Conference Paper

Keeping track of changes in database schemas and related ontologies

Inst. of Inf. Syst., Tech. Univ. of Braunschweig
DOI: 10.1109/DBIS.2006.1678476 Conference: Databases and Information Systems, 2006 7th International Baltic Conference on
Source: IEEE Xplore

ABSTRACT Connecting scientific databases is a challenging task which can be supported by ontologies describing them on a semantical level. Unfortunately, ontologies for databases are rarely used, because schemas of research databases change rapidly while the ontologies grow as well. Maintaining the connection between both is time consuming manual work. Therefore it is worthwhile to reduce the required work by automating tasks. We propose an approach that allows the database schema and the ontology to change and evolve, without ever losing their connection to each other. This is done by mapping database schemas to ontologies, enriching these ontologies with semantical information and transfering schema changes to the ontology

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    ABSTRACT: Die riesigen Datenmengen, die in der Mikrobiologie anfallen, sind nur mit einem großen Aufwand an Informationsverarbeitung zu bewältigen. Die Bioinformatik soll den Engpass überwinden helfen, der bei der Entwicklung der benötigten Informatik-Methoden entstanden ist. Datenbanktechnik hilft, die Daten abzulegen, wiederzufinden und auf vielfältige Weise miteinander zu verknüpfen. Um die Daten zu Informationen und schließlich Erkenntnissen zu verdichten, bedient man sich formaler Modelle. Hierbei finden mathematische, zunehmend aber auch informatische Methoden Anwendung. Ziel ist es, biologische Systeme und Prozesse qualitativ und quantitativ immer umfassender darstellen, simulieren, analysieren und prognostizieren zu können – und so besser zu verstehen. In Deutschland wurden im Jahre 2001 fünf Bioinformatik-Kompetenzzentren mit einer Anschubfinanzierung des BMBF eingerichtet. Eines davon befindet sich in Braunschweig, es hat den Namen Intergenomics und soll die Interaktion zwischen Genomen aufklären helfen, insbesondere Infektionsprozesse. In diesem Beitrag werden nach einer Einführung in Probleme und Ansätze der Bioinformatik und des Intergenomics-Kompetenzzentrums Arbeiten in unserem eigenen Teilprojekt vorgestellt. Hier werden z.Z. drei Ansätze verfolgt: (1) Suche nach Bildern in Textdokumenten (PDF) aufgrund der Bildbeschriftungen, (2) diskrete Modellierung und Simulation von Signaltransduktionswegen und (3) Koevolution von Datenbankschemata und Ontologien zur Verbesserung der Datenintegration.
    Tagungsband zum 18. GI-Workshop über Grundlagen von Datenbanken (18th GI-Workshop on the Foundations of Databases), Wittenberg, Sachsen-Anhalt, 6.-9. Juni 2006; 01/2006