Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI)

Published by Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)
Online ISSN: 2442-2606
Publications
Article
A blood clot (thrombus) in a blood stream is formed due to a circulatory system imbalance in the hemostasis which results in plug of blood vessels. The suppliy of nutrients and oxygen to the tissues is inhibited (ischemia) by the accumulation of thrombus and embolus in the blood vessel. This prosses is the main cause for further atherotrombotic diseases such as myocardial infraction and cerebral infraction. This disease could be overcome by thrombolytic therapy by using fibrinolytic protease enzyme. Fibrinolytic activity of protease enzymes have been studied from various species of bacteria. Bacterial isolate of WU 021055* obtained from Papuma coastal waters has demonstrated fibrinolytic activity. This research was aimed to identify the bacterial isolate through morphological characterization (colony and cell morphology), physiological characterization (indole test, carbohydrates fermentation test (glucose, lactose, sucrose and fructose), catalase test, starch hydrolysis test, and the pH effect test), and molecular identification using 16S rRNA. Based on those characterizations, the bacterial isolate of WU 021055* shows a high similarity to Bacillus aerius.Keywords: Atherotrombosis, fibrinolytic, identification, characterization, bacteria ABSTRAKBekuan darah (trombus) dalam peredaran darah terbentuk akibat ketidakseimbangan sistem sirkulasi dalam hemostasis yang menyebabkan penyumbatan pembuluh darah. Akumulasi trombus dan embolus pada pembuluh darah mengakibatkan suplai nutrisi dan oksigen ke jaringan terhambat (iskemia) dan bahkan kematian jaringan (infark). Pembentukan ini merupakan etiologi dari penyakit aterotrombosis seperti infark miokard dan infark serebral. Penyakit akibat trombosis ini dapat diatasi dengan terapi trombolitik dengan enzim protease fibrinolitik. Aktivitas enzim protease fibrinolitik telah diteliti dari berbagai spesies bakteri. Isolat bakteri WU 021055* asal perairan pantai papuma tampak memiliki aktivitas fibrinolitik. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi isolat bakteri melalui karakterisasi morfologi (morfologi koloni dan sel), karakterisasi fisiologis (uji indol, uji fermentasi karbohidrat (glukosa, laktosa, sukrosa dan fruktosa), uji katalase, uji hidrolisis pati, dan uji pengaruh pH), dan identifikasi secara molekuler menggunakan 16S rRNA. Berdasarkan karakterisasi morfologi, fisiologi, dan marker 16S rRNA, isolat bakteri WU 021055* menunjukkan kemiripan yang tinggi dengan Bacillus aerius.Kata kunci: Aterotrombosis, fibrinolitik, identifikasi, karakterisasi, bakteri
 
Article
Cephalosporin is a β-lactam antibiotic produced by Acremonium chrysogenum using submerged fermentation. Carbon and nitrogen are the most influential medium ingredients for cephalosporin formation. The purpose of this study was to obtain the best composition of media for cephalosporin C production. Response surface methodology was used for production optimization. The results showed that molasses of 70 g/Lwas the best carbon source, while the best nitrogen source was the combination of corn steep liquor, urea and ammonium sulphate. DL-methionine, carbon, and nitrogen source significantly affected the production of cephalosporin C. The mathematically modelled optimization showed that the highest production of cephalosporin C (3876 mg/L) was obtained using medium composition of 68.28 g/L molasses, 71.61 g/L nitrogen, and 0.4 g/L DL-methionine. Laboratory verification using the same medium composition produced 3696 mg/L of cephalosporin C, being 4.65% different from the mathematically optimized results. Medium optimization increased the cephalosprin C production which was 1.48 times higher than that using the previous medium, where the maximum production was only 2487 mg / L.Keywords: Carbon, cephalosporin C, cultivation medium, nitrogen, A. chrysogenum ABSTRAKSefalosporin C adalah golongan antibiotik β-lactam yang dihasilkan Acremonium chrysogenum melalui fermentasi cair. Komponen yang sangat berpengaruh terhadap produksi sefalosporin C adalah sumber karbon dan nitrogen. Penelitian ini bertujuan mendapatkan komposisi media terbaik untuk produksi sefalosporin C. Optimasi dilakukan menggunakan metode respon permukaan. Hasil menunjukkan bahwa molases 70 g/L adalah sumber karbon terbaik dan kombinasi corn steep liquor, urea dan ammonium sulfat adalah sumber nitrogen terbaik. DL-methionin, sumber karbon, dan nitrogen berpengaruh nyata terhadap produksi sefalosporin C. Optimasi menggunakan model matematika menunjukkan produksi sefalosporin C tertinggi (3876 mg/L) yang diperoleh dengan komposisi media 68,28 g/L molases, 71,61 g/L nitrogen, dan 0,4 g/L DL-methionin. Verfikasi di laboratorium menggunakan komposisi media yang sama menghasilkan sefalosporin C sebesar 3696 mg/L, berbeda 4,65% dibanding dengan hasil optimasi matematis. Optimasi media mampu meningkatkan produksi sefalosprin C sebesar 1,48 kali dibanding media yang digunakan sebelumnya, dimana maksimal hanya menghasilkan 2487 mg/L.Kata kunci: Karbon, sefalosporin C, media kultivasi, nitrogen, A. chrysogenum
 
Gambar 4. Grafik analisis data regresi quadratic
Article
Role of Pili Protein 11 kDa of Streptococcus pneumoniae as Hemagglutinin and Adhesin Protein Streptococcus pneumoniae has pili which play roles in adhesion, colonization of nasopharyngeal epithelial cells, and phagocytic inhibition of immune cells. This study aimed to determine the characteristics of the 11 kDa pili protein as hemagglutinin and adhesin, as well as their immune responses. The 11 kDa pili protein from S. pneumoniae was isolated by SDS-PAGE, purified by electroelution and dialysis. Hemagglutination and adhesion tests were carried out on the protein, and western blotting of the polyclonal antibody immune responses were evaluated. Hemagglutination test showed that the 11 kDa pili protein played a role in the hemagglutination process up to 2-time dilution. Adhesion test showed there was a correlation between the dose of the protein and the bacteria attached to the epithelial cells. The Pearson correlation test showed a P value of 0.010 and a correlation coefficient of R = -90.919. Quadratic regression test produced R2 = 0.974. Western blotting test showed that 11 kDa pili protein polyclonal antibodies recognized 67 kDa and 11 kDa pili proteins. The study concluded that the 11 kDa S. pneumoniae pili protein acted as hemagglutinin and adhesin, and the polyclonal antibody protein responded to 67 pDa and 11 kDa BM pili proteins.Keywords: adhesin, hemagglutinin, pili, protein 11 kDa, Streptococcus pneumoniae ABSTRAKStreptococcus pneumoniae memiliki pili yang berperan dalam adhesi, kolonisasi sel epitel nasofaring, serta sebagai inhibitor fagositosis sel imun. Penelitian ini bertujuan mengetahui karakteristik protein pili 11 kDa sebagai hemagglutinin dan adhesin serta respons imunnya. Protein pili 11 kDa dari bakteri S. pneumoniae diisolasi secara SDS-PAGE, dipurifikasi dengan elektroelusi dan dialysis. Uji hemaglutinasi dan adhesi dilakukan pada protein tersebut, serta dievaluasi respon imun poliklonal antibodinya secara western blotting. Uji hemaglutinasi menunjukkan protein pili 11 kDa berperan dalam proses hemaglutinasi hingga pengenceran 2 kali. Uji adhesi menunjukkan korelasi antara dosis protein dan bakteri yang menempel pada sel epitel. Uji korelasi Pearson menunjukkan P value 0,010 dan koefisien korelasi R = -0,919. Uji regresi Quadratic menghasilkan R2 = 0,974. Uji Western blotting menunjukkan antibodi poliklonal protein pili 11 kDa mengenali protein pili 67 kDa dan 11 kDa. Penelitian ini berkesimpulan protein pili 11 kDa S. pneumoniae berperan sebagai hemaglutinin dan adhesin, serta antibodi poliklonal protein tersebut memberi respons terhadap protein pili BM 67 kDa dan 11 kDa.Â
 
Article
Review of Virus Inactivation Technologies for Covid-19 Pandemic Control SARS-CoV-2 virus inactivation is one of global concerns in alleviating the spread of Covid-19. The applications of virus inactivation technologies are mainly based on the knowledge of virus characteristics, its persistence on material surfaces, and environmental factors impairing its structure. Current virus inactivation methods are mostly employing chemicals dan physical treatments such as hydrogen peroxide, hypochlorite solutions, and UV light. In this paper, we discuss three current virus inactivation technologies for reducing the spread of Covid-19, i.e., room disinfection, surface disinfection, and personal protective equipment (PPE) decontamination technology. Room disinfection technology, particularly room with poor ventilation or closed air circulation, employs the combination of UV light treatment with filters. Surface disinfection technologies utilize the spraying or fogging of disinfectant solutions, and PPE decontamination technologies utilize UV light or chemical treatments to inactivate the virus. Further development and application of these technologies will help the national effort in controlling the spread of Covid-19. Inaktivasi virus SARS-CoV-2 merupakan salah satu upaya global untuk mengurangi penyebaran Covid-19. Aplikasi teknologi inaktivasi virus ini banyak bersandar pada pengetahuan mengenai karakteristik dan daya tahan virus ini pada permukaan benda dan hal-hal yang merusak struktur virus tersebut. Metode inaktivasi virus yang banyak digunakan adalah perlakuan dengan bahan kimia dan perlakuan secara fisik yaitu dengan menggunakan larutan disinfektan hidrogen peroksida, larutan hipoklorit dan sinar UV. Dalam tulisan ini, peluang aplikasi teknologi inaktivasi virus SARS-CoV-2 yang dibahas adalah teknologi disinfeksi ruangan, disinfeksi permukaan benda dan dekontaminasi alat pelindung diri. Teknologi disinfeksi ruangan khususnya pada ruangan tertutup dengan ventilasi yang kurang baik atau resirkulasi udara tertutup adalah dengan menggunakan kombinasi perlakuan sinar UV dengan filter. Teknologi disinfeksi permukaan benda menggunakan teknik penyemprotan atau pengkabutan larutan disinfektan, sedangkan teknologi dekontaminasi alat pelindung diri dilakukan dengan perlakuan sinar UV atau dengan bahan kimia. Pengembangan dan aplikasi lanjut dari teknologi inaktivasi virus ini akan membantu upaya nasional dalam penanggulangan penyebaran Covid-19.
 
Article
In Vitro Callus and Plant Regeneration Rate of Tarabas Rice on Several Concentrations of 2,4-D The Agricultural Research and Development Agency and the West Java Provincial Government are developing new superior varieties with Japonica rice standards, namely the Tarabas variety. However, the equivalence of somatic embryogenesis ability of Tarabas rice with original Japonica variety has not been reported. In this study, the frequency of callus regeneration of Tarabas vs Hwayoung rice varieties was compared. Induction of callus from mature embryos with several concentrations of 2,4-D showed the same extent of callus formation in both rice varieties. Callus induced by 1 ppm of 2,4-D showed the higher rate of shoot formation. On the other hand, percentage of callus formation of Tarabas rice was not affected by the increase of 2,4-D concentrations and was able to show 100% regeneration rate at the fourth week in the regeneration medium, although the shoot growth was not as fast as those from medium with 1 ppm 2,4-D. Therefore, these results suggest that Tarabas variety has a somatic embryogenesis capacity equivalent to that of japonica rice and has the potential as research objects in the field of biotechnology. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian serta Pemerintah Provinsi Jawa Barat mengembangkan varietas unggul baru dengan standar padi Japonica yaitu varietas Tarabas. Namun, kesetaraan varietas Tarabas dengan varietas Japonica asli dalam kemampuan embriogenesis somatik belum dilaporkan. Penelitian ini membandingkan respons kultur jaringan antara beras Tarabas dan padi Japonica varietas Hwayoung. Induksi kalus dari embrio matang dengan beberapa konsentrasi 2,4-D menunjukkan respons pembentukan kalus yang sama pada kedua varietas padi. Kalus yang diinduksi 1 ppm 2,4-D menunjukkan laju pembentukan tunas yang lebih tinggi. Di sisi lain, kalus Hwayoung yang diinduksi konsentrasi 2,4-D yang lebih tinggi menunjukkan penghambatan dalam pembentukan tunas. Di lain pihak, pembentukan kalus padi Tarabas tidak terpengaruh oleh peningkatan konsentrasi 2,4-D dan mampu menunjukkan 100% laju regenerasi tanaman pada minggu keempat di media regenerasi walaupun pertumbuhan tunas tidak secepat pada perlakuan 1 ppm 2,4-D. Karena itu, hasil penelitian ini menunjukkan bahwa varietas Tarabas memiliki kapasitas embriogenesis somatik yang setara dengan padi japonica dan padi Tarabas mempunyai potensi sebagai obyek penelitian di bidang bioteknologi.
 
Article
Genetic Diversity of 22 Local Rice Accessions from North Toraja Based on Simple Sequence Repeats (SSR) MarkersABSTRACTOne way to explore the potential of local rice is by the characterization that could obtain genetic diversity of that plants. The aim of this study was to obtain the genetic diversity of 22 local rice accession from North Toraja. Twenty-two of local rice accessions from North Toraja were characterized by 30 SSR markers and using NTSYS pc 2.1 program to analyze genetic diversity. The results showed that twenty-six SSR markers that had been analyzed produced some alelles with a size between 106.75-311 bp, the average number of alleles were 3 and the polymorphism rate was 0.53. On coefficient genetic similarity at 0.38, the population formed three clusters. Cluster I and II were dominated by rice that had no hair on the tip of the grain and cluster III were dominated by rice that had hair on the tip of the grain. There were 105 opportunities to crossing between accessions when the genetic distance was above 0.7.Keywords: genetic diversity, local rice, North Toraja, polymorphism rate, SSR markers ABSTRAKSalah satu cara untuk menggali potensi padi lokal adalah dengan karakterisasi. Dengan adanya kegiatan karakterisasi tersebut maka dapat diketahui bagaimana keragaman genetik dari suatu tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dari 22 aksesi padi lokal Toraja Utara. Duapuluh dua aksesi padi lokal Toraja Utara dikarakterisasi menggunakan 30 marka SSR dan dianalisis keragaman genetiknya menggunakan program NTSYS pc 2.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa duapuluh enam marka SSR yang dianalisis memiliki kisaran ukuran alel antara 106.75-311 bp, dengan jumlah alel rata-rata 3 dan tingkat polimorfisme sebesar 0,53. Koefisien kemiripan genetik 0,38 dan terbentuk 3 klaster. Pada klaster I dan klaster II didominasi oleh padi yang tidak memiliki rambut pada ujung gabahnya, dan pada klaster III didominasi oleh padi yang memiliki rambut pada ujung gabahnya. Selain itu, pada jarak genetik diatas 0,7 terdapat 105 peluang persilangan.Kata Kunci: keragaman genetik, marka SSR, padi lokal, tingkat polimorfisme, Toraja Utara
 
Gambar 5. Profil protein total kelenjar saliva/ salivary gland (SG) Ae. aegypti, marker protein (Promega V8491) (M) (Scanner Canon MP287)
Article
Purification of 31 and 56 kDa Immunogenic Proteins from the Salivary Glands of Aedes aegyptiThe salivary gland of arthropod vector contains various bioactive compounds and plays a role in the transmission of pathogens to the host. The host develops anti-salivary antibodies against vector saliva exposure. Our previous research has identified two immunogenic proteins with molecular weights of 31 and 56 kDa from the Aedes aegypti salivary gland protein extract. However, the role of the 31 and 56 kDa immunogenic proteins from saliva Ae. aegypti is not fully known, so it is necessary to purify two immunogenic protein fractions to better specify the target of developing a dengue vaccine. This study aimed to purify the 31 and 56 kDa immunogenic protein fractions by electroelution and dialysis methods. The purification of the two protein fractions has been successful which were confirmed by the SDS-PAGE by the existence of single-band parallel to the positive control. These results were further supported by the dot blot analysis which showed a positive reaction in the form of dark spots in the two protein fractions which were reacted with dengue patients' serum, endemic healthy people, and neonates. These results indicated that the purified 31 and 56 kDa immunogenic protein fraction can be identified by specific antibodies.Keywords: dialysis, electroelution, immunogenic, purification, saliva  ABSTRAKKelenjar saliva vektor arthropoda mengandung berbagai senyawa bioaktif dan berperan dalam transmisi patogen ke tubuh inang. Tubuh inang mengembangkan antibodi anti-saliva terhadap paparan saliva vektor. Penelitian kami sebelumnya telah mengidentifikasi dua protein imunogenik dengan berat molekul 31 dan 56 kDa dari ekstrak protein kelenjar saliva Aedes aegypti. Namun demikian, peranan protein imunogenik 31 dan 56 kDa dari saliva Ae. aegypti belum diketahui sepenuhnya sehingga perlu dilakukan purifikasi dua fraksi protein imunogenik untuk lebih menspesifikkan target pengembangan vaksin dengue. Tujuan penelitian ini untuk melakukan purifikasi fraksi protein imunogenik 31 dan 56 kDa melalui metode elektroelusi dan dialisis. Keberhasilan purifikasi dua fraksi protein 31 dan 56 kDa terbukti dari hasil konfirmasi SDS-PAGE dengan terbentuknya pita tunggal sejajar dengan kontrol positif. Hasil tersebut diperkuat dengan analisis dot blot yang menunjukkan reaksi positif dengan munculnya noktah gelap pada dua fraksi protein tersebut ketika direaksikan dengan serum pasien DBD, penduduk sehat endemik dan neonatus. Hasil ini mengindikasikan bahwa fraksi protein imunogenik 31 dan 56 kDa hasil purifikasi dapat dikenali oleh antibodi spesifik.
 
Article
In vitro culture is a promising technique for mass propagation of high-value species. Study of propagation for Acacia hybrid (A. mangium x A. auriculiformis) through this technique has been conducted using single node stem from seedlings as explants. Growth medium used was modified Murashige and Skoog (MS), basal medium Woody Plant Medium (WPM), and Gamborg (B5) supplemented. The study was conducted in two stages, namely shoot induction and shoot multiplication. The treatment tested was the Benzyl Adenine (BA) supplementation at the concentration of 0.3; 0.7; and 1.0 mgL-1 of. Observation was conducted on the frequency of shoot induction, number of shoot, shoot length and visual performance of the culture. The result showed that treatment of BA 0.7 mgL-1 on modified MS medium is the best for shoot induction, shoot multiplication and visual performace of the culture. The average of number of shoot was 2.6; 5.0 and 7.7 shoots on the first three consecutive subcultures. Changing to different basal medium on the fourth subculture showed that the treatment of BA 0.7 mgl-1 is the best condition for shoot regeneration (12.60 shoots) and shoot length (6.97 cm). The culture from this treatment showed the best visual morphological performance.Keywords:Acacia hybrid; multiplication; subculture; in vitro; BA. ABSTRAKKultur in vitro merupakan suatu teknik yang menjanjikan untuk perbanyakan massal spesies-tanaman bernilai tinggi. Penelitian perbanyakan akasia hibrid (A. mangium x A. auriculiformis) melalui kulturin vitro telah dilakukan dengan menggunakan eksplan berupa batang satu buku yang berasal dari anakan. Media tumbuh yang digunakan adalah media dasar Murashige dan Skoog (MS) yang sudah dimodifikasi, media dasar Woody Plant Medium (WPM), dan Gamborg (B5). Penelitian dilakukan dalam dua tahap yaitu induksi tunas dan perbanyakan tunas. Perlakuan yang diuji adalah penggunaan Benzyl Adenine (BA) dengan konsentrasi 0,3; 0,7 dan 1,0 mg L-1. Pengamatan dilakukan terhadap waktu induksi tunas, jumlah tunas, tinggi tunas dan penampilan biakan secara visual. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan BA 0,7 mg L-1 pada media MS modifikasi merupakan perlakuan terbaik untuk induksi tunas, perbanyakan tunas, tinggi tunas, dan kondisi biakan secara visual. Jumlah rata-rata tunas yang dihasilkan dari perlakuan ini adalah 2,6; 5,0 dan 7,7 tunas pada subkultur pertama, kedua dan ketiga. Pada penggunaan media dasar berbeda pada subkultur keempat menunjukkan bahwa perlakuan BA 0,7 mg L-1 merupakan perlakuan terbaik dengan jumlah tunas sebanyak 12,60 tunas dan rata-rata tinggi tunas 6,97 cm. Biakan yang dihasilkan dari perlakuan tersebut mempunyai penampilan yang baik dan normal.
 
Article
This research was aimed to study the influence of rice bran and skim milk fermentation media on the growth of lactic acid bacteria and their ability in fermenting complex carbohydrates into short chain fatty acids (SCFA). Indigenous lactic acid bacteria (LAB) were isolated from rice bran and commercial probiotic separately and used for fermenting rice bran and skim milk media. Randomized block design was used with 2 factors i.e. fermenting media type and LAB type. The results showed that fermenting rice bran gave significant effect on the LAB growth, indicated by total LAB cell count, total acid concentration, pH and antibacterial activity. The best treatment was J2-B with total LAB count 1.01 ´ 1010 cfu/mL, total acid 1.14%, pH 3.88 and clear zone diameters against Staphylococcus aureus 13.04 mm, Listeria monocytogenes 12.88 mm, Escherichia coli 12.83 mm and Salmonella typhi 12.53 mm. LAB fermenting rice bran for 48 hours produced lactic acid and SCFA. The highest concentrations of lactic acid (122.1313 mM), acetic acid (10.503 mM), and butyric acid (1.56 mM) were produced by fermentation using LAB J2, L. acidophilus, and L. casei isolate, respectively; whereas the highest propionic acid concentration (6,07 mM) was produced by control fermentation.Keywords: Probiotic, indigenous isolate, rice bran, SCFA, skimmed milk ABSTRAKPeneltian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh dedak dan skim milk sebagai media fermentasi bakteri asam laktat, dan kemampuannya mengubah sumber karbon komplek dedak menjadi asam lemak rantai pendek (short chain fatty acids, SCFA). Bakteri asam laktat lokal diisolasi dari dedak dan probiotik. Desain percobaan adalah acak kelompok dengan 2 faktor, yaitu jenis media fermentasi dan jenis bakteri asam laktat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa media fermentasi dengan menggunakan dedak menunjukkan pengaruh yang signifikan terhadap pertumbuhan bakteri yang ditunjukkan dari total sel bakteri asam laktat, total asam yang dihasilkan, pH dan aktivitas antibakteri. Fermentasi dengan menggunakan isolat J2-B menghasilkan total bakteri asam laktat 1,01 ´ 1010 cfu/mL, total asam 1,14%, pH 3,88 dan zona hambatan dengan bakteri uji Staphylococcus aureus 13,04 mm, Listeria monocytogenes 12,88 mm, Escherichia coli 12,83 mm dan Salmonella typhi 12,53 mm. Proses fermentasi bakteri asam laktat menggunakan media dedak selama 48 jam mampu menghasilkan asam laktat dan SCFA. Konsentrasi tertinggi asam laktat (122,13 mM), asam asetat (10,50 mM), dan asam butirat (1,56 mM) masing-masing dihasilkan oleh fermentasi menggunakan BAL J2, isolat L. acidophilus, dan isolat L. casei; sedangkan konsentrasi tertinggi asam propionat (6,07 mM) dihasilkan oleh fermentasi kontrol.Kata kunci: Probiotik, isolat lokal, dedak, SCFA, susu skim
 
Article
Studi In Silico Senyawa Turunan Sefalosporin dalam Menghambat Aktivitas Bakteri Pseudomonas aeruginosa Infeksi yang diakibatkan oleh bakteri gram-negatif, seperti Pseudomonas aeruginosa telah menyebar luas di seluruh dunia. Hal ini menjadi ancaman terhadap kesehatan masyarakat karena merupakan bakteri yang multi-drug resistance dan sulit diobati. Oleh karena itu, pentingnya pengembangan agen antimikroba untuk mengobati infeksi semakin meningkat dan salah satu yang saat ini banyak dikembangkan adalah senyawa turunan sefalosporin. Penelitian ini melakukan studi mengenai interaksi tiga dimensi (3D) antara antibiotik dari senyawa turunan Sefalosporin dengan penicillin-binding proteins (PBPs) pada P. aeruginosa. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengklarifikasi bahwa agen antimikroba yang berasal dari senyawa turunan sefalosporin efektif untuk menghambat aktivitas bakteri P. aeruginosa. Struktur PBPs didapatkan dari Protein Data Bank (PDB ID: 5DF9). Sketsa struktur turunan sefalosporin digambar menggunakan Marvins Sketch. Kemudian, studi mengenai interaksi antara antibiotik dan PBPs dilakukan menggunakan program Mollegro Virtual Docker 6.0. Hasil yang didapatkan yaitu nilai rerank score terendah dari kelima generasi sefalosporin, di antaranya sefalotin (-116.306), sefotetan (-133.605), sefoperazon (-160.805), sefpirom (-144.045), dan seftarolin fosamil (-146.398). Infections caused by gram-negative bacteria, such as Pseudomonas aeruginosa, have been spreading worldwide. It is a threat to public health because of its multi-drug resistance and difficulty to treat. Therefore, the demand for developing antimicrobial agents to treat infections is increasing. One of them that is currently under development is cephalosporin derivative compounds. This research studied the three-dimensional (3D) interaction between antibiotics from cephalosporin derivatives and penicillin-binding proteins (PBPs) in P. aeruginosa. This study aimed to clarify whether the cephalosporin derivatives were effective in inhibiting the activity of P. aeruginosa. The PBPs structure was obtained from the Protein Data Bank (PDB ID: 5DF9). The structural sketch of the cephalosporin derivative was drawn using the Marvins Sketch, whereas the study on the interaction between antibiotics and PBPs was carried out using the Mollegro Virtual Docker 6.0 program. The results showed the lowest rerank score from five cephalosporin derivatives, namely cephalotin (-116,306), cephotetan (-133.605), cephoperazone (-160.805), cephpirome (-144.045), and cephtaroline fosamil (-146.398).
 
Article
The Roles of AcyII Gene Mutations for Production of Antibiotics Derived From CephalosporinSemisynthetic antibiotics cephalosporins are widely used to treat infectious diseases, especially those caused by gram-negative bacteria. Various types of semisynthetic antibiotics could be synthesized using 7-aminocephalosporanic acid (7-ACA) as the main raw material. 7-ACA is obtained by conversion of cephalosporin C, either chemically or enzymatically. Converting cephalosporin C to 7-ACA enzymatically in one step involves the cephalosporin acylase enzyme. Currently, all of cefalosporin acylase enzymes produced by wild-type microbes have only high activity on glutaryl-7-ACA as the main substrate. Genetic engineering of the encoding gene of cefalosporin acylase is required to obtain recombinant enzyme having high activity on cephalosporin C. In this paper, the engineering attempts made on acyII gene from Pseudomonas SE83 using directed mutagenesis, error prone PCR, and structural modeling are described. Keywords: AcyII gene, cephalosporin, cephalosporin C acylase, enzyme activity, mutation ABSTRAKAntibiotik sefalosporin semisintetik banyak digunakan untuk mengatasi penyakit infeksi, khususnya yang ditimbulkan oleh bakteri gram negatif. Berbagai jenis antibiotik semisintetk dapat disintesis menggunakan senyawa asam 7-aminosefalosporanat (7-ACA) sebagai bahan baku utamanya. Senyawa 7-ACA diperoleh melalui konversi sefalosporin C, baik yang dilakukan secara kimiawi maupun enzimatis. Konversi sefalosporin C menjadi 7-ACA secara enzimatis dalam satu langkah melibatkan enzim sefalosporin asilase. Hingga saat ini, seluruh enzim sefalosporin asilase yang dihasilkan oleh mikroba wild type hanya mempunyai aktifitas yang tinggi terhadap glutaryl-7-ACA. Rekayasa genetik terhadap gen pengkode enzim sefalosporin asilase diperlukan untuk memperoleh enzim rekombinan yang mempunyai aktifitas tinggi terhadap substrat sefalosporin C. Dalam ulasan ini diuraikan upaya-upaya rekayasa yang telah dilakukan terhadap gen acyII dari Pseudomonas SE83 menggunakan teknik mutasi terarah, error prone PCR, dan pemodelan struktur.Kata kunci: Aktivitas enzim, gen acyII, mutasi, sefalosporin, sefalosporin C asilase Received: 14September 2017 Accepted: 19 December 2017 Published: 30 December 2017 Received: 14September 2017 Accepted: 19 December 2017 Published: 30 December 2017
 
Article
Micropropagation of Beneng Taro (Xanthosoma undipes K. Koch) with Benzyl Amino Purine, Thiamine, and Adenine TreatmentABSTRACTConventional production of Beneng taro seeds (Xanthosoma undipes K. Koch) is constrained by the limited number of tubers, thus an alternative solution is needed such as in vitro propagation. This study was aimed to obtain a micropropagation technique of Beneng taro on MS media with BAP, thiamine, and adenine treatment, and to determine its growth at the acclimatization stage. This research consisted of shoot multiplication and acclimatization. Shoot propagation was carried out on MS media with 8 treatments, namely ½MS and MS without addition of growth promoting substance, and MS with 1, 2 and 3 mg×L-1 BAP, with or without addition of 1 mg×L-1 thiamine and 2 mg×L-1 adenine. Each treatment was replicated four times, each consisting of four shoots. Growth observation was made from 1st to 5th week on petiole length, and number of shoots, leaves and roots. Acclimatization was carried out on soil media, compost, and husks in a ratio of 1: 1: 1. The results showed that the best media for shoot multiplication was MS + 1 mg×L-1 BAP + 1 mg×L-1 thiamine + 2 mg×L-1 adenine with an average of 3.5 shoots, while the best medium for the petiole length was ½MS with an average value of 6.97 cm. The results of acclimatization showed that 100% planlets survived, and plantlets grown on MS media + 3 mg×L-1 BAP had the highest number of shoots with an average of 4.2.Keywords: adenine, Beneng taro, benzil amino purine (BAP), micropropagation, thiamineABSTRAKPenyediaan bibit talas Beneng (Xanthosoma undipes K. Koch) secara konvensional terkendala terbatasnya jumlah umbi, sehingga perlu solusi alternatif, diantaranya melalui perbanyakan in vitro. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan teknik mikropropagasi talas beneng pada media MS dengan perlakuan BAP, tiamin, adenin, dan untuk mengetahui pertumbuhannya pada tahap aklimatisasi. Penelitian ini meliputi perbanyakan tunas dan aklimatisasi. Perbanyakan tunas menggunakan media MS dengan 8 perlakuan yaitu ½MS dan MS tanpa penambahan zat pengatur tumbuh (ZPT), serta MS dengan 1, 2 dan 3 mg×L-1 BAP dengan atau tanpa penambahkan 1 mg×L-1 tiamin dan 2 mg×L-1 adenin. Setiap perlakuan mempunyai empat ulangan, setiap ulangan terdiri atas empat tunas. Pertumbuhan diamati mulai minggu ke-1 hingga ke-5 terhadap panjang petiol serta jumlah anakan, daun dan akar. Aklimatisasi dilakukan pada media tanah, kompos dan sekam dengan perbandingan 1:1:1. Hasil menunjukkan bahwa media terbaik perbanyakan tunas adalah MS + 1 mg×L-1 BAP + 1 mg×L-1 tiamin + 2 mg×L-1 adenin dengan rata-rata 3,5 tunas, sedangkan media terbaik untuk panjang tangkai daun adalah ½MS dengan nilai rata-rata 6,97 cm. Hasil aklimatisasi menunjukkan bahwa 100% planlet hidup dan planlet yang ditumbuhkan pada media MS + 3 mg×L-1 BAP mempunyai jumlah anakan terbanyak dengan rata-rata 4,2.Kata Kunci: adenine, benzil amino purin (BAP), mikropropagasi, talas Beneng, tiamine
 
Article
Pseudomonas aeruginosa is a Gram-negative bacterium that often causes nosocomial infection because of its ability to produce biofilms so that it is resistant to various antibiotics. This research aims to determine the activity of zinc oxide-silver nanocomposites (ZnO-Ag) with clove oil against P. aerugoinosa bacteria. ZnO-Ag nanocomposites were made using the Green One Pot Synthesis technique using a sonicator and microwave instruments. The nanocomposites formed were characterized by X-Ray Diffraction (XRD) to determine crystallinity and particle size and Scanning Electron Microscopy-Energy Dispersive X-Ray (SEM-EDX) to determine morphology and elements. The antibacterial activity and antibiofilm tests were carried out using the well diffusion and the microplate techniques, respectively. The resulted ZnO-Ag nanocomposite formed had a size of 19.66 nm, where Ag (47%) was of round shape, while Zn (35%) and O (18%) were fibrous. The ZnO-Ag had an inhibition zone of 14.9 mm against P. aeruginosa and was able to prevent the attachment of the bacterial biofilm for 48 hours with 76,59% inhibition percentage. Pseudomonas aeruginosa merupakan bakteri Gram negatif yang sering menyebabkan infeksi noskomial karena kemampuannya menghasilkan biofilm sehingga resisten terhadap berbagai antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas nanokomposit seng oksida-perak (ZnO-Ag) dengan minyak cengkeh terhadap P. aeruginosa. Nanokomposit ZnO-Ag dibuat dengan teknik Green One Pot Synthesis menggunakan instrumen sonikator dan gelombang mikro. Nanokomposit yang terbentuk dikarakterisasi menggunakan X-Ray Diffraction (XRD) untuk mengetahui kristalinitas dan ukuran partikel, Scanning Electron Microscopy-Energy Dispersive X-Ray (SEM-EDX) untuk mengetahui morfologi dan unsur yang terbentuk. Uji aktivitas antibakteri dilakukan dengan metode difusi sumuran dan uji antibiofilm dilakukan dengan teknik microplate. Hasil nanokomposit ZnO-Ag yang terbentuk memiliki ukuran sebesar 19,66 nm, dimana Ag (47%) berbentuk bulat sedangkan Zn (35%) dan O (18%) berbentuk fiber. Nanokomposit ZnO-Ag memunculkan zona hambat 14,9 mm terhadap P. aeruginosa dan mampu mencegah penempelan biofilm yang dihasilkan bakteri tersebut selama 48 jam dengan penghambatan 76,59%.
 
Article
INDUCTION MUTATION AND SELECTION OF IN VITRO PLANT OF WHEAT (Triticum aestivum L.)The goal of this research was to produce wheat crop which is tolerant to lowland condition.Six varieties were used, Dewata, Selayar, Alibey, Oasis, Rabe and HP1744. This research consisted of 4 stages: production of the best callus on MS medium containing 3 g/L 2.4-D, induced mutation of embryogenic callus using EMS, in vitro selection of callus at temperature of 27–35°C, and callus regeneration. The best result for callus production was 76% for Dewata and 70% for Selayar varieties. Higher concentration of EMS and longer soaking time decreased the percentage of callus growth. LC50 for Dewata was 0.3% EMS at 30 minutes and that for Selayar was 0.1% EMS at 60 minutes. The higher the temperature was, the lower was the adaptation tolerant of the plants, and callus growth was inhibited. At the highest temperature (35°C) the callus did not grow at all.Keywords: Induced mutation, Triticum aestivum, EMS, in vitro selection, callusABSTRAKTujuan penelitian ini adalah untuk merakit tanaman gandum yang toleran pada dataran rendah. Varietas yang digunakan ada 6 yaitu Dewata, Selayar, Alibey, Oasis, Rabe dan HP-1744. Penelitian terdiri atas empat tahap yaitu induksi pembentukan kalus terbaik menggunakan media MS + 3 g/L 2,4-D (dipilih dua varietas yang terbaik), induksi mutasi kalus embriogenik menggunakan EMS, seleksi kalus in vitro pada suhu 27–35°C, dan regenerasi. Hasil induksi kalus terbaik terdapat pada varietas Dewata sebesar 76% dan Selayar sebesar 70%. Semakin tinggi konsentrasi EMS dan semakin lama waktu perendaman yang digunakan maka semakin menurun persentase pertumbuhan kalus. LC50 varietas Dewata adalah EMS 0,3% waktu 30 menit sedangkan LC50 varietas Selayar adalah EMS 0,1% waktu 60 menit.Semakin tinggi suhunya maka semakin berkurang toleran adaptasi tanaman tersebut, dan pertumbuhan kalus semakin sedikit. Bahkan pada suhu tertinggi yaitu suhu 35°C tidak ada pertumbuhan kalus sama sekali.Kata Kunci: Induksi mutasi, Triticum aestivum, EMS, seleksi in vitro, kalus
 
Article
Phylogenetic Analysis of Rubber Tree Clones using AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) MarkerNational rubber productivity is lower than other rubber producing countries in the world. The DNA marker-based plant breeding program is required to increase latex production and other superior characters. Breeding process by identifying genetic diversity can be done using AFLP marker. The aim of this study was to analyze the phylogenetic six rubber clones. Pre-amplification and amplification process were performed using 64 primer pair combinations followed by electrophoresis in 6% polyacrylamide gel. A total of 2806 AFLP fragments have been detected. Phylogenetic tree of six clones showed 60% of genetic similarity, which was consisted of two groups. GT 1 clone in the first group and was separated from other clones in the second group. Sub-group at the phylogenetic peak contained IRR 104 and RRIM 600 clones with genetic similarity of 74%. The information obtained from this study showed the genetic diversity of the six rubber clones. The unique bands were obtained as marker specific which could be used to identify clones.Keywords: AFLP, DNA marker, phylogenetic tree, polymorphism, rubber clones ABSTRAKProduktivitas karet nasional masih lebih rendah dibanding dengan negara-negara penghasil karet lainnya di dunia. Diperlukan program pemuliaan tanaman karet yang berbasis marka DNA untuk meningkatkan produksi lateks serta karakter unggul lainnya. Proses pemuliaan untuk mengidentifikasi keragaman genetik bisa dilakukan dengan marka AFLP. Tujuan studi ini adalah untuk menganalisis filogenetik enam klon karet berdasarkan produktivitasnya. Proses pre-amplifikasi dan amplifikasi dilakukan dengan menggunakan 64 kombinasi pasangan primer yang dilanjutkan dengan analisis hasil elektroforesis pada gel poliakrilamid 6%. Sebanyak 2806 pita AFLP telah dihasilkan. Kekerabatan keenam klon menunjukkan kemiripan genetik sebesar 60%. Pohon filogenetik membentuk dua kelompok, yang memisahkan GT 1 dengan klon-klon lainnya. Sub-kelompok pada puncak filogenetik terdiri dari klon IRR 104 dan RRIM 600 dengan kemiripan genetik sebesar 74%. Informasi yang diperoleh telah menunjukkan keragaman genetik keenam klon karet yang bersifat polimorfis. Diperoleh pita-pita unik dari pasangan primer tertentu yang dapat berperan sebagai marka spesifik dan dapat digunakan untuk mengidentifikasi klon.Kata Kunci: AFLP, klon karet, marka DNA, pohon filogenetik, polimorfisme
 
Article
Expression of Mycobacterium tuberculosis Ag85B Antigen in Mammalian Cell CultureTuberculosis (TB) continues to be a major health problem worldwide, affecting millions of people each year. The only vaccine approved for the prevention of TB is Bacillus Calmette-Guérin (BCG). However, one of the limitations of BCG is that its preventive effect against pulmonary TB varies from person to person. Therefore, there arises a need for a new TB vaccine to replace BCG. This study aims to obtain the Ag85B recombinant protein which has characteristics similar to the native Ag85B antigen from Mycobacterium tuberculosis. In this study, we cloned and expressed recombinant Ag85B in mammalian cell culture. In the initial step, we cloned synthetic Ag85B into mammalian expression vector pFLAG-CMV4 and expressed the gene in CHO-K1 cells. Interestingly, a specific band around 30 kDa was observed in the culture media of transfected cells by Western blot analysis. The results from our research showed the potency of mammalian expression system to produce recombinant protein Ag85B for new TB vaccine candidate.Keywords: Ag85B, mammalian cells, tuberculosis, vaccine, expression ABSTRAKTuberkulosis (TB) terus menjadi salah satu masalah kesehatan dunia yang mempengaruhi jutaan manusia setiap tahun. Satu-satunya vaksin untuk TB yang ada adalah Bacillus Calmette-Guérin (BCG). Namun demikian, vaksin BCG ini memiliki kelemahan berupa terjadi efek preventif yang bervariasi dari satu individu terhadap individu lainnya. Oleh sebab itu diperlukan pengembangan vaksin TB yang dapat menggantikan vaksin BCG yang sudah ada. Penelitian ini bertujuan memperoleh protein rekombinan Ag85B yang memiliki karakteristik mirip dengan antigen Ag85B native dari Mycobacterium tuberculosis. Pada penelitian ini, telah dilakukan kegiatan pengklonaan dan ekspresi gen Ag85B pada galur sel mamalia. Pada tahap awal dilakukan pengklonaan gen sintesis Ag85B ke dalam plasmid pada sel mamalia pFLAG-CMV4 dan diekspresikan gennya pada sel CHO-K1. Hasil analisis Western blot menunjukan tersekresinya gen target berukuran 30 kDa pada media kultur dari sel mamalia yang ditransfeksi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan potensi dari sistem ekpresi untuk protein rekombinan Ag85B pada galur sel mamalia sebagai kandidat vaksin TB yang baru.
 
Article
Absorption Capability Test of Hanjuang (Cordyline fruticosa) as Fitoremediation Agent of Lead in Soil MediumLead is a heavy metal waste that is dangerous for the environment and health. The use of ornamental plants is an alternative in reducing heavy metal pollution. Hanjuang (Cordyline fruticosa) is an ornamental-plant phytoremediation agent that can absorb heavy metals especially lead (Pb) at a high concentration. This study aims to test the Pb absorption ability of Hanjuang plant. Hanjuang was planted in a medium containing Pb at the concentration of 50 mg kg–1 with variable planting time of 4, 6, 8, 10, and 12 weeks. The measurement of Hanjuang's absorption of Pb was carried out on the roots, stems, and leaves by the atomic absorption spectroscopy (AAS) method. The results showed that the highest absorption capacity of 63.4% occurred at 12 days planting time. Whereas the amount of Pb accumulation in each part of the plant, from the highest to the lowest concentration, was found in the roots, leaves, and stems, consecutively. The ability of the plant's absorption of Pb was reduced with increasing metal concentrations in the media.Keywords: Hanjuang, heavy metal, lead, phytoremediation, solid wasteABSTRAKTimbal menjadi salah satu limbah logam berat yang berbahaya untuk lingkungan dan kesehatan. Penggunaan tanaman hias menjadi alternatif dalam mengurangi pencemaran logam berat. Hanjuang (Cordyline fruticosa) merupakan tanaman hias agen fitoremediasi yang memiliki kemampuan menyerap logam berat khususnya timbal (Pb) yang cukup tinggi. Penelitian ini bertujuan melakukan uji daya serap tanaman hanjuang terhadap logam Pb. Hanjuang ditanam pada medium tanah berlogam Pb dengan kadar 50 mg kg–1 dengan variabel waktu penanaman selama 4, 6, 8, 10 dan 12 minggu. Pengukuran daya serap Hanjuang terhadap Pb dilakukan pada bagian akar, batang, dan daun dengan metode spektroskopi serapan atom (AAS). Hasil menunjukkan bahwa daya serap tertinggi terjadi pada waktu tanam 12 hari dengan kadar 63,4%. Sedangkan jumlah akumulasi tiap bagian tanaman paling tinggi ke rendah terdapat pada bagian akar, daun, dan batang. Pada variasi konsentrasi, kemampuan daya serap tanaman terhadap Pb berkurang seiring meningkatnya konsentrasi logam pada media.
 
Article
Growth Ability of Jatropha Curcas L. Explants on the In Vitro Media Containing IBA and BAProbiotic product is one of the applications of biotechnology that utilize lactic acid bacteria, especially lactobacilli. Some important requirements for microbes that can be used as probiotic include resistance to low pH, ability to grow on bile salts and colonize, and having antimicrobial activity. Each species of the genus Lactobacillus has different characteristics. These characteristics are strongly influenced by the environment in which the bacteria live. This study was carried out in order to characterize Lactobacillus casei which was isolated from dadih. The result of the experiment showed that the isolated L. casei was able to grow on the bile salt at the concentration of 15%, resistant to acid media until pH 2, had antimicrobial activity (significantly inhibited the growth of Escherichia coli, Staphylococcus aureus, and Enterococcus faecalis). The local L. casei isolate has a potential application for use as probiotic microbe.Keywords: Lactobacillus casei, probiotic, lactic acid bacteria, characterization,dadih ABSTRAKProduk probiotik merupakan salah satu aplikasi bioteknologi yang memanfaatkan bakteri asam laktat terutama jenis Lactobacillus. Beberapa syarat utama mikroba yang dapat difungsikan sebagai mikroba probiotik antara lain tahan terhadap pH rendah, mampu tumbuh pada garam empedu, mampu berkoloni, memiliki aktivitas antimikroba. Masing-masing spesies dari Genus Lactobacillus memiliki karakteristik yang berbeda-beda. Karakteristik ini sangat dipengaruhi oleh lingkungan dimana bakteri tersebut hidup. Pada penelitian ini telah dilakukan karakterisasi Lactobacillus casei yang merupakan hasil isolasi dari susu kerbau fermentasi. Dari hasil percobaan menunjukkan bahwa L.casei hasil isolasi mampu hidup sampai dengan konsentrasi garam empedu 15%, tahan terhadap media asam sampai dengan pH 2, memiliki aktivitas antimikroba (positif menghambat Escherichia coli, Staphylococcus aureus, dan Enterococcus faecalis). L. casei yang merupakan isolat lokal memiliki karakteristik yang berpotensi untuk digunakan sebagai mikroba probiotik.Kata kunci: Lactobacillus casei, probiotik, bakteri asam laktat, karakterisasi, dadih
 
Article
A large number of actinomycetes that have been isolated and screened were obtained from soil and marine samples. Consequently, the possibility of isolating novel Actinomycetes and secondary metabolites compounds strains from soil and marine samples have limited. Exploration of actinomycetes from freshwater sediment is rare. In this study, 30 isolates of Actinomycetes from freshwater sediments in Mamasa District, West Sulawesi were isolated, identified, and screened for their antibacterial and phosphate solubilizing activity. Actinomycetes were isolated by serial dilution method and were identified based on morphological and 16S rRNA gene sequence. Antibiotic activity was screened using the agar plug diffusion method, while soluble phosphate ability was observed by clear zone ratio in PKA medium. Most of the isolates belong to the genus Streptomyces (80%). Out of 30 isolates, 56.6% showed antibacterial activity and 36.6% had potential as solubilizing phosphate which belong to genus Streptomyces, Actinomadura, and Kitasatospora.
 
Article
Ability of Active Compound Extract of Endophytic Bacteria to Inhibit the Growth of Fusarium oxysporum f.sp. in Oil Palm ABSTRACTWilt vessels disease in oil palm plants is caused by Fusarium oxysporum f.sp. This disease is very harmful because of its ability to kill the infected oil palm plant in less than a year. Endophytic bacteria are likely to be biological controllers for the disease because of their ability to produce bioactive antifungal compounds. Isolation of endophytic bacteria from oil palm plant and activity test of their active compounds against F. oxysporum f.sp. in vitro had been done. Antagonistic test of endophytic bacterial isolates against F. oxysporum f.sp. was carried out using a double culture method. The potential endophytic bacterial isolates were extracted using ethyl acetate solvent for their active compounds, which were then tested for its activity in inhibiting the growth of F. oxysporum f.sp. The results showed that the active compound extract of B11 endophytic bacteria with the incubation time of 24 and 54 hours gave the growth inhibition of F. oxysporum f.sp. at the level of 29.23% and 43.85%, respectively.Keywords: antagonistic test, bioactive compound, endophytic bacteria, F. oxysporum f.sp., oil palm ABSTRAKPenyakit layu pembuluh pada tanaman kelapa sawit disebabkan oleh Fusarium oxysporum f.sp. Penyakit ini menjadi penyebab kematian tanaman kelapa sawit yang telah terinfeksi dalam waktu kurang dari setahun. Bakteri endofit asal tanaman kelapa sawit dimungkinkan menjadi pengendali hayati bagi penyakit ini karena kemampuan bakteri tersebut memproduksi senyawa bioaktif yang bersifat antifungi. Isolasi bakteri endofit dari tanaman kelapa sawit dan uji aktivitas senyawa aktifnya terhadap F. oxysporum f.sp. secara in vitro telah dilakukan. Uji antagonis isolat bakteri endofit terhadap jamur patogen F. oxysporum f.sp. menggunakan metode kultur ganda. Isolat bakteri endofit potensial diekstrak senyawa aktifnya dengan menggunakan pelarut etil asetat, kemudian senyawa aktif ini diuji aktivitasnya dalam menghambat pertumbuhan jamur patogen F. oxysporum f.sp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak senyawa aktif bakteri endofit B11 dengan waktu inkubasi 24 dan 54 jam memberikan daya hambat terhadap F. oxysporum f.sp. sebesar masing-masing 29,23% dan 43,85%.Kata Kunci: bakteri endofit, F. oxysporum f.sp., kelapa sawit, senyawa aktif, uji antagonis
 
Gambar 5. Hasil pengamatan morfologi isolat kapang kernel C (400): makroskopik (A), mikroskopik (B), dan konidia (C)
Article
Enhancement of Lipase Activity of Molds Isolated from Kernel and Nut Waste of Oil Palm with Gamma and Ultraviolet IrradiationABSTRACTMolds isolated from oil palm waste sampled from Malingping, Lebak, Banten, West Java have the potential for lipase production. This study aimed to increase the fungal lipase activity with gamma radiation and ultraviolet light (UV). NA and KC mold spores were exposed to various gamma radiation doses of 1, 2, 3 and 4 kGy. The best of these NA and KC resulted mutants were followed by ultraviolet mutations for 1, 2, 3, and 4 hours, at dose of 0.1 J/cm2, 254 nm, 20 cm. Lipase activity was tested by the Lindfield method. The results showed that gamma radiation affected the lipase activity of NA1kGy mutants (8.58 U/mL) and KC1 kGy (8.25 U/mL), each increased the lipase activity by 4.6% and 3.13% from the wild type, respectively. Mutations with ultraviolet had an effect on mutant lipase activity of KC4H 10U/mL and NA3H 9.25 U/mL, each increased the lipase activity by 25% and 15.63% from the wild type, respectively. Based on phenotypic and phylogenetic (28srRNA) approaches, a mold of KC had a 100% similarity with Aspergillus fumigatus strain RA204.Keywords: gamma radiation, KC mold, lipase, NA mold, ultraviolet light ABSTRAKKapang dari limbah kelapa sawit diisolasi dari Malingping, Lebak, Banten, Jawa Barat berpotensi untuk menghasilkan lipase. Penelitian ini betujuan meningkatkan aktivitas lipase kapang dengan radiasi sinar gama dan sinar ultraviolet (UV). Spora kapang NA dan KC dipaparkan pada berbagai radiasi gama dosis 1, 2, 3 dan 4 kGy. Hasil terbaik dari mutan NA dan KC dilanjutkan dengan mutasi ultraviolet dengan lama inkubasi 1, 2, 3, dan 4 jam, dosis 0,1 J/cm2, 254 nm, 20 cm. Aktivitas lipase diuji dengan metode Lindfield. Hasil penelitian menunjukkan bahwa radiasi gama berpengaruh pada aktivitas lipase mutan NA 1kGy 8,58 U/mL dan KC1 kGy 8,25 U/mL, masing-masing menaikkan aktivitas lipase sebesar 4,6% dan 3,13% dari wild type-nya. Hasil mutasi dengan ultraviolet berpengaruh pada aktivitas lipase mutan KC4H 10U/mL dan NA3H 9,25 U/mL, masing-masing menaikkan aktivitas lipase sebesar 25% dan 15,63% dari wild type-nya. Berdasarkan pendekatan fenotipik dan filogenetik (28s rRNA), isolat kapang kernel C memiliki similiaritas 100% dengan spesies Aspergillus fumigatus strain RA204.Kata Kunci: kapang KC, kapang NA, lipase, radiasi sinar gama, sinar ultraviolet
 
Article
Effect of Fermentation on Antioxidant Activities and Betacyanin Content of Functional Beverages from Dragon Fruit and BeetrootKombucha is a traditional beverage prepared by fermenting polyphenol-rich tea using a consortium of bacteria and yeast (SCOBY). Dragon fruit and beetroot contain a significantly high amount of polyphenols and betacyanin as antioxidants which are beneficial in reducing the risk of cardiovascular disease, cancer, and the body's natural degeneration related to the early-aging process. This study aims to determine changes in antioxidant activity and levels of betacyanin from fermented dragon fruit and beetroot as functional drinks during different fermentation times. The results showed that there was a correlation between fermentation time and antioxidant activity in its ability to counteract free radicals, ferric reducing antioxidant power (FRAP), and the levels of betacyanin produced. Longer fermentation time caused an increase in free radical inhibition and reduction of iron ions but reduced the levels of betacyanin. The optimum value of free radical inhibitory activity (DPPH) was obtained in the 12-day fermented dragon fruit drink with an inhibitory value of 80.76%, ability to reduce iron ions by 197.94 µg ascorbic acid mL-1, and betacyanin level of 0.055 mg L-1Keywords: antioxidants, dragon fruit, betacyanin, beetroot, functional beverages ABSTRAKKombucha merupakan minuman tradisional hasil olahan fermentasi teh yang kaya polifenol dengan konsorsium bakteri dan yeast (SCOBY). Buah naga dan umbi bit memiliki polifenol dan senyawa betasianin yang cukup tinggi sebagai antioksidan yang bermanfaat dalam menurunkan risiko penyakit kardiovaskular, penyakit kanker dan degenerasi alami tubuh terkait proses penuaan dini. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perubahan aktivitas antioksidan dan kadar betasianin dari fermentasi buah naga maupun umbi bit sebagai minuman fungsional selama waktu fermentasi yang berbeda. Hasil penelitian menunjukkan bahwa adanya korelasi antara waktu fermentasi terhadap aktivitas antioksidan dalam kemampuannya menangkal radikal bebas, kemampuan mereduksi ion besi (FRAP), dan kadar betasianin yang dihasilkan. Semakin lama waktu fermentasi menyebabkan peningkatan penghambatan radikal bebas dan reduksi ion besi, namun menurunkan kadar betasianin. Nilai aktivitas penghambatan radikal bebas (DPPH) optimum diperoleh dari minuman fermentasi buah naga selama waktu fermentasi 12 hari dengan nilai penghambatan sebesar 80,76%, kemampuannya dalam mereduksi ion besi sebesar 197,94 µg asam askorbat mL–1, dan kadar betasianin sebesar 0,055 mg L–1
 
Article
Antioxidant Activity of Endophytic Fungi Cb.Gm.B3 Extract from Cinnamon (Cinnamomum burmanni) TwigsABSTRACTThere are many degenerative diseases that are caused by a free radical effect. Cinnamon (Cinnamomum burmanni) contains cinnamaldehyde compounds that have activity as a powerful antioxidant and fight free radicals. Endophytic fungi can be found in cinnamon plants living symbiotically. Endophytic fungi produce a variety of bioactive metabolites including antioxidants. This research was conducted to isolate endophytic fungi from C. burmanni plant which is active as antioxidant. Endophytic fungi isolation was carried out using surface sterilization method and cultivated in PDA media. Antioxidant activity test was performed using free radical 2.2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) method. Selected isolates were then identified molecularly to determine their species. A total of nine fungi were isolated from cinnamon twigs. The result showed that the highest antioxidant activity was obtained from Cb.Gm.B3 with IC50 of 13.219 ± 0.755 µg/mL. The selected isolate Cb.Gm.B3 taxonomically has a high similarity with Neofusicoccum parvum isolate PEL23 (Accession no: KY053054.1).Keywords: antioxidant, Cinnamomum burmanni, 2.2-diphenyl-1-picrylhydrazyl, endophytic fungi, Neofusicoccum parvum ABSTRAKKayu manis (Cinnamomum burmanni) mengandung senyawa sinamaldehid yang memiliki aktivitas sebagai antioksidan kuat dan dapat menangkal radikal bebas. Dalam tanaman kayu manis terdapat kapang endofit yang hidup bersimbiosis. Kapang endofit dapat menghasilkan berbagai senyawa metabolit bioaktif termasuk antioksidan. Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi kapang endofit dari tanaman C. burmanni yang aktif sebagai antioksidan. Isolasi kapang endofit dilakukan menggunakan metode sterilisasi permukaan dan ditanam pada media PDA. Pengujian aktivitas antioksidan dilakukan menggunakan metode peredaman radikal bebas dengan reagen 2.2-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH). Isolat terpilih diidentifikasi secara molekuler untuk menentukan spesiesnya. Sebanyak 9 isolat kapang berhasil diisolasi dari jaringan ranting tanaman kayu manis. Aktivitas antioksidan tertinggi (IC50) didapatkan dari isolat Cb.Gm.B3 sebesar 13,219 ± 0,755 µg/mL. Isolat terpilih Cb.Gm.B3 secara taksonomi memiliki tingkat kemiripan yang tinggi dengan Neofusicoccum parvum isolat PEL23 (No. aksesi: KY053054.1).Kata Kunci: antioksidan, Cinnamomum burmanni, 2.2-difenil-1-pikrilhidrazil, kapang endofit, Neofusicoccum parvum
 
Article
Activities of Stenotrophomonas rhizophila and Trichoderma sp. in Inhibiting the Growth of Ganoderma boninense ABSTRACTBasal stem rot (BSR) disease in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) due to infection of Ganoderma boninense. Various efforts to overcome BSR disease has been done, such as by utilizing endophytic microbes. The purpose of this research was to determine the activities of Stenotrophomonas rhizophila and Trichoderma sp inhibiting the growth of G. boninense. This research was divided into three stages, namely: stability test of S. rhizophila activity against G. boninense; activity of chitinase and cellulase enzymes produced by S. rhizophila; the effectiveness of S. rhizophila and Trichoderma sp. on G. boninense in a greenhouse. The parameters observed were plant height, leaves number, chlorophyll content, disease incidence and severity. The stability testing of S. rhizophila activity against G. boninense showed 53% of inhibition. Chitinase activity showed negative result. While cellulase index was about 0.46. The effectiveness test showed the significantly different results on plant height, leaves number and chlorophyll content.Keywords: Chitinase, cellulase, Ganoderma boninense, Stenotrophomonas rhizophila, Trichoderma sp. ABSTRAKPenyakit busuk pangkal batang (BPB) pada tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) muncul karena diinfeksi oleh Ganoderma boninense. Berbagai upaya penanggulangan penyakit BPB telah dilakukan, diantaranya dengan memanfaatkan mikroba endofit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas bakteri Stenotrophomonas rhizophila dan Trichoderma sp. dalam menghambat pertumbuhan G. boninense. Penelitian ini dibagi menjadi tiga tahapan, yaitu: pengujian stabilitas aktivitas S. rhizophila terhadap G. boninense; pengujian aktivitas enzim kitinase dan selulase yang dihasilkan oleh S. rhizophila; pengujian efektivitas S. rhizophila dan Trichoderma sp. terhadap G. boninense di rumah kaca. Parameter yang diamati pada pengujian efektivitas berupa tinggi tanaman, jumlah daun, jumlah klorofil, kejadian dan keparahan penyakit. Uji stabilitas aktivitas S. rhizophila terhadap G. boninense menunjukkan adanya penghambatan rata-rata sebesar 53%. Uji aktivitas enzim kitinase pada bakteri S. rhizophila menunjukkan hasil negatif. Sedangkan indeks enzim selulase pada bakteri S. rhizophila sebesar 0.46. Pada uji efektivitas tampak hasil yang berbeda nyata pada parameter tinggi tanaman, jumlah daun dan kandungan klorofil.Kata Kunci: Kitinase, selulase, Ganoderma boninense, Stenotrophomonas rhizophila, Trichoderma sp.
 
Article
Antifungal Activity of Some Synthesized Mono-Carbonyl Analogue Compounds of CurcuminABSTRACTFungal resistance can pose a threat to future fungal infections, therefore studies to find other compounds that have antifungal activity need to be done. The aim of this study was to examine antifungal activity of synthesized curcumin analogue compounds i.e. 2,6-Bis-(2'-furilidin)-cyclohexanone (26FuH); 2,5-Bis-(2'-furilidine)-cyclopentanone (25FuP) and 1,5-Difuril-1,4-pentadien-3-on (15FuA). The curcumin analogue compound was successfully synthesized with Aldol condensation using KOH 7.5% as the catalyst. The compound was purified and characterized by melting point, thin layer chromatography, gas chromatography with mass spectrometry, FTIR spectrophotometry, spectrophotometry 1H-NMR. The results showed pure compounds and have a structure that corresponds to the target compounds. All compound were assayed as antifungal against Candida albicans, Pityrosporum ovale, Aspergillus niger, and Trichophyton mentagrophytes. The activity of each compound represented by inhibitory diameter was analyzed by one-way ANOVA followed by post hoc Tukey (p<0.05). All three compounds showed antifungal activity against Candida albicans, Pityrosporum ovale, and Aspergillus niger. The best antifungal activity was shown by 26FuH against Pityrosporum ovale.Keywords: antifungal activity, curcumin, monocarbonyl, Pityrosporum ovale, synthesis ABSTRAKResistensi jamur dapat menjadi ancaman pada kasus infeksi jamur di masa mendatang, oleh sebab itu penelitian untuk menemukan senyawa lain yang memiliki aktivitas antijamur perlu dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk menguji aktivitas antijamur senyawa analog curcumin hasil sintesis yaitu senyawa 2,6-Bis-(2’-furilidin)-sikloheksanon (26FuH); 2,5-Bis-(2’-furilidin)-siklopentanon (25FuP) dan 1,5-Difuril-1,4-pentadien-3-on (15FuA). Senyawa analog curcumin sudah berhasil disintesis dengan metode kondensasi Aldol menggunakan katalis KOH 7,5%. Senyawa hasil sintesis dimurnikan dan dikarakterisasi dengan menggunakan pemeriksaan organoleptis, titik lebur, kromatografi lapis tipis, kromatografi gas dengan spektrometri massa, spektrofotometri FTIR, spektrofotometri 1H-NMR. Hasil menunjukkan senyawa murni dan struktur sesuai senyawa target. Hasil sintesis diuji aktivitas antijamur terhadap Candida albicans, Pityrosporum ovale, Aspergillus niger dan Trichophyton mentagrophytes. Hasil diameter daya hambat dianalisis dengan ANOVA satu arah dilanjutkan post hoc Tukey (p<0,05). Ketiga senyawa memiliki aktivitas antijamur terhadap jamur Candida albicans, Pityrosporum ovale, dan Aspergillus niger. Aktivitas antijamur terbaik adalah senyawa 26FuH terhadap jamur Pityrosporum ovale.Kata Kunci: aktivitas antijamur, curcumin, monokarbonil, Pityrosporum ovale, sintesis
 
Article
Antibacterial Activity of Citrus seed (Citrus reticulata) Extract on Escherichia coli Indonesian agriculture provides a resource of medicinal plants whose potential needs to be explored in order to benefit society. One of them is the use of Siam orange seeds (Citrus reticulata) which has the potential for the production of antibacterial compounds. This study aims to test the antibacterial activity of the ethanol and n-hexane extract of orange seeds. The extract was obtained through maceration techniques using ethanol and n-hexane as solvents. The antibacterial activity test of orange seeds against Escherichia coli used the paper disc diffusion method with nutrient agar (NA) media. The concentration of orange seed extract for the determination of MIC (Minimum Inhibitory Concentration) was 0.5, 2, 8, 10, 20 mg mL-1. The results showed that the ethanol and n-hexane extract of orange seeds had antibacterial activity against E. coli. However, the ethanol extract had a higher antibacterial effect than the n-hexane orange seed extract. From the results of this study, it is hoped that the waste of orange seeds will provide beneficial contribution for pharmaceutical development. Pertanian Indonesia memiliki sumber tanaman obat yang perlu digali potensinya agar bermanfaat bagi masyarakat. Salah satunya pemanfaatan biji jeruk siam (Citrus reticulata) yang berpotensi menghasilkan senyawa antibakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menguji aktivitas antibakteri ekstrak etanol dan n-heksana biji jeruk. Ekstrak diperoleh melalui teknik maserasi menggunakan pelarut etanol dan n-heksana. Uji aktivitas antibakteri biji jeruk terhadap Escherichia coli menggunakan metode difusi paper disc dengan media nutrient agar (NA). Konsentrasi ekstrak biji jeruk untuk penentuan MIC (Minimum Inhibitory Concentration) adalah 0,5, 2, 8, 10, 20 mg mL-1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak etanol dan n-heksana biji jeruk memiliki aktivitas antibakteri terhadap E. coli. Namun, ekstrak etanol memiliki efek antibakteri yang lebih tinggi dibandingkan ekstrak biji jeruk n-heksana. Dari hasil penelitian ini, limbah biji jeruk diharapkan dapat memberikan kontribusi bermanfaat bagi pengembangan farmasi.
 
Article
Chemical compounds belonging to dioxin group are known to be highly toxic environmental pollutant. Polychlorinated dibenzo-p-dioxin and polychlorinated dibenzofuran are produced during organic materials burning process. Pentachlorophenol, a compound similar to dioxin, is widely used as wood preservative, fungicide, bacteriocide, herbicide, algicide and insecticide. Some white-rot fungi have potential to produce lignin degrading enzyme and degrade dioxin compounds. The diversity of white-rot fungi in Indonesia provides potential source for environmental pollutant-degrading microorganisms. In this study, basidiomycetes were isolated from fruiting body and rotted wood samples which were collected from seven provinces in Indonesia. Three hundred seventy basidiomycete isolates were screened for dioxin degrading activity using dye-decolorization method. The result indicated that sixty isolates had dioxin degrading activity, three of which showed significant activity.Keywords: Ligninolytic, basidiomycetes, biodegradation, dioxin, fungus ABSTRAKSenyawa-senyawa kimia dalam kelompok dioksin telah diketahui sebagai polutan lingkungan yang sangat beracun. Dibenzo-p-dioksin terpoliklorinasi dan dibenzofuran terpoliklorinasi dihasilkan selama proses pembakaran bahan-bahan organik. Pentaklorofenol, suatu senyawa mirip dioksin, banyak digunakan sebagai pengawet kayu, fungisida, bakterisida, herbisida, algisida dan insektisida. Beberapa jamur pelapuk putih memiliki potensi untuk menghasilkan enzim pengurai lignin dan mendegradasi senyawa-senyawa dioksin. Keanekaragaman jamur pelapuk putih di Indonesia yang tinggi merupakan sumber potensial mikroorganisme pengurai polutan lingkungan. Pada kajian ini, basidiomisetes diisolasi dari sampel-sampel tubuh buah dan kayu lapuk yang diambil dari tujuh provinsi di Indonesia. Tiga ratus tujuh puluh isolat basidiomisetes telah diseleksi aktivitasnya sebagai pendegradasi dioksin. Metode dye-decolorization digunakan pada seleksi ini. Hasil seleksi menunjukkan bahwa enam puluh isolat basidiomisetes memiliki aktivitas sebagai pendegradasi dioksin, tiga isolat di antaranya menunjukkan aktivitas tertinggi.Kata kunci: Ligninolisis, basidiomisetes, biodegradasi, dioksin, jamur
 
Article
Screening and Identification of Ligninolytic Microbes in the Natural Decomposition of Oil Palm Empty Fruit Bunch ABSTRACTOPEFB (oil palm empty fruit bunch)could potentially be utilized as organic fertilizer or animal feed through composting. Information on microorganisms that play important roles in the natural decomposition of OPEFB is to date not much known yet. This research was aimed to obtain and, subsequently, to molecularly identify lignin-degrading microbial isolates responsible for naturally decomposing OPEFB in the Oil Plant Plantation and Palm Oil Refinery Plant, PTPN VIII Cikasungka, Bogor. Screening for active lignin-degrading isolates was carried out on 17 naturally decomposing OPEFB samples. A total of 19 isolates of fungi and 80 isolates of bacteria were obtained. Ligninolytic activity was measured by Sundman and Nase testing methods. Ligninolytic activity was found on 13 fungal isolates and 15 bacterial isolates. The active isolates were subsequently identified molecularly based on ITS sequence in the ribosome DNA area for fungi and in 16S rRNA genes for bacteria. The results showed that the lignin-degrading microorganisms obtained consisted of 5 bacterial isolates from the genus Bacillus and 3 fungal isolates from the genus Rhizopus and Aspergillus. Keywords: composting, lignin, microbes, OPEFB, 16S rRNA ABSTRAKTKKS (tandan kosong kelapa sawit) berpotensi dimanfaatkan sebagai pupuk organik atau pakan ternak dengan cara pengomposan. Informasi mikroba yang berperan dalam pengomposan alami TKKS hingga saat ini belum banyak diketahui. Penelitian ini bertujuan mendapatkan isolat mikroba pendegradasi lignin dalam pengomposan alami TKKS asal Perkebunan dan Pabrik Pemerasan Kelapa Sawit, PTPN VIII Cikasungka, Bogor, serta mengidentifikasi mikroba tersebut secara molekuler. Skrining mikroba aktif pendegradasi lignin dilakukan terhadap 17 sampel TKKS yang sudah lapuk secara alami. Sebanyak 19 isolat jamur dan 80 isolat bakteri telah dihasilkan. Aktivitas ligninolitik diukur dengan metode pengujian Sundman dan Nase. Isolat jamur yang memiliki aktivitas ligninolitik sebanyak 13 isolat, sedangkan bakteri sebanyak 15 isolat. Isolat-isolat aktif tersebut selanjutnya diidentifikasi secara molekuler berdasarkan pada sekuen ITS di daerah DNA ribosom untuk jamur dan menggunakan gen 16S rRNA untuk bakteri. Hasil menunjukkan bahwa 5 isolat bakteri yang memiliki kemampuan mendegradasi lignin berasal dari genus Bacillus, sedangkan 3 isolat jamur pendegradasi lignin berasal dari genus Rhizopus dan Aspergillus Kata Kunci: lignin, mikroba, pengomposan, TKKS, 16S rRNA
 
Article
In detergent industry, enzymes are used enormously in terms of quantity and economic value. Lipase catalyzes the hydrolysis of triglycerides into diglycerides and monoglycerides by releasing fatty acids. Lipase is produced by bacteria, fungi, and yeasts. This study aims to determine the potential of Alcaligenes faecalis lipase for its application as biodetergen, through stability testing of its lipase activity against detergent components by exposing the enzyme to the commercial detergents, as well as performance testing through washing. Alcaligenes faecalis lipase was produced using Luria Bertani (LB) culture medium supplemented with 1% olive oil inducer. Production is carried out for 24 hours, and the enzyme was harvested at the 18th hour. The harvested enzyme was tested for their stability after being exposed to commercial detergents at a concentration of 1-5%. Results showed that the exposure to the detergents decreased the enzyme activity to 22, 38, 48, 68 and 90%. Performance test showed that the olive oil impurity removal from the fabric was 29%.Keywords: Alcaligenes faecalis Lipase, biodetergent, lipase activities, washing test AbstrakPada industri detergen penggunaan enzim sangatlah besar baik secara jumlah maupun nilai ekonomi. Lipase mengkatalis hidrolisis trigliserida menjadi digliserida dan monogliserida dengan membebaskan asam lemak. Lipase dihasilkan oleh bakteri, jamur, dan yeast. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi lipase Alcaligenes faecalis untuk aplikasi biodeterjen, melalui uji stabilitas aktivitas lipase terhadap komponen deterjen dengan memaparkan terhadap deterjen komersial serta uji kinerja melalui washing test. Lipase Alcaligenes faecalis diproduksi menggunakan media Luria Bertani (LB) dengan penambahan induser minyak zaitun 1%. Produksi dilakukan selama 24 jam dengan waktu pemanenan enzim pada jam ke-18. Enzim yang sudah dipanen diuji stabilitasnya setelah dipapar dengan deterjen komersial pada konsentrasi 1-5%. Berdasarkan hasil pengujian aktivitas setelah dipapar terlihat penurunan aktivitas berturut-turut sebesar 22, 38, 48, 68 dan 90%. Hasil uji kinerja menunjukkan bahwa noda minyak zaitun yang hilang dari kain sebesar 29%.Kata kunci: Lipase Alcaligenes faecalis, biodeterjen, aktivitas lipase, washing test
 
Article
In Vitro Somatic Embryogenesis and Plantlet Regeneration of Three Varieties of Alfalfa (Medicago sativa L.)ABSTRACTAlfalfa (Medicago sativa L.) is a valuable plant as a source of food for animal, forage, pharmaceutical, medicine, food supplement, and human consumption. In vitro selection technology combined with induction or spontaneous mutagenesis has been effective in altering or isolating genetic variability for desirable characters. Consequently, a reproducible in vitro propagation technique of that plant is mandatory. The aim of the research was to obtain information on the embryogenic callus induction, somatic embryogenesis, and plantlet regeneration of three varieties of alfalfa. The results showed that an optimum embryogenic callus induction (82%) was obtained on Murashige & Skoog (MS) basal medium containing 2 ppm 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D), 2 ppm kinetin and 2 ppm a-naphthaleneacetic acid (NAA). Those embryogenic calli could subsequently develop into somatic embryos, which germinated and regenerated into normal plantlets on R1 medium consisting of MS nutrients without the addition of plant growth regulator.Keywords: alfalfa, callus, embryogenic, plantlets, regeneration ABSTRAKAlfalfa (Medicago sativa) adalah tanaman berharga sebagai sumber makanan untuk hewan, yaitu hijauan pakan ternak, farmasi, obat-obatan, suplemen makanan dan konsumsi manusia. Teknologi seleksi in vitro yang dikombinasikan dengan induksi atau mutagenesis spontan telah terbukti efektif dalam mengubah atau mengisolasi variabilitas genetik untuk karakter yang diinginkan. Oleh sebab itu, keberhasilan teknik perbanyakan in vitro yang telah terbukti dapat direproduksi dari tanaman tersebut menjadi syarat yang harus terpenuhi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi mengenai induksi kalus embriogenik, embriogenesis somatik dan regenerasi planlet dari tiga varietas alfalfa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa induksi kalus embriogenik optimal (82%) didapat pada media Murashige & Skoog (MS) dengan 2 ppm 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D), 2 ppm kinetin dan 2 ppm a-naphthaleneacetic acid (NAA). Kalus embriogenik tersebut dapat membentuk embrio somatik, embrionya berkecambah dan beregenerasi membentuk planlet normal pada perlakuan media R1 yaitu nutrisi MS tanpa penambahan zat pengatur tumbuh.Kata Kunci: alfalfa, embriogenik, kalus, planlet, regenerasi
 
Article
Plasmids are extra chromosomal molecules of DNA that replicate autonomously and found in prokaryote and eukaryote cells. There are a number of methods that are used to isolate plasmids, such as alkaline lysis, boiling lysis, using cesium chloride, and chromatography. Amongst the disadvantages in plasmid isolation methods are lengthy time especially when handling a large number of samples, high cost, and low purity. Alkaline lysis is the most popular for plasmid isolation because of its simplicity, relatively low cost, and reproducibility. This method can be accomplished in 50 minutes to one hour. In this research, the alkaline lysis method was developed to obtain suitable plasmid for applications in a molecular biology laboratory. The aim of this research was to reduce contaminants and improve yield of plasmid. The result of isolation of pICZA plasmid in Escherichia coli gave the concentration of 3.3 to 3.8 µg/µL with the purity of 1.99.Keywords: Plasmid isolation, pICZ A, Escherichia coli, rapid, alkaline lysis ABSTRAKPlasmid merupakan molekul DNA ekstrakromosomal yang bereplikasi secara mandiri dan ditemukan dalam sel prokariot dan eukariot. Banyak metode yang digunakan untuk isolasi plasmid, seperti: lisis alkali, lisis dengan pemanasan, penggunaan sesium klorida, dan kromatografi. Kelemahan beberapa metode isolasi DNA adalah waktu isolasi yang lama terutama saat isolasi plasmid dalam jumlah banyak, mahal dan kemurniannya yang rendah. Metode lisis alkali merupakan metode yang sangat umum untuk isolasi plasmid karena mudah dilakukan, relatif murah, dan reprodusibilitas. Metode ini dapat dilakukan dalam 50 menit sampai 1 jam. Pada penelitian ini dikembangkan metode lisis alkali untuk memperoleh plasmid yang sesuai untuk penggunaan di laboratorium biologi molekuler. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengurangi jumlah kontaminan dan meningkatkan konsentrasi plasmid. Hasil isolasi plasmid pICZA dalam Escherichia coli mempunyai konsentrasi antara 3,3 sampai 3,8 µg/µL dan kemurniannya 1,99.Kata Kunci: Isolasi plasmid, pICZ A, Escherichia coli, cepat, lisis alkali
 
Article
The Effects of Cereal Made From Sagu and Moringa oleifera on the Blood Glucose Level of Alloxan-Induced RatsDiabetes Mellitus (DM) type 2 could increase oxidative stress and blood glucose level. Resistant starch compounds in Cersa Mori have an antidiabetic properties.This research aimed to analyze the effect of Cersa Mori on fasting blood glucose (FBG) level of diabetic white rats induced by alloxan. This is a true experimental study with a randomized pre-post control group design using 27 male Wistar strain rats divided into 3 groups randomly, i.e (KN) feed and aquades, (KP) glibenclamide 0.126mg/200gBB/day, (P) Cersa Mori 5g/200gBB/day. KP and P groups were given alloxan 125 mg/KgBB subcutaneously and the intervention was carried out for 30 days. FBG level was measured using the GOD-PAP method. The results of Paired T-Test showed the effect of Cersa Mori on lowering FBG level in hyperglycemic rats (P=0,006). One-Way ANOVA test showed that Cersa Mori reduced FBG level, which was equalent to those given glibenclamide (P=0,366). It can be concluded that giving Cersa Mori 5g/200gBB/day for 30 days had a significant effect on lowering FBG level. Keywords: alloxan; Cersa Mori; diabetic rats; fasting blood glucose level; resistant strachABSTRAKDiabetes Mellitus (DM) tipe 2 dapat memicu stres oksidatif dan meningkatkan kadar glukosa darah puasa (GDP). Senyawa pati resisten dalam sereal siap saji Cersa Mori memiliki sifat antidiabetik. Penelitian ini bertujuan menganalisis pengaruh pemberian Cersa Mori terhadap kadar glukosa darah tikus putih diabetes yang diinduksi aloksan. Penelitian true-experimental ini menggunakan randomized pre-post control group design. Sampel sebanyak 27 ekor tikus jantan galur Wistar dibagi menjadi 3 kelompok secara acak yaitu; (KN) pakan dan akuades, (KP) glibenklamid 0,126 mg/200gBB/hari, (P) Cersa Mori 5g/200gBB/hari. KP sampai P diberikan aloksan 125 mg/KgBB secara subkutan dan intervensi dilakukan selama 30 hari. Pengukuran GDP menggunakan metode GOD-PAP. Hasil Uji-T menunjukkan pengaruh Cersa Mori dalam menurunkan GDP tikus hiperglikemia (P=0,006). Uji ANOVA satu arah menunjukkan penurunan GDP pada kelompok Cersa Mori (P) setara dengan tikus yang diberi glibenklamid (P=0,366). Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa pemberian Cersa Mori dosis 5g/200gBB/hari selama 30 hari berpengaruh terhadap penurunan GDP secara signifikan.
 
Article
Manure Poultry: Alternative Feed Supplements and Impacts on the EnvironmentABSTRACTThe increase in protein demand is now of serious concern as the human population is forecasted to rise to as much as 9.6 billion by 2050. The poultry industry is one of the largest and fastest growing sectors of livestock production in the world. Increased production results in increased sewage so that the impact on the emergence of environmental problems associated with increased air pollution, water, and soil. The sustainability of animal feeds is crucial in the development of livestock production systems, and feed efficiency can be improved by reusing poultry waste in livestock diets, thus diminishing the use of feed grains. There are several ways of disposing of poultry waste including burial, incineration, composting, fertilizer or source of biogas energy and feed for livestock. Poultry manure is a rich source of lignocelluloses, polysaccharides, proteins, minerals, and other biological materials. It is currently expected some problems can be overcome by utilizing poultry manure waste as an alternative feed source for livestock. This paper aims to review the negative effects of excessive chicken manure and its benefits as an alternative feed for livestock and fish.Keywords: alternative feed, livestock, pollution, poultry industry, poultry manure ABSTRAKKenaikan permintaan protein menjadi perhatian serius karena populasi manusia diperkirakan akan meningkat menjadi sebanyak 9,6 miliar orang pada tahun 2050. Industri perunggasan merupakan salah satu sektor produksi ternak terbesar dan tercepat di dunia. Meningkatnya hasil produksi tersebut akan menambah jumlah limbah sehingga berdampak pada munculnya masalah lingkungan yang terkait dengan peningkatan polusi udara, air dan tanah. Ketersediaan pakan hewan secara berkesinambungan sangat penting dalam pengembangan sistem produksi ternak dan efisiensi pakan dapat ditingkatkan dengan menggunakan kembali limbah unggas sebagai bahan pakan ternak, sehingga mengurangi penggunaan biji-bijian sebagai sumber pakan. Ada beberapa metode mengurangi jumlah manure ayam termasuk penguburan, insinerasi, pengomposan, pemupukan atau sumber energi biogas dan pakan ternak. Kotoran unggas adalah sumber lignoselulosa, polisakarida, protein, mineral dan bahan biologi lainnya. Saat ini diperkirakan beberapa permasalahan bisa diatasi dengan memanfaatkan limbah manure unggas sebagai sumber pakan alternatif bagi ternak. Tulisan ini bertujuan untuk mengkaji dampak negatif dari manure ayam yang berlebihan dan manfaatnya sebagai pakan alternatif untuk ternak dan ikan.Kata Kunci: industri perunggasan, manure ayam, pakan alternatif, polusi, ternak
 
Article
Amiloglukosidase merupakan salah satu enzim yang banyak digunakan dalam industri gula cair. Dalam proses fermentasi, komposisi medium fermentasi sangat berpengaruh terhadap aktivitas amiloglukosidase. Optimalisasi media padat proses produksi amiloglukosidase secara fermentasi padat dengan menggunakan isolat Aspergillus niger telah dilakukan. Optimalisasi media padat dilakukan dengan menentukan rasio dedak:pati terbaik yang selanjutnya dikombinasikan dengan beberapa sumber nitrogen. Dalam penelitian ini sumber nitrogen yang digunakan adalah sumber nitogen organik dan sumber nitrogen anorganik. Sumber nitrogen organik yang digunakan antara lain Corn Step Liquor dan pepton, adapun sumber nitrogen anorganik yang digunakan adalah amonium nitrat, amonium sulfat, dan amonium pospat. Fermentasi dilakukan selama 120 jam pada suhu 30ºC.Hasil percobaan menunjukkan bahwa kombinasi perbandingan media sumber karbon dedak:pati 1:1 menghasilkan produktivitas amiloglukosidase tertinggi 724 Unit/ml. Amonium sulfat merupakan sumber nitrogen anorganik terbaik dan mampu menghasilkan produktivitas amiloglukosidase sebesar 823 Unit/ml, sedangkan Corn Step Liquor (CSL) yang merupakan sumber nitrogen organik mampu menghasilkan produktivitas amiloglukosidase lebih tinggi dibandingkan pepton dengan produktivitas sebesar 884 Unit/ml.Keywords: Aspergillus niger, amyloglucosidase, fermentation, carbon source, nitrogen source ABSTRAKAmiloglukosidase adalah salah satu enzim yang banyak digunakan dalam industri gula cair. Dalam proses fermentasi, komposisi medium fermentasi sangat berpengaruh terhadap aktivitas amiloglukosidase. Pada penelitian ini telah dilakukan optimalisasi media padat pada proses produksi amiloglukosidase secara fermentasi padat dengan menggunakan isolat Aspergillus niger. Optimalisasi media padat dilakukan dengan menentukan rasio dedak:pati terbaik yang selanjutnya dikombinasikan dengan beberapa sumber nitrogen. Sumber nitrogen yang digunakan adalah sumber nitrogen organik dan anorganik. Sumber nitrogen organik yang digunakan antara lain adalah Corn Step Liquor (CSL) dan pepton, adapun sumber nitrogen anorganik yang digunakan adalah amonium nitrat, amonium sulfat, dan amonium fosfat. Fermentasi dilakukan selama 120 jam pada suhu 30ºC. Hasil percobaan menunjukkan bahwa kombinasi perbandingan media sumber karbon dedak:pati 1:1 menghasilkan produktivitas amiloglukosidase tertinggi, yaitu 724 unit/mL. Amonium sulfat merupakan sumber nitrogen anorganik terbaik dan mampu menghasilkan produktivitas amiloglukosidase sebesar 823 unit/mL, sedangkan CSL menghasilkan produktivitas amiloglukosidase lebih tinggi dibandingkan pepton, yakni sebesar 884 unit/mL.Kata kunci: Aspergillus niger, amiloglukosidase, fermentasi, sumber karbon, sumber nitrogen
 
Article
Changes in the Contents of Phytic Acid and Essential Amino Acids of Animal Feed Organic Materials Fermented by Tempe Starter The contents of antinutrients and nutrients are important in the selection of feed ingredients, especially for monogastric animals. The aim of this study is to determine the change in the contents of antinutrient phytic acid and nutrient essential amino acid in selected organic materials. Nine organic ingredients of agro-industrial by-products, namely rice bran, coffee skin, cassava bagasse, corn, coconut dreg, soy bean meal, pollard, corn gluten feed (CGF), and copra meal were fermented in solid state using tempeh starter for 48 hours at 30°C. Dense mycelia overgrowing evenly on the top, bottom, and cross-sliced surfaces was observed on rice bran, maize and copra meal substrates. These 3 selected organic materials were then analysed for the content of phytic acid and essential amino acids. The results showed that the lowest decrease (75.80%) in phytic acid content occurred in maize, namely from 18.49 ± 0.41 mg g-1 (before fermentation) to 4.48 ± 0.19 mg g-1 (after fermentation). The highest increase (59%) of total essential amino acids occurred in copra meal, namely from 38,991.89 ± 447.12 mg kg-1 (before fermentation) to 61,816.56 ± 894.24 mg kg-1 (after fermentation). Kandungan antinutrisi dan nutrisi merupakan hal penting dalam pemilihan bahan pakan, terutama untuk hewan monogastrik. Penelitian ini bertujuan mengetahui perubahan kandungan antinutrisi asam fitat dan nutrisi asam amino esensial pada bahan organik tertentu yang terpilih. Sembilan bahan organik yang merupakan hasil samping agroindustri, yakni dedak padi, kulit kopi, onggok, jagung, ampas kelapa, bungkil kedelai (soy bean meal), dedak gandum (pollard), produk samping jagung corn gluten feed (CGF), dan bungkil kopra difermentasi padat menggunakan ragi tempe selama 48 jam pada suhu 30°C. Miselium yang tumbuh subur, padat, dan merata pada permukaan atas, bawah, dan irisan melintang teramati pada dedak padi, jagung, dan bungkil kopra. Tiga bahan organik terpilih ini kemudian dianalisa kandungan asam fitat dan asam amino esensialnya. Hasil menunjukkan bahwa penurunan terbesar (75,80%) kandungan asam fitat terjadi pada jagung, yakni dari 18,49 ± 0,41 mg g-1 (sebelum fermentasi) menjadi 4,48 ± 0,19 mg g-1 (setelah fermentasi). Peningkatan tertinggi (59%) asam amino esensial total terjadi pada bungkil kopra, yakni dari 38.991,89 ± 447,12 mg kg-1 (sebelum fermentasi) menjadi 61.816,56 ± 894,24 mg kg-1 (setelah fermentasi).
 
Total glutamate, aspartate, valine, and proline profile in unfermented and R. oryzae-fermented substrates 
Putative Rhizopus isolates
Growth of putative Rhizopus isolates on the selection media of cocoa byproduct alone (CB) and of cocoa byproduct-rice bran mixture (CB + RB).
Article
Being the world’s third largest producer of cocoa (Theobroma cacao), Indonesia provides abundant cocoa pod husk byproduct. Despite its high content of biological materials, its use as animal feed, however, has been limited due to its low nutritive values and significant content of antinutritive substances. Thus, this study was aimed to investigate the changes of selected amino acids glutamate, aspartate, valine, alanine, and proline, as well as the antinutritional compound theobromine in cocoa byproduct-rice bran mixed substrate following fermentation using Rhizopus oryzae. The fermented substrate obtained had its true protein content increased from 1.95% to 23.16%. After analyses using ultra-performance liquid chromatography quadrupole time of flight mass spectrometry, the following amino acids, namely: total and free glutamates, total and free valine, total proline, as well as free alanine underwent increase, while the others decreased. The concentration of the antinutritional factor theobromine was below the limit detectable by HPLC.Keywords: Rhizopus oryzae, Theobroma cacao, theobromine, fermentation, amino acidsABSTRAKSebagai penghasil kakao (Theobroma cacao) terbesar ketiga di dunia, Indonesia mempunyai hasil samping melimpah berupa kulit cangkang kakao. Meskipun kandungan bahan biologisnya tinggi, penggunaan produk samping ini sebagai pakan ternak masih terbatas karena nilai gizi yang rendah serta kandungan zat antinutrisi yang tinggi. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan mengetahui perubahan kandungan asam amino glutamat, aspartat, valin, alanin, dan prolin, serta senyawa antinutrisi teobromin dalam campuran hasil samping coklat-dedak padi pasca fermentasi menggunakan Rhizopus oryzae. Substrat hasil fermentasi mengalami peningkatan kandungan protein sejati dari 1,95% menjadi 23,16%. Hasil analisis menggunakan ultra-performance liquid chromatography quadrupole time of flight mass spectrometry, menunjukkan bahwa kandungan asam amino: glutamat total dan glutamat bebas, valin total dan valin bebas, prolin total, serta alanin bebas mengalami peningkatan, sementara asam amino selainnya mengalami penurunan. Kandungan antinutrisi teobromin berada di bawah ambang batas deteksi oleh HPLC.Kata kunci: Rhizopus oryzae, Theobroma cacao, teobromin, fermentasi, asam amino
 
Article
D-amino acid oxidase (DAAO) is a flavin adenine dinucleotide-containing enzyme that catalyzes the oxidative deamination of amino acid D-isomers with high stereospecificity, which results in α-keto acids, ammonia and hydrogen peroxide. Having high stereospecificity, DAAO is used in a variety of applications such as drug, biocatalyst, biosensor and preparation of transgenic plants. DAAO is widespread in nature, found in microorganisms to mammals. Microbial DAAO is considered more important than mammalian DAAO for biotechnology application. DAAO production in submerged fermentation is influenced by several factors, such as carbon source, nitrogen source, inducer, dissolve oxygen, temperature and pH. The influence of those factors on DAAO production by microbial origin, DAAO production by microbial recombinant, and its application in biotechnology are discussed in this review.Keywords: Enzyme, DAAO, D-amino acid, production, application ABSTRAKEnzim D-asam amino oksidase (DAAO) merupakan enzim yang mengandung Flavin Adenine Dinucleotide yang bekerja mengkatalisis reaksi oksidasi deaminasi D-asam amino dengan stereospesifisitas yang tinggi menghasilkan α-asam keto, amonia dan hidrogen peroksida. Karena mempunyai karakteristik sreteospesifisitas yang tinggi, enzim DAAO banyak digunakan untuk berbagai aplikasi seperti obat, biokatalis, biosensor dan penyiapan tanaman transgenik. Enzim ini dapat dihasilkan oleh organisme mulai dari bakteri hingga mamalia, namun untuk aplikasi dibidang bioteknologi, enzim DAAO yang berasal dari mikroorganisme dipandang lebih penting dari pada yang berasal dari mamalia. Produksi enzim dari DAAO dari mikroorganisme dalam kultur cair dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti sumber karbon, nitrogen, senyawa penginduksi, oksigen terlarut, temperatur dan pH medium. Pengaruh dari faktor-faktor tersebut terhadap produksi enzim DAAO, produksi enzim DAAO menggunakan mikroba rekombinan serta aplikasinya dalam bidang bioteknologi dibahas dalam tinjauan.Kata Kunci: Enzim, DAAO, D-asam amino, produksi, aplikasi
 
Article
Isolation and Characterization of Lactic Acid Bacteria from Fermented Food Cincalok as Producer of Gamma-Aminobutyric Acid Cincalok is a fermented food originating from West Kalimantan. This study aimed to obtain lactic acid bacterial isolates (LAB) capable of producing gamma-aminobutyric acid (GABA), to characterize the LAB isolates obtained, and to obtain GABA by the Thin Layer Chromatography (TLC) method. Bacterial growth and GABA production was carried out by adding 5% MSG and without MSG, and measured spectrophotometrically. In this study, 4 LAB bacterial isolates were obtained which were coded CIN-1, CIN-2, CIN-3, and CIN-4. GABA identification of all the LAB isolates using TLC Silica Gel 60 F254 with butanol: acetic acid: distilled water (5: 3: 2) as eluent yielded Rf 0.61 and Rf MSG 0.38. The highest growth was achieved by isolate CIN-3 with an absorbance of 1.488 (at 48 hour) in non-MSG medium, while the addition of 5% MSG resulted in an absorbance of 1.631 (at 42 hour). GABA production was achieved by isolate CIN-3 with 5% MSG treatment with a concentration of 201.472 mM and without MSG with a concentration of 171.195 mM. Cincalok merupakan pangan fermentasi yang berasal dari Kalimantan Barat. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat bakteri asam laktat (BAL) yang mampu menghasilkan gamma-aminobutyric acid (GABA), melakukan karakterisasi isolat BAL yang diperoleh dan dapat diperoleh GABA dengan metode Kromatografi Lapis Tipis (KLT). Penumbuhan bakteri dan produksi GABA dilakukan dengan penambahan MSG 5% dan tanpa MSG, dan diukur menggunakan spektrofotometer. Dalam penelitian ini diperoleh 4 isolat bakteri BAL yang diberi kode CIN-1, CIN-2, CIN-3, dan CIN-4. Identifikasi GABA dari semua isolat BAL tersebut menggunakan KLT Silica Gel 60 F254 dengan eluen butanol: asam asetat: aquades (5: 3: 2), menghasilkan Rf 0,61 dan Rf MSG 0,38. Pertumbuhan tertinggi terjadi pada isolat CIN-3 non MSG dengan absorbansi 1,488 (jam ke-48), sedangkan dengan penambahan MSG 5% menghasilkan absorbansi 1,631 (jam ke-42). Produksi GABA dicapai isolat CIN-3 dengan perlakuan MSG 5% dengan konsentrasi 201.472 mM dan tanpa MSG dengan konsentrasi 171,195 mM.
 
Article
Cephalosporins are the most widely used class of β-lactam antibiotic in the world and clinically active against gram positive and gram negative bacteria. Cephalosporin C (CPC) is naturally produced by fungus Cephalosporiun acremonium. CPC has moderate antibacterial activity with minimum inhibitory concentration values of 25-100 µg/mL and 12-25 µg/mL for gram-positive and for gram-negative bacteria, respectively. CPC can be converted into 7-aminocephalosporonic acid (7-ACA) as intermediate compound for cephalosporin derivatives by two-steps or one-step enzymatic method. Two-step enzymatic method uses D-amino acid oxidase (DAAO) to produce glutaryl-7-amino cephalosporanic acid (GL 7-ACA) for the first step and GL-7-ACA acylase to produce 7-ACA for the second step. One-step enzymatic method uses CPC acylase to convert CPC into 7-ACA directly. Some microorganisms produce CPC acylase, such as Pseudomonas sp., Bacillus megaterium, Aeromonas sp., dan Arthrobacler. A natural CPC acylase has low activity and genetic engineering was used to increase its activity.Keywords: Cephalosporin, cephalosporin acylase, 7-ACA, genetic engineering, mutation ABSTRAKSefalosporin merupakan antibiotik golongan β-laktam yang paling banyak digunakan di dunia dan secara klinis aktif terhadap bakteri gram positif dan gram negatif. Sefalosporin C merupakan sefalosporin alami yang dihasilkan oleh kapang Cephalosporium acremonium. Sefalosporin C mempunyai aktivitas antibakteri moderat dengan nilai konsentrasi hambat minimum 25-100 µg/mL untuk bakteri gram positif dan 12-25 µg/mL untuk bakteri gram negatif. Sefalosporin C dapat diubah menjadi asam 7-aminosefalosporanat (7-ACA) sebagai senyawa antara untuk pembuatan turunan sefalosporin dengan metode enzimatik secara dua atau satu tahap. Produksi 7-ACA secara enzimatik dapat menggunakan metode dua tahap dan satu tahap enzimatik. Metode enzimatik secara dua tahap menggunakan enzim asam D-amino oksidase (DAAO) untuk menghasilkan asam glutaril-7-aminosefalosporinat (GL-7-ACA) pada tahap pertama dan menggunakan asam glutaril-7-aminosefalosporinat asilase untuk menghasilkan 7-ACA pada tahap kedua. Metode enzimatik secara satu tahap menggunakan sefalosporin asilase untuk mengubah CPC menjadi 7-ACA secara langsung. Beberapa mikroorganisme penghasil sefalosporin asilase yaitu Pseudomonas sp., Bacillus megaterium, Aeromonas sp., dan Arthrobacter. Aktivitas CPC asilase alami sangat rendah dan rekayasa genetik digunakan untuk meningkatkan aktivitasnya.Kata kunci : Sefalosporin, sefalosporin asilase, 7-ACA, rekayasa genetik, mutasi
 
Article
Production of Cephalosporin Acylase Recombinant as Biocatalyst for 7-Aminocephalosporanic Acid Production7-aminocephalosporanic acid (7-ACA) is a precursor for the production of semisynthetic cephalosporin derivatives. The enzymatic 7-ACA production can use two-stage and one-step enzymatic methods. Two-stage enzymatic method uses D-amino acid oxidase (DAAO) enzyme to produce glutaryl-7-aminocephalosporanic acid (GL-7-ACA) in the first stage and glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase to produce 7-ACA in the second stage. The one-stage enzymatic method using cephalosporin acylase (CPC acylase) converts the CPC to 7-ACA directly. The aim of this research was to produce recombinant CPC acylase in Escherichia coli BL21(DE3). Transformantion culture E. coli BL21(DE3) was induced with concentrations of IPTG 0; 0.25; 0.5; 0.75; 1; 2 mM for 5 hours. The induction time of IPTG was determined at 0, 1, 2, 3, 4, and 5 hours. The results showed that CPC acylase produced by E. coli BL21(DE3) with optimum condition of CPC acylase production was 0.5 mM IPTG and optimal induction time of IPTG was 5 hours.Keywords: Cephalosporin, cephalosporin acylase, 7-ACA, protein expression, Escherichia coli BL21(DE3) ABSTRAKAsam 7-aminosefalosporanat (7-ACA) merupakan prekursor untuk produksi turunan sefalosporin semisintetik. Produksi 7-ACA secara enzimatik dapat menggunakan metode dua tahap dan satu tahap enzimatik. Metode enzimatik secara dua tahap menggunakan enzim asam D-amino oksidase (DAAO) untuk menghasilkan asam glutaril-7-aminosefalosporinat (GL-7-ACA) pada tahap pertama dan menggunakan asam glutaril-7-aminosefalosporinat asilase untuk menghasilkan 7-ACA pada tahap kedua. Metode enzimatik satu tahap dengan sefalosporin asilase (CPC asilase) mengubah CPC menjadi 7-ACA secara langsung. Tujuan penelitian adalah memproduksi rekombinan CPC asilase di dalam sel Escherichia coli BL21(DE3). Kultur Transforman E. coli BL21(DE3) diinduksi dengan konsentrasi IPTG 0; 0,25; 0,5; 0,75; 1; 2 mM selama 5 jam. Waktu induksi IPTG ditentukan pada 0, 1, 2, 3, 4 dan 5 jam. Hasil penelitian menunjukan bahwa CPC asilase diproduksi oleh E. coli BL21(DE3) dengan kondisi optimal produksi CPC asilase adalah konsentrasi IPTG 0,5 mM dan waktu induksi IPTG optimal adalah 5 jam.
 
Article
The revision of Ampelocissus was performed by observing the anatomical character of Ampelocissus leaves. The leaves were collected from 33 collection numbers of Herbarium Bogoriense (BO) and four collection numbers from Sumatra exploration. The purpose of this study is to update the information of diversity and to support species concept delimitation of Ampelocissus based on the anatomical study, especially on the sterile plant. Anatomical characters were observed on nine species and one variety of Sumatran Ampelocissus. Ampelocissus species is varied by the anatomical characters, i.e.: shape of the anticlinal wall of abaxial and adaxial epidermal cell, number of palisade layers, upper epidermal cell thickness, leaf thickness, presence of papillae on stomata neighboring cell, type, and shape of calcium oxalate crystals, also stomata position. The cluster analysis of Ampelocissus in Sumatra based on 16 anatomical characters showed the coefficient similarity in the range of 0.48 - 0.81. The research showed that the leaf anatomical characters can be used as additional characters to distinguish the species of Ampelocissus. Keywords: calcium oxalate crystals, diversity, papillae, similarity coefficient, species concept ABSTRAK Ciri Anatomi Ampelocissus (Vitaceae) di Sumatera Revisi Ampelocissus dilakukan dengan mengamati ciri anatomi daun dari marga Ampelocissus. Sebanyak 33 nomor koleksi Herbarium Bogoriense (BO) dan empat nomor koleksi hasil eksplorasi di Sumatera digunakan. Penelitian ini bertujuan untuk memperbarui informasi mengenai keanekaragaman dan mendukung konsep jenis Ampelocissus berdasarkan ciri anatomi, terutama pada tumbuhan steril. Studi anatomi dilakukan pada sembilan jenis dan satu varietas Ampelocissus di Sumatera. Jenis-jenis Ampelocissus di Sumatera bervariasi pada ciri anatomi yaitu bentuk dinding antilkinal sel epidermis pada bagian abaksial dan adaksial, jumlah lapisan jaringan tiang, ketebalan sel epidermis atas, ketebalan daun, kehadiran papila, jenis dan bentuk kristal kalsium oksalat, serta posisi stomata terhadap sel epidermis pada bagian abaksial daun. Analisis pengelompokan Ampelocissus di Sumatera menggunakan 16 ciri antomi dan menghasilkan fenogram dengan koefisien kemiripan 0,48 - 0,81. Ciri anatomi daun dapat digunakan sebagai ciri tambahan yang memiliki nilai taksonomi dalam membedakan jenis-jenis Ampelocissus di Sumatera.
 
Article
Genetic Variation of Benggala Goats in West Manggarai Regency Based on Random Amplified Polymorphic DNA Method ABSTRACTIndonesia has several types of local goats that have had an extended period of adaptation to the natural conditions in Indonesia. Goat is one of the most important germplasm in supporting the economy of rural communities. Benggala is a local breed of goat originating from Flores Island, East Nusa Tenggara province and has distinctive characteristics. The RAPD technique has several advantages and has been widely used in studies of the genetic diversity of goats. A total of 50 blood samples of Benggala goats were taken from four sub-districts in West Manggarai Regency. This study was conducted to estimate genetic variations of Benggala goats using OPA-6 and OPA-16 primers. The OPA-6 primer consisted of 0-11 bands, while the OPA-16 primer consisted of 0-7 bands. The total bands produced on the OPA-6 primer from all samples was 456, whilst OPA-16 primer was 314. The lowest genetic similarity between individuals of Benggala goats was 44% from the sample K46. Based on the sample population, the average genetic similarity level was 72%. These results show that the genetic diversity of Benggala goats is low.Keywords: Benggala goat, genetic similarity,genetic variation, RAPD, West Manggarai ABSTRAKIndonesia memiliki beberapa jenis kambing lokal yang memiliki periode adaptasi yang panjang dengan kondisi alam di Indonesia. Kambing merupakan salah satu plasma nutfah yang sangat penting dalam mendukung perekonomian masyarakat pedesaan. Benggala adalah jenis kambing lokal yang berasal dari pulau Flores, propinsi Nusa Tenggara Timur dan kambing Benggala memiliki ciri khas. Teknik RAPD memiliki beberapa keunggulan dan telah banyak digunakan pada studi keragaman genetik kambing. Total 50 sampel darah kambing Benggala yang diambil dari empat kecamatan di Kabupaten Manggarai Barat. Penelitian ini dilakukan untuk menguji variasi genetik kambing Benggala dengan menggunakan primer OPA-6 dan OPA-16. Primer OPA-6 terdiri dari 0-11 band, sedangkan primer OPA-16 terdiri dari 0-7 band. Total jumlah pita yang dihasilkan pada primer OPA-6 dari semua sampel adalah 456, sementara primer OPA-16 adalah 314. Kemiripan genetik terendah antara individu-individu kambing Benggala adalah 44% dari sampel K46. Berdasarkan populasi sampel, tingkat kemiripan genetik rata-rata adalah 72%. Hasil ini menunjukkan bahwa keragaman genetik kambing Benggala tergolong rendah.Kata Kunci: kambing Benggala, kemiripan genetik, Manggarai Barat , RAPD, variasi genetik
 
Article
Karakterisasi Amilase dan Selulase Miselial Serta Analisis Fisikokimia Basidioma Jamur Lingzhi (Ganoderma lucidum) Lingzi mushroom (Ganoderma lucidum) synthesizes enzymes which have anti-hyperglycemic and anti-diabetic activities. This preliminary study aims to characterize the amylase and cellulase activities of mycelial culture, and to analyze the physicochemical compounds in the basidioma of G. lucidum InaCC F11 and G. lucidum InaCC F106. The enzymes were characterized spectrophotometrically using DNS method, and the basidioma was subjected to proximate and high performance liquid chromatography (HPLC) analysis, as well as microstructural observation using scanning electron microscope. Results showed both strains demonstrated amylase activity, but not cellulase activity. The optimum activity of amylase in G. lucidum InaCC F11 mycelial cultures was achieved on the 3rd incubation day, at pH 5.5, 35 ºC temperature, and 1.5% substrate concentration, whereas that of G. lucidum InaCC F106 on the 7th incubation day, at pH 5, 40 ºC temperature, and 1.75% substrate concentration. Dried basidioma of G. lucidum InaCC F11 contained 93.72% carbohydrates, 3.06% protein, 0.85% fat, 0.768% crude fiber, 0.54% ash, and 1.83% moisture. In addition, HPLC detected the presence of phenols (0.036%), steroids (0.014 mg 100 mL-1), and active triterpenoid compounds. Jamur lingzi (Ganoderma lucidum) mensintesis enzim yang memiliki aktivitas anti-hiperglikemik dan anti-diabetes. Studi pendahuluan ini bertujuan mengkarakterisasi aktivitas amilase dan selulase kultur miselium, serta menganalisis senyawa fisikokimia pada basidioma G. lucidum InaCC F11 dan G. lucidum InaCC F106. Enzim dikarakterisasi secara spektrofotometri menggunakan metode DNS. Basidioma dianalisis secara proksimat, menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT), serta diamati mikrostrukturnya menggunakan mikroskop elektron. Hasil menunjukkan kedua strain tersebut memiliki aktivitas amilase, dan tidak ada aktivitas selulase. Aktivitas amilase optimum pada kultur miselium G. lucidum InaCC F11 dicapai pada inkubasi hari ke-3, pH 5,5, suhu 35 ºC, dan konsentrasi substrat 1,5%, sedangkan pada kultur miselium G. lucidum InaCC F106 dicapai pada inkubasi hari ke-7, pH 5, suhu 40 ºC, dan konsentrasi substrat 1,75%. Basidioma kering G. lucidum InaCC F11 mengandung karbohidrat 93,72%, protein 3,06%, lemak 0,85%, serat kasar 0,768%, abu 0,54%, dan kadar air 1,83%. Selain itu, KCKT mendeteksi adanya fenol (0,036%), steroid (0,014 mg 100 mL-1), dan senyawa triterpenoid aktif.
 
Article
Concentration of active compounds contained in medicinal plants is determined by genetic factors as well as growth environment. In sambiloto plants both factors have major impacts on the formation of diterpene lactone, andrographolide. Variation of sampling time, cultivation, and processing methods causes variation in the content of active compounds of the same plant. The purpose of this study was to determine andrographolide concentration of sambiloto plants obtained from 12 different locations with various planting conditions in Java Island. andrographolide content of sambiloto was extracted by methanol and analyzed using HPLC. The results showed that the concentrations of andrographolide varied from 0.29 to 4.44% with an average of 2.19% on dry weight basis. The highest concentration of 4.44% was detected in sambiloto accession from Wonokaton Village, Pasuruan Regency while the lowest one was from Conggeang Kulon Village, Sumedang Regency. Three sambiloto accessions had potential to be further developed as their andrographolide concentrations were above 3%, which was higher than those from all the others.Keywords: Andrographis paniculata, andrographolide, active coumpound, HPLC, Java island ABSTRAKKadar senyawa aktif yang terkandung pada tanaman obat selain dipengaruhi oleh faktor genetik juga dipengaruhi oleh faktor lingkungan tumbuhnya. Pada tanaman sambiloto kedua faktor tersebut berpengaruh sangat besar pada pembentukan diterpen lakton, andrographolide. Adanya variasi pada waktu pengambilan sampel, tempat penanaman, metode pengolahan dan lain sebagainya berakibat pada perbedaan dalam kandungan senyawa aktif pada tanaman yang sama. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui kadar andrographolide dari tanaman sambiloto yang diambil dari 12 lokasi tumbuh dengan kondisi penanaman yang berbeda di Pulau Jawa. Daun tanaman sambiloto diekstrak dengan methanol kemudian dianalisis kandungan andrographolide menggunakan HPLC. Kadar andrographolide yang dihasilkan bervariasi berkisar antara 0,29-4,44% dengan kadar rata-rata adalah 2,19% berat kering. Kadar tertinggi didapatkan pada aksesi dari Desa Wonokaton Kabupaten Pasuruan dengan kadar andrographolide adalah 4,44% sedangkan kadar yang terendah didapatkan pada aksesi dari Desa Conggeang Kulon, Kab. Sumedang. Berdasarkan data kandungan andrographolide, diperoleh 3 aksesi sambiloto yang potensial untuk dikembangkan menjadi aksesi unggulan karena kadar andrographolidenya di atas 3%, melebihi semua yang lain.Kata kunci: Andrographis paniculata, andrographolide, senyawa aktif, HPLC, pulau Jawa
 
Top-cited authors
Catur Sriherwanto
  • Laboratory for Biotechnology, Agency for the Assessment and Application of Technology
Rofiq Sunaryanto
  • Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi
Bambang Marwoto
Efrida Martius
  • Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi
Etyn Yunita Bustami
  • Syarif Hidayatullah State Islamic University Jakarta