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VarEff (Variation of Effective size):
Modèle d’estimation de l’évolution de la taille efficace
Natacha NIKOLICa et Claude CHEVALETb
a Laboratoire Ecologie et Santé des Ecosystèmes (UMR 985) INRA-Agrocampus 35042 Rennes
b Laboratoire de Génétique Cellulaire (UMR 444), INRA, BP 52627, 31326 Castanet Tolosan Cedex, France
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ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Objectif du modèle
Détecter les variations passées de la taille efficace afin de mieux appréhender le statut de conservation.
Ce que l’on attend en résultats
Outils:
Application du modèle
sur deux espèces
menacées
ECOLOGY 2010, Montpellier, Septembre 2010.
Les populations de Saumon atlantique Françaises ont un
statut plus proche de celui en danger que vulnerable.
Calculs des k sur des microsatellites
K = Différences du nombre de répétitions
entre allèles d’un même marqueur microsatellite.
On travaille sur les allèles et pas sur les individus.
Distribution des fréquences Fk Calculs sous la Théorie de la coalescence
et l’approche bayésienne
Innovations:
Pas de construction des arbres.
Calculs directs grâce à la résolution
d’une approximation de la
vraisemblance par du Fourrier.
Modèle VarEff
K et Fk
Description de l’évolution de la taille efficace ...
... en fonction des générations antérieures.
Saumon atlantique Phoque veau marin
Conclusion
L’estimation du statut de conservation se fonde principalement sur l’état et l’évolution des effectifs d’une population. Ce nouveau modèle,
VarEff, permet d’affiner cette estimation. Il permet également de mieux comprendre l’origine des variations évolutives et apprehender le
devenir d’une population.
coalescence
bayésien
La population de phoque a son indicateur MVPNe en
dessous du seuil minimum.