Untangling Lepidocyrtus - 2018 SUPL MAT

Full text

Invertebrate Systematics 2018, 32, 639–651 © CSIRO 2018
doi:10.1071/IS17056_AC
Supplementary material
Title page to be filled in by Production Editor at proofs stage
Untangling Lepidocyrtus (Collembola, Entomobryidae): new molecular data shed light on the
relationships of the European groups
Eduardo MateosA,D, Paula EscuerB, Galina BuşmachiuC, Marta RiutortB and Marta Álvarez-PresasB
ADepartament de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals, Facultat de Biologia,
Universitat de Barcelona, Avinguda Diagonal, 643, 08028 Barcelona, Spain.
BDepartament de Genètica, Microbiologia i Estadistica, Facultat de Biologia, Universitat de
Barcelona, Spain.
CInstitute of Zoology, Academy of Sciences of Moldova, 2028 Chi¸sinau, Republic of Moldova.
DCorresponding author. Email: emateos@ub.edu

Figure S1. Tree inferred based on COXII dataset using Maximum Likelihood. Numbers at nodes correspond to
bootstrap (only values > 60 are shown) and Posterior Probability (> 0.75) values. Tree scale indicates number of
substitutions per site. Outgroups correspond to the genera Orchesella and Cyphoderus.
Figure S2. Tree inferred based on EF-1α dataset using Maximum Likelihood. Numbers at nodes correspond to
bootstrap (only values > 60 are shown) and Posterior Probability (> 0.75) values. Tree scale indicates number of
substitutions per site. Outgroups correspond to the genera Orchesella and Cyphoderus.
Table S1. Specimens sequenced
Species Specimen code
GenBank
CoxII
EF-1α
L. arrabonicus
LP325–1
MF095510
L. arrabonicus
LP325–2
MF095511
L. arrabonicus
LP325–3
MF095512
MF095603
L. arrabonicus
LP325–5
MF095510
L. barbulus
LP239–1
MF095498
MF095594
L. barbulus
LP239–2
MF095499
MF095595
L. barbulus
LP239–3
MF095500
MF095596
L. barbulus
LP239–4
MF095501
L. barbulus
LP239–5
MF095502
L. bicoloris
LP115–2
MF095463
MF095576
L. bicoloris
LP190–1
MF095480
L. bicoloris
LP190–2
MF095481
L. bicoloris
LP190–3
MF095482
MF095584
L. bicoloris
LP190–4
MF095483
MF095585
L. bicoloris
LP190–6
MF095484
MF095586
L. bilobatus
B Sa1
MF095533
L. bilobatus
B Sa2
MF095532
MF095615
L. bilobatus
B Sa3
MF095534
L. bilobatus
B Sa4
MF095535
L. bilobatus
B Sa5
MF095536
L. cyaneus
LP277–1
MF095506
MF095600
L. cyaneus
LP277–2
MF095507
MF095601
L. cyaneus
LP277–3
MF095508
MF095602
L. cyaneus
LP277–4
MF095509
L. flexicollis
LP223–1
MF095485
MF095587
L. flexicollis
LP223–2
MF095486
MF095588
L. flexicollis
LP223–3
MF095487
MF095589
L. flexicollis
LP223–4
MF095488
L. flexicollis
LP223–5
MF095489
L. intermedius
LP102–3
MF095447
MF095559
L. intermedius
LP102–4
MF095448
MF095560
L. intermedius
LP105–1
MF095449
MF095554
L. intermedius
LP105–3
MF095451
MF095556
L. intermedius
LP105–4
MF095452
MF095557
L. intermedius
LP105–6
MF095453
MF095561
L. intermedius
LP105–7
MF095454
MF095562
L. intermedius
LP105–8
MF095455
MF095563
L. intermedius
LP114–1
MF095458
L. intermedius
LP114–2
MF095459
MF095569
L. intermedius
LP114–4
MF095461
L. intermedius
LP114–5
MF095462
L. intermedius
LP141–3
MF095479
L. juliae
LP229–1
MF095490
MF095590

L. juliae
LP229–2
MF095491
L. juliae
LP229–3
MF095492
L. juliae
LP229–5
MF095493
L. lanuginosus
LP115–3
MF095464
MF095577
L. lanuginosus
LP130–1
MF095474
MF095579
L. lanuginosus
LP130–2
MF095475
MF095574
L. lanuginosus
LP130–3
MF095476
MF095580
L. lanuginosus
LP130–4
MF095477
L. lanuginosus
LP141–2
MF095478
MF095581
L. lignorum
LP069–3
MF095441
MF095549
L. lignorum
LP069–4
MF095442
MF095550
L. lignorum
LP088–4
MF095443
MF095551
L. lignorum
LP088–5
MF095444
MF095552
L. lignorum
LP095–14
MF095443
MF095553
L. lignorum
LP095–15
MF095444
L. lignorum
LP105–2
MF095450
MF095555
L. lignorum
LP109–3
MF095456
MF095567
L. lignorum
LP109–4
MF095457
MF095568
L. lignorum
LP118–1
MF095465
MF095570
L. ignorum
LP118–2
MF095466
L. ignorum
LP118–3
MF095467
MF095578
L. ignorum
LP118–4
MF095468
L. ignorum
LP118–5
MF095469
L. lignorum
LP266–1
MF095503
MF095597
L. lignorum
LP266–2
MF095598
L. lignorum
LP266–3
MF095504
MF095599
L. lignorum
LP266–4
MF095505
L. lusitanicus
L Ta55
MF095538
L. lusitanicus
L Ta56
MF095537
MF095614
L. lusitanicus
L Ta57
MF095539
L. lusitanicus
L Ta58
MF095540
L. lusitanicus
L Ta59
MF095541
L. montseniensis
LP129–1
MF095470
MF095571
L. montseniensis
LP129–2
MF095471
MF095572
L. montseniensis
LP129–3
MF095472
MF095573
L. montseniensis
LP129–4
MF095473
L. cf. pallidus
LP362–1
MF095517
L. cf. pallidus
LP362–2
MF095518
L. cf. pallidus
LP362–3
MF095519
MF095608
L. cf. pallidus
LP362–4
MF095520
L. cf. pallidus
LP379–3
MF095521
L. paradoxus
LP328–1
MF095514
MF095605
L. paradoxus
LP328–2
MF095515
MF095606
L. paradoxus
LP328–3
MF095460
MF095607
L. selvaticus
Se Gi50
MF095542
MF095616
L. selvaticus
Se Gi51
MF095543
L. selvaticus
Se Gi52
MF095544
L. selvaticus
Se Gi53
MF095545
L. selvaticus
Se Gi54
MF095546
L. serbicus
LP234–1
MF095494
L. serbicus
LP234–2
MF095516
L. serbicus
LP234–3
MF095495
MF095591
L. serbicus
LP234–4
MF095496
MF095592
L. serbicus
LP234–5
MF095497
MF095593
L. sp
LP383–1
MF095522
MF095609
L. sp
LP383–2
MF095523
L. sp
LP383–3
MF095524
MF095610
L. sp
LP383–4
MF095525
MF095611
L. tellecheae
LP106–2
MF095529
MF095564
L. tellecheae
LP106–3
MF095530
MF095565
L. tellecheae
LP106–4
MF095531
MF095566

L. tellecheae
LP142–2
MF095528
MF095583
L. violaceus
LP065–1
MF095436
MF095558
L. violaceus
LP065–2
MF095437
MF095547
L. violaceus
LP065–3
MF095438
MF095548
L. violaceus
LP065–4
MF095439
L. violaceus
LP065–5
MF095440
Cyphoderus gr. bidenticulati
LP440–1
MF095526
MF095612
Cyphoderus gr. bidenticulati
LP440–2
MF095527
MF095613
Orchesella sp.
Orchesella
EU016195*
AY305473*

Table S2. p-distance matrix obtained with COXII gene data
L.
viol.
L.
inter.
L.
para.
L.
pall.
L.
bico.
L.
flex.
L.
juli.
L.
serb.
L.
barb.
L.
cyan.
L.
arra. L. sp L.
tell.
L.
bilo.
L.
lusi.
L.
selv.
L.
mont.
L.
lig-1
L.
lig-2
L.
lig-3
L.
lig-4
L.
lan-1
L.
lan-
2
L. violaceus
L.
intermedius
0,258
L. paradoxus
0,289
0,286
L. cf.
pallidus
0,27 0,308 0,292
L. bicoloris
0,275
0,285
0,28
0,272
L. flexicollis
0,318
0,289
0,28
0,296
0,295
L. juliae
0,284
0,287
0,299
0,287
0,269
0,297
L. serbicus
0,285
0,301
0,274
0,264
0,265
0,303
0,285
L. barbulus
0,247
0,239
0,244
0,256
0,27
0,256
0,263
0,281
L. cyaneus
0,265
0,275
0,266
0,266
0,21
0,278
0,25
0,241
0,244
L.
arrabonicus
0,266 0,285 0,275 0,275 0,257 0,28 0,271 0,267 0,257 0,256
L. sp
0,269
0,292
0,281
0,287
0,284
0,268
0,26
0,265
0,227
0,265
0,263
L. tellecheae
0,244
0,236
0,239
0,272
0,268
0,28
0,289
0,284
0,224
0,253
0,261
0,243
L. bilobatus
0,264
0,278
0,273
0,254
0,223
0,297
0,274
0,252
0,24
0,215
0,26
0,286
0,262
L. lusitanicus
0,276
0,282
0,284
0,254
0,246
0,279
0,298
0,291
0,271
0,258
0,256
0,305
0,273
0,237
L. selvaticus
0,284
0,279
0,273
0,243
0,241
0,287
0,289
0,257
0,239
0,225
0,264
0,299
0,26
0,197
0,183
L.
montseniensis
0,291 0,296 0,279 0,311 0,312 0,257 0,273 0,296 0,261 0,261 0,292 0,274 0,272 0,304 0,28 0,305
L. lignorum-1
0,249
0,269
0,282
0,293
0,261
0,287
0,261
0,269
0,242
0,27
0,289
0,264
0,216
0,262
0,265
0,253
0,282
L. lignorum-2
0,264
0,242
0,261
0,297
0,268
0,268
0,265
0,278
0,221
0,267
0,29
0,257
0,231
0,257
0,279
0,269
0,269
0,251
L. lignorum-3
0,244
0,229
0,248
0,278
0,251
0,274
0,262
0,269
0,221
0,241
0,283
0,263
0,196
0,237
0,249
0,229
0,275
0,236
0,257
L. lignorum-4
0,265
0,267
0,263
0,295
0,247
0,287
0,222
0,291
0,248
0,285
0,249
0,262
0,258
0,26
0,267
0,266
0,263
0,256
0,266
0,235
L.
lanuginosus-
1
0,273 0,3 0,272 0,272 0,166 0,283 0,236 0,249 0,266 0,208 0,25 0,271 0,28 0,206 0,247 0,243 0,307 0,271 0,278 0,229 0,252
L.
lanuginosus-
2
0,259 0,282 0,277 0,247 0,16 0,291 0,268 0,252 0,261 0,191 0,262 0,267 0,263 0,227 0,234 0,225 0,312 0,272 0,265 0,248 0,264 0,172