Article

MATRIX SEARCH 1.0: a computer program that scans DNA sequences for transcriptional elements using a database of weight matrices.

Department of Molecular, Cellular, and Developmental Biology, University of Colorado, Boulder 80309-0347, USA.
Computer applications in the biosciences: CABIOS 11/1995; 11(5):563-6. DOI: 10.1093/bioinformatics/11.5.563
Source: PubMed

ABSTRACT The information matrix database (IMD), a database of weight matrices of transcription factor binding sites, is developed. MATRIX SEARCH, a program which can find potential transcription factor binding sites in DNA sequences using the IMD database, is also developed and accompanies the IMD database. MATRIX SEARCH adopts a user interface very similar to that of the SIGNAL SCAN program. MATRIX SEARCH allows the user to search an input sequence with the IMD automatically, to visualize the matrix representations of sites for particular factors, and to retrieve journal citations. The source code for MATRIX SEARCH is in the 'C' language, and the program is available for unix platforms.

0 Followers
 · 
185 Views
  • Source
  • Source
  • [Show abstract] [Hide abstract]
    ABSTRACT: Celem niniejszej pracy jest zaprezentowanie możliwości zastosowania mapowanych na elementy proceduralne Transact SQL klas obiektowych CLR tworzonych na platformie .NET w złożonych algorytmach przetwarzania. Przedstawione zostały podstawy teoretyczne algorytmów dopasowania łańcuchów dla alfabetów skończonych. Dla wprowadzonych alfabetów nieskończonych rozwiązania te nie mogą być w sposób prosty zmodyfikowane, dlatego zaproponowany został algorytm DTW (Dynamic Time Warping), który został oprogramowany z zastosowaniem reguł mapowania do obiektów rozszerzenia proceduralnego SQL. Przedstawiono elementy praktycznej realizacji praktycznej oraz dokonano omówienia wyników eksperymentu numerycznego dopasowującego gesty. The purpose of this work is to present the possibility to use mapped to the procedural elements Transact SQL CLR object classes that are created on the NET platform in a complex processing algorithms. There are presented theoretical algorithms for matching chains for finite symbol set alphabets. For introduced infinite symbol set alphabets solutions may not be easily modified, so it was proposed the algorithm DTW (Dynamic Time Warping), which was programmed using the mapping rules for procedural extension to SQL. There where shown elements of the practical implementation and the experimental results of matching gestures were discuss.

Full-text (2 Sources)

Download
88 Downloads
Available from
May 21, 2014