Sébastien Boutry

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French National Institute for Agriculture, Food, and Environment (INRAE) | INRAE · Department of Waters

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Publications

Publications (38)
Article
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In this lab-scale study, the POCIS capacity to integrate short contamination peaks of variable intensity and duration was evaluated. POCIS were immersed for 14 days in tanks filled with tap water and spiked at different concentrations with 12 pesticides of various polarities (log Kow = 1.1–4.7) and classes (herbicides, fungicides, and insecticides)...
Article
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Bioassessment is widely used to measure ecological integrity of natural habitats following anthropogenic disturbances and modifications. Traditionally, bioassessment has been based exclusively on species-environment interactions, i.e. niche processes. However, dispersal processes, and in particular mass effect, could mask the influence of niche pro...
Book
Résumé en Français : Les diatomées benthiques sont considérées de longue date comme un compartiment d’intérêt pour surveiller la qualité des milieux aquatiques. Aussi, dans le cadre d’application de la Directive-Cadre sur l’Eau (DCE), adoptée depuis le 23/10/2000, elles ont été identifiées comme l’un des maillon-clés permettant d’évaluer l’état éc...
Book
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Résumé : En Nouvelle-Calédonie, la gestion intégrée des milieux et ressources aquatiques a été identifiée depuis le début des années 2000 comme une priorité et fait partie des objectifs du plan d’action élaboré en 2004 par les collectivités locales (gouvernement, Provinces) et nationales dans le cadre du plan d’action outre-mer de la Stratégie Nati...
Article
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1. Mass effect, allowing species to persist in unfavourable habitats, and dispersal limitation, preventing species from reaching favourable habitats, are the two major dispersal processes. While dispersal limitation can be detected by experimental or modelling techniques, mass effect is more challenging to evaluate, which hampers our ability to dis...
Article
1. Climate change threatens anadromous fishes such as the allis shad (Alosa alosa) populations of which have declined since the 20th century in Europe. Sensitivity to climate change could be quantified by determining the fish’s spawning behaviour, defined as the timing of reproduction (i.e. spawning events) as a function of temporally variable envi...
Article
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Aim To quantify the relative contributions of local community assembly processes versus γ‐diversity to β‐diversity, and to assess how spatial scale and anthropogenic disturbance (i.e. nutrient enrichment) interact to dictate which driver dominates. Location France and the United States. Time period 1993–2011. Major taxa studied Freshwater stream...
Article
Fifty-one monitoring stations from the Water Framework Directive network (2000/60/CE) were selected in the Adour-Garonne basin (117,650 km2, SW France). These stations were characterized by a diversity of land use, implying different water pesticide contamination profiles. In each, Polar Organic Chemical Integrative Sampler (POCIS) deployment (14 d...
Article
Biofilms are excellent bioindicators for water quality assessment because of their ability to integrate contamination, and their position at the base of the trophic chain in aquatic environments. Pesticides are ubiquitous in aquatic environments and can constantly interact with aquatic organisms, including those that make up biofilms, at fluctuatin...
Book
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Guide méthodologique pour la mise en oeuvre d'indices biologiques en outre-mer - L'indice diatomique Réunion IDR. L’indice diatomique Réunion (IDR) est un outil de bioindication destiné à l’évaluation de la qualité biologique des cours d’eau de La Réunion à partir de la structure de la communauté des diatomées benthiques. Cet outil a été développé...
Article
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Questions: Do natural and anthropogenic physical disturbances equally affect the distribution of aquatic plant communities? Can hydrodynamic and geomorphological features be used to predict the establishment of macrophyte communities at the shoreline scale? Locations: Two large, shallow lakes, southwest France. Methods: Based on field observations...
Book
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Les diatomées benthiques sont considérées de longue date comme un compartiment d'intérêt pour surveiller la qualité des milieux aquatiques. Aussi, dans le cadre d'application de la Directive-Cadre sur l'Eau (DCE), adoptée depuis le 23/10/2000, elles ont été identifiées comme l'un des maillon-clés permettant d'évaluer l'état écologique de différente...
Book
En Nouvelle-Calédonie, la gestion intégrée des milieux et ressources aquatiques a été identifiée depuis le début des années 2000 comme une priorité et fait partie des objectifs du plan d'action élaboré en 2004 par les collectivités locales (gouvernement, Provinces) et nationales dans le cadre du plan d'action outre-mer de la Stratégie Nationale pou...
Technical Report
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Le pourcentage de déformations des diatomées est de plus en plus utilisé comme un indicateur de stress toxique dans les cours d’eau. Cependant, ce pourcentage ne permet pas de quantifier directement l’importance de ce stress, et certains auteurs suggèrent que la quantification de la « sévérité » des déformations pourrait améliorer les relations de...
Poster
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Isoetid macrophytes such as Lobelia dortmanna and Littorella uniflora are endangered species presenting an extensive below-ground system, which controls many biogeochemical cycles through its elevated radial oxygen loss. Despite the number of laboratory studies, the metabolism of those valuable macrophytes has been scarcely considered within in sit...
Article
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The spread of invasive aquatic plants (i.e., aquatic weeds) requires a broader knowledge of the factors determining their settlement at the lake scale, in order to improve management practices and biomonitoring. Among hydrodynamic pressures, wave action might influence submerged vegetation distribution in shallow lakes and potentially engender modi...
Book
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L’ile de la Réunion, de par son caractère insulaire et son isolement, présente de grandes particularités des assemblages biologiques, doublée d’un fort taux d’endémisme. Les diatomées des cours d’eau ne font pas exception à ce constat, et étaient fortement méconnues jusqu’à un passé récent. Or la connaissance des espèces présentes et de leur écolog...
Book
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One of the key actions identified by the Water Framework Directive (WFD; 2000/60/EC) is to develop ecological assessment tools and carry out a European intercalibration (IC) exercise. The aim of the Intercalibration is to ensure that the values assigned by each Member State to the good ecological class boundaries are consistent with the Directive’s...
Article
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En tant que base principale de la production primaire dans la plupart des hydrosystèmes, les macrophytes peuvent apporter des informations précieuses sur l'état de santé des milieux aquatiques. Comment traduire ces informations pour évaluer l'état de santé et gérer ces milieux ?
Article
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Les macrophytes ont été reconnus élément de qualité biologique mais, pour exploiter au mieux les informations qu'ils fournissent, il convient de mettre en place des outils performants. Quels choix techniques ont été retenus pour rendre ces données les plus pertinentes possibles ?
Article
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Les communautés de macrophytes des lacs médocains (lac de Carcans-Hourtin et lac de Lacanau) ont fait l’objet en 2011 d’observations et de prélèvements sur la totalité de la périphérie des rives, ainsi que sur des profils perpendiculaires vers le large de ces plans d’eau. Les communautés végétales aquatiques comportent diverses espèces communes aux...
Book
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Après une présentation des besoins en matière d'évaluation de la qualité des milieux aquatiques continentaux, ce document présente l'état de l'art sur le développement des bioindicateurs tels qu'il a été présenté lors du séminaire organisé par l'Onema les 19 et 20 avril 2011 à Paris. Il s'agit donc d'une synthèse des journées "DCE et bioindication"
Technical Report
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Les communautés de plantes aquatiques des lacs médocains, Lacanau et Carcans- Hourtin, ont fait l'objet d'investigations destinées à préciser la répartition des espèces rencontrées et à en évaluer l'abondance. Parmi ces espèces figurent des espèces patrimoniales telles que la littorelle (Littorella uniflora) ou la lobélie de Dortmann (Lobelia dortm...
Article
Les cartes auto-organisatrices de Kohonen appliquées à l'étude des communautés de micro-algues des cours d'eau
Article
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Functional characteristics play an important role in shaping phytoplankton distributions. This approach can help to explain the success of tropical taxa in temperate ecosystems. We used functional groups (FG) and functional traits (FT) to assess the phytoplankton distribution in five temperate lakes exposed to tropical taxa dispersal. We ran redund...
Book
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L'Indice Diatomique Réunion (IDR) est un nouvel outil de bioindication, destiné à l'évaluation de la qualité biologique des cours d'eau de l'île de la Réunion à partir de la composition spécifique des communautés locales de diatomées benthiques. Cet outil a été développé conjointement par Asconit et l'Irstea, dans le cadre d'un programme de Recherc...
Article
The effect of realistic environmental contamination of diuron on natural epilithic biofilms dwelling bacterial communities and their transformation capacities were investigated by using microcosm experiments. Cobbles carrying biofilms from two sites ("Pau" and "Lacq") located in areas of contrasting pesticide use (urban and agricultural) on the Gav...
Article
The Biological Diatom Index (BDI) is a standardized method routinely used in France for the surveillance of watercourse quality. This index is based on a list of 209 key species showing different pollution sensitivities. The pollution sensitivity, or “ecological profile”, is determined through the species presence probability values along a seven q...
Article
Abstract –  The timing and duration of the estuarine phase during seaward migration were addressed for allis shad and twaite shad, closely related sympatric species in the Gironde system. Otolith Sr:Ca and daily growth increments were used to retrospectively estimate the age at entrance in the estuary, the time spent in estuary and the age at seawa...
Article
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Asiatic citrus canker is a major disease worldwide, and its causal agent, Xanthomonas citri pv. citri, is listed as a quarantine organism in many countries. Analysis of the molecular epidemiology of this bacterium is hindered by a lack of molecular typing techniques suitable for surveillance and outbreak investigation. We report a comparative evalu...
Article
Asiatic citrus canker, caused by Xanthomonas citri pv. citri, is a major disease threatening citrus crops throughout the world. The most common methods for strain differentiation of this pathogen are repetitive element sequence-based PCR (rep-PCR) and pulsed field gel electrophoresis (PFGE), using rare-cutting restriction enzyme analysis. We develo...
Article
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Des études de terrain sur des biofilms matures nous ont permis de souligner une modulation de la toxicité des métaux lourds (cadmium, zinc) en fonction de la disponibilité nutritive. Ainsi, le long d'un gradient de contamination organique et métallique (bassin versant de Decazeville, France), le biofilm se développe plus abondamment (en épaisseur,...
Article
We investigated the changes undergone by natural photosynthetic biofilms under metal exposure through field studies conducted on mature biofilms collected along gradients of organic and metal (cadmium, zinc) contaminations in the Decazeville watershed, South-West France. Biofilms grown under high nutrient conditions were as thick and dense with or...

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Freshwater lakes of the Aquitaine region have been studied since several decades by multiple research teams. All the data of these numerous studies are scattered in multiple documents and electronic files. The aim of this project is to construct a global database to gather all these informations and to study the ecological dynamics of these ecosystems across time. We also aim to study more precisely the biotic interactions in these lakes as well as to quantify with new biological methods the importance of contamination in these ecosystems.