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Determinação das Condições Ótimas para Análises de PCR-RAPD em Atta sexdens rubropilosa Forel (Hymenoptera: Formicidae)

Neotropical Entomology 01/2001; DOI:10.1590/S1519-566X2001000400013
Source: DOAJ

ABSTRACT A técnica PCR-RAPD tem sido amplamente empregada em estudos genéticos de populações de vários organismos. Entretanto, devido às interações entre os componentes da reação de PCR é improvável que uma única condição de amplificação possa ser adequada para todas as situações. Com o objetivo de determinar as condições ótimas para a utilização da técnica PCR-RAPD em análises taxonômicas do gênero Atta, foram analisados os fatores: concentrações de MgCl2, DNA, BSA, programas de temperaturas e métodos de extração de DNA, utilizando-se os delineamentos Fatorial Fracionado e o Central Composto. Dentre os fatores avaliados, o método de extração de DNA teve pouca influência na reação, enquanto que o programa de temperatura apresentou o maior efeito. Embora a concentração de MgCl2 seja importante para obtenção de um padrão exato de bandas, seu efeito foi menor do que a quantidade de DNA. Com o aumento da concentração de MgCl2 para 3,0 mM e com a diminuição da concentração de BSA de 0,1% para 0,05% e da quantidade de DNA de 2 para 1 ng/mil ocorreu um aumento significativo no número de fragmentos amplificados, sendo esse efeito observado com maior evidência no programa P2. As condições ótimas estabelecidas para as reações PCR-RAPD foram: 25 mil de solução contendo 10 mM Tris-HCl (pH 9,0), 50 mM KCl, 3,0 mM MgCl2, 100 miM de cada dNTP, 0,2 miM de primer, 1,0 U de Taq polimerase, 25 ng DNA (extraído pelo método Cheung) e BSA 0,05%, utilizando-se o programa de amplificação: 3 min. a 94ºC, 3 min. a 35ºC, seguidos de 40 ciclos de 1 min. a 94ºC, 1 min. a 36ºC e 2 min. a 72ºC, com extensão final de 5 min. a 72ºC.

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    ABSTRACT: RAPD analysis of 5 morphologically identical Lycaenid butterflies was carried out using 7 decamer primers. Total 114 bands produced of which 110 were polymorphic with 96.49% of similarity. Dendrograms based on similarity coefficient grouped 5 species in to two distinct clusters. Cluster-I comprised of Psuedozizeeria maha and Zizeeria karsandra while, cluster-II formed of 3 species. Cluster-II was again subdivided into two sub clusters. Sub cluster-I composed of Zizina otis and Zizula hylax, subcluster-II composed of Chilades trochylus. Similarities between these species was discussed on the basis of morphological and RAPD data.
    CYTOLOGIA 07/2009; 74(2):165–169.
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    ABSTRACT: The aim of this work was to analyze the clonal dive rsity variation in Schizaphis graminum during a complete phenological cycle of black oats ( Avena strigosa ). RAPD markers were used for detection of DNA poly morphisms of each clonal lineage, derived from a single clone co llected weekly during a period of four months, in a crop field of black oats, Londrina, Paraná, Brazil. The monthly g enotypic diversity was estimated by Shannon Informa tion Index (H). Only four genotypes were distinguished from 12 2 specimens, with one of them overly predominant in all sampling dates (>60%). Another genotype, apparently a later colonizer, rapidly reached greater frequen cy than other genotypes on the second and third month. The results of this work suggested that temporal genoty pic diversity of S. graminum assessed by RAPD markers was small and less variab le than the genetic variation found at geographical scale.
    Brazilian Archives of Biology and Technology - BRAZ ARCH BIOL TECHNOL. 01/2010; 53(4).

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Nov 5, 2013