Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles.

Department of Statistics, University of Washington Seattle, Seattle, Washington, United States
Biometrics (Impact Factor: 1.52). 07/1992; 48(2):361-72. DOI: 10.2307/2532296
Source: PubMed

ABSTRACT The Hardy-Weinberg law plays an important role in the field of population genetics and often serves as a basis for genetic inference. Because of its importance, much attention has been devoted to tests of Hardy-Weinberg proportions (HWP) over the decades. It has long been recognized that large-sample goodness-of-fit tests can sometimes lead to spurious results when the sample size and/or some genotypic frequencies are small. Although a complete enumeration algorithm for the exact test has been proposed, it is not of practical use for loci with more than a few alleles due to the amount of computation required. We propose two algorithms to estimate the significance level for a test of HWP. The algorithms are easily applicable to loci with multiple alleles. Both are remarkably simple and computationally fast. Relative efficiency and merits of the two algorithms are compared. Guidelines regarding their usage are given. Numerical examples are given to illustrate the practicality of the algorithms.


Available from: Sun-Wei Guo, Jun 01, 2015
  • Source
    [Show abstract] [Hide abstract]
    ABSTRACT: Microsatellite DNA markers were used to study molecular genetic diversity in three GIFT-derived broodstock Lines in two hatcheries in Sri Lanka. Two Lines set up as replicates from the most recent importation of the GIFT strain from World Fish Center showed no significant differences in allelic diversity, despite having been exposed to very different management practices; one Line exposed to six generations of selection for harvest weight with rotational mating practiced among eight selected groups, while the second Line kept as the original broodstock with no such management. The third Line held at a second hatchery was derived from an older GIFT importation and differed from the first and the second Lines mostly due to presence of a number of private alleles. The most likely explanation for these additional private alleles appears to be admixture with other non-GIFT tilapia stocks held in or near this hatchery.
  • Latin American Journal of Aquatic Research 07/2012; 40(2):408-417. DOI:10.3856/vol40-issue2-fulltext-15 · 0.42 Impact Factor
  • Source
    [Show abstract] [Hide abstract]
    ABSTRACT: The thesis for the degree of candidate of biological sciences. Preservation of the gene pool of dark forest honey bee Ammellifera is the base point for the development of beekeeping and bee breeding in Russia which in turn requires solving a number of problems in basic and applied research. Our work touches the three of them. We were able to prove the existence of the Urals several genetic reserves that should be the basis for the preservation of the gene pool Ammellifera. It was expanded set of genetic markers and statistical approaches used for this purpose. We It managed to obtain new data on the structure of intra honeybee A.mellifera. We hope that the results will allow to approach the problem of preserving the gene pool Ammellifera both in Russia and in other Nordic countries. As is known, the use morphometric methods for this purpose little information when using hybrid bees. It is shown that by using molecular methods may determine which subspecies belong to the bees. However, not all genetic loci can become markers. Only strict selection and integrated use of nuclear loci and mitochondrial genomes will be effective in the identification of subtypes of bees. Equally important in the study played a statistical analysis of results. Statistical methods, selection of genetic markers and the character of the collection object is strictly dependent on the goals of the study. Phylogenetic analysis also allowed for the first time to establish close genetic kinship bees Ural and European populations Ammellifera. In parallel, we have been able to show that the evolutionary branch of M consists only of subspecies Ammellifera, whereas previously it was thought that it includes several other A.mellifera subspecies of the North-West Africa and the Iberian Peninsula. The obtained genetic characteristics of populations of bees Urals unique and will serve as a basis for further research, as well as measures for the conservation and restoration of the entire gene pool Ammellifera the territory of the former habitat subspecies. Furthermore, based on these data, we can develop a strategy for the further development and management of beekeeping Ammellifera populations in Russia and Europe. On the basis of polymorphism intergenic locus COI-COII mitochondrial DNA demonstrated the existence of at least four stored locally populations of Apis mellifera mellifera L. in the Urals: Vishera, Kama region of the South, tatyshlinskoy and Burzyan. An analysis of the frequency of occurrence of combinations of PQQ intergenic locus COI-COII mtDNA showed that uinskaya population, previously hosted by morphometric featured for the population Ammellifera, it is a hybrid. Genetic distance Ammellifera between the Ural and the hybrid population can be Iglinsky accepted for further studies at one of the criteria for the safety of aboriginal population A.m.mellifera. A study of polymorphism loci separate nuclear and mitochondrial DNA revealed a close genetic relationship, a small fraction of inbreeding and a lack of heterozygotes in the Ural population Ammellifera. Phylogenetic analysis based on a comparison of the nucleotide ND2 gene fragment sequences of mitochondrial DNA revealed genetic kinship of the Ural and Western European populations Ammellifera. Comparative analysis mitotypes gene fragment of the mitochondrial ND2 DNA shows that subspecies Ammellifera, probably the only Representative intraspecific evolutionary branches of M, which is thus not It should include not only the African subspecies Apis mellifera sahariensis Baldensperger and Apis mellifera intermissa Maa, but Spanish subspecies of Apis mellifera iberica Goetze. It found that species ancestral form Apis mellifera L., could be With bee evolutionary branch, and not, as previously thought. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Сохранение генофонда тёмной лесной медоносной пчелы A.m.mellifera являлось базовым моментом для развития пчеловодства и селекции пчел в России, что в свою очередь требует решения целого ряда задач в области фундаментальных и прикладных исследований. Наша работа касалась трёх из них. Нам удалось доказать существование на Урале нескольких генетических резерватов, которые должны стать основой для сохранения генофонда A.m.mellifera. Был расширен комплекс генетических маркёров и статистических подходов, используемых для этого. Нам удалось получить новые данные по внутривидовой структуре медоносной пчелы A.mellifera. Мы надеемся, что полученные результаты позволят приблизиться к решению проблемы сохранения генофонда A.m.mellifera как в России, так и в других странах Северной Европы. Как известно, использование морфометрических методов для этой цели малоинформативно при работе с гибридными пчелами. Показано, что с помощью молекулярных методов возможно определить, к какому подвиду принадлежат пчелы. Тем не менее, не любые локусы могут стать генетическими маркерами. Только строгий подбор и комплексное использование локусов ядерного и митохондриального геномов будет эффективно в идентификации подвидов пчел. Не менее важную роль в исследовании играла статистическая обработка полученных результатов. Методы статистической обработки, подбор генетических маркеров и характер сбора объекта строго зависят от поставленных целей исследования. Также филогенетический анализ позволил впервые установить тесное генетическое родство пчел уральских и европейских популяций A.m.mellifera. Параллельно мы смогли показать, что эволюционная ветвь М состоит только из подвида A.m.mellifera, тогда как раньше считалось, что в нее входят несколько других подвидов A.mellifera из Северо-Западной Африки и Иберийского полуострова. Полученные нами генетические характеристики популяций пчел Урала уникальны и будут служить основой для дальнейших исследований, а также мероприятий по сохранению и восстановлению генофонда A.m.mellifera на всей территории прежнего ареала подвида. Кроме того, на основе этих данных мы можем разработать стратегию дальнейшего развития пчеловодства и управления популяциями A.m.mellifera в России и Европе. На основе полиморфизма межгенного локуса COI-COII митохондриальной ДНК показано существование как минимум четырёх сохранившихся локальных популяций Apis mellifera mellifera L. на Урале: вишерской, южно-прикамской, татышлинской и бурзянской. Анализ частот встречаемости комбинации PQQ межгенного локуса COI-COII мтДНК показал, что уинская популяция, ранее принимаемая по морфометрическим признакам за популяцию A.m.mellifera, являлась гибридной. Генетическое расстояние между уральской A.m.mellifera и гибридной иглинской популяцией может быть принято в дальнейших исследованиях за один из критериев сохранности аборигенной популяции A.m.mellifera. Исследование полиморфизма отдельных локусов ядерной и митохондриальной ДНК выявило тесное генетическое родство, небольшую долю инбридинга и дефицит гетерозигот в уральских популяциях A.m.mellifera. Филогенетический анализ на основе сравнения нуклеотидных последовательностей фрагмента гена ND2 митохондриальной ДНК показал генетическое родство уральских и западноевропейских популяций A.m.mellifera. Сравнительный анализ митотипов фрагмента гена ND2 митохондриальной ДНК свидетельствует, что подвид A.m.mellifera, вероятно, является единственным представителем внутривидовой эволюционной ветви М, в которую, таким образом, не следует включать не только африканские подвиды Apis mellifera sahariensis Baldensperger и Apis mellifera intermissa Maa, но и испанский подвид Apis mellifera iberica Goetze. Обнаружено, что предковой формой вида Apis mellifera L., могли быть пчелы эволюционной ветви С, а не О, как считалось ранее. Ilyasov R.A. Polymorphism of Apis mellifera mellifera L. in Ural. Thesis of Ph.D. 2006. 204 p.