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Molecular Epidemiology and Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Isolated in Baghdad

BioMed Research International (Impact Factor: 2.71). 02/2014; 2014(Article ID 580981):15 pages. DOI: 10.1155/2014/580981

ABSTRACT Tuberculosis (TB) remains a major health problem in Iraq but the strains responsible for the epidemic have been poorly characterized. Our aim was to characterize the TB strains circulating in Baghdad (Iraq). A total of 270 Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains isolated between 2010 and 2011 from TB patients attending the Center of Chest and Respiratory diseases in Baghdad were analyzed by Spoligotyping. The analysis indicated that 94.1% of the isolates belong to known genotype clades: CAS 39.6%, ill-defined T clade 29.6%, Manu 7.4%, Haarlem 7%, Ural 4.1%, LAM 3.3%, X 0.7%, LAM7-TUR 0.7%, EAI 0.7%, S 0.7%, and unknown 5.9%. Comparison with the international multimarker database SITVIT2 showed that SIT 309 (CAS1-Delhi) and SIT1144 (T1) were the most common types. In addition, 44 strains were included in SITVIT2 database under 16 new Spoligotype International Types (SITs); of these, 6 SITs (SIT3346, SIT3497, SIT3708, SIT3790, SIT3791, and SIT3800) (n = 32 strains) were created within the present study and 10 were created after a match with an orphan in the database. By using 24-loci MIRU-VNTR-typing on a subset of 110 samples we found a high recent transmission index (RTI) of 33.6%. In conclusion, we present the first unifying framework for both epidemiology and evolutionary analysis of M. tuberculosis in Iraq.

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Available from: Nalin Rastogi, Mar 04, 2014
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    ABSTRACT: Dans cet article, nous présenterons rapidement plusieurs bases de données de génotypage du complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC), élaborées au cours des quinze dernières années à l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG), dans le cadre d’une grande initiative concertée visant à lutter contre l’épidémie mondiale de la tuberculose. De la toute première version au format Excel en 1999 (SpolDB1 ; n = 610 isolats cliniques) à la quatrième au format MySQL en 2006 (SpolDB4; n = 39 295 isolats cliniques), ces bases de données ont brossé un premier tableau de la phylogéographie des lignées génotypiques de MTBC en circulation, en utilisant le typage oligonucléotidique des espaceurs (spoligotypage) qui permet d’étudier le polymorphisme du locus DR (Direct Repeat). Les deux dernières versions multimarqueurs sous MySQL constituent respectivement la 5 ème version de SITVITWEB, publiée en 2012 (n = 62 582 isolats cliniques), qui repose sur le spoligotypage et le typage MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units/Variable Number of Tandem Repeats) 12 loci, et la 6ème version, dénommée SITVIT2, qui sera publiée en 2014 (n = 111 635 isolats cliniques) et qui contient des données de spoligotypage et de MIRU-VNTR 12, 15 ou 24 loci. Sur ces dernières versions, une interface en ligne permet à l’utilisateur de rechercher des souches dans la base de données au moyen de critères tels que l’année, le pays d’isolement, le pays d’origine ou le nom du chercheur. Cette interface permet en outre d’effectuer des recherches mixtes dans SITVIT2, permettant d’obtenir les données de génotypage de certaines souches, conjointement avec leur répartition géographique, ainsi que les données disponibles sur la résistance aux antibiotiques ou les caractéristiques démographiques et épidémiologiques. Notre initiative de recherche a ainsi pour but d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique factuelle des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale et régionale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) dressera un portrait précis des disparités actuelles par sous-région, selon la classification des Nations Unies. Il est important de comprendre le détail de ces disparités et faiblesses pour que les décideurs politiques et les autorités de santé publique puissent prendre les mesures qui s’imposent pour mieux surveiller, comprendre et contrôler l’épidémie mondiale de la tuberculose. Further reading: [Version/FR]: La mise en place de bases de données des génotypes circulants du complexe Mycobacterium tuberculosis et des outils web permettant de mieux surveiller, comprendre et contrôler l'épidémie de la tuberculose dans le monde. Further reading: [Version/FR]: EuroReference – Les Cahiers de la Référence, 2014(12):40-53; ISSN 2110-5294]; https://pro.anses.fr/euroreference/Documents/ER12-RESEAUX-Mycobacterium.pdf
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    ABSTRACT: Recent genotyping studies of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) in Ethiopia have reported the identification of a new phylogenetically distinct Mtb lineage, lineage 7. We therefore investigated the genetic diversity and association of specific Mtb lineages with sociodemographic and clinical parameters among pulmonary TB patients in the Amhara Region, Ethiopia. DNA was isolated from Mtb positive sputum specimens (n=240) and analyzed by PCR/24-locus MIRU-VNTR and spoligotyping. Bioinformatics analysis assigned the Mtb genotypes to global lineages, and associations between patient characteristics and genotype were evaluated using logistic regression analysis. The study revealed a high diversity of modern and pre-modern Mtb lineages among which approximately 25% were not previously reported. Among the Mtb strains (n=138) assigned to seven sub-groups, the largest cluster belonged to the lineage Central Asian (CAS) (n=60; 26.0%), the second largest to lineage 7 (n=36; 15.6%), and the third to Haarlem (n=35; 15.2%). Four sub-lineages were new in the MIRU-VNTRplus database, designated NW-ETH3, NW-ETH1, NW-ETH2, and NW-ETH4 which included 24 (10.4%), 18 (7.8%), 8 (3.5%) and 5 (2.2%) isolates, respectively. Notably, patient delay was significantly longer among patients infected with lineage 7 strains (Mann-Whitney test p<0.008) compared to patients infected with CAS strains (AOR=4.7, 95% CI 1.6, 13.5). Lineage 7 strains also grew more slowly than other Mtb strains. Cases of Harlem infection (OR= 2.8 95% CI 1.2, 6.6) and NW-ETH3 (OR= 2.8 95% CI 1.0, 7.3) appeared in defined clusters. Intensified active case finding and contact tracing activities in the study region are needed to expedite diagnosis and treatment of TB. Copyright © 2015, American Society for Microbiology. All Rights Reserved.
    Journal of Clinical Microbiology 02/2015; 53(4). DOI:10.1128/JCM.03566-14 · 4.23 Impact Factor