Agassiz’s desert tortoise (Gopherus agassizii), a threatened species of the southwestern United States, has severely declined to the point where 76% of populations in critical habitat (Tortoise Conservation Areas) are below viability. The potential for rapid recovery of wild populations is low because females require 12–20 years to reach reproductive maturity and produce few eggs annually. We report on a 34‐year mark‐recapture study of tortoises initiated in 1979 at the Desert Tortoise Research Natural Area in the western Mojave Desert, California, USA, and provide substantive data on challenges faced by the species. In 1980, the United States Congress designated the Research Natural Area and protected the land from recreational vehicles, livestock grazing, and mining with a wildlife‐permeable fence. The 7.77‐km2 study area, centered on interpretive facilities, included land both within the Natural Area and outside the fence. We expected greater benefits to accrue to the tortoises and habitat inside compared to outside. Our objectives were to conduct a demographic study, analyze and model changes in the tortoise population and habitat, and compare the effectiveness of fencing to protect populations and habitat inside the fence versus outside, where populations and habitat were unprotected. We conducted surveys in spring in each of 7 survey years from 1979, when the fence was under construction, through 2012. We compared populations inside to those outside the fence by survey year for changes in distribution, structure by size and relative age, sex ratios, death rates of adults, and causes of death for all sizes of tortoises. We used a Bayesian implementation of a Jolly Seber model for mark‐recapture data. We modeled detection, density, growth and transition of tortoises to larger size‐age classes, movements from inside the protective fence to outside and vice versa, and survival. After the second and subsequent survey years, we added surveys to monitor vegetation and habitat changes, conduct health assessments, and collect data on counts of predators and predator sign. At the beginning of the study, counts and densities for all sizes of tortoises were high, but densities were approximately 24% higher inside the fence than outside. By 2002, the low point in densities, densities had declined 90% inside the fence and 95% outside. Between 2002 and 2012, the population inside the fence showed signs of improving with a 54% increase in density. Outside the fence, densities remained low. At the end of the study, when we considered the initial differences in location, densities inside the fence were roughly 2.5 times higher than outside. The pattern of densities was similar for male and female adults. When evaluating survival by blocks of years, survivorship was higher in 1979–1989 than in 1989–2002 (the low point) and highest from 2002 to 2012. Recruitment and survival of adult females into the population was important for growing the population, but survival of all sizes, including juveniles, was also critical. Major events and activities driving the decline in populations both inside and outside the fence included illegal collecting, upper respiratory tract disease, and hyperpredation by the common raven (Corvus corax) on juvenile tortoises. Other sources of death were gunshots, vehicles, and predation by mammals. Outside the fence, fragmentation and deterioration of habitat was a critical driver. Between the first and last surveys, 2 different ecosystem processes were underway: recovery of vegetation and soils from grazing and vehicles inside the fence and continued deterioration outside the fence. Habitat outside the fence became increasingly denuded of shrubs and fragmented by roads and trails, and habitat fragments increased 50‐fold. Outside the fence, biomass of non‐native annual plants was higher and the cover of shrubs was lower, a reflection of ongoing deterioration. These changes and losses of habitat resulted in loss of shrub cover and sites for burrows, reduction in preferred food plants, and greater exposure to predators and extremes in temperature. Overall, the tortoise population and habitat inside the fence appeared to benefit from protection and showed signs of recovery at the end of the study. Fencing, control of vehicular access, and removal of livestock grazing were among several recommended management actions for critical habitat in the first recovery plan in 1994. At the end of the study, the Natural Area remained as 1 of 2 fenced, official protected areas for the species in the geographic range. We attribute fencing to continuing higher densities of adults inside the fence compared with outside the fence and promising signs of recovery. Densities of adults at the Natural Area also were 2.3 to 5.5 times higher than in 16 of the 17 Tortoise Conservation Areas (critical habitat units) within the geographic range. © 2020 The Authors. Wildlife Monographs published by Wiley Periodicals, LLC on behalf of The Wildlife Society. La tortue du désert ou gophère d’Agassiz (Gopherus agassizii), une espèce menacée du sud‐ouest des États‐Unis, a subi une forte régression, au point que 76% des populations dans l’habitat essentiel (zones de protection des tortues) sont en dessous du seuil de viabilité. Le potentiel de régénération rapide des populations sauvages est faible, car les femelles n’atteignent leur maturité reproductive qu’après 12 à 20 ans, et même alors, elles ne pondent que peu d’œufs chaque année. Nous présentons ici une étude par marquage‐recapture sur les tortues, entreprise en 1979 et conduite pendant 34 ans dans la zone naturelle de recherche sur les tortues du désert, dans l’ouest du désert de Mojave en Californie, et nous fournissons des données concrètes sur les difficultés rencontrées par cette espèce. En 1980, le Congrès américain a délimité la zone naturelle de recherche et installé une clôture perméable à la faune pour protéger le terrain des véhicules récréatifs, du pâturage de bétail et de l’exploitation minière. La zone étudiée de 7,77 km2, située autour des installations didactiques, comprenait des terres à l’intérieur et à l’extérieur de la zone naturelle clôturée. Nous nous attendions à ce que les tortues et leur habitat se trouvent davantage à l’intérieur qu’à l’extérieur de la zone. Nos objectifs étaient de mener une étude démographique, d’analyser et de modéliser les changements dans la population de tortues et leur habitat, et d’évaluer l’efficacité de la clôture sur la protection des populations et de l’habitat avec une comparaison entre l’intérieur et l’extérieur de la zone. Nous avons effectué des relevés au printemps de sept années entre 1979, lorsque la clôture était en construction, et 2012. Nous avons comparé les populations à l’intérieur et à l’extérieur de la clôture entre ces sept années: changements dans la distribution, structure selon la taille et l’âge relatif, proportion des sexes, taux de mortalité des adultes et causes de décès pour toutes les tailles de tortues. Nous avons utilisé une implémentation bayésienne d’un modèle Jolly‐Seber pour les données de marquage‐recapture. Nous avons modélisé la détection, la densité, la croissance et la transition des tortues vers les classes de taille‐âge supérieures, leurs mouvements de l’intérieur de la clôture de protection vers l’extérieur et vice versa, et leur survie. À partir de la deuxième année, nous avons ajouté des relevés pour surveiller les changements de la végétation et de l’habitat, évaluer la santé des tortues et recueillir des données sur le nombre de prédateurs et les signes de présence de prédateurs. Au début de l’étude, les dénombrements et la densité des populations de toutes les tailles de tortues étaient élevés, mais les densités étaient environ 24% plus élevées à l’intérieur de la clôture qu’à l’extérieur. En 2002, l’année où elles étaient les plus faibles, les densités avaient diminué de 90% à l’intérieur de la clôture et de 95% à l’extérieur. Entre 2002 et 2012, la population à l’intérieur de la clôture a montré des signes d’amélioration avec une augmentation de 54% de la densité. À l’extérieur de la clôture, les densités sont restées faibles. À la fin de l’étude, lorsque les différences initiales de localisation ont été prises en compte, les densités à l’intérieur de la clôture étaient environ 2,5 fois plus élevées qu’à l’extérieur. Les densités de population étaient similaires pour les adultes mâles et femelles. L’évaluation par périodes a montré que la survie était meilleure entre 1979 et 1989 qu’entre 1989 et 2002 (le niveau le plus bas), et encore meilleure entre 2002 et 2012. Le nombre et la survie des femelles adultes étaient des facteurs importants pour accroître la population, mais la survie de toutes les tailles de tortues, y compris des jeunes, était critique également. Les principaux événements et activités entraînant le déclin des populations à l’intérieur et à l’extérieur de la clôture étaient notamment le braconnage, les maladies des voies respiratoires supérieures et l’hyperprédation des jeunes tortues par le corbeau commun (Corvus corax). Les autres causes de mortalité étaient les tirs d’armes à feu, les véhicules et la prédation par des mammifères. À l’extérieur de la clôture, la fragmentation et la détérioration de l’habitat étaient un facteur critique. Entre le premier et le dernier relevé, deux processus écosystémiques différents étaient à l’œuvre: régénération de la végétation et des sols précédemment abîmés par les pâturages et les véhicules à l’intérieur de la clôture; poursuite de la détérioration à l’extérieur de la clôture. L’habitat à l’extérieur de la clôture était de plus en plus dépourvu de végétation et fragmenté par les routes et les sentiers, et les fragments d’habitat ont été multipliés par 50. À l’extérieur de la clôture, la biomasse de plantes annuelles non indigènes a augmenté et le couvert d’arbustes a été réduit, reflétant une détérioration continue. Ces changements et ces pertes d’habitat ont entraîné une réduction du couvert arbustif et des sites pouvant accueillir des terriers, une raréfaction des plantes dont se nourrissent les tortues et une plus grande exposition aux prédateurs et aux températures extrêmes. Dans l’ensemble, la population de tortues et l’habitat à l’intérieur de la clôture semblaient avoir bénéficié de la protection apportée et montraient des signes de régénération à la fin de l’étude. La clôture, le contrôle de l’accès des véhicules et la suppression des pâturages faisaient partie des mesures recommandées pour l’habitat essentiel dans le premier plan de régénération en 1994. À la fin de l’étude, la zone naturelle est demeurée l’une des deux zones officiellement protégées et clôturées pour l’espèce dans l’aire de répartition de l’espèce. Nous attribuons à la clôture la persistance de plus fortes densités d’adultes à l’intérieur par rapport à l’extérieur ainsi que les signes prometteurs de régénération. Les densités de population adulte dans la zone naturelle étaient également de 2,3 à 5,5 fois plus élevées que dans 16 des 17 zones de protection des tortues (unités d’habitat essentiel) de l’aire de répartition de l’espèce. We conducted a 34‐year demographic study of threatened Agassiz’s desert tortoises at the fenced Desert Tortoise Research Natural Area in the Mojave Desert, comparing a population inside the fence with one outside the fence. The fence successfully prevented habitat degradation but was insufficient in preventing a catastrophic decline caused by numerous anthropogenic activities, including an infectious disease and predation by common ravens. However, by 2012, the population inside the fence showed signs of increasing, whereas the population outside the fence was below viability.