La estructura organizacional en las universidades debe ser consistente con los Proyectos Educativos Institucionales y con la estrategia general planteada en los Planes Estratégicos de Desarrollo, en consonancia con las características de la construcción curricular de los programas, y debe facilitar el trabajo inter y transdisciplinario de docentes y estudiantes, en el marco de la ruptura de las
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de las relaciones de dominio territorial que obstaculizan la interacción de los departamentos académico administrativos y de los programas en una facultad. Esta propuesta plantea una alternativa en la búsqueda de este deber ser, en la medida en que el rediseño organizacional de las facultades, orientado hacia la construcción de facultad como un punto de llegada y no de partida, puede contribuir a que la facultad se convierta en una realidad y trascienda la simple división burocrática.
Para ello se estudió la universidad pública colombiana en sus características organizacionales, en el contexto mundial, se consultó a expertos y se estudiaron varios casos de rediseño organizacional, así como se acudió a la observación etnográfica.
El resultado es una propuesta de estructura de facultad flexible y dinámica que elimina las territorialidades burocráticas; además, implica un cambio funcional, normativo y de cultura organizacional.