Meik Kunz

Meik Kunz
Friedrich-Alexander-University of Erlangen-Nürnberg | FAU · Department of Medical Informatics, Biometry and Epidemiology

Dr. rer. nat.

About

96
Publications
6,345
Reads
How we measure 'reads'
A 'read' is counted each time someone views a publication summary (such as the title, abstract, and list of authors), clicks on a figure, or views or downloads the full-text. Learn more
849
Citations
Citations since 2017
80 Research Items
800 Citations
2017201820192020202120222023050100150
2017201820192020202120222023050100150
2017201820192020202120222023050100150
2017201820192020202120222023050100150
Introduction

Publications

Publications (96)
Article
Full-text available
To facilitate the recovery process of chronic and hard-to-heal wounds novel pro-resolving treatment options are urgently needed. We investigated the pro-regenerative properties of soluble CD83 (sCD83) on cutaneous wound healing, where sCD83 accelerated wound healing not only after systemic but also after topical application, which is of high therap...
Article
Full-text available
Here we show that soluble CD83 induces the resolution of inflammation in an antigen-induced arthritis (AIA) model. Joint swelling and the arthritis-related expression levels of IL-1b, IL-6, RANKL, MMP9, and OC-Stamp were strongly reduced, while Foxp3 was induced. In addition, we observed a significant inhibition of TRAP + osteoclast formation, corr...
Article
Purpose of the study: Tumor microenvironment (TME)-induced plasticity of fibroblasts and immune cells are known to contribute to cancer pathogenesis. In contrast, only little is known about the existence, stability, functions and prognostic potential of different plastic phenotypes of tumor vessel endothelial cells (TECs) in cancer. Recently, trans...
Article
Full-text available
Background Constant supply of oxygen is crucial for multicellular tissue homeostasis and energy metabolism in cardiac tissue. As a first response to acute hypoxia, endothelial cells (ECs) promote recruitment and adherence of immune cells to the dysbalanced EC barrier by releasing inflammatory mediators and growth factors, whereas chronic hypoxia le...
Article
Full-text available
Immunotherapies have heralded a new era in the cancer treatment. In addition to checkpoint inhibitors, agonistic antibodies against co-stimulatory immune receptors hold the potential to invoke efficient antitumor immunity. Targeting CD137 has gained momentum based on its ability to drive NK- and T-cell-based responses. CD137-engaging mAbs have alre...
Article
Full-text available
Background: Peripheral artery disease (PAD) is a significant burden, particularly among patients with severe disease requiring invasive treatment. We applied a general Machine Learning (ML) workflow and investigated if a multi-dimensional marker set of standard clinical parameters can identify patients in need of vascular intervention without spec...
Article
Alternatively activated macrophages (AAMs) contribute to the resolution of inflammation and tissue repair. However, molecular pathways that govern their differentiation have remained incompletely understood. Here, we show that uncoupling protein-2-mediated mitochondrial reprogramming and the transcription factor GATA3 specifically controlled the di...
Article
Full-text available
Context Pheochromocytomas and paragangliomas (PPGL) cause catecholamine excess leading to a characteristic clinical phenotype. Intra-individual changes at metabolome level have been described after surgical PPGL removal. The value of metabolomics for the diagnosis of PPGL has not been studied yet. Objective Evaluation of quantitative metabolomics...
Article
Full-text available
Transforming growth factor-β (TGFβ) is a key mediator of fibroblast activation in fibrotic diseases, including systemic sclerosis. Here we show that Engrailed 1 (EN1) is reexpressed in multiple fibroblast subpopulations in the skin of SSc patients. We characterize EN1 as a molecular amplifier of TGFβ signaling in myofibroblast differentiation: TGFβ...
Article
Full-text available
The family of RNA-binding proteins (RBP) functions as a crucial regulator of multiple biological processes and diseases. However, RBP function in the clinical setting of idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is still unknown. We developed a practical in silico screening approach for the characterization of RBPs using multi-sources data information an...
Article
Background Excessive activation of fibroblasts with a TGFβ-biased gene signature and deposition of extracellular matrix are key features of fibrotic diseases. The mechanisms underlying these transcriptional changes remain poorly understood. Deregulation, mutations and malfunctions of transcriptional co-regulators, which can interact with multiple t...
Article
Background Engrailed 1 (EN1) is a homeodomain-containing transcription factor with essential roles in embryonic development. In most cell types, the expression of EN1 is restricted to embryonic development. However, under pathological conditions, EN1 can be re-expressed to promote phenotypical adaptation. En1 is transiently expressed in the develop...
Article
Full-text available
The detection of microorganisms and danger signals by pattern recognition receptors on dendritic cells (DCs) and the consequent formation of inflammasomes are pivotal for initiating protective immune responses. Although the activation of inflammasomes leading to secretion of the cytokine IL-1β is typically accompanied by pyroptosis (an inflammatory...
Chapter
Etwa die Hälfte des Genoms des Menschen wird aktiv als RNA transkribiert, neue regulatorische und nicht Protein-kodierende RNA-Typen wie miRNAs und lncRNAs in höheren Zellen und das CRISPR/Cas9-System aus Bakterien unterstreichen die Wichtigkeit von RNA für die Molekularbiologie. Typischerweise analysiert man RNA-Sequenz, -Struktur und Faltungsener...
Chapter
Sequenzanalyse ist das zentrale Werkzeug der Bioinformatik mit einschlägigen Datenbanken (NCBI, GenBank, Swiss-Prot) und Software zum Erkennen der Sequenzähnlichkeit (BLAST) sowie Domänendatenbanken (Pfam, SMART). Entscheidend ist die Fähigkeit solche Software im Web zu kennen und zu nutzen, die Tutorials und Übungsaufgaben regen dazu an. Programmi...
Chapter
Die systembiologische Modellierung von Signalkaskaden und Protein-Netzwerken erlaubt vertiefte Einblicke in die Funktion der beteiligten Proteine und hilft dadurch Krankheitsursachen zu verstehen, Infektionsprozesse und Immunantworten besser zu beschreiben oder auch komplexe Vorgänge in der Biologie, wie Zelldifferenzierung und Neurobiologie, aufzu...
Chapter
Bei dem BLAST-Server am NCBI (National Center of Biotechnology Information) bekommt man in Sekunden bis wenigen Minuten schon eine Antwort. Ermöglicht wird dies durch schnelle, aber nicht ganz exakte Suchen. Solche Heuristiken verwenden fast alle der schnellen Bioinformatikprogramme im Netz. Bei BLAST werden zum Beispiel erst zwei kurze, aber perfe...
Chapter
Bioinformatik hilft das Leben besser zu verstehen. Ganz gleich, ob man mehr die Anpassung bewundert (Phylogenie, Sequenzanalyse), den Stoffwechsel (metabolische Modellierung, Enzymdatenbanken) oder die Regulation dieser Anpassungen (Systembiologie). Ein roter Faden bei allen großen Herausforderungen der Bioinformatik ist das Erklimmen einer neuen S...
Chapter
Die Design-Prinzipien einer Zelle können bioinformatisch im Detail durch Sequenzanalysen und aufwendigere Verfahren entschlüsselt werden. Regulation, die Lokalisation von Proteinen, ihr Transport und ihre Sekretion sind ebenfalls genau in der Zelle kodiert und für die geordnete Struktur der Zelle entscheidend. Moderne Bild-gebende Verfahren und Ima...
Chapter
Bioinformatik ist wegen der großen Datenmengen mittlerweile in aller Munde. Computational Biology benutzt aber auch den Computer, um gute Biologie zu machen, was unser Hauptanliegen ist. Durch immer neue Daten und die Anwendung der Datenanalyse auf tiefe biologische Fragen, die durch die neuen Daten überhaupt erst jetzt beantwortet werden können, w...
Chapter
Die Frage, wann denn ein Bioinformatikproblem zu Ende gerechnet sein wird, ist bei Problemen mit eingebauter Kombinatorik schwer zu beantworten. Alan Turing hat allgemein alle berechenbaren Probleme mithilfe der Turing-Maschine, einem idealisierten, abstrakten Computer, nachgebildet. Alle nicht Turing-berechenbaren Probleme können nicht von Compute...
Chapter
Wie viel Information in einer Botschaft steckt, hat Shannon messbar gemacht. Es wird ausgerechnet, wie viel Bit Information in jedem Teil (Wort, Nukleotid, etc.) einer Botschaft steckt. Interessanterweise kann man so jede Menge Codes, Sprachen und Kodierungen in der Zelle identifizieren. Da lebendige Zellen keine Computer sind, sondern zahlreiche b...
Chapter
Aufbauend auf Sequenzvergleichen assemblieren spezielle Algorithmen die Sequenzfragmente moderner Sequenzierungstechniken. Nachdem in den 1990er-Jahren bakterielle Genome und das Hefezellgenom vollständig sequenziert und bioinformatisch analysiert wurden, folgten ab 2001 Humangenom und zahlreiche weitere eukaryotische (Zellen mit Zellkern) Genome....
Chapter
Biologische Systeme sind selbst regulierend und erhalten den eigenen Systemzustand (Attraktor). Dabei helfen negative Rückkoppelungsschleifen (Feedback loop) ein Überschießen zu verhindern, positive Aktivierungsschleifen (Feedforward loop) aktivieren das System, wenn es zu schwach ist (z. B.: Herzschlag). Die Bioinformatik kann hier zentrale Schlüs...
Chapter
In diesem Teil geben wir Lösungsvorschläge und zusätzliche Erklärungen zu den Übungsaufgaben.
Chapter
Metabolische Modellierung erlaubt es, den Stoffwechsel im Detail zu analysieren. Biochemisches Wissen und Datenbanken wie KEGG bestimmen den Satz aller beteiligter Enzyme. Sodann kann man berechnen, welche Stoffwechselwege und Enzymketten die Metabolite in einem Netzwerk im Gleichgewicht halten (Flux-Balance-Analyse), welche davon auch nicht mehr z...
Chapter
Das Glossar erklärt und definiert wichtige Begriffe der Bioinformatik. Wir können hier nur die wichtigsten Begriffe erklären. Das Feld entwickelt sich rasch und ist ja zwischen zwei Disziplinen, der Biologie und der Informatik, angesiedelt. Es ist damit in der Menge der Grundbegriffe etwas anspruchsvoller, als wenn es nur um ein Fach gehen würde. Z...
Chapter
Ein Computer kann über sich selbst nicht nachdenken, denn formale Systeme haben hier grundsätzliche Schranken (von Gödel und Turing exakt bewiesen). Menschen (und Lebewesen im Allgemeinen) denken zwar nicht formal exakt, können aber deshalb erfolgreicher über sich selbst bzw. alle grundsätzlichen Fragen nachdenken. Ziele und Werte müssen und sollte...
Chapter
Die Tutorials sind dafür gedacht, Sie im Überblick einmal durch wichtige Analyseschritte und zugehörige Softwares zu führen, die im Buch vorkommen, sodass Sie beim Üben lernen, das Richtige zu machen. Dabei haben wir versucht, auch einige Tipps zu geben. Es ist wie immer: Üben ist nötig! Es ist ziemlich einfach, die Software einmal durch Klicken ke...
Chapter
Unser Gehirn bekommt durch seine modulare Bauweise die Fähigkeit zu denken. Dabei werden Nervenzellverbände trainiert wie neuronale Netzwerke im Computer. Training und Übung festigen oder löschen Synapsen. In den assoziativen Regionen unseres Großhirns liegen so viele Nervenverknüpfungen vor, dass es vorteilhaft wird, integriert und nicht lokal Inf...
Chapter
Die Evolution von Populationen schafft neue Arten, das einzelne Lebewesen oder Protein ist ja in engen Rahmen durch das spezifische Genom festgelegt. Es entstehen immer neue Populationen mit immer neuen typischen Merkmalen (durch Mutation und bei sexueller Vermehrung durch Rekombination), die eine nahezu optimale Anpassung an die vorherrschende Umw...
Chapter
Leben erfindet immer neue Ebenen der Sprache (DNA, Neuronen, menschliche Sprache, Computercode, Internet). Das Internet macht u. a. Bioinformatik-Software und biologisches Wissen (PubMed, Open-Access-Publikationen) weltweit zugänglich. Dazu wird über einen Domain Name Server (DNS) die Internetprotokolladresse (IP) in leicht lesbare Adressen umgesch...
Chapter
Alle Moleküle einer Zelle stehen eng miteinander in Bezug. Nur diese Kontext-bezogene Information hat wirklich Bedeutung. Sie vermittelt das Verhalten der Zelle, das für das Überleben wichtig und richtig ist. Druckfehler werden in der Population ständig weg selektiert. Datenbanksuchen und Sequenzvergleiche erschließen diese biologische Bedeutung (i...
Article
Full-text available
Survival of chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells critically depends on the support of an adapted and therefore appropriate tumor microenvironment (TME). Increasing evidence suggests that B-cell receptor associated kinases such as protein kinase C (PKC)-β or Lyn kinase, are essential for the formation of a microenvironment supporting leukemic gr...
Article
Dieses Buch bietet eine packende Einführung in das am schnellsten wachsende Gebiet der Biologie mit leicht nachvollziehbaren Beispielen und einem gut aufbereiteten Anhang für die Leserschaft, um so gleich alles direkt nachkochen und miterleben zu können. Das Buch holt den Leser und die Leserin bei den Grundlagen ab, wie man zum Beispiel Sequenzinfo...
Article
Full-text available
Integrative bioinformatics is an emerging field in the big data era, offering a steadily increasing number of algorithms and analysis tools. However, for researchers in experimental life sciences it is often difficult to follow and properly apply the bioinformatical methods in order to unravel the complexity and systemic effects of omics data. Here...
Article
Full-text available
Background: Deficient autophagy has been recently implicated as a driver of pulmonary fibrosis, yet bioinformatics approaches to study this cellular process are lacking. Autophagy-related 5 and 7 (ATG5/ATG7) are critical elements of macro-autophagy. However, an alternative ATG5/ATG7-independent macro-autophagy pathway was recently discovered, its...
Article
Full-text available
The senescence of vascular smooth muscle cells (VSMCs) has been implicated as a causal pro-inflammatory mechanism for cardiovascular disease development and progression of atherosclerosis, the instigator of ischemic heart disease. Contemporary limitations related to studying this cellular population and senescence-related therapeutics are caused by...
Article
Full-text available
Background: Chagas disease (CD) is a major burden in Latin America, expanding also to non-endemic countries. A gold standard to detect the CD causing pathogen Trypanosoma cruzi is currently not available. Existing real time polymerase chain reactions (RT-PCRs) lack sensitivity and/or specificity. We present a new, highly specific RT-PCR for the di...
Article
Full-text available
To improve and focus preclinical testing, we combine tumor models based on a decellularized tissue matrix with bioinformatics to stratify tumors according to stage-specific mutations that are linked to central cancer pathways. We generated tissue models with BRAF-mutant colorectal cancer (CRC) cells (HROC24 and HROC87) and compared treatment respon...
Article
Full-text available
Cushing’s disease (CD) is a rare condition caused by adrenocorticotropic hormone (ACTH)-producing adenomas of the pituitary, which lead to hypercortisolism that is associated with high morbidity and mortality. Treatment options in case of persistent or recurrent disease are limited, but new insights into the pathogenesis of CD are raising hope for...
Article
Full-text available
The identification of biomarker signatures is important for cancer diagnosis and prognosis. However, the detection of clinical reliable signatures is influenced by limited data availability, which may restrict statistical power. Moreover, methods for integration of large sample cohorts and signature identification are limited. We present a step-by-...
Article
Full-text available
The identification of biomarker signatures is important for cancer diagnosis and prognosis. However, the detection of clinical reliable signatures is influenced by limited data availability, which may restrict statistical power. Moreover, methods for integration of large sample cohorts and signature identification are limited. We present a step-by-...
Article
Full-text available
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are of fundamental biological importance; however, their functional role is often unclear or loosely defined as experimental characterization is challenging and bioinformatic methods are limited. We developed a novel integrated method protocol for the annotation and detailed functional characterization of lncRNAs with...
Article
Precision medicine has changed thinking in cancer therapy, highlighting a better understanding of the individual clinical interventions. But what role do the drivers and pathways identified from pan-cancer genome analysis play in the tumor? In this letter, we will highlight the importance of in silico modeling in precision medicine. In the current...
Article
Objective: Current workup for the pre-operative distinction between frequent adrenocortical adenomas (ACA) and rare but aggressive adrenocortical carcinomas (ACC) combines imaging and biochemical testing. We here investigated the potential of plasma steroid hormone profiling by liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) for the diagn...
Chapter
Bioinformatics techniques allow the monitoring of large-scale interaction data such as gene expression changes. We explain suitable algorithms and databases for the analysis of direct regulatory interactions of RNA, such as micro (mi)RNA–mRNA, long non-coding (lnc)RNA, and RNA–protein complexes. Network analysis and dynamic simulations of RNA inter...
Article
Full-text available
Patient‐tailored therapy based on tumor drivers is promising for lung cancer treatment. For this we combined in vitro tissue models with in silico analyses. Using individual cell lines with specific mutations we demonstrate a generic and rapid stratification pipeline for targeted tumor therapy. We improve in vitro models of tissue‐conditions by a b...
Conference Paper
MicroRNAs (MiRNA/miRs) are known key players in cardiovascular disorders. Here we created and analyzed a global miRNA map in isolated cardiac endothelial and fibroblast cells during hypertrophy progression. Hypertrophy was induced in male C57BL/6 mice by trans-aortic constriction (TAC). Hypertrophic phenotyping was performed at 3 days (3d), 2 weeks...
Chapter
Lung cancer has currently the highest cancer-related mortality rate worldwide. MicroRNAs (miRNAs) are small noncoding RNAs that play a fundamental role in gene expression and are linked to disease progression of different cancer types such as lung cancer. However, functional characterization is made difficult by the fact that miRNAs generally regul...
Article
Full-text available
Epicardium-derived cells (EPDC) and atrial stromal cells (ASC) display cardio-regenerative potential, but the molecular details are still unexplored. Signals which induce activation, migration and differentiation of these cells are largely unknown. Here we have isolated rat ventricular EPDC and rat/human ASC and performed genetic and proteomic prof...
Chapter
Unser Gehirn bekommt durch seine modulare Bauweise die Fähigkeit zu denken. Dabei werden Nervenzellverbände trainiert wie neuronale Netzwerke im Computer. Training und Übung festigen oder löschen Synapsen. In den assoziativen Regionen unseres Großhirns liegen so viele Nervenverknüpfungen vor, dass es vorteilhaft wird, integriert und nicht lokal Inf...
Chapter
Sequenzanalyse ist das zentrale Werkzeug der Bioinformatik mit einschlägigen Datenbanken (NCBI, GenBank, SwissProt) und Software zum Erkennen der Sequenzähnlichkeit (BLAST-Werkzeug) sowie Domänendatenbanken (sich unabhägig faltende Funktionseinheiten im Protein). Entscheidend ist die Fähigkeit solche Software im Web zu kennen und zu nutzen, die Tut...
Chapter
Biologische Systeme sind selbst regulierend und erhalten den eigenen Systemzustand (Attraktor). Dabei helfen negative Rückkoppelungsschleifen (Feedback loop) ein Überschießen zu verhindern, positive Aktivierungsschleifen (Feedforward loop) aktivieren das System, wenn es zu schwach ist (z. B.: Herzschlag). Die Bioinformatik kann hier zentrale Schlüs...
Chapter
Metabolische Modellierung erlaubt es, den Stoffwechsel im Detail zu analysieren. Biochemisches Wissen und Datenbanken wie KEGG bestimmen den Satz aller beteiligter Enzyme. Sodann kann man berechnen, welche Stoffwechselwege und Enzymketten die Metabolite in einem Netzwerk im Gleichgewicht halten (Flux-Balance-Analyse), welche davon auch nicht mehr z...
Chapter
Bioinformatik ist wegen der großen Datenmengen mittlerweile in aller Munde.Computational Biology benutzt aber auch den Computer, um gute Biologie zu machen, was hierbei unser Hauptanliegen ist. Durch immer neue Daten und die Anwendung der Datenanalyse auf tiefe biologische Fragen, die durch die neuen Daten überhaupt erst jetzt beantwortbar werden,...
Chapter
Die Tutorials sind dafür gedacht, Sie im Überblick einmal durch wichtige Analyseschritte und zugehörige Softwares zu führen, die im Buch vorkommen, sodass Sie beim Üben lernen, das Richtige zu machen. Dabei haben wir versucht, auch einige Tipps zu geben. Es ist wie mit allem: Üben! Es ist ziemlich einfach, die Software einmal durch Klicken kennenzu...
Chapter
Wie viel Information in einer Botschaft steckt, hat Shannon messbar gemacht. Es wird ausgerechnet, wie viel Bit Information in jedem Teil (Wort, Nukleotid ...) einer Botschaft steckt. Interessanterweise kann man so jede Menge Codes, Sprachen und Kodierungen in der Zelle identifizieren. Da lebendige Zellen keine Computer sind, sondern zahlreiche bio...
Chapter
Etwa die Hälfte des Genoms des Menschen wird aktiv als RNA transkribiert, neue regulatorische und nicht Protein-kodierende RNA-Typen wie miRNAs und lncRNAs in höheren Zellen und das CRISPR/Cas9-System aus Bakterien unterstreichen die Wichtigkeit von RNA für die Molekularbiologie. Typischerweise analysiert man RNA-Sequenz, -Struktur und Faltungsener...
Chapter
Bioinformatik hilft das Leben besser zu verstehen. Ganz gleich, ob man mehr die Anpassung bewundert (Phylogenie, Sequenzanalyse), den Stoffwechsel (metabolische Modellierung, Enzymdatenbanken) oder die Regulation dieser Anpassungen (Systembiologie). Ein roter Faden bei allen großen Herausforderungen der Bioinformatik ist das Erklimmen einer neuen S...
Chapter
Leben erfindet immer neue Ebenen der Sprache (DNA, Neuronen, menschliche Sprache, Computercode, Internet). Das Internet macht u. a. Bioinformatik-Software und biologisches Wissen (PubMed, Open-Access-Publikationen) weltweit zugänglich. Dazu wird über einen Domain Name Server (DNS) die Internetprotokolladresse (IP, vierstellig) in leicht lesbare Adr...
Chapter
Die systembiologische Modellierung von Signalkaskaden und Protein-Netzwerken erlaubt vertiefte Einblicke in die Funktion der beteiligten Proteine und hilft dadurch Krankheitsursachen zu verstehen, Infektionsprozesse und Immunantworten besser zu beschreiben oder auch komplexe Vorgänge in der Biologie, wie Zelldifferenzierung und Neurobiologie, aufzu...
Chapter
In diesem Teil geben wir Lösungsvorschläge und zusätzliche Erklärungen zu den Übungsaufgaben.
Chapter
Das Glossar erklärt und definiert wichtige Begriffe der Bioinformatik. Wir können hier nur die wichtigsten Begriffe erklären. Das Feld entwickelt sich rasch und ist auch noch zwischen zwei Disziplinen, der Biologie und der Informatik, angesiedelt und damit auch in der Menge der Grundbegriffe etwas anspruchsvoller, als wenn es nur um ein Fach gehen...
Chapter
Aufbauend auf Sequenzvergleichen assemblieren spezielle Algorithmen die Sequenzfragmente moderner Sequenzierungstechniken. Nachdem in den 1990er-Jahren bakterielle Genome und das Hefezellgenom vollständig sequenziert und bioinformatisch analysiert wurden, folgten ab 2001 Humangenom und zahlreiche weitere eukaryotische (Zellen mit Zellkern) Genome....
Chapter
Ein Computer kann über sich selbst nicht nachdenken, denn formale Systeme haben hier grundsätzliche Schranken (von Gödel und Turing exakt bewiesen). Menschen (und Lebewesen im Allgemeinen) denken zwar nicht formal exakt, können aber deshalb erfolgreicher über sich selbst bzw. alle grundsätzlichen Fragen nachdenken. Ziele und Werte müssen und sollte...
Chapter
Alle Moleküle einer Zelle stehen eng miteinander in Bezug. Nur diese Kontext-bezogene Information hat wirklich Bedeutung. Sie vermittelt das Verhalten der Zelle, das für das Überleben wichtig und richtig ist. Druckfehler werden in der Population ständig weg selektiert. Datenbanksuchen und Sequenzvergleiche erschließen diese biologische Bedeutung (i...
Chapter
Die Design-Prinzipien einer Zelle können bioinformatisch im Detail durch Sequenzanalysen und aufwendigere Verfahren entschlüsselt werden. Regulation, die Lokalisation von Proteinen, ihr Transport und ihre Sekretion sind ebenfalls genau in der Zelle kodiert und für die geordnete Struktur der Zelle entscheidend. Moderne Bild-gebende Verfahren und Ima...
Chapter
Bei dem BLAST-Server am NCBI (National Center of Biotechnology Information) bekommt man in Sekunden bis wenigen Minuten schon eine Antwort. Ermöglicht wird dies durch schnelle, aber nicht ganz exakte Suchen. Solche Heuristiken verwenden fast alle der schnellen Bioinformatikprogramme im Netz. Bei Blast werden zum Beispiel erst zwei kurze, aber perfe...
Chapter
Die Frage, wann denn ein Bioinformatikproblem zu Ende gerechnet sein wird, ist bei Problemen mit eingebauter Kombinatorik schwer zu beantworten. Turing hat allgemein alle berechenbaren Probleme mit Hilfe der Turing-Maschine, einem idealisiertem, abstrakten Computer, nachgebildet. Alle nicht Turing-berechenbaren Probleme können nicht von Computern g...
Chapter
Die Evolution von Populationen schafft neu Arten, das einzelne Lebewesen oder Protein ist ja in engen Rahmen durch das spezifische Genom festgelegt. Es entstehen immer neue Populationen mit immer neuen typischen Merkmalen (durch Mutation und bei sexueller Vermehrung durch Rekombination), die eine nahezu optimale Anpassung an die vorherrschende Umwe...
Article
The nutrient-rich extracellular plant compartment, the apoplast, is an attractive niche for attacks by microbial pathogens. Here, we highlight recent trends in plant-pathogen competition for apoplastic sugars in the context of innate immune responses in various plant-pathogen interaction systems.
Article
Full-text available
MicroRNAs are well-known strong RNA regulators modulating whole functional units in complex signaling networks. Regarding clinical application, they have potential as biomarkers for prognosis, diagnosis, and therapy. In this review, we focus on two microRNAs centrally involved in lung cancer progression. MicroRNA-21 promotes and microRNA-34 inhibit...
Article
Cytokinins (CKs) play an important role in plant growth and development. Also, several studies highlight the modulatory implications of CKs for plant-pathogen interaction. However, the underlying mechanisms of CK mediating immune networks in plants are still not fully understood. A detailed analysis of high-throughput transcriptome (RNA-Seq and mic...
Chapter
Hormon-Interaktionen, z.B. eine antagonistische Interaktion zwischen SA und JA/ET (Verhage, van Wees et al. 2010), bilden das Immunsystem von Pflanzen. SA aktiviert wiederum die Expression von PR1, einem Marker für die Immunabwehr, und verhilft ihnen so, sich vor Infektionen zu schützen (Grant and Jones 2009, Robert-Seilaniantz, Grant et al. 2011,...
Chapter
Um die Interaktion zwischen CK und AUX zu untersuchen, wurde zuerst ein Wirts-Pathogen-Netzwerk unter Verwendung verschiedener Interaktom-DBen sowie Literaturrecherche rekonstruiert, wobei sich hierbei auf eine Infektion von A. thaliana mit Pst DC 3000 fokussiert wurde. Hierzu wurden Informationen zu Enzymen und deren Interaktionen aus den DBen KEG...
Chapter
Unter Verwendung verschiedener Interaktom-DBen sowie Literaturrecherche (siehe 4.1) wurde ein Wirts-Pathogen-Netzwerk erstellt (Abb. 6).
Book
Dieses Buch bietet eine packende Einführung in das am schnellsten wachsende Gebiet der Biologie mit leicht nachvollziehbaren Beispielen und einem gut aufbereiteten Anhang für den Leser, der so gleich alles direkt nachkochen und miterleben kann. Das Buch holt den Leser bei den Grundlagen ab, wie man zum Beispiel Sequenzinformationen einfach erhält u...
Book
Meik Kunz erforscht die Interaktion zwischen den Wachstumshormonen Cytokinin und Auxin und untersucht deren Zusammenspiel im Hinblick auf die pflanzliche Immunabwehr. Der Autor zeigt zudem mittels einer eigens entwickelten Methode die Möglichkeit auf, wie in einer Transkriptom-Interaktom-Analyse zentrale funktionelle Netzwerkknoten (sogenannte Hubp...
Article
Full-text available
Lung cancer is currently the leading cause of cancer related mortality due to late diagnosis and limited treatment intervention. Non-coding RNAs are not translated into proteins and have emerged as fundamental regulators of gene expression. Recent studies reported that microRNAs and long non-coding RNAs are involved in lung cancer development and p...
Thesis
Der Einsatz von computergestützten Analysen hat sich zu einem festen Bestandteil der biowissenschaftlichen Forschung etabliert. Im Rahmen dieser vorliegenden Arbeit wurden systembiologische Untersuchungen auf verschiedene biologische Themengebiete und Organismen angewendet. In diesem Zusammenhang liefert die Arbeit einen innovativen und interdiszip...
Article
Full-text available
The drug-minded protein interaction database (DrumPID) has been designed to provide fast, tailored information on drugs and their protein networks including indications, protein targets and side-targets. Starting queries include compound, target and protein interactions and organism-specific protein families. Furthermore, drug name, chemical struct...
Article
Full-text available
In the present study, we combined an in vitro 3D lung tumor model with an in silico model to optimize predictions of drug response based on a specific mutational background. The model is generated on a decellularized porcine scaffold that reproduces tissue-specific characteristics regarding extracellular matrix composition and architecture includin...
Article
Recent studies highlighted long noncoding RNAs (lncRNAs) to play an important role in cardiac development. However, understanding of lncRNAs in cardiac diseases is still limited. Global lncRNA expression profiling indicated that several lncRNA transcripts are deregulated during pressure overload-induced cardiac hypertrophy in mice. Using stringent...
Article
Full-text available
Background: Long noncoding ribonucleic acids (lncRNAs) are a subclass of regulatory noncoding ribonucleic acids for which expression and function in human endothelial cells and angiogenic processes is not well studied. Objectives: The authors discovered hypoxia-sensitive human lncRNAs via next-generation ribonucleic acid sequencing and microarra...
Article
Full-text available
Neoadjuvant therapy could improve oncological outcome of patients suffering from colon cancer. An accurate staging method is needed to define suitable patients. The aim of this retrospective study was to validate the value of CT for identifying patients with local advanced (T3/4) or nodal-positive colon cancer. Preoperative abdominal CT scans of 21...
Poster
Full-text available
The potential of preclinical tumor models to predict the outcome of substances in the clinic is limited. More advanced models that include features of living tissues and parts of the microenvironment are urgently needed. At the chair of “Tissue Engineering and Regenerative Medicine” (TERM) and the Translational Center “Regenerative therapies in onc...
Article
MicroRNAs (miRNAs) are small ~22 nucleotide non-coding RNAs and are highly conserved amongst species. Moreover, miRNAs regulate gene expression of a large number of genes associated with important biological functions and signaling pathways. Recently, several miRNAs have been found to be associated with cardiovascular diseases. Thus, investigating...