccionó un conjunto de variables bioclimáticas y la Huella Humana (HFP) con una resolución de 10 km. Nuestros resultados mostraron que la especie tiene una marcada tendencia global a expandirse hacia climas más cálidos y con menor estacionalidad, aunque en algunas regiones su invasividad parece ser menor que en otras. Los modelos tuvieron un buen comportamiento estadístico y una alta coherencia en relación a la distribución conocida de la especie y nos permitieron establecer el peso relativo de la contribución de cada variable utilizada, siendo la temperatura anual y la estacionalidad los factores determinantes en el establecimiento de la especie. La combinación de esta metodología con una adecuada selección de variables representa una herramienta muy útil a la hora de enfocar esfuerzos a la gestión de especies invasoras.
... Furthermore, the severity of PD and its relationships with climatic variables were modeled by means of ordinal regression using the PD risk maps proposed by Purcell (Anas et al., 2008). Hernańdez and Garcıá (2019) used ecological niche models to estimate the potential distribution of X. fastidiosa on a global scale. EFSA, 2019 used SDM ensemble modeling to asses the potential establishment of X. fastidiosa in the EU. ...
Article
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The plant-pathogenic bacterium Xylella fastidiosa was first reported in Europe in 2013, in the province of Lecce, Italy, where extensive areas were affected by the olive quick decline syndrome, caused by the subsp. pauca. In Alicante, Spain, almond leaf scorch, caused by X. fastidiosa subsp. multiplex, was detected in 2017. The effects of climatic and spatial factors on the geographic distribution of X. fastidiosa in these two infested regions in Europe were studied. The presence/absence data of X. fastidiosa in the official surveys were analyzed using Bayesian hierarchical models through the integrated nested Laplace approximation (INLA) methodology. Climatic covariates were obtained from the WorldClim v.2 database. A categorical variable was also included according to Purcell’s minimum winter temperature thresholds for the risk of occurrence of Pierce’s disease of grapevine, caused by X. fastidiosa subsp. fastidiosa. In Alicante, data were presented aggregated on a 1 km grid (lattice data), where the spatial effect was included in the model through a conditional autoregressive structure. In Lecce, data were observed at continuous locations occurring within a defined spatial domain (geostatistical data). Therefore, the spatial effect was included via the stochastic partial differential equation approach. In Alicante, the pathogen was detected in all four of Purcell’s categories, illustrating the environmental plasticity of the subsp. multiplex. Here, none of the climatic covariates were retained in the selected model. Only two of Purcell’s categories were represented in Lecce. The mean diurnal range (bio2) and the mean temperature of the wettest quarter (bio8) were retained in the selected model, with a negative relationship with the presence of the pathogen. However, this may be due to the heterogeneous sampling distribution having a confounding effect with the climatic covariates. In both regions, the spatial structure had a strong influence on the models, but not the climatic covariates. Therefore, pathogen distribution was largely defined by the spatial relationship between geographic locations. This substantial contribution of the spatial effect in the models might indicate that the current extent of X. fastidiosa in the study regions had arisen from a single focus or from several foci, which have been coalesced.
... INLA has been proven to be a computationally efficient methodology to implement complex Bayesian hierarchical models which consider dependent structures among the data. Our model introduces spatial autocorrelation and also uses absence observations to estimate Xf distribution, thereby overcoming the deficiencies of other species distribution models (SDMs) used in that context which consider just presence-only data or generate pseudo-absence data and do not consider spatial dependence (Bosso et al., 2016;Gutiérrez-Hernández & García, 2019). Additionally, our modeling proposal also highlights the importance of adding model complexity to account for deficiencies in data collection. ...
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Current legislation enforces the implementation of intensive surveillance programs for quarantine plant pathogens. After an outbreak, surveys are implemented to delimit the geographic extent of the pathogen and execute disease control. The feasibility of control programs is highly dependent on budget availability, thus it is necessary to target and optimize surveillance strategies. A sequential adaptive delimiting survey involving a three-phase and a two-phase design with increasing spatial resolution was developed and implemented for the Xylella fastidiosa outbreak in Alicante, Spain. Inspection and sampling intensities were optimized using simulation-based methods and results were validated using Bayesian spatial models. This strategy made it possible to sequence inspection and sampling considering different spatial resolutions, and to adapt the inspection and sampling intensity according to the information obtained in the previous, coarser, spatial resolution. The proposed strategy was able to delimit efficiently the extent of Xf improving efficiency of the current in terms of survey efforts. From a methodological perspective, our approach provides new insights of alternative delimiting designs and new reference sampling intensity values.
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77 ANÁLISIS DE DISTRIBUCIÓN POTENCIAL DE Xylella fastidiosa subsp. multiplex ST-6 Philaenus spumarius EN EL SUR DE LA PENÍNSULA IBÉRICA MEDIANTE EL MODELO ECOLÓGICO DE NICHO MAXENT. RESUMEN Se ha utilizado el modelo ecológico de nicho MaxEnt para conocer la distribución potencial de Xylella fastidiosa subsp. multiplex y el vector asociado Philaenus spumarius en el sur de la Península Ibérica. La correlación de la probabilidad de presencia de la bacteria con respecto al insecto vector es del 94 %, ratificando la existencia de un sistema patógeno-vector. La validación interna del modelo presenta unos coeficientes AUC por encima del 90 %. Las validaciones externas de los errores de omisión y comisión se han realizado mediante la correlación de los valores de probabilidad obtenidos por un modelo matemático multivariable y datos no introducidos en la modelización procedentes de 914 puntos de la última infección, con una correlación de la predicción del modelo de más del 80 %. Palabras clave: Xylella fastidiosa; Philaenus spumarius; MaxEnt; Modelos de Distribución de Especies. ANALYSIS OF POTENTIAL DISTRIBUTION OF Xylella fastidiosa subsp. multiplex ST-6 AND Philaenus spumarius IN THE SOUTH OF THE IBERIAN PENINSULA. THE ECOLOGICAL MODEL OF NICHE MAXENT. ABSTRACT The ecological model of niche MaxEnt has been used to know the potential distribution of Xylella fastidiosa subsp. multiplex and the associated vector Philaenus spumarius in the south of the Iberian Peninsula. The correlation of the probability of the presence of the bacterium with respect to the vector insect is 94 %, confirming the existence of a pathogen-vector system. The internal validation of the model shows AUC coefficients above 90 %. The external validations of the omission and commission errors have been made by correlating the probability values obtained by a multivariate mathematical model and 914 independent points obtained from the last infection, which have given a correlation of the model prediction above 80 %.
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Spatial models often assume isotropy and stationarity, implying that spatial dependence is direction invariant and uniform throughout the study area. However, these assumptions are violated when dispersal barriers are present in the form of geographical features or disease control interventions. Despite this, the issue of non-stationarity has been little explored in the context of plant health. The objective of this study was to evaluate the influence of different barriers in the distribution of the quarantine plant pathogenic bacterium Xylella fastidiosa in the demarcated area in Alicante, Spain. Occurrence data from the official surveys in 2018 were analyzed with four spatial Bayesian hierarchical models: i) a stationary model representing a scenario without any control interventions or geographical features; ii) a model with mountains as physical barriers; iii) a model with a continuous or iv) discontinuous perimeter barrier as control interventions surrounding the infested area. Barriers were assumed to be totally impermeable, so they should be interpreted as areas without host plants and in which it is not possible for infected vectors or propagating plant material to pass through. Inference and prediction were performed through the integrated nested Laplace approximation methodology and the stochastic partial differential equation approach. In the stationary model the posterior mean of the spatial range was 4,030.17 m 95% CI (2,907.41, 5,563.88), meaning that host plants that are closer to an infected plant than this distance would be at risk for X. fastidiosa . This distance can be used to define the buffer zone around the infested area in Alicante. In the non-stationary models, the posterior mean of the spatial range varied from 3,860.88 m 95% CI (2,918.61, 5,212.18) in the mountain barrier model to 6,141.08 m 95% CI (4,296.32, 9,042.99) in the continuous barrier model. Compared with the stationary model, the perimeter barrier models decreased the probability of X. fastidiosa presence in the area outside the barrier. Differences between the discontinuous and continuous barrier models showed that breaks in areas with low sampling intensity resulted in a higher probability of X. fastidiosa presence. These results may help authorities prioritize the areas for surveillance and implementation of control measures.
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77 ANÁLISIS DE DISTRIBUCIÓN POTENCIAL DE Xylella fastidiosa. subsp multiplex ST-6 Philaenus spumarius EN EL SUR DE LA PENÍNSULA IBÉRICA MEDIANTE EL MODELO ECOLÓGICO DE NICHO MAXENT. RESUMEN Se ha utilizado el modelo ecológico de nicho MaxEnt para conocer la distribución potencial de Xylella fastidiosa subsp. multiplex y el vector asociado Philaenus spumarius en el sur de la Península Ibérica. La correlación de la probabilidad de presencia de la bacteria con respecto al insecto vector es del 94 %, ratificando la existencia de un sistema patógeno-vector. La validación interna del modelo presenta unos coeficientes AUC por encima del 90 %. Las validaciones externas de los errores de omisión y comisión se han realizado mediante la correlación de los valores de probabilidad obtenidos por un modelo matemático multivariable y datos no introducidos en la modelización procedentes de 914 puntos de la última infección, con una correlación de la predicción del modelo de más del 80 %. Palabras clave: Xylella fastidiosa; Philaenus spumarius; MaxEnt; Modelos de Distribución de Especies. ANALYSIS OF POTENTIAL DISTRIBUTION OF Xylella fastidiosa. subsp multiplex ST-6 AND Philaenus spumarius IN THE SOUTH OF THE IBERIAN PENINSULA. THE ECOLOGICAL MODEL OF NICHE MAXENT. ABSTRACT The ecological model of niche MaxEnt has been used to know the potential distribution of Xylella fastidiosa subsp multiplex and the associated vector Philaenus spumarius in the south of the Iberian Peninsula. The correlation of the probability of the presence of the bacterium with respect to the vector insect is 94 %, confirming the existence of a pathogen-vector system. The internal validation of the model shows AUC coefficients above 90 %. The external validations of the omission and commission errors have been made by correlating the probability values obtained by a multivariate mathematical model and 914 independent points obtained from the last infection, which have given a correlation of the model prediction above 80 %.
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Resumen: En este trabajo, desarrollamos un análisis espacial de la distribución de Xylella fastidiosa en la provincia de Alicante. En primer lugar, integramos en un Sistema de Información Geográfica los registros de presencia de X. fastidiosa publicados en el Diari Oficial de la Generalitat Valenciana. En segundo lugar, agregamos un conjunto de atributos para caracterizar los registros de presencia. En tercer lugar, aplicamos de técnicas de análisis espacial para estudiar las características de la dispersión del patógeno. Los resultados preliminares ofrecen una información valiosa para el seguimiento de los brotes de X. fastidiosa y la adopción temprana de medidas de control basadas en datos espacialmente explícitos. Abstract: In this work, we developed a spatial analysis of the spread of Xylella fastidiosa in the province of Alicante (Spain). Firstly, we integrated in a Geographic Information System the presence records of X. fastidiosa published in the Diari Oficial de la Generalitat Valenciana. Secondly, we added a set of thematic attributes to characterize the nature of presence records. Thirdly, we applied a set of spatial analysis techniques to study the characteristics of the dispersion of the pathogen. Preliminary results provide valuable information for the monitoring of outbreaks of X. fastidiosa and the early adoption of control measures based on spatially explicit data.
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Xylella fastidiosa es una bacteria potencialmente dañina para un gran número de cultivos leñosos y especies arbóreas, y está considerada una de las bacterias fitopatógenas más peligrosas del mundo. En este artículo, se presentan los principales resultados obtenidos tras la aplicación de un modelo de distribución multiescalar y multifactorial de Xylella fastidiosa.
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The phytosanitary emergency caused by the spread of Xylella fastidiosa in the Mediterranean has raised demands for a better understanding of the ecology of its presumed and candidate insect vectors. Here, we present the results of a two-year survey carried out in olive groves across southern, eastern and Central Spain and northeastern Portugal. Several sampling methods were tested and compared to select the most appropriate to estimate population levels of potential vectors of X. fastidiosa. The spittlebugs Philaenus spumarius and Neophilaenus campestris (Hemiptera: Aphrophoridae) were the main species associated with olive groves. Both species were widely present on herbaceous ground vegetation within the olive groves; P. spumarius mainly associated with Asteraceae and N. campestris with Poaceae. Due to the patchy distribution of spittlebugs within the olive groves, sweep nets were the most effective and least time-consuming sampling method for the estimation of population size both in the ground cover and tree canopies. Trends in population density showed that spittlebugs can be abundant on ground vegetation but very rare on olive canopies. Spittlebugs disperse in late spring to non-cultivated hosts that act as natural reservoirs. In late fall, adults return to the olive groves for oviposition. However, olive trees may act as transient hosts for spittlebugs and high population densities of these insect vectors should be avoided in areas where X. fastidiosa is present.
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Biological invasions have challenged the traditional concept of biogeography in the Anthropocene. This is because the geographical distribution of invasive species is no longer dependent on its movement ability and the presence of biogeographical barriers, rather on the human activities that promote the expansion of invasive species, intentionally or accidentally. Consequently, modelling techniques must take into account the idiosyncrasies of invasive species in order to effectively anticipate their potential distribution. In this study we use as reference a list of 57 of the worst invasive species in Europe (18 plants, 15 vertebrates, 12 invertebrates and 12 aquatic organisms) to compare the influence of climate and human activities on the large-scale distribution of invaders. We identified nine major vectors of distribution, highlighting transport, ornamental use and trade. We also located seven human variables that we could use as surrogates of those vectors in Ecological Niche Models (ENM): accessibility, population density, GDP, human influence index, urban and agriculture cover, distance to roads and commercial ports. Minimum annual temperature was the most important predictor in models integrating climatic and human variables, followed by distance to ports, GDP and accessibility. Surprisingly, integrated models were not statistically better than models based on climate variables only, yet they anticipated an average increase of 8% in the European surface susceptible to invasion. Such increment is especially notorious in areas under a high human influence where we can presume a higher propagule pressure. In the Iberian Peninsula, the integrated model suggests a higher risk of invasion than the climate model in the eastern coast, Ebro valley and surroundings of major cities. We conclude that climate is important, but not enough to effectively anticipate the spread of invasive species and thus information directly related with the vectors of species introduction must be included routinely in ENM to optimize resources invested in the prevention, rapid response and long-term control of invasive species.
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Following a series of requests for scientific advice from the European Commission starting in 2013, the European Food Safety Authority (EFSA) conducted a pest risk assessment and created a comprehensive Xylella fastidiosa host plant database. The last update of the database, published in September 2018, includes information on host plants of both X. fastidiosa and X. taiwanensis, together with details on botanical classification, infection conditions, geographic location, pathogen taxonomy including information on subspecies, strain and sequence type, detection techniques, and tolerant/resistant response of the plant. This updated database of host plants of Xylella spp. reported worldwide provides a key tool for risk management, risk assessment, and research on this generalist bacterial plant pathogen.
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We sampled ca 2500 specimens of Philaenus spumarius (Hemiptera: Aphrophoridae) throughout Corsica without a priori knowledge on the presence of symptoms on plants. We screened 448 specimens for the presence of Xylella fastidiosa (Xf) using qPCR and a custom nested PCR. qPCR appeared versatile and under-estimated the prevalence of Xf. Nested PCR showed that Xf was present in all populations. Molecular results were validated by prediction on the distribution of Xf made from tests conducted on plants, which shows the pertinence of using vectors in risk assessment studies. Xf was detected in tenerals and adults. Thus, P. spumarius could acquire Xf from its host plant, mostly Cistus monspeliensis in Corsica, which may act as reservoir for the next season. This contrasts with other observations and suggests that management strategies may have to be adapted on a case-by-case basis. At least two genetic entities and several variants of Xf not yet identified on plants were present in the insects, which suggests ancient introductions of Xf and a probable underestimation of the current diversity of the strains present in Corsica. Interestingly 6% of the specimens carried two subspecies of Xf. Studies are required to better characterize the strains present in Corsica and to determine how the disease was introduced, spread and why no sign of a potential epidemic was detected earlier. This study shows that, when sensitive enough methods are implemented, spittlebugs (and more specifically P. spumarius for which species distribution modelling shows it could be a good sentinel for Europe) can be used to predict and better assess the exact distribution of Xf. Furthermore, Xf multiply only in their foregut and does not become circulative, which facilitates its detection.
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Agriculture as a central focus of study featured prominently at several different times in the historical development of human geography, but it has also been an important contributor to the disciplinary transformation that has occurred since 1970. This essay outlines this more recent history, arguing that agricultural geography developed its own concepts and concerns, paralleling some of those within the wider discipline. It illustrates how in the past two decades attempts to examine changes occurring across the breadth of the agri-food system (from supply, to production, to consumption) have brought about a more issues-focused agricultural geography. There is discussion of the use of broad overarching concepts, which have conceived of changes to agriculture and the agri-food system in terms of episodic developments. This has seen recognition of different food regimes, acknowledging possible transitions from productivism to post-productivism to multifunctionality and perhaps neo-productivism. Having discussed these concepts, drawing extensively upon literature written in English, the essay then focuses on selected major problems or key issues to which agricultural geographers are currently contributing new insights, namely the closely related topics of food security, land grabs and adaptations to climate change.
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The increasing use of species distribution modeling (SDM) has raised new concerns regarding the inaccuracies, misunderstanding, and misuses of this important tool. One of those possible pitfalls − collinearity among environmental predictors − is assumed as an important source of model uncertainty, although it has not been subjected to a detailed evaluation in recent SDM studies. It is expected that collinearity will increase uncertainty in model parameters and decrease statistical power. Here we use a virtual species approach to compare models built using subsets of PCA-derived variables with models based on the original highly correlated climate variables. Moreover, we evaluated whether modelling algorithms and species data characteristics generate models with varying sensitivity to collinearity. As expected, collinearity among predictors decreases the efficiency and increases the uncertainty of species distribution models. Nevertheless, the intensity of the effect varied according to the algorithm properties: more complex procedures behaved better than simple envelope models. This may support the claim that complex models such as Maxent take advantage of existing collinearity in finding the best set of parameters. The interaction of the different factors with species characteristics (centroid and tolerance in environmental space) highlighted the importance of the so-called “idiosyncrasy in species responses” to model efficiency, but differences in prevalence may represent a better explanation. However, even models with low accuracy to predict suitability of individual cells may provide meaningful information on the estimation of range-size, a key species-trait for macroecological studies. We concluded that the use of PCA-derived variables is advised both to control the negative effects of collinearity and as a more objective solution for the problem of variable selection in studies dealing with large number of species with heterogeneous responses to environmental variables.
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We explore the risk that self-reinforcing feedbacks could push the Earth System toward a planetary threshold that, if crossed, could prevent stabilization of the climate at intermediate temperature rises and cause continued warming on a "Hothouse Earth" pathway even as human emissions are reduced. Crossing the threshold would lead to a much higher global average temperature than any interglacial in the past 1.2 million years and to sea levels significantly higher than at any time in the Holocene. We examine the evidence that such a threshold might exist and where it might be. If the threshold is crossed, the resulting trajectory would likely cause serious disruptions to ecosystems, society, and economies. Collective human action is required to steer the Earth System away from a potential threshold and stabilize it in a habitable interglacial-like state. Such action entails stewardship of the entire Earth System-biosphere, climate, and societies-and could include decarbonization of the global economy, enhancement of biosphere carbon sinks, behavioral changes, technological innovations, new governance arrangements, and transformed social values.
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Following a request from the European Commission, the EFSA Plant Health Panel updated its pest categorisation of Xylella fastidiosa, previously delivered as part of the pest risk assessment published in 2015. X. fastidiosa is a Gram-negative bacterium, responsible for various plant diseases, including Pierce's disease, phony peach disease, citrus variegated chlorosis, olive quick decline syndrome, almond leaf scorch and various other leaf scorch diseases. The pathogen is endemic in the Americas and is present in Iran. In the EU, it is reported in southern Apulia in Italy, on the island of Corsica and in the Provence-Alpes-Côte d'Azur region in France, as well as in the Autonomous region of Madrid, the province of Alicante and the Balearic Islands in Spain. The reported status is ‘transient, under eradication’, except for the Balearic Islands, Corsica and southern of Apulia, where the status is ‘present with a restricted distribution, under containment’. The pathogen is regulated under Council Directive 2000/29/EC and through emergency measures under Decision (EU) 2015/789 (as amended Decision (EU) 2017/2352). The pest could enter the EU via host plants for planting and via infectious insect vectors. The host range includes hundreds of host species listed in the EFSA host plant database. In the EU, host plants are widely distributed and climatic conditions are favourable for its establishment. X. fastidiosa can spread by movement of host plants for planting and infectious insect vectors. X. fastidiosa is known to cause severe direct damage to major crops including almonds, citrus, grapevines, olives, stone fruits and also forest trees, landscape and ornamental trees, with high impacts. The criteria assessed by the Panel for consideration as a potential Union quarantine pest are met (the pathogen is present in the EU, but it has a restricted distribution and is under official control). X. fastidiosa is not considered as a regulated non-quarantine pest (RNQP) as the pathogen may spread also via insect vector transmission. © 2018 European Food Safety Authority. EFSA Journal published by John Wiley and Sons Ltd on behalf of European Food Safety Authority.
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An outbreak of Xylella fastidiosa subsp. multiplex sequence type ST6 was discovered in 2017 in mainland Spain affecting almond trees. Two cultured almond strains, "ESVL" and "IVIA5901," were subjected to high throughput sequencing and the draft genomes assembled. Phylogenetic analysis conclusively indicated they belong to the subspecies multiplex, and pairwise comparisons of the chromosomal genomes showed an average nucleotide identity higher than 99%. Interestingly, the two strains differ for the presence of the plasmids pXF64-Hb_ESVL and pUCLA-ESVL detected only in the ESVL strain. The availability of these draft genomes contribute to extend the European genomic sequence dataset, a first step toward setting new research to elucidate the pathway of introduction and spread of the numerous strains of this subspecies so far detected in Europe.
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A dramatic outbreak of Xylella fastidiosa decimating olive was discovered in 2013 in Apulia, Southern Italy. This pathogen is a quarantine bacterium in the European Union (EU) and created unprecedented turmoil for the local economy and posed critical challenges for its management. With the new emerging threat to susceptible crops in the EU, efforts were devoted to gain basic knowledge on the pathogen biology, host, and environmental interactions (e.g., bacterial strain(s) and pathogenicity, hosts, vector(s), and fundamental drivers of its epidemics) in order to find means to control or mitigate the impacts of the infections. Field surveys, greenhouse tests, and laboratory analyses proved that a single bacterial introduction occurred in the area, with a single genotype, belonging to the subspecies pauca, associated with the epidemic. Infections caused by isolates of this genotype turned to be extremely aggressive on the local olive cultivars, causing a new disease termed olive quick decline syndrome. Due to the initial extension of the foci and the rapid spread of the infections, eradication measures (i.e., pathogen elimination from the area) were soon replaced by containment measures including intense border surveys of the contaminated area, removal of infected trees, and mandatory vector control. However, implementation of containment measures encountered serious difficulties, including public reluctance to accept control measures, poor stakeholder cooperation, misinformation from some media outlets, and lack of robust responses by some governmental authorities. This scenario delayed and limited containment efforts and allowed the bacterium to continue its rapid dissemination over more areas in the region, as shown by the continuous expansion of the official borders of the infected area. At the research level, the European Commission and regional authorities are now supporting several programs aimed to find effective methods to mitigate and contain the impact of X. fastidiosa on olives, the predominant host affected in this epidemic. Preliminary evidence of the presence of resistance in some olive cultivars represents a promising approach currently under investigation for long-term management strategies. The present review describes the current status of the epidemic and major research achievements since 2013.