FIGURE 1 - uploaded by Michel G Gauthier
Content may be subject to copyright.
2 The Sanger sequencing method in 7 steps. (1) The dsDNA fragment is denatured into two ssDNA fragments. (2) A fragment of ssDNA is multiplied into millions of copies. (3) A primer that corresponds to one end of the fragment is attached. (4) The fragments are added to four polymerase solutions. Each solution contains the four types of bases but only one type of termination nucleotide. (5) The chain grows until a termination nucleotide is randomly added. (6) The resulting dsDNA fragments are denatured to obtain a series of ssDNA of various lengths. (7) The fragments are separated by electrophoresis and the sequence is read.

2 The Sanger sequencing method in 7 steps. (1) The dsDNA fragment is denatured into two ssDNA fragments. (2) A fragment of ssDNA is multiplied into millions of copies. (3) A primer that corresponds to one end of the fragment is attached. (4) The fragments are added to four polymerase solutions. Each solution contains the four types of bases but only one type of termination nucleotide. (5) The chain grows until a termination nucleotide is randomly added. (6) The resulting dsDNA fragments are denatured to obtain a series of ssDNA of various lengths. (7) The fragments are separated by electrophoresis and the sequence is read.

Source publication
Thesis
Full-text available
With the recent completion of the Human Genome Project and the announcement of the $1000 Genome Race in 2003, the interest for developing faster and cheaper sequencing technologies is continuously growing. Nanopore sequencing offers one of the most promising new ideas. This method consists in reading DNA as it passes through a small aperture perfor...

Contexts in source publication

Context 1
... Fig. 12 presents the same results as in Fig. 5 but in the presence of entropic forces. As we saw in the previous section, we clearly observe that the addition of an entropic force to the external driving force reduces the probability to translocate by several orders of magnitude. In the P T vs L graph (Fig. 12a), we see that all low- field ...
Context 2
... Fig. 12 presents the same results as in Fig. 5 but in the presence of entropic forces. As we saw in the previous section, we clearly observe that the addition of an entropic force to the external driving force reduces the probability to translocate by several orders of magnitude. In the P T vs L graph (Fig. 12a), we see that all low- field curves (E < 10 −3 ) decay as L γ−2 before they reach their plateau value for large molecular sizes L. Obviously, in the case of the E = 0 curve, the γ − 2 exponent is identical to the one reported in Sec. III D. Figure 12b shows that the presence of entropic forces combined with the external driving force ...
Context 3
... the P T vs L graph (Fig. 12a), we see that all low- field curves (E < 10 −3 ) decay as L γ−2 before they reach their plateau value for large molecular sizes L. Obviously, in the case of the E = 0 curve, the γ − 2 exponent is identical to the one reported in Sec. III D. Figure 12b shows that the presence of entropic forces combined with the external driving force leads to a change: we now have P T ∼ E 2−γ instead of P T ∼ E 1 (see Fig. 5b) for very long chains. Here again we have been unable to derive this relationship analytically. ...
Context 4
... paper reports a few observations that we have been unable to explain using theoretical arguments and scaling laws. However, these new results can be tested ei- ther numerically or experimentally. The first two are the scalings laws P T ∼ N γ−2 and P T ∼ E 2−γ for the translo- cation probability in the presence of entropic forces (see Figs. 10 and 12). These new scalings laws are observed for intermediate values of the polymer length N and the external field E. It should be possible to test these scal- ing laws experimentally and, therefore, measure the ex- ponent γ. The link between the external field E and the exponent γ (which comes from the enhancement factor of the partition ...
Context 5
... straightforward approach for testing this hypothesis is to perform the same calculation on the same system for ever decreasing values of the lattice parameter ξl (with 0 < ξ < 1). Figure 12 shows how this can be done for our 3l × 3l sample system for three different values of ξ. The surface occupied by the obstacle is kept fixed at l×l, while the lattice parameter ξl is reduced. ...
Context 6
... values of the lattice parameter ξl (with 0 < ξ < 1). Figure 12 shows how this can be done for our 3l × 3l sample system for three different values of ξ. The surface occupied by the obstacle is kept fixed at l×l, while the lattice parameter ξl is reduced. The dispersion coeffi- cient and the velocity can be evaluated for different values Fig. 12. Variation of the mesh size ξl used to study the contin- uum limit (ξ → 0) for a square obstacle and a constant surface concentration C = 1/9. of ξ and the continuum limit is reached by extrapolating these results in the limit where ξ → ...
Context 7
... applied this continuum-limit calculation technique to the 3l×3l sample system depicted in Figure 12, and the Nernst-Einstein ratios D * x /v * x for three different field in- tensities are presented in Figure 13. In these calculations, the size of the random walker (ξl×ξl) is reduced as the lat- tice parameter decreases. ...

Similar publications

Article
Full-text available
In case-control studies of rare Mendelian disorders and complex diseases, the power to detect variant and gene-level associations of a given effect size is limited by the size of the study sample. Paradoxically, low statistical power may increase the likelihood that a statistically significant finding is also a false positive. The prioritization of...
Article
Full-text available
The global Human Proteome Project (HPP) was announced by the Human Proteome Organization (HUPO) at the 2010 World Congress of Proteomics in Sydney, Australia, and launched at the 2011 World Congress of Proteomics in Geneva, Switzerland, with analogies to the highly successful Human Genome Project. Extensive progress was reported at the September 20...
Conference Paper
Full-text available
In recent years with the huge amount of biology data in bioinformatics field, especially with the Human Genome Project, urgent needs to analyze this data to exploit optimization. Biology data characterized from other data, it directly affects the human life dramatically and significantly. In bioinformatics field there are a lot of problems need to...
Article
Full-text available
In the Human Genome Project, the most common type of these variations is single nucleotide polymorphisms (SNPs). A large number of different SNP typing technologies have been developed in recent years. Enhancement and innovation for genotyping technologies are currently in progress. We described a rapid and effective method based on real time fluor...

Citations

... Sanger dizileme yönteminin basamakları(50). ...
Chapter
Full-text available
ÖNSÖZ Tarım; bitkisel ve hayvansal ürünlerin üretilmesi, kullanımı, hazırlanması, pazarlanması ve dağıtımını ele alan bitki ve hayvan yetiştirme sanatı ve bilimidir. Tarım, dünyanın gıda, içecek, ilaç, kozmetik, yakacak, barınak, kumaş ve boya gibi ihtiyaçlarını karşılar. Ekosistemin üreticileri olan bitkiler, güneş ışığından aldığı enerjiyi diğer canlılara fotosentezle aktararak yaşamın sürdürülmesinin temel kaynağını oluştururlar. Süslü şekilleri, muhteşem kokuları ile yüce yaratıcının sanatını sergilerler. Toprağı bir yorgan gibi örterek, toprağın korunmasında, canlılığının sürdürülmesinde ve temiz su hasadında önemli işlevler üstlenirler. İnsanların temel besin ihtiyaçlarının karşılanması ve yeterli üretim son yıllarda önemli gündemler arasındadır. Kendine yeterlilik, gıda arzı, besin hijyeni, dengeli beslenme gibi kavramlar gündemi meşgul etmektedir. Üretimi artırmak, yeterli gıda arzı toplumsal barışı kuvvetlendirmektedir. Tarım arazilerinin korunması, köylerin şehir standartlarına kavuşturulması, üretim planı ve desenlerinin oluşturulması, birim alan verimliliğini artırma, katma değeri yüksek olan ürünlerde borsa oluşturma, alım garantisi, yeni teknolojiler kullanma, pazarlama olanaklarının artırılması, kooperatifleşme ve üretim birliklerinin oluşturulması, toplum nezdinde köylü vatandaşlarımızın itibarlarını artırarak sosyal statü farklarının azaltılması gereklidir. Dünyada, tarımsal üretimde ve ürün çeşitliliğinde önemli bir konumda bulunan ülkemizde; üretimden zevk alan ve müteşebbis ruha sahip bireyleri tarımsal üretime katabilirsek sıralamamızı daha yukarılara çekebiliriz. Bu bağlamda tarımı farklı yönlerle ele alan ve çözüm önerileri sunan bu kitabın politika yapıcılar ve konuyla ilgili kurum, kuruluş ve araştırmacılar için faydalı olmasını diliyoruz. İklim değişikliği, kuraklık, organik tarım, alternatif ürünler, topraksız tarım, seracılık, sebze ve meyve üretimi, tahıllar, baklagiller, yağlı tohumlu bitkiler, erozyon, mekanizasyon, göç, arı, ipekböceği, mantar, tıbbi aromatik bitkiler, moleküler ve bitki doku kültürü, genetiği değiştirilmiş organizmalar, et ve süt üretimi, gübreleme, akıllı tarım uygulamaları ve toprak profilleri gibi bölümleri içeren farklı yaklaşımlarla tarıma yeniden bakış isimli kitabımızda, tarımın farklı konularında birbirinden değerli bilim insanlarının yazdığı, tarımın mevcut durumunu çözüm önerileriyle ortaya koyan bu eserin ülkemiz tarımına katkılar sağlaması temennimizdir.
... PCR amplicons were checked using electrophoresis in 1% agarose gel (100 V for 45 min). The positive amplicons were purified and sent to Sangon Biotech (Shanghai, China) for Sanger sequencing as described previously (White et al., 1990;Gauthier, 2007) using the same primers. The homology evaluations were done on the GenBank database using BLAST analysis available at www.ncbi.nlm.nih.gov. ...
Article
Full-text available
Chromoblastomycosis (CBM) is a chronic disease caused by several species of dematiaceous fungi. In this study, a regional collection of 45 CBM cases was conducted in Guangdong, China, a hyper-endemic area of CBM. Epidemiology findings indicated that the mean age of cases was 61.38 ± 11.20 years, long duration ranged from 3 months to 30 years, and the gender ratio of male to female was 4.6:1. Thirteen cases (29%) declared underlying diseases. Verrucous form was the most common clinical manifestation ( n = 19, 42%). Forty-five corresponding clinical strains were isolated, and 28 of them (62%) were identified as F. monophora ; the remaining 17 (38%) were identified as F. nubica through ITS rDNA sequence analysis. Antifungal susceptibility tests in vitro showed low MICs in azoles (PCZ 0.015–0.25 μg/ml, VCZ 0.015–0.5 μg/ml, and ITZ 0.03–0.5 μg/ml) and TRB (0.015–1 μg/ml). Itraconazole combined with terbinafine was the main therapeutic strategy used for 31 of 45 cases, and 68% ( n = 21) of them improved or were cured. Cytokine profile assays indicated upregulation of IL-4, IL-7, IL-15, IL-11, and IL-17, while downregulation of IL-1RA, MIP-1β, IL-8, and IL-16 compared to healthy donors ( p < 0.05). The abnormal cytokine profiles indicated impaired immune response to eliminate fungus in CBM cases, which probably contributed to the chronic duration of this disease. In conclusion, we investigated the molecular epidemiological, clinical, and laboratory characteristics of CBM in Guangdong, China, which may assist further clinical therapy, as well as fundamental pathogenesis studies of CBM.
... DNA sequencing is the process of reading nucleotide bases in a DNA molecule. During (Gauthier, 2008) The tubes containing the template were spun, and 10-20 ng/µL (depending on the concentration) of each of the purified PCR products were added to the 8-tube PCR strip. ...
Thesis
Full-text available
Antibiotic resistance has become a global health problem with a decrease in efficacy in treating common infections, resulting in increased sufferings, duration of hospital stay and economic burden. Infections in the wound site by multi-drug resistant pathogens play an important role in the development of chronicity and delaying wound healing. Unfortunately, information regarding resistance spectrum of the isolates and the associated genes, which are important for physicians in order to prescribe empirical treatment as well as to contain the spread of infections, is still lacking in Bangladesh. Hence, the aim of this study was to investigate antibiotic resistance in pathogenic organisms, isolated from wound sites, both phenotypically and genotypically. A total of 217 specimens were collected from outpatients affected with wound infections who visited for dressing purpose at Bangladesh Institute of Health Sciences Hospital (BIHS) and Shaheed Suhrawardy Medical College & Hospital, from January 2017 to March 2019. Identification and confirmation of the isolates were done by appropriate microbiological and biochemical methods. Furthermore, antibiogram was performed using Kirby–Bauer disk diffusion approach. PCR was performed using ESBL, macrolide and aminoglycoside resistance gene specific primers and subsequently Sanger sequencing was conducted for further confirmation of the genes. A total of 348 bacterial strains (MRSA- 17.82%, S. aureus- 6.32%, S. pneumoniae- 10.33%, Enterococcus spp.- 7.76%, CNS- 8.05%, A. baumannii- 5.75%, E. coli- 24.43%, K. pneumoniae- 12.07% and P. aeruginosa- 7.47%) were isolated. Co-infections were found in 25·3% of the samples and the most common association (13%) was found between MRSA and K. pneumoniae. Besides, antibiogram data revealed that about 54% strains were multidrug resistant (MDR). E. coli (96.6%) followed by MRSA (90%) isolates were found to be the most prevalent type of MDR pathogens. The MAR (multiple antibiotic resistance) index exhibited that more than half of the organisms (58.05%) had a MAR value of greater than 0.2 and for P. aeruginosa, the mean value (0.562) was significantly higher than other organisms tested. In addition, PCR results revealed that among the 5 ESBL genes investigated, CTXM-1 (53.71%) and NDM-1 (12.4%) were the most prevalent and these genes were predominant in E. coli. ErmB (38.2%) was the most common gene among the macrolide resistance genes. Also, Aac(3)-II -25.44% was the frequently detected gene among the aminoglycoside group. Moreover, the results obtained from investigation of co-resistance displayed that coexistence of CTXM-1 and ErmB (16.66%) was the most common phenomenon. Interestingly, an increasing trend in the proportion of MDR organisms was seen between the years of 2017 and 2019. Such alarming escalation of antibiotic resistance impedes the treatment and prevention of infectious diseases, resulting in increased morbidity and mortality. Therefore, nationwide surveillance as well as development of alternative strategies needs to be propagated to resolve this serious issue in the hospital settings of Bangladesh.
... The clinical advantage of capillary electrophoresis is that application, flexibility and the ability to analyze compounds of diagnostic importance. This technique allows rapid and low sample volume funtion in clinical laboratories in genomic and pharmaceutical fields, and has the advantage of being quantitative and automated as well as separating compounds that are difficult to distinguish by conventional methods [38]. ...
Chapter
Full-text available
Tarımsal üretim, doğal kaynaklardan insanların yaşamını devam ettirebilmesi için gerekli olan beslenme, barınma ve giyim gibi temel gereksinimlerini gidermek amacıyla tarım teknikleri ile mühendislik biliminden yararlanılarak yapılan birincil üretimi ifade etmektedir. Elde edilen ürünlerin ulusal ve uluslararası pazarlara sunularak ülke ekonomisine katma değer sağlaması, tarım sektörünün sosyoekonomik açıdan oldukça önemli bir konumda olduğunu göstermektedir. Tarım sektörü; insanların temel ihtiyaçlarını karşılaması, tarım ürünlerinin sanayi sektöründe hammadde olarak değerlendirilmesi, kırsal kesimlerde insanlara gelir kaynağı olması yönüyle son derece önemlidir. Tarımsal üretimde temel amaç; toplumların ihtiyaçlarını kısa sürede giderecek şekilde birim alanda en yüksek verimi elde etmektir. Hızlı nüfus artışı ve sanayileşmenin etkisi ile birlikte enerjiye ve gıdaya olan talep de her geçen gün artmaktadır. Artan bu talepler, tarımda üretimin, üretimde verimliliğin artırılmasını zorunlu kılmaktadır. Bu verim artışı iki temel unsurla mümkündür. Bunlar; tarımsal üretim yapılan alanların büyütülmesi ya da birim alandan sağlanan verimi yükseltmeye yönelik yapılan çalışmalardır. Ülkemizde tarımsal üretim yapılan alanlar belirli sınırlara ulaşmış olup, var olan tarım alanlarının büyütülme ihtimali azdır. Dolayısıyla bu durum birim alandan elde edilen verimin yükseltilmesine yönelik uygulamaların artırılması ve hızlandırılması gerekliliğini ön plana çıkarmıştır. Bu da ülkemizde tarım alanında faydalanılan teknolojilerin geliştirilerek hayvan gücü ve insan işgücü yerine makina kullanımına geçilmesinin önünü açmıştır. Mekanizasyon, hayvan ve insan işgücünün yerine geçen üretim girdisi durumundadır. Bu bölümde; tarımsal mekanizasyonun kavram ve kapsamı, tarihçesi, önemi, faydaları ve sorunları belirtilmiş, ülkemizde mekanizasyonun gelişimi konusunda bilgi verilmiş, tarımda teknolojinin üretimde kullanımı, mekanizasyon uygulamaları ile ilgili karşılaşılan problemler ve çözüm imkânlarının ortaya konulması amaçlanmıştır.
Chapter
Full-text available
Tarım; bitkisel ve hayvansal ürünlerin üretilmesi, kullanımı, hazırlanması, pazarlanması ve dağıtımını ele alan bitki ve hayvan yetiştirme sanatı ve bilimidir. Tarım, dünyanın gıda, içecek, ilaç, kozmetik, yakacak, barınak, kumaş ve boya gibi ihtiyaçlarını karşılar. Ekosistemin üreticileri olan bitkiler, güneş ışığından aldığı enerjiyi diğer canlılara fotosentezle aktararak yaşamın sürdürülmesinin temel kaynağını oluştururlar. Süslü şekilleri, muhteşem kokuları ile yüce yaratıcının sanatını sergilerler. Toprağı bir yorgan gibi örterek, toprağın korunmasında, canlılığının sürdürülmesinde ve temiz su hasadında önemli işlevler üstlenirler. İnsanların temel besin ihtiyaçlarının karşılanması ve yeterli üretim son yıllarda önemli gündemler arasındadır. Kendine yeterlilik, gıda arzı, besin hijyeni, dengeli beslenme gibi kavramlar gündemi meşgul etmektedir. Üretimi artırmak, yeterli gıda arzı toplumsal barışı kuvvetlendirmektedir. Tarım arazilerinin korunması, köylerin şehir standartlarına kavuşturulması, üretim planı ve desenlerinin oluşturulması, birim alan verimliliğini artırma, katma değeri yüksek olan ürünlerde borsa oluşturma, alım garantisi, yeni teknolojiler kullanma, pazarlama olanaklarının artırılması, kooperatifleşme ve üretim birliklerinin oluşturulması, toplum nezdinde köylü vatandaşlarımızın itibarlarını artırarak sosyal statü farklarının azaltılması gereklidir. Dünyada, tarımsal üretimde ve ürün çeşitliliğinde önemli bir konumda bulunan ülkemizde; üretimden zevk alan ve müteşebbis ruha sahip bireyleri tarımsal üretime katabilirsek sıralamamızı daha yukarılara çekebiliriz. Bu bağlamda tarımı farklı yönlerle ele alan ve çözüm önerileri sunan bu kitabın politika yapıcılar ve konuyla ilgili kurum, kuruluş ve araştırmacılar için faydalı olmasını diliyoruz. İklim değişikliği, kuraklık, organik tarım, alternatif ürünler, topraksız tarım, seracılık, sebze ve meyve üretimi, tahıllar, baklagiller, yağlı tohumlu bitkiler, erozyon, mekanizasyon, göç, arı, ipekböceği, mantar, tıbbi aromatik bitkiler, moleküler ve bitki doku kültürü, genetiği değiştirilmiş organizmalar, et ve süt üretimi, gübreleme, akıllı tarım uygulamaları ve toprak profilleri gibi bölümleri içeren farklı yaklaşımlarla tarıma yeniden bakış isimli kitabımızda, tarımın farklı konularında birbirinden değerli bilim insanlarının yazdığı, tarımın mevcut durumunu çözüm önerileriyle ortaya koyan bu eserin ülkemiz tarımına katkılar sağlaması temennimizdir.
Chapter
Full-text available
Arı Yetiştiriciliği Sorunları ve Çözüm Önerileri
Book
Full-text available
Tarımda ueni teknolojiler